기부금을 지출하는 비영리법인에 적용되는 법인세법의 규정은 다음과 같이 2개이다.

① 고유목적사업준비금의 사용
② 손금인정한도 내에서의 기부금의 지츨

일반 영리법인은 위 ‘② 손금인정한도 내에서의 기부금의 지출’만 적용하는데 비하여 비영리법인은 ‘① 고유목적사업준비금의 사용’을 적용하는 것이며 이 두 규정이 서로 배척하지 아니하고 각각 적용되는 것이다.(적용을 배척하는 규정이 어디 있는가?)

(1) 지정기부금으로 사용하는 경우

비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 … 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다(「법인세법」제29조 ①).

고유목적사업준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 날이 속하는 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업에의 지출이나 지정기부금의 지출에 사용하여야 한다(법인세법 집행기준 29-56-7 ①)

이 규정상의 지정기부금이란「법인세법」제24조의 규정에 의한 지정기부금 즉, ‘내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 고려하여 대통령령(☞「법인세법 시행령」제36조 ①)으로 정하는 기부금(이하 “지정기부금”이라 한다)’을 말한다.

비영리법인이 지출할 개연성이 있는 지정기부금의 예는 다음과 같다(「법인세법 시행령」제36조 ① 1호)

1. 다음 각 목의 비영리법인에 대하여 당해 지정기부금단체 등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금
가. (생략)
나.「유아교육법」에 따른 유치원ㆍ「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 의한 학교,「근로자직업능력 개발법」에 의한 기능대학,「평생교육법」제31조 제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및「평생교육법」제33조 제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설
다. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ기술진흥단체

(2) 법정기부금에는 사용하지 못함

아래 설명하는 바와 같이 고유목적사업준비금은 법정기부금에는 지출하지 못한다.

(1) 지정기부금의 손금인정

① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금(이하 “지정기부금”이라 한다) 중… “손금산입한도액”을 초과하는 금액과 지정기부금 외의 기부금은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다(「법인세법」제24조 ①).

주 : 내국법인 ☞ 비영리법인은 제외한다는 말이 없으므로 비영리법인의 수익사업도 적용대상이 되는 것이다.

(2) 법정기부금의 손금인정과 목적사업준비금 사용 제외

위 ‘제1항’과「법인세법」제29조(☞고유목적사업준비금의 손금산입규정임)는 다음 각 호의 “법정기부금”에 대해서는 적용하지 아니한다. 다만, 법정기부금이 해당 사업연도의 소득금액…에 100분의 50을 곱하여 산출한 “법정기부금의 손금산입한도액”을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다(「법인세법」제24조 ②)

즉, 법정기부금은 손금산입한도를 따로이 적용하는 것이며 또한 법정기부금은 고유목적사업준비금의 지출대상에 포함하지 아니하는 것으로 규정한 것이다.

지정기부금 중 따로 정한 것이 법정기부금이므로 원론상 법정기부금은 모두 지정기부금에 포함되고 따라서 이 규정(「법인세법」제24조 ②)이 없다면 법정기부금도 고유목적사업준비금의 사용대상인 지정기부금에 포함되는 것이다. 이 규정에 의하여 법정기부금의 지출에 고유목적사업준비금을 사용하지 못하는 것이다.

(3) 특례기부금지출에 고유목적준비금을 사용하지 못하게 됨

「조세특례제한법」제73조 제1항 각 호에 해당하는 기부금은 원래는 고유목적사업준비금으로 지출할 수 있는 것으로 적용하여왔는데, 그 특례기부금이 2010.12.30.자 개정에 의하여 법정기부금으로 옮겨졌다. 따라서 그 특례기부금은 2011년도부터는 고유목적사업준비금의 지출을 하지 않는 법정기부금이 된 것이다.

아래의 항이 이에 해당한다.

■「법인세법」제24조 제2항 제5호

다음 각 목의 병원에 시설비ㆍ교육비 또는 연구비로 지출하는 기부금

가. ~ 라. (생략)

마.「사립학교법」에 따른 사립학교가 운영하는 병원(☞비영리재단이 의대부속병원에 시설비ㆍ교육비 또는 연구비를 지원하고자 하는 경우에는 2011학년도부터는 고유목적사업준비금에서 지출하지 못하고 일반 법정기부금의 한도 내에서 지출하는 것이라는 의미임)

비영리법인이 기부금을 지출함에 있어서는 다음과 같이 한다.

비영리법인이 법정기부금을 지출하고자 하는 경우에는 기부금손비계정에서 법인세법상의 한도금액 내에서 지출하여야 하며 고유목적사업준비금에서는 지출하지 못한다.

①「사립학교법」에 따른 사립학교에 시설비ㆍ교육비ㆍ장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금
②「사립학교법」에 따른 사립학교가 운영하는 병원에 시설비ㆍ교육비 또는 연구비로 지출하는 기부금

비영리법인이 지정기부금을 지출하고자 하는 경우에는 기부금손비계정에서 법인세법상의 한도금액 내에서 지출하는 방법과 고유목적사업준비금계정에서 지출하는 방법 중 어느 하나 이상을 선택하여 적용하는 것이다. 비영리법인이「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 의한 학교에 고유목적사업비로 지출하는 기부금 등이 지정기부금인데 이 지정기부금은 아래와 같다.

① 고유목적사업준비금의 사용하는 방법
② 손금인정한도 내에서의 기부금의 지출로 처리하는 방법

예를 들어 의료소득금액이 100원, 이자소득이 80원인 경우 지정기부금을 지출할 수 있는 한도금액은

① 100 × 50% + 80 = 130원을 고유목적사업준비금을 전입하여 지정기부금지출에 사용하고
② (소득금액 180 - 준비금손금액 130) × 10% = 5원을 지정기부금으로 지출하는 방법을 적용하면

① + ② = 135원을 지정기부금에 지출할 수 있다.

시설비ㆍ교육비ㆍ장학금 또는 연구비 등 법정기부금과 그 밖의 학교의 고유목적사업비인 지정기부금을 혼합하여 지출하는 경우 다음과 같이 상한액을 확장하는 것이 가능하다.

① 소득금액 × 50% = 법정기부금
② (소득금액 - 법정기부금) × 50% = 고유목적사업준비금(지정기부금지출원천)
③ (소득금액 - 법정기부금 - 고유목적사업준비금) × 10% = 지정기부금

예를 들어 의료소득금액이 100원, 이자소득이 80원인 경우 지정기부금을 지출할 수 있는 한도금액은

① (의료 100 + 이자 80) × 50% = 90원은 법정기부금으로 지출하고
② (의료 100 - 법정기부 50) × 준비금전입률 50% + (이자 80 - 법정기부 40) × 전입률 100% = 65원을 고유목적사업준비금으로 적립하여 지정기부금지출에 사용하고
③ (소득금액 180 - 법정기부금 90 - 준비금손금액 65) × 10% = 2.5원을 지정기부금으로 지출하는 방법을 적용하면

① + ② + ③ = 157.5원을 법정 및 지정기부금에 지출할 수 있다.

= (소득금액 - 법정기부금 - 특례기부금) × 50%

수익사업에서 발생한 소득에 일정률을 곱하여 산출한 금액을 고유목적사업준비금의 손금산입한도로 하는 바, 이 경우의 ‘수익사업에서 발생한 소득’이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과「법인세법」제24조 제2항의 규정에 의한 기부금 및「조세특례제한법」제73조 제1항을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서「법인세법」제29조 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및「법인세법」제13조 제1호의 규정에 의한 결손금과「법인세법」제24조 제2항의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다(「법인세법 시행령」제56조 ③).

소득금액 ＝ 고유목적사업준비금과 법정기부금 및「조세특례제한법」상 특례기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액

－)「소득세법」제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 이자소득금액

－)「소득세법」제17조 제1항 제1호ㆍ제2호ㆍ5호 및 제6호의 규정에 의한 배당소득금액

－) 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자소득

－) 결손금(5년 내 이월결손금)

－) 법정기부금

－)「조세특례제한법」제73조 제1항의 특례기부금

종전에는「법인세법」제29조 제1항 제4호 규정에 의한 고유목적사업준비금을 손금산입한 비영리내국법인이「조세특례제한법」제73조 제1항 각 호에 해당하는 특례기부금을 지출하는 경우 각각의 손금산입한도액은 각사업연도소득금액 계산순서에 따라서 하는 것이므로 고유목적사업준비금한도액을 먼저 계산하여 고유목적사업준비금을 손금산입한 후의 소득금액을 기준으로 특례기부금의 손금산입한도액을 계산하는 것이었으나(서면2팀-844, 2004.4.22.),「법인세법 시행령」제56조 제3항의 2006.2.9.자 개정으로 인하여 고유목적사업준비금 한도계산시에는「조세특례제한법」제73조 제1항 각호의 기부금을 공제한 후의 소득금액을 대상으로 한다.

한편 현행규정은 특례기부금 폐지로 인하여 수익사업준비금설정한도규정은 다음과 같이 개정된 상태이다.

“수익사업에서 발생한 소득”이란 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조 제2항에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액 및 법 제13조 제1호에 따른 결손금과 법 제24조 제2항에 따른 기부금을 뺀 금액을 말한다. (2010.12.30. 개정)

비영리법인이 지정기부금을 수익사업에서 고유목적사업준비금으로 지출하는 경우에는 기부금과 동 준비금을 상계처리한다.

고유목적사업준비금을 손금산입한 비영리내국법인이 동 준비금 잔액을 지정기부금으로 지출한 경우 고유목적사업에 지출한 것으로 보아 동 준비금과 상계하는 것이므로 같은 법 제24조 규정(기부금손금산입규정임)에 의한 지정기부금 시부인규정을 적용하지 않는다(서면2팀-706, 2004.4.6.).

수익사업을 영위하는 비영리법인이 지정기부금을 수익사업회계처리에서 지출처리한 경우에는 이를 고유목적사업준비금을 계상하여 지출한 것으로 보는 것이므로 동 지정기부금지출액과 고유목적사업준비금전입액을 합산한 금액이 당해 사업연도의 고유목적사업준비금 손금산입한도액을 초과하는 경우에는 그 초과액을 손금불산입하는 것이다(법인46012-718, 1997.3.10.).