대학병원이 제약회사와 개발된 신약의 효과와 효능을 입증하거나 시판중인 약품의 안정성 검증과 같은 임상시험용역을 제공하는 경우 부가가치세 과세 대상인지 여부에 대해서는 다음과 같이 두가지 문제를 우선 검토해 볼 필요가 있습니다.

첫째, 현행「부가가치세법 시행령」제35조 제2호 라목에서는 “학술연구용역ㆍ기술연구용역”에 대해서는 부가가치세가 면세되는 것으로 규정하고 있습니다.

「부가가치세법 시행령」제35조 “인적용역의 범위”에서 규정하고 있는 내용은 다음과 같습니다.

법 제12조 제1항 제14호에 규정하는 인적용역은 독립된 사업(여러 개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각 호에 규정하는 용역으로 한다.

2. 개인ㆍ법인 또는 법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음에 규정하는 인적용역

(라) 기획재정부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역

(마) 직업소개소 및 그 밖에 기획재정부령이 정하는 상담소등을 경영하는 자가 공급하는 용역

또한,「부가가치세법 시행규칙」제11조의 3 제3항에서는 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 부가치세가 면세되는 학술연구용역과 기술연구용역으로 규정하고 있습니다.

부가가치세법 시행규칙 제11조 의3 “인적용역의 범위”에서 규정하고 있는 내용은 다음과 같습니다.
　

• 영 제35조제2호 라목에서 "기획재정부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역"이라 함은 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다.

따라서, 대학병원이 제약회사와 개발된 신약의 효과와 효능을 입증하거나 시판중인 약품의 안정성 검증과 같은 임상시험용역이 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역인 학술연구용역과 기술연구용역일 경우에는 면세대상에 해당할 것이나, 단순히 개발된 신약의 효과와 효능에 대한 임상시험 용역이라면 면세대상 인적용역의 범위에 해당되지 않는 것입니다. 둘째,「부가가치세법 시행령」제29조 제1호에서는 의료법에 규정하는 의사ㆍ치과의사ㆍ한의사ㆍ조산사 또는 간호사(의료법에 따라 의료기관이 제공하는 것을 포함함)가 제공하는 용역은 면세대상으로 규정하고 있습니다. 부가가치세법 시행령 제29조 "의료보건용역의 범위"에서 규정하고 있는 내용은 다음과 같습니다.
　

• 법 제12조 제1항 제5호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각 호에 규정하는 것(의료법 또는 수의사법에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.
  
  1. 의료법에 따른 의사ㆍ치과의사ㆍ한의사ㆍ조산사 또는 간호사가 제공하는 용역. 다만, 국민건강보험법 제39조 제3항에 따라 요양급여의 대상에서 제외되는 다음 각 목의 진료용역은 제외한다.
  
  가. 쌍꺼풀수술 나. 코성형수술
  
  다. 유방확대ㆍ축소술
  
  라. 지방흡인술
  
  마. 주름살제거술

또한,「부가가치세법 시행령」제3조 제3호에서는 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다고 규정하고 있습니다.

부가가치세법 제3조 “부수재화 또는 용역의 범위”에서 규정하고 있는 내용은 다음과 같습니다.
　

• 법 제1조 제4항의 규정에 의하여 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 보는 재화 또는 용역은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
  
  1. 당해 대가가 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역
  
  2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 거래인 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역
  
  3. 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역
  
  4. 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산에 필수적으로 부수하여 생산되는 재화

결론은, 대학병원이 제공하는 임상시험용역이 의료법에 의한 의료기관이 제공하는 면세대상 의료보건용역에 해당하는지 여부, 그리고 면세대상 의료보건용역에 해당하지 않더라도 의료기관이 면세사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으로 제공하는 용역에 해당하는지 여부가 쟁점이 될 것으로 이에 대하여는 논란이 있을 수 있는 것이나,

당해 약의 효능에 대한 임상시험 연구용역이 여기에 해당하지 아니한 때에는 과세대상으로 보는 것이 타당한 것으로 보입니다.