합병이란 둘 이상의 회사가 법적으로 하나의 회사가 되는 것을 말한다. 법인세법은 합병의 성격을 자산의 양도로 보므로 피합병법인에는 양도손익에 대한 과세문제가, 피합병법인의 주주는 의제배당에 대한 과세문제가 발생하며, 합병법인에는 합병매수차익에 대한 과세문제가 발생한다.



기업의 구조조정을 지원하기 위하여 적격합병의 경우에는 합병시 과세문제가 발생하지 않도록 특례규정을 두고 있다.

 ※ 불공정합병의 경우에는 주가가 과대평가된 합병당사법인의 주주에게 증여세나 법인세가 과세되고, 주가가 과소평가된 법인의 법인주주에게는 부당행위계산의 부인규정이 적용될 수 있다.

피합병법인은 다음과 같이 계산한 양도손익을 합병등기일이 속하는 사업연도의 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 익금이나 손금에 산입한다(「법인세법」제44조①).
　

• 양도손익 ＝ 양도가액 － 순자산 장부가액

1) 양도가액

양도가액은 피합병법인이 합병법인에서 지급받은 합병대가와 합병법인이 대신 부담한 피합병법인의 법인세비용의 합계액을 말한다.
　

• 양도가액 ＝ 합병대가 ＋ 합병법인이 대신 부담한 법인세비용

합병대가란 피합병법인의 주주가 지급받는 합병법인 또는 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수를 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액(시가 평가)을 말한다. 다만, 합병포합주식(합병법인이 합병등기일 전 취득한 피합병법인의 주식을 말하며, 신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식을 포함한다)에 대해 합병대가를 지급하지 않은 경우에는 지분비율에 따라 합병포합주식에도 합병대가를 지급한 것으로 간주한다.
　

• 순자산 장부가액 ＝ 자산의 장부가액 － 부채의 장부가액 ＋ 법인세비용 환급액

피합병법인의 주주가 합병으로 받은 합병대가의 시가가 종전에 보유하던 주식의 장부가액을 초과하면 그 초과액을 의제배당으로 본다(「법인세법」제16조 ① 5호). 의제배당은 주주별로 각각 계산하며, 의제배당 계산시 합병법인이 대신 부담한 법인세비용은 고려하지 아니한다. 　

• 의제배당 ＝ 합병대가(시가) － 종전 주식의 장부가액

1) 자산의 취득가액

합병법인은 피합병법인의 자산을 합병등기일 현재 시가로 취득한 것으로 본다(「법인세법」제44조의 2 ①).

2) 합병매수차익

합병법인이 피합병법인의 순자산가액보다 양도가액을 적은 경우에 그 차액을 합병매수차익이라고 한다. 합병매수차익은 합병법인이 순자산을 저렴하게 구입해서 발생한 것이므로 과세소득에 포함한다. 다만, 합병매수차익을 일시에 과세하면 합병에 장애가 될 수 있으므로 합병매수차익을 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 익금에 산입하도록 배려하고 있다(「법인세법」제44조의 2 ②･③). 합병매수차익을 익금에 산입할 기간을 계산할 때 월수는 역에 따라 계산하되, 합병등기일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속한 달은 계산에서 제외한다(「법인세법 시행령」제80조의 3 ①).
　

• 해당 사업연도의 익금 ＝ 합병매수차익 × ( 해당 사업연도 중 익금에 산입할 월수 / 60개월 )
  　

3) 합병매수차손

합병법인이 양도받은 순자산 시가가 피합병법인에게 지급한 양도가액에 미달하는 경우에는 합병매수차손이 발생한다. 합병매수차손은 합병법인이 피합병법인의 상호･거래관계, 그 밖의 영업상의 비밀 등에 대하여 사업상 가치가 있다고 보아 대가를 지급한 경우에만 인정한다. 인정된 합병매수차손은 합병매수차익과 같은 방법으로 5년간 균등하게 나누어 손금에 산입한다(「법인세법」제44조의 2 ②･③).

<합병매수차익과 합병매수차손의 비교> 　
　

4) 피합병법인의 유보, 이월결손금, 세액감면과 세액공제이월액의 미승계

합병법인이 피합병법인의 퇴직급여충당금 또는 대손충당금을 승계한 경우에는 그와 관련된 세무조정사항을 승계하고, 그 밖의 세무조정사항은 모두 승계하지 아니한다. 그리고 합병법인은 피합병법인의 이월결손금, 세액감면 및 세액공제를 승계할 수 없다. 　
　

☑ 사례：비적격합병

㈜P(사업연도 1.1.~12.31.)는 2012.7.20.에 ㈜S를 합병하고 합병대가로 시가 5,000,000원(액면가액 1,000,000원)인 주식을 교부하였다. ㈜S의 주식은 전부 ㈜A가 보유하고 있으며, 합병 직전 주식의 장부가액은 2,000,000원이다. 다음 자료를 참고로 적격합병요건을 갖추지 못한 경우 합병으로 인한 ㈜S의 양도손익, ㈜A의 의제배당을 계산하고 ㈜P에 대한 세무조정을 하시오.

 

[해답]

1. ㈜S의 양도손익

　 양도가액 － 순자산 장부가액
＝ 5,000,000 － (6,000,000 － 3,000,000 ＋ 200,000)
＝ 1,800,000

2. ㈜A의 의제배당

　 합병대가(시가) － 종전 주식의 장부가액
＝ 5,000,000 － 2,000,000
＝ 3,000,000

3. ㈜S의 세무조정

(1) 합병매수차익

순자산 시가 － 양도가액
＝ 6,000,000 － 5,000,000
＝ 1,000,000

(2) 합병매수차익 중 2012년의 익금

합병매수차익 ×  해당 사업연도 중 익금에 산입할 월수 / 60개월
＝ 1,000,000 × ( 6개월 / 60개월 )
＝ 100,000

(3) 세무조정
 
세무상 익금 － 결산상 수익
＝ 100,000 － 1,000,000
＝ △900,000 (익금불산입, △유보)

1) 적격합병 요건

적격합병이 되려면 다음 세 가지 요건을 모두 갖추어야 한다. 다만, 부득이한 사유가 있는 경우에는 ‘⑵와 ⑶’의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 본다(「법인세법」제44조 ②).
　

※ 완전모법인이 자법인을 합병하거나 자법인이 완전모법인을 합병하는 경우에는 무조건 적격합병 요건을 구비한 것으로 본다(「법인세법」제44조 ③).

✽ 지배주주란 발행주식총수의 1% 이상의 주식을 소유한 주주로서 그와 특수관계에 있는 자와의 함께 소유하는 주식의 합계가 그 법인의 주주 중 가장 많은 주주를 말한다(「법인세법 시행령」제80조 ⑤,「법인세법 시행령」제43조 ③).

다만, 다음의 주주는 지배주주에 속하는 경우에도 주식배정요건과 주식보유 요건을 적용받지 않는다(「법인세법 시행령」제80조의 2 ④).① 친족 중 4촌 이상의 부계혈족과 그 부계혈족의 아내② 합병등기일 현재 피합병법인에 대한 지분비율이 1% 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자③ 기업인수목적회사와 합병하는 피합병법인의 지배주주인 자

✽ 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일 이전에 피합병법인으로부터 승계한 고정자산가액의 1/2 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 사업계속성 요건을 갖추지 못한 것으로 본다. 다만, 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 승계받아 자기주식을 소각하는 경우에는 해당 합병법인의 주식을 제외하고 피합병법인으로부터 승계받은 고정자산을 기준으로 사업을 계속하는지 여부를 판정하되, 승계받은 고정자산이 합병법인의 주식만 있는 경우에는 사업을 계속하는 것으로 본다(「법인세법 시행령」제80조의 2 ⑥). 　
　

① 합병포합주식에 대하여 합병대가를 지급하지 않더라도 지분율에 따라 다음과 같이 합병대가를 지급한 것으로 본다. 　
　

② 합병포합주식에 대하여 합병대가를 주식으로 지급하는 경우에도 위와 같이 금전 지급분인지 판단한다.
　

2) 양도손익 계산

적격합병요건을 갖춘 경우 피합병법인은 합병등기일 현재의 순자산 장부가액을 양도가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다(「법인세법」제44조 ②).
　

• 양도가액(순자산 장부가액) － 순자산 장부가액 ＝ 양도손익(0)
  　

2) 양도손익 계산

적격합병요건을 갖추고 양도손익을 없는 것으로 한 합병을 적격합병이라고 부른다. 양도손익을 없는 것으로 하려는 피합병법인은 법인세 신고시 합병법인과 함께 특례신청서를 관할세무서장에게 제출해야 한다(「법인세법 시행령」제80조 ③). 합병법인과 함께 특례신청을 하도록 한 것은 그 후 적격합병 이탈요건에 해당하면 합병법인으로부터 세금을 추징하기 때문이다.

※ 절세목적상 판단 : 적격합병요건을 갖춘 경우에 양도손익을 없는 것으로 하는 것은 납세자의 선택이므로 적격합병와 비적격합병 중 어떤 방법이 절세목적상 유리한지 검토해서 더 유리한 방법을 선택해야 한다.

1) 적격합병 요건

피합병법인의 적격합병요건은 앞에서 본 것과 같이 ① 사업목적합병, ② 지분연속성과 ③ 사업계속성의 세 가지였다. 그러나 피합병법인의 주주에 대한 의제배당 계산시 적격합병 요건은 ① 사업목적합병과 ② 지분연속성의 두 가지뿐이며, 지분연속성 요건에서 지배주주의 주식보유 요건도 없다.

<적격합병 요건> 　
　

피합병법인의 주주에게 사업계속성 요건을 요구하지 않는 것은 사업계속성은 합병법인이 결정할 사항이기 때문이고, 주식보유 요건을 요구하지 않는 것은 지배주주가 주식을 처분하면 합병시 과세되지 않았던 의제배당이 주식 양도소득으로 과세되기 때문이다(「법인세법 시행령」제14조① 1호).

2) 의제배당

적격합병 요건을 구비한 경우 피합병법인의 주주가 합병으로 받은 주식은 종전의 주식의 장부가액으로 평가한다. 이와 같이 평가하면 합병대가로 주식만 받은 경우 의제배당은 0(영)이 된다(「법인세법 시행령」제14조① 1호). 　
　

• 합병대가(종전 주식의 장부가액) － 종전 주식의 장부가액 ＝ 의제배당(0)　

그러나 합병대가로 주식과 기타재산을 함께 받은 경우에는 주식에서 의제배당이 발생되지 않도록 해도 기타재산이 있으므로 기타재산만큼의 의제배당이 발생한다. 이 경우 기타재산이 합병시 실현된 이익보다 크면 과도하게 과세되는 문제가 있으므로 적격합병의 경우에는 기타재산과 실현된 이익 중 작은 금액을 의제배당으로 보기 위하여 합병시 받은 주식을 다음과 같이 평가한다(「법인세법 시행령」제14조① 1호).
　

• 합병시 받은 주식의 평가 ＝ Min[종전 주식의 장부가액,　교부받은 주식의 시가]　

위의 규정을 고려하면 의제배당 계산식은 다음과 같이 된다.
　

• [Min(종전 주식의 장부가액, 교부받은 주식의 시가)＋기타재산의 시가]－종전 주식의 장부가액
          └ 주식평가액                                                                                └기타재산평가액

피합병법인은 적격합병 요건을 구비한 경우에도 양도손익에 대한 특례규정을 적용받으려면 반드시 특례신청을 해야 한다. 그러나 피합병법인의 주주가 적격합병 요건을 구비한 경우에는 신청에 관계없이 의제배당에 대한 특례규정을 적용한다. 　
　

1) 자산의 취득가액

적격합병의 경우 합병법인은 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 본다(「법인세법」제44조의 3①).

2) 자산조정계정

적격합병특례규정을 적용받는 경우 합병법인은 피합병법인의 자산과 부채를 장부가액으0로 양도받은 것으로 보나, 자산과 부채를 결산서상 시가로 회계처리하고 시가와 피합병법인의 장부가액과의 차액을 세무조정계산서에 자산조정계정으로 계상해야 한다(「법인세법 시행령」제80조의 4 ①). 이와 같이 자산조정계정을 계상하는 것은 적격합병특례규정을 적용받은 후 적격합병에서 이탈하는 경우 비적격합병으로 보아 세금을 추징하기 위한 것이다. 자산조정계정은 다음과 같이 계산한다.

                                                                                        ┌ (＋) 자산조정계정
양도받은 자산 시가 －피합병법인의 장부가액 ＝
                                                                                         └ (－) 자산조정계정

적격합병 특례신청을 한 경우에는 합병법인이 피합병법인의 모든 유보를 승계하므로 피합병법인의 유보는 합병법인의 것으로 보아야 한다. 따라서 피합병법인의 유보는 자산조정계정 계산시 고려할 필요가 없다. 　

자산조정계정은 다음과 같이 처리한다. 　

① 자산조정계정이 0보다 큰 경우：결산상 자산이 세무상 자산보다 자산조정계정만큼 과대계상되었으므로 그 자산을 상각･양도할 때 비용과대계상액을 손금불산입한다. 　
② 자산조정계정이 0보다 작은 경우：결산상 자산이 세무상 자산보다 자산조정계정만큼 과소계상되었으므로 그 자산을 상각･양도할 때 비용과소계상액을 손금산입한다. 　

그러나 자기주식소각손익은 익금이나 손금이 아니므로 자기주식을 소각하는 경우에는 자기주식에 대한 자산조정계정은 세무조정 없이 소멸시킨다. 　
　

☑ 사례：자산조정계정

적격합병시 합병법인이 합병시 자산(시가 130)과 부채(시가 50)를 승계하고 합병대가로 주식(액면가액 10, 시가 80)을 주고 다음과 같이 회계처리한 경우 합병법인의 세무조정을 하시오.

 

[해답]

 

3) 적격합병시 피합병법인의 유보, 이월결손금, 세액감면과 세액공제이월액의 승계

적격합병의 경우 합병법인은 피합병법인의 모든 유보와 세무상 이월결손금을 승계하며, 합병법인이 합병 전에 적용하던 세액감면 또는 세액공제를 승계하여 공제할 수 있다. 적용하는 세액감면 또는 세액공제에 대한 요건이 있는 경우에는 합병법인이 그 요건을 갖춘 경우에만 이를 적용한다(「법인세법 시행령」제80조의 4 ②).

4) 이월결손금의 공제 제한

다른 내국법인을 적격합병한 법인은 합병법인의 이월결손금과 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금을 공제받는 기간 동안 자산, 부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업(기타사업)에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록(구분경리)해야 한다(법법 113) 합병 후 이월결손금은 다음과 같이 공제한다.

① 합병법인의 이월결손금 : 합병법인의 합병등기일 현재 이월결손금은 기타사업의 소득금액의 범위에서 공제하므로 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액에서는 공제하지 아니한다(「법인세법」제45조 ①).

② 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금 : 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금은 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 공제한다(「법인세법」제45조 ②).

5) 합병 전 보유하던 자산의 처분손실의 공제 제한

적격합병을 한 합병법인은 합병법인과 피합병법인이 합병 전 보유하던 자산을 합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도까지 처분함으로써 발생한 처분손실은 각각 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 소득금액(해당 처분손실을 공제하기 전의 소득금액을 말한다)의 범위에서 손금에 산입한다. 이 경우 손금에 산입하지 아니한 처분손실은 자산 처분시 각각 합병 전 해당 법인의 사업에서 발생한 결손금으로 본다(「법인세법」제45조 ③).

이와 같이 적격합병의 경우에는 자산처분손실을 발생한 사업을 구분하여 손금에 산입하므로 합병법인은 합병 후 5년간 승계받은 사업과 기타사업을 구분하여 회계처리(구분경리)해야 한다.

6) 합병차익의 자본전입시 의제배당

2010.7.1. 이후에 합병차익을 2012.1.1. 이후 자본에 전입하는 경우에는 다음과 같이 의제배당을 판단한다.
　

적격합병요건을 구비하고 양도손익을 없는 것으로 한 경우에는 합병차익의 구성요소를 위의 순서에 따라 구분하여, ‘ ①, ④’ 및 ‘⑤’의 자본전입액을 의제배당으로 본다. 합병차익의 일부를 자본전입한 경우에도 위의 순서에 따라 자본전입한 것으로 본다.
　

☑ 사례：비적격합병과 적격합병합병

㈜P(사업연도 1.1.~12.31.)는 2012.1.20. ㈜S를 합병하고 합병대가로 시가 5,000,000원(액면가액 1,000,000원)인 주식을 교부하였다. ㈜S의 주식은 전부 ㈜A가 보유하고 있으며, 합병 직전 주식의 장부가액은 2,000,000원이다. 비적격합병과 적격합병으로 구분하여 요구사항에 답하시오.

  

[요구사항]

(1) ㈜S의 양도손익
(2) ㈜A의 의제배당
(3) ㈜P의 합병시 2012년 세무조정. ㈜P는 건물의 세법상 내용연수(10년)를 적용하여 감가상각비 900,000원을 계상함.
(4) 합병 후 ㈜P가 주식발행초과금과 수익을 전부 자본전입한 경우 주주의 의제배당

[해답]



✽1)합병매수차익 1,000,000원을 5년간 균등분할하여 익금에 산입하므로 당기 익금 200,000원을 제외한 800,000원을 익금불산입한다.
✽2)적격합병의 경우에는 자산을 장부가액으로 승계받은 것으로 보므로 건물 6,000,000원, 부채 3,000,000원, 자본금 1,000,000원, 주식발행초과금 2,000,000원이 되어야 한다. 이를 결산서와 비교하면 건물은 3,000,000원, 주식발행초과금 2,000,000원, 수익 1,000,000원이 과대계상되었으므로 건물 3,000,000원을 손금산입하고 주식발행초과금 2,000,000원을 익금산입한다. 건물에 대한 자산조정계정 중 감가상각비 해당분 300,000원을 손금불산입한다.

1) 적격합병 이탈요건

합병법인이 피합병법인으로부터 자산을 장부가액으로 양도받은 후 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일로부터 2년 이내에 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 적격합병에서 이탈된 것으로 본다. 다만, 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니한다(「법인세법」제44조의 2③).

① 피합병법인의 지배주주가 합병법인으로부터 받은 주식을 처분하는 경우

② 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

2) 적격합병에서 이탈될 경우의 처리

적격합병에서 이탈될 경우 피합병법인과 합병법인이 당초 적격합병으로 처리함으로써 혜택을 받은 것을 취소하고 세액을 추징하는데, 그 구체적인 내용은 다음과 같다.

(1) 자산조정계정의 익금산입

합병법인은 적격합병에서 이탈된 사업연도에 자산조정계정 총합계액(0보다 큰 경우에 한한다)을 익금에 산입한다. 그러나 자산조정계정 총합계액이 0보다 작은 경우에는 그 금액을 손금으로 인정하지 않는다.

(2) 합병매수차익과 합병매수차손의 처리

합병법인이 익금산입한 자산조정계정은 피합병법인의 양도손익과 합병매수차익의 합계액이므로 적격합병에서 이탈된 사업연도에 합병매수차익을 익금불산입한 후 다음과 같이 합병등기일로부터 5년간 익금산입한다. 　
　

✽ 월수는 역에 따라 계산하되, 합병등기일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고 합병등기일부터 5년이 되는 날이 속한 달은 계산에서 제외한다(「법인세법 시행령」제80조의 4 ⑤).

합병매수차손은 적격합병에서 이탈된 사업연도에 익금에 산입하되, 자산성이 있는 경우에 한정하여 위와 같이 합병등기일로부터 5년간 손금에 산입한다. 　
　

☑ 사례：적격합병에서 이탈된 경우 자산조정계정의 처리

2012.1.1.에 합병법인이 합병대가로 주식 시가 250(액면가액 40)을 주고 적격합병으로 처리한 후 2013.4.1.에 적격합병에서 이탈된 경우의 세무조정(사업연도 1.1.~12.31.).



[해답]



적격합병에서 이탈시 자산조정계정을 익금산입하고, 합병매수차익을 익금불산입하는 이유

적격합병에서 이탈된 사업연도에 자산조정계정 200을 익금에 산입하면 합병등기일부터 5년간 과세해야 할 합병매수차익 50이 일시에 과세되는 문제가 발생하다. 이에 따라 합병매수차익 50을 익금불산입한 후 합병등기일부터 5년간 익금산입하는 것이다.

(3) 승계하여 공제받은 이월결손금의 익금산입

합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금 중 공제한 금액을 적격합병에서 이탈된 사업연도에 익금산입한다.

(4) 승계한 세무조정사항

합병법인의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 승계한 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액을 뺀다.

(5) 승계하여 공제한 세액감면과 세액공제의 추징

합병법인이 피합병법인으로부터 승계하여 공제한 세액감면과 세액공제액을 적격합병에서 이탈된 사업연도에 법인세에 더하여 납부하고, 그 후의 사업연도부터는 세액감면과 세액공제를 적용하지 아니한다(「법인세법 시행령」제80조의 4 ⑥). 　
　

☑ 사례：적격합병에서의 이탈

2012.1.5.에 합병법인은 피합병법인으로부터 자산(장부가액 100, 시가 130)과 부채(장부가액과 시가 모두 50)를 승계하고 그 대가로 주식(액면가액 10, 시가 70)을 주고 다음과 같이 회계처리하였다.



피합병법인은 적격합병 특례신청을 하여 양도손익을 없는 것으로 하였다. 합병법인은 2012년에 건물을 10년의 내용연수를 적용하여 13을 감가상각하였다. 2013년에 지배주주가 보유주식의 1/2 이상을 처분하여 적격합병 이탈요건에 해당하게 되었다. 이 자료로 합병법인의 2012년과 2013년의 세무조정을 하시오.

[해답]

1. 2012년의 세무조정



＜조정근거＞ 피합병법인이 적격합병 특례신청을 하여 양도손익을 0(영)으로 하였으므로 건물은 세무상 장부가액인 100에 취득한 것으로 본다. 따라서 건물과대계상액 30을 손금산입하고, 주식발행초과금 20을 익금산입하고, 감가상각비 과대계상액 3을 손금불산입한다.

2. 2013년의 세무조정