1)‘고유업무’의 정의규정

위 각 법규에서 인용하는 용어규정을 보면,「지방세특례제한법」제2조 【정의】 제1항에 따라

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “고유업무”란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다.
2. “수익사업”이란「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다. 다만,「고등교육법」제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업과「사회복지사업법」에 따라 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다.
　

• 수익사업의 해석사례

2) “해당 사업”의 범위에 대한 적용예

「지방세특례제한법」제2조 【정의】규정’ 등에서는 “해당 사업”에 대하여 정한 바가 없다. 즉, ‘해당 사업에 사용하기 위하여’라고 정하는 경우의 해당사업에 대하여는 정의규정이 따로 정한 바가 없다. 따라서 아래의 해석사례를 인용하고자 한다.

(1)「지방세특례제한법」제41조 【학교 및 외국교육기관에 대한 면제】 규정의 적용 예

「지방세특례제한법」제41조 제1항에서는「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교…가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다고 하였는 바, 이에 대한 해석사례를 보면, 다음과 같다.
　

• 해석사례

(2)「지방세특례제한법 기본통칙」50-3 【제사에 직접 사용하는 부동산】의 예

「지방세특례제한법」제50조 제2항의「제사에 직접 사용하는 부동산」이라 함은 제사에 사용하는 제실 등의 시설이 위치한 부지로서 현실적으로 제사에 직접 사용되고 있는 부동산을 말하며 분묘토지 및 금양림이나 위토로 사용하는 사유만으로는 제사에 직접 사용하는 부동산이라고 볼 수 없다.

(3) 해당 사업의 일반적 해석

이 해석사례들을 모아보면, 해당 사업에 대하여 감면 또는 면제를 하는 대상의 경우에는 각 고유업무 즉, 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무가 모두 감면대상이 되는 것이 아니고 그 고유업무 중 특정한 해당사업만이 감면대상이 되는 것으로 해석하는 것이 타당하다.

1) 일반적인 경우의 사후관리규정

부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 ① 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 ② 사용일부터 2년 이상 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세를 추징한다(2010.12.27. 개정).

2) 사후관리에 대한 특별규정의 예시

다음의 예시 등의 경우에는 위 ‘1) 일반적인 경우의 사후관리규정’이 적용되지 아니하고 각각의 특별규정에 따른다.

(1) 사회복지법인 등에 대한 면제의 사후관리규정

「사회복지사업법」에 따라 설립된 사회복지법인과 양로원, 보육원, 모자원, 한센병자 치료보호시설 등 사회복지사업을 목적으로 하는 단체 및 한국한센복지협회가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, ① 수익사업에 사용하는 경우와 ② 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 ③ 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다(「지방세특례제한법」제22조).

(2) 학교 및 외국교육기관에 대한 면제의 사후관리규정

「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교,「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」또는「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, ① 수익사업에 사용하는 경우와 ② 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 ③ 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다(「지방세특례제한법」제41조).

(3) 기숙사 등에 대한 감면에 대한 사후관리규정(「지방세특례제한법」제42조)

①「고등교육법」제2조 제1호부터 제5호까지의 학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및「지방세법」제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를, 해당 학교에 대하여는 주민세 재산분을 각각 2012.12.31.까지 면제한다. 다만, ① 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 ② 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다.

②「교육기본법」제11조에 따른 학교를 설치ㆍ경영하는 자가 학생들의 실험ㆍ실습용으로 사용하기 위하여 취득하는 차량ㆍ기계장비ㆍ항공기ㆍ입목(立木) 및 선박에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 학생들의 실험ㆍ실습용으로 사용하는 항공기와 선박에 대하여는 재산세를 각각 2012.12.31.까지 면제한다. 다만, 과세대상물건의 ① 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 학교의 실험ㆍ실습용으로 직접 사용하지 아니하는 경우와 ② 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다(2010.12.27. 단서개정).

(4) 종교 및 제사 단체에 대한 면제의 사후관리

종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, ① 수익사업에 사용하는 경우와 ② 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 ③ 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다(지특법 50).

위의 규정에 의하여 감면한 물건에 대하여 각각의 추징사유가 발생하는 경우 감면한 취득세를 납부하는 문제가 발생하는 바, 그 추징사유의 발생일을 취득일로 간주하여 60일이 되는 날 이내에 자진하여 신고하고 납부하여야 한다.

1) 비과세ㆍ과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 추징대상이 되는 경우

지방세법 또는 다른 법령에 따라 취득세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 해당 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징 대상이 되었을 때에는 그 사유 발생일부터 60일 이내에 해당 과세표준에「지방세법」제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다(지법 20). 따라서 위의 취득세 감면대상인 자산을 취득한 후 취득일부터 1년(사회복지법인등의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 각각 다음의 일을 추징사유발생일로 한다.

㈎ 1년(또는 3년) 내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우-그 1년(또는 3년)이 되는 날을 추징사유발생일로 한다.

㈏ 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각ㆍ증여하는 경우-그 매각ㆍ증여일을 추징사유발생일로 한다.

㈐ 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우-전용일을 추징사유발생일로 한다.

㈑ 처음부터 수익사업에 사용하는 경우

처음부터 수익사업에 사용하는 경우에 취득세 비과세규정을 적용하지 아니하는 것이므로 이 경우에는 별도의 추징사유발생일을 가릴 필요가 없는 것이고 그 처음의 취득시 비과세로 판단하여 신고 또는 납부 등을 처리한 경우라면 이는 비과세대상이 아닌 것에 대하여 신고 또는 납부를 잘못한 것이 된다.

고유목적인 사업에 사용하던 중 수익사업에 전용함에 의하여 추징사유가 발생하는 경우에는 위 ‘㈐’의 설명에 의하여 “사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우-전용일을 추징사유발생일로 한다”의 규정이 적용된다.

2) 별장ㆍ골프장ㆍ고급주택 또는 고급오락장이 되는 경우의 추징사유발생일

토지나 건축물을 취득한 후 당해 토지나 건축물이 별장ㆍ골프장ㆍ고급주택 또는 고급오락장이 되는 경우에는 그 별장 등이 된 날을 추징사유발생일로 한다(「지방세법」제20조 ②).

위의 규정들에 의하여 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 그 용도에 직접 사용하고 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용한 요건을 모두 충족한 경우라도 취득 후 5년 이내에 별장 등이 되는 경우에는 추징대상이 되는 것이다.

물론 처음의 취득시부터 별장 등이 된 경우에는 당연히 비과세의 대상이 아니고 후술하는 바 중과세율의 적용대상이 되는 것이다.

3) 농어촌특별세의 처리

취득세의 감면분에 대하여「농어촌특별세법」의 정함에 의하여 농어촌특별세를 납부한 건의 경우 취득세의 추징사유가 발생하게 되면 당해 감면분에 대한 농어촌특별세납부액은 환급의 대상이 되고 추징하는 분에 대한 부가세로서의 농어촌특별세를 추가로 납부하여야 한다.

가 납세의무자(「농어촌특별세법」제3조)

다음 각 호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

① 취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자
②「지방세법」에 의한 취득세의 납세의무자

나 세율

①「지방세법」에 의하여 감면을 받는 취득세 또는 등록세의 감면세액-100분의 20
②「지방세법」에 의하여 납부하여야 할 취득세액-100분의 10

다 농어촌특별세의 비과세

「지방세법」의 규정에 의한 취득세 및 등록세의 감면분에 대한 농어촌특별세액은 비과세의 대상으로 정한 것이 없다.

라 감면분 농어촌특별세의 환급과 추징분 농어촌특별세의 납부

농어촌특별세는 당해 본세를 신고ㆍ납부하는 때에 그에 대한 농어촌특별세도 함께 신고ㆍ납부하여야 하며, 신고ㆍ납부할 본세가 없는 경우에는 당해 본세의 신고ㆍ납부의 예에 따라 신고ㆍ납부하여야 한다(「농어촌특별세법」제7조).

농어촌특별세의 과오납금 등(감면을 받은 세액을 추징함에 따라 발생하는 환급금을 포함한다)에 대한 환급은 본세의 환급의 예에 의한다(「농어촌특별세법」제12조).

따라서 감면분 농어촌특별세를 환급받고 추징분 농어촌특별세를 납부하는 경우에는 지방세의 환부 및 납부의 충당규정을 적용하여야 한다.

과오납된 지방자치단체의 징수금과 제46조의 환부이자는 다른 미납의 지방자치단체의 징수금에 충당하고 그 잔여금은 납세의무자 또는 특별징수의무자에게 지체없이 환부하여야 한다고 되어 있으므로(「지방세법」제45조), 농어촌특별세의 환급대상금액을 납부할 금액에 충당하고 잔여액에 대하여는 환급 또는 납부를 하여야 한다.