법인이 직원 채용과 관련하여 회사가 지정한 개인병원에서 지원자들의 건강검진을 실시하고 비용을 지급하려고 하는데 있어서, 개인사업자로부터 의료용역을 제공받았기 때문에 사업소득으로 원천징수를 해야 하는지, 병원으로부터 계산서를 발급받은 경우에는 원천징수를 하지 않아도 되는지 여부가 애매해 할 수 있습니다.

위의 예규는, 원천징수대상 사업소득의 범위에는 의료법에 규정하는 의사ㆍ치과의사ㆍ한의사ㆍ조산사 또는 간호사가 제공하는 의료보건용역에 해당되어, 개인병원에서 건강검진 용역을 제공받았다면 그 대가 지급시 사업소득으로 원천징수를 해야 하며, 이때 병원에서 이미 계산서를 발급한 경우에도 원천징수의무는 유지되는 것이라는 국세청 예규입니다.

따라서, 의료기관이 법인인 경우, 법인은 사업소득세 납부의무가 없어 원천징수 없이 해당 의료법인으로부터 계산서를 발급받으면 되는 것이나, 개인병원의 경우는 원천징수영수증을 교부받은 경우에는 계산서를 교부한 것으로 인정되기 때문에 직원 채용과 관련하여 개인병원에게 건강검진비를 지급하는 경우에는 계산서를 발급 받는 것이 아니라 사업소득으로 원천징수를 해야 하는 것입니다.

한편, 법인이 개인병원에 종업원들의 건강검진을 시행하고 병원에 비용지급시 사업소득에 대한 원천징수를 하고 원천징수영수증 교부분에 대하여 매입처별계산서합계표를 작성하여 제출하여야 하는지 여부도 애매해 할 수 있습니다.

원천징수영수증을 교부받은 경우 계산서합계표 제출대상인지 여부에 대한 국세청 유권해석은 다음과 같습니다.

법인이「소득세법」제144조제1항에 의하여 원천징수영수증을 교부한 경우에는「소득세법 시행령」제211조 제5항에 따라 계산서를 교부받은 것으로 보는 것이므로 매입처별계산서합계표에는 이를 포함하여 작성하여야 하는 것임.(법인세과-57, 2010.1.15.) 따라서, 개인병원의 경우는 원천징수영수증을 교부받은 경우에는 계산서를 교부한 것으로 인정되기 때문에 매출ㆍ매입처별계산서합계표에는 소득세법 시행령 제211조 제5항의 규정에 의하여 계산서를 교부한 것으로 보는 것을 포함하여 제출해야 하는 것입니다.