법인이 근속년수 1년 이상의 직원에게 격년으로 종합건강검진을 시행하고 있는데 있어서 종합건강검진은 희망하는 임직원(가족포함)에 대해서만 시행하고 있으며, 법인이 특정 의료기관과의 계약을 통해 검진항목 및 금액을 사전에 미리 협의하여 임직원이 의료기관에 방문하여 검진을 받을 수 있도록 하고, 검진 완료시 회사는 대금을 지급하고 이를 급여로 보아 원천징수 하고 있을 것입니다.

이 경우 법인이 의료기관에 종합검진비용을 지급시 정규지출증빙이 아닌 대금지급영수증을 수취해도 되는지 여부가 애매해 할 수 있습니다.

법인과 개인 사업자는 다른 사업자로부터 사업과 관련해 재화나 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 때에 지출증명서류의 수취 및 보관 규정에 의하여 거래 건당 3만원을 초과하는 때에는 그 지출증명서류로 세금계산서나 계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증을 수취하도록 하고 있습니다.

위의 예규는, 법인의 임직원이 거래의 주체로서 지급하여야 할 종합건강검진비를 법인이 대신 지급하고 이를 급여로 보아 원천징수를 하는 경우 법인이 직접 사업자와 사업상의 거래를 한 것이 아니므로 정규지출증빙 수취대상에 해당하지 않는다는 국세청 예규입니다.

따라서, 법인이 대신 부담한 종합건강검진비를 임직원에게 근로소득으로 과세하였다는 입증을 할 수 있다면 정규지출증빙을 수취하지 아니한 경우에도 의료기관에 건강검진비를 지급한 대금지급 영수증을 수취할 수 있는 것입니다.

한편, 종합건강검진이 근로자산업안전보건법 등 법령에 의한 것이 아니고 그 이외의 경우로복리후생차원에서 자체적으로 실시한 것이며 근로자가 부담해야 할 건강검진비용을 사업주가 부담하는 경우에는 비과세 근로소득에 해당하지 않으므로, 과세대상 근로소득에 해당하는 것입니다.