특수관계 있는 법인간의 합병(분할합병을 포함)에 있어서 주식(출자지분 포함)을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우로서 법인주주가 특수관계인인 다른 주주에게 이익을 분여한 경우 부당행위계산부인이 적용된다. 다만,「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제165조의 4에 따라 합병(분할합병을 포함)하는 경우는 제외한다(「법인세법 시행령」제88조 ① 8호 가목). 이 규정은「상속세 및 증여세법 시행령」제28조 제3항부터 제6항까지의 규정을 준용하되, 약간의 차이가 있다. 법인세법상 부당행위계산부인 규정의 적용요건은 다음과 같다.

① 특수관계있는 법인간의 합병이어야 한다.

이 경우 특수관계는「법인세법 시행령」제87조 제1항의 특수관계인의 범위와 동일하고 특수관계에 있는 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다(「법인세법 시행령」제88조 ② 후단).
 

② 불공정한 비율에 의한 합병이어야 한다.



A. 합병 후 신설ㆍ존속하는 법인의 1주당 평가가액
B.주가가 과대평가된 합병당사 법인의 1주당 평가가액 x ( 주가가 과대평가된 합병당사 법인의 합병 전 주식수 / 주가가 과대평가된 합병당사법인의 합병 후 주식수 )주
주：이 비율이 합병비율이다.

합병 후 신설 또는 존속하는 법인이 주권상장법인인 경우에는 아래 ‘㉮’와 ‘㉯’ 중 적은 금액으로 하고 그 이외 법인(비상장법인)의 경우에는 아래 ‘㉯’의 금액으로 한다(「상속세 및 증여세법 시행령」제28조 ⑤).

㉮「상속세 및 증여세법」제63조 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정에 의하여 평가한 가액(합병등기 후 2월간의 주가의 종가평균액)

㉯ 다음의 단순평균액

위 산식에서 주가가 과대 또는 과소평가된 합병당사법인의 합병 전 1주당 평가가액은 평가기준일 현재의 상속세및증여세법 제63조의 규정에 의하여 평가한 다음의 가액을 말한다(「상속세 및 증여세법 시행령」제28조 ⑥).

㉮ 주권상장법인：「상속세 및 증여세법」제60조 및 제63조 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정에 의하여 평가한 가액(평가기준일 전 2월간의 주가의 종가평균)

㉯ 비상장법인：「상속세 및 증여세법」제63조 제1항 다목의 규정에 의한 1주당 자산가치와 1주당 수익가치를 가중평균한 다음의 금액

 

＊( )는 부동산 또는 부동산에 관한 권리의 가액이 총자산가액의 50%를 초과하는 부동산과다법인의 경우이다. 이 경우 주권상장법인은 ‘㉯’의 금액으로 계산한 1주당 평가차액(A－B)이 ‘㉮’의 금액으로 계산한 평가차액보다 적게 되는 때에는 ‘㉯’의 금액에 의하여 평가할 수 있다.여기서 합병 직전의 주식가액의 평가기준일은 주권상장법인의 경우에는 아래 ‘㉠’과 ‘㉡’ 중 빠른 날로 하고, 비상장법인의 경우에는 아래 ‘㉠’의 날로 한다(「상속세 및 증여세법 시행령」28조 ⑤ 2호 후단).

㉠「상법」제522조의 2의 규정에 의한 재무상태표 공시일(합병재무상태표 공시일)

㉡「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제119조 및「자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령」제129조에 따라 합병의 증권신고서를 제출한 날

＊「법인세법 시행령」제88조 제1항 제8호 가목 규정을 적용함에 있어 합병당사법인의 합병직전 주식가액을「상속세 및 증여세법 」제63조 규정을 준용하여 평가하는 경우 당해 주식에 대하여는「상속세 및 증여세법 」제63조 제3항의 할증평가 규정을 적용하지 않는다(법인세과－2910, 2008.10.16.).

③ 합병당사법인의 주주 사이에 특수관계가 있어야 한다.

합병당사법인간에 특수관계가 있는 경우 당해 법인의 주주 사이에는 특수관계가 있어야 한다. 이 경우 특수관계는 합병등기일 현재「법인세법 시행령」제87조의 규정에 의하여 판정한다. 따라서 합병당사법인간의 특수관계 여부를 판정하는 시기와는 다르다.

그러나 지배회사가 종속회사의 주식을 100% 소유하고 있는 상태에서 지배회사가 종속회사를 흡수합병하면서 합병 전에 취득한 종속회사의 주식에 대하여 합병대가로 주식 등을 교부하지 않는 경우「법인세법」제52조「법인세법 시행령」제88조 제1항 제8호 가목에서 규정하는 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 해당하지 않는다(법인46012-32, 2002.2.22., 법인세과-2067, 2008.8.20.).

위 ‘1)’의 부당행위계산의 부인규정에 해당되면 흡수합병이든 신설합병이든 관계없이 주가가 과소평가된 법인의 법인주주가 주가가 과대평가된 법인의 특수관계 있는 개인ㆍ법인주주에게 이익을 분여한 것으로 본다. 특수관계있는 각 주주에게 분여한 이익의 계산은 다음 산식에 의하며, 각 주주별 이익분여액을 모두 합한 금액이 당해 법인의 부당행위계산부인액이 된다.

 

① 이익을 분여한 법인

이익을 분여한 법인주주에 대하여는 분여한 이익을 부당행위계산의 부인으로 보아 합병등기일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하고 기타사외유출로 소득처분한다(「법인세법 시행령」제11조 9호ㆍ106 ① 3호). 이 경우 이익을 분여받는 개인주주에 대하여는 증여세가 과세되므로 소득세와의 이중과세문제를 조정하기 위하여 역시 기타사외유출로 소득처분한다(「법인세법 시행령」제106조).

② 이익을 분여받은 주주

합병의 경우 이익을 분여받은 법인에게 과세소득으로 계산되는 금액은 ‘합병시 의제배당’과 ‘불공정합병에 따른 이익’의 두 가지가 있다. 1건의 거래를 대상으로 두 가지의 과세소득을 계산하므로 경우에 따라서는 동일금액이 양쪽으로 중복해서 계산될 수도 있다.

분여받은 이익이 ‘합병시 의제배당’과 ‘불공정합병에 따른 이익’으로 중복하여 계산되는 경우에는 다음과 같이 처리한다.

㉮ 시가로 교부주식을 평가하는 경우：‘불공정합병에 따른 이익’을 먼저 계산하고, ‘합병시 의제배당’을 계산함에 있어 이를 제외한다(「법인세법 시행령」제14조 ① 1호 라목).

㉯ 액면가액으로 교부주식을 평가하는 경우：‘합병시 의제배당’을 먼저 계산하고, ‘불공정합병에 따른 이익’을 계산함에 있어 이를 제외한다(상증통 38－28…2).

＊법인세법은 ‘㉯’의 경우에 대해서 규정을 두고 있지 아니하므로 상속세및증여세법의 규정을 준용한다.

㉮ 법인주주이익을 분여받은 법인주주에 대하여는 분여받은 이익을 익금산입하고 유보로 처분한다. 유보로 처분하는 이유는 주식의 취득가액을 증가시키기 때문이다. 즉 이익을 분여받은 자가 피합병법인의 법인주주인 경우 합병신주의 취득가액은 종전 장부가액에서 분여받은 이익만큼 증액시킨 가액이 되며(「법인세법 시행령」제72조 ② 5호), 이익을 분여받은 자가 합병법인의 법인주주인 경우에는 보유주식의 취득가액을 그만큼 증액시킨다(「법인세법 시행령」제72조 ⑤ 3호).

㉯ 개인주주이익을 분여받은 개인주주는 합병시의 의제배당을 먼저 계산하고 대주주인 경우 증여의제에 해당하는 합병을 통한 분여이익을 계산함에 있어서 의제배당액을 제외하고 계산한다.‘대주주’란 당해 주주 등의 지분 및 그의 특수관계인의 지분을 포함하여 해당 법인의 발행주식총수 등의 1% 이상을 소유하고 있거나 소유주식 등의 액면가액이 3억원 이상인 주주 등을 말한다(「상속세 및 증여세법 시행령」제28조 ②).

⑴ 불공정합병거래에 대한 과세개요 

합병법인의 주주와 주가가 과대평가된 합병당사법인의 주주에게 과세되는 내용을 요약하면 다음과 같다.
 

주：증여규정은 주가가 과대평가된 합병당사법인의 대주주에게만 적용되는데, 이 경우 그 대주주가 합병법인의 주주와 특수관계가 없다 하더라도 증여규정이 적용된다는 것이다.

⑵ 불공정한 비율에 의한 합병 여부 판정
  


⑶ (주)A의 주주에 대한 과세문제  



⑷ (주)B의 주주에 대한 과세문제