1) 임대용역대가로 무상이전되는 건축물에 대한 세무처리

▪ 타인의 토지 위에 임차인이 건물을 신축하여 자기의 명의로 등기하여 토지를 무상 또는 저리로 사용하던 중에 임대차계약 종료시 토지를 명도하면서 해당 건물을 무상양도(국세청은 철거 및 원상회복하여 주기로 한 경우에도 선수임대료로 보고 있음)계약에 따라 당해 건물의 소유권을 임대인에게 이전하는 경우 그 건물에 대한 소유권을 이전하는 때에 재화의 공급으로 부가가치세가 과세된다.

- 이 경우 임대인은 토지의 임대에 따른 대가를 금전 외의 것으로 받은 것으로서「부가가치세법 시행령」제49조의 2 제4항에 따라 과세표준을 계산하여 부가가치세 신고납부의무를 진다(부가가치세과-308, 2011.3.28., 서면3팀-1504, 2005.9.12., 서면3팀-2235, 2004.11.3.).

2) 임대차기간 중 임대인의 변경이 있는 경우

▪ 토지소유자가 자기의 토지위에 다른 사업자로 하여금 건물을 신축하여 일정기간 무상 또는 저리로 사용하게 하고 그 대가로 사용기간 만료 후(만료 전 포함) 건물의 소유권을 취득하는 것은 토지의 임대에 해당하여「부가가치세법」제7조 제1항에 따라 부가가치세가 과세되는 것이며, 당해 토지소유자가 임대토지를 제3자(양수자)에게 양도하고 양수자가 종전의 임대차계약관계를 포괄적으로 승계한 경우 양도일 후에는 임대기간 미경과분에 대한 건축물의 시가상당액이 양수자에게 잔존기간 동안 귀속되는 것이므로 양수인이 잔여 선수임대료에 대한 부가가치세 납세의무를 지며, 양수자가 종전의 임대차계약을 승계하지 아니하고 새로운 임대차계약을 체결하는 경우에는 새로운 임대차계약내용에 따라 양수인과 종전 임차인이 부가가치세 및 소득세 납세의무를 진다(과세기준자문, 2007.7.27.).

3) 수 십년 후 신축건물을 이전받는 경우 세무처리

(1) 국세청의 해석

▪ 토지소유자가 자기의 토지 위에 다른 사업자로 하여금 건물을 신축하여 일정기간 무상 또는 저리로 사용하게 하고 그 대가로 사용기간 만료 전 또는 만료 후 건물의 소유권을 취득하는 것은 토지의 임대에 해당하며 부가가치세가 과세되어야 하고, 이 때 부가가치세 과세표준은「부가가치세법 시행령」제49조의2 제4항에 따라 건물의 가액을 사업기간의 월수로 안분하여 산출된 각 과세기간의 합계액으로 하여야 하므로 임차인이 부담한 건축원가상당액을 그 소유권 이전시, 임대기간의 장단기 여부에 불구하고 위와 같은 방법으로 계산하여 임대인은 부가가치세를 신고･납부하여야 하고 종합소득세 또는 법인세 과세표준계산시 임대료로 총수입금액산입 또는 익금 가산하여 신고･납부하여야 한다(부가46015-716, 2001.5.18. 외 다수 같은 뜻임).

(2) 대법원의 판결

▪ 토지소유주가 자신의 토지상에 사업시행자(임차인)로 하여금 건물을 신축하여 수 십년간(12년∼40년) 사용하게 하고 사업기간(임대차기간) 만료시 그 소유권을 이전받기로 하는 경우 장차 사업기간(임대차기간) 만료된 때라야 비로소 토지소유주가 건축물을 취득할 권리가 그 실현 가능성 면에서 상당히 높은 정도로 성숙･확정되어 있다 할 것이므로 이를 후불임대료로 봄이 타당하다.

- 그러나 그 부동산임대용역의 과세표준 산정에 있어서는 통상 1∼2년간의 임대료를 선불 또는 후불의 방법으로 지급받는 경우와 달리 임대차기간이 장기인 수 십년(12년∼40년)이 경과되어 토지사용대가로 받는 건물가액의 산정은 장차 소유권을 취득하는 시점에 있어서의 감정 잔존가액으로 하거나, 토지소유주가 제공한 부동산임대용역의 가치를 감정평가를 통하여 산출한 금액에서 사업시행자가 지급하는 임대료를 공제한 나머지 금액을 과세표준으로 삼아야 한다(대법원 2008두18939, 2011.6.30.).

(3) 조세심판원의 결정(건물이전이 토지임대료와 무관한 경우임)

▪ 임차인의 부담으로 신축한 건축물 소유권의 무상양도(기부채납)와 관련된 계약내용이 적정임대료를 훨씬 상회하는 충분한 임대료를 지급받고 있어 토지의 임대와 직접적인 대가관계에 있다기보다는 임대차계약내용의 성실한 이행을 담보하고 계약기간이 만료되거나 당사자 일방의 귀책사유로 임대차계약이 해지되었을 경우에 발생할지도 모를 분쟁의 소지를 미연에 방지하기 위하여 제소 전 화해조항을 둔 것에 불과하다면 계약기간의 만료 또는 계약의 해지 등으로 인하여 건물의 소유권이 실제로 이전되는 경우에 그 시가 상당액을 과세표준 또는 익금에 산입하여 부가가치세 및 법인세를 과세하는 것은 별론으로 하더라도 이를 토지의 선수임대료로 보아 과세하는 것은 부당하다(조심2008중646, 2008.7.24., 국심 2007중369, 2007.6.7.).

(4) 필자 의견

▪ 타인토지 위에 임차인이 건물을 신축하여 사용수익하는 경우 대부분 5년 정도의 임대차계약기간을 정하나, 10∼30년의 장기의 임대차계약을 체결하는 경우 감정평가법인으로부터 적정임대료(시가) 평가를 받아 임대차기간 종료 후의 건물 취득이 토지임대료와 무관하다는 것을 미리 입증해 두거나, 임대기간 만료 후 건물을 철거하고 토지만 명도받는 조건으로 계약함으로써 건축물의 시가 상당액 또는 임대차기간 만료 후의 건물시가 상당액을 후불임대료 등으로 보아 부가가치세나 소득세(법인세)를 부과받는 일이 없도록 주의하여야 한다.

4) 토지임대료와 관계 없이 수증받은 건축물에 대한 과세방법

▪ 임차인이 임대인과 토지임대차계약을 체결하고 해당 토지 위에 자기의 비용과 명의로 건물을 신축하여 일정기간 동안 사업용으로 사용한 후 임대차계약 종료시 토지를 명도하면서 해당 건물을 무상양도하거나 철거 및 원상회복하여 주기로 함에 따라 소유권을 임대인에게 무상으로 이전한 경우로서 감정평가법인이 평가한 적정임대료 등 토지임대료의 적정시가를 파악해 둠으로써 임대인이 해당 임대차계약에 대한 임대용역과 관계 없이 임차인으로부터 이전받은 건물이라는 특단의 사정이 있다면 동 건물의 가액은 임대인의 토지임대용역 공급에 대한 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니한다(부가가치세과-166, 2011.2.23.).

- 다만 임대인이 상속세 및 증여세법에 따라 해당 건물의 취득에 대하여 증여세를 신고･납부를 하여야 한다.

- 또한, 임대인이 건물을 취득한 후에 새로운 부동산임대차계약에 따라 그 임차인에게 해당 부동산을 임대하는 경우에도 무상으로 이전된 건물의 가액은 변경된 임대용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니함이 타당하다(법규부가-247, 2012.3.15.).

▪ 과세사업을 위한 사업장(건축물)을 운영하고자 하는 사업자가 동 사업장 부지 내의 토지 중 타인소유의 토지를 건축물 공사 완료 후 매수할 조건으로 토지사용승낙을 받아 동 토지 위에 자기의 책임과 계산 하에 설치한 건축물은 과세사업을 영위하고자 하는 사업자의 소유(사업용고정자산)로서 토지소유자에게 재화를 인도 또는 양도한 경우에 해당되지 않아「부가가치세법」제6조에 따른 재화의 공급에 해당하지 아니하며, 관련 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제 또는 환급된다(과세기준자문, 2005.12.16.).

1) 임차인 명의로 등기 후 철거하는 경우

▪ 임대인의 토지 위에 임차인 명의로 건물을 지어 임대기간 만료 후(동 건물 소유권 이전을 임대인이 선택할 수 있는 계약을 하였으나 임대기간 종료 후 실제 철거된 경우 포함) 건물잔존가치보다 철거비용이 더 많아 소유권이전 없이 임차인이 건물을 철거하고 나대지만을 반환하는 경우 건축물의 가액은 토지임대용역대가에 포함되지 아니한다(국심2001중2234, 2002.1.16.).

▪ 조세심판원에서도 임차인이 신축한 건물이 일반적 상가건물이 아니라 음식점(횟집)을 운영하기 위하여 신축된 건물로 골조공사보다는 내부 인테리어에 공사비가 집중되어 임대기간 만료 후에 재사용하는 비용이 신축비용보다 많을 것으로 철거가 예상되고, 동 건물에 임대인을 가등기권자로 하는 매매예약에 의한 소유권이전청구권가등기가 설정되었으나, 이는 임차인의 매매ㆍ담보제공 등에 대비하기 위한 것에 불과하며, 임대기간 종료시 건물을 철거하기로 당초부터 또는 임대기간 중 당사자간 확약으로 건물철거이행각서를 작성한 사실이 있다면 동 건물은 임대기간 만료 후 철거하기로 약정한 것이라 할 것이므로 동 건물가액을 임대료로 보아 부가가치세 부과를 할 수 없다고 결정하였다(조심2010중2516, 2010.12.31.).

▪ 부언하면 임차인이 임대인 토지위에 신축한 건축물 등이 특수시설로써 제3자 임대가 불가하고 재산적 가치도 미미하며, 철거가 불가피하며, 적정한 토지임대료가 수수되는 등 동 건물의 이전이 토지임대와 직접적 대가관계가 없다면 증여세의 납부로 족하고 임대료를 후불한 것으로 볼 수 없다(조심2011중0223, 2011.6.29.).

2) 임대인 명의로 건축물대장에 등재 후 철거하는 경우

(1) 국세청의 해석

▪ 임차인의 비용으로 임차토지 위에 건물을 신축하면서 건축물관리대장상에는 임대인 소유로 등재되어 있으나, 미등기상태에 있는 경우 또는 임대인 명의로 소유권보존등기가 되어 있는 경우로서 임차인이 임대차기간 종료시 동 건축물을 철거하기로 약정되었다면 임차인은 임대인 명의로 등재 또는 등기된 건축물에 대하여 재화의 공급으로 보아 당해 건물의 이용가능한 시기에 당해 건물의 시가를 과세표준으로 하여 부가가치세를 거래 징수하여야 하고 토지소유자는 자기의 토지위에 다른 사업자로 하여금 건물을 신축하여 일정기간 사용하게 하고 그 대가로 건물의 소유권을 취득하는 것이므로 토지의 임대에 해당하여 부가가치세가 과세된다(부가46015-2557, 1997.11.14., 서면3팀-2530, 2007.9.6.).

(2) 조세심판원의 반대 입장

▪ 임차인이 임차토지위에 자신의 계산과 책임으로 건물을 신축하여 사용한 후 임대기간 만료나 해지시 임차인의 비용으로 철거하도록 약정되어 있고(실제 철거됨), 임대할 나대지에 특정사업을 위한 토지 외의 용도로 사용이 금지되고, 토지의 지료가 시가에 비해 적정하고 임대차분쟁과정에서 임차인에게 소유권이 있음이 법원에서 확인되었다면 비록 임대인 명의로 소유권보존등기가 된 경우라도 동 건물 신축비를 선수임대료로 볼 수 없다(국심2005중3144, 2006.5.16.).

▪ 임차인이 토지를 임차하여 그 지상에 임차인의 자금으로 건물을 신축하여 임대차기간 동안 사용 후 건물을 철거하고 그 토지를 원상회복하여 반환하는 조건으로 약정되어 있을 뿐 건물을 임대인에게 기부채납한다는 약정도 없을 뿐만 아니라,｢민법」제186조에서 부동산에 관한 법률행위로 인한 물권의 득실변경은 등기하여야 효력이 발생한다고 규정하고 있음을 볼 때, 건축허가 및 사용승인이 임대인 명의로 이루어지고 건축물관리대장에 임대인 명의로 등재되어 있다 하더라도 동 건물이 미등기상태에 있으면서 임차인이 점유･사용하고 있으므로 임대인이 실질상으로나 법률상으로나 그 소유권을 취득하였다고도 할 수 없다.

- 다만, 이후 당사자간의 합의결과 등에 따라 동 건물의 소유권이 임대인에게 등기이전 된 후에는 재화의 공급으로 볼 수 있다(국심2001중2234, 2002.1.16., 조심2010중2516, 2010.12.31.).

(3) 법원의 판결

▪ 건물공급에 대한 과세는 건물의 사용가치를 공급받는 자가 실질적으로 사용가치를 누릴 것을 전제로 하는 것인 바, 임차인이 이를 독자적으로 점유 사용하고 임대기간이 만료되어야 소유권이 임대인에게 귀속되는 것으로 되어 있고 토지에 대한 임대차계약이 있었을 뿐 건물에 대한 임대차계약이 있었다면 임차인이 그 건물의 사실상의 소유자로서 그 건물에 대한 배타적 이용 및 처분할 수 있는 점유이전을 한 것으로 볼 수 없다(서울행법2006구합43696, 2007.4.17.).

(4) 필자 의견

▪ 국세청은 임차인의 비용과 책임으로 임차토지 위에 신축한 건물을 임대인 명의로 건축물대장에 등재하거나 소유권보존등기한 경우 법적 형식을 중요시하여 임대인에게 소유권이 이전된 것으로 보아 재화의 공급으로 보고 있어 주의가 요구된다.

- 따라서 가급적 임차인명의로 등재, 등기하고 임대인으로 하여금 건축물의 담보제공, 매매 등을 할 수 없는 안전장치를 해 주거나 적정임대료의 입증, 건물소유권의 귀속자에 대한 약정, 철거의 이행 보장 등에 관한 입증서류를 확보해 두어야 한다.

1) 사실관계

▪ 임차인이 임차토지 위에 모델하우스를 건립하고자 토지소유자에게 보증금 20억원, 월세 6천만원을 임대차기간인 2년간 지급하기로 하는 임대차계약과 함께 임차토지 위에 소지한 구건물의 철거 및 원상회복에 대한 대가로 11억원을 추가 지급하기로 한 경우 11억원에 대한 과세방법?

※임차인은 임차인의 계산과 책임으로 구건물을 철거하고 모델하우스를 신축하여 사용하다가 임대기간 만료 후 모델하우스를 철거하고 나대지 상태로 토지 명도시 임대보증금을 반환받기로 함.

2) 세무처리

▪ 구건물(상가)을 임차인에게 양도(경제적･실질적 양도에 해당)하고 구건물의 인도대가를 받은 것이며, 임차인의 필요에 따라 구건물을 철거한 것에 불과한 것인 바, 구건물 양도에 대하여 임차인에게 세금계산서를 발급하고 그 양도차익에 대하여는 양도소득세가 과세된다.
　

1) 사실관계

▪ 토지소유주가 임대료 외에 임차인에게 구건물의 철거 및 임차인이 사용할 건물의 신축비를 수령하여 자기의 명의로 건축허가를 받아 자기의 계산과 책임으로 건축･준공 후 건축물대장에 등재(또는 소유권보존등기)하고, 임차인에게 임대하고 임대기간 만료 후 토지 및 건물을 명도받는 경우 임차인으로부터 지급받는 금전의 과세방법

2) 세무처리

▪ 철거 및 신축비용은 구건물의 가치, 신축동기나 배경, 계약서에 손해배상금의 명시 여부, 임대료의 적정여부에 따라 판단하기 보다는 임차인이 신축비용을 부담한 이유와 신축건물의 소유자 및 그 사용목적과 실질관계에 따라 판단할 것인 바, 임차인이 신축건물을 임차하기 위해 신축비용을 부담했고, 신축건물의 내용연수 40년으로 계약기간 만료 후에도 임대차기간 연장이나 제3자에게 임차하는 등의 경제적 효용을 향유하게 되는 바, 구건물의 철거와 신축건물의 신축비용을 임차인으로터 받은 경우 그 대가는 임차인에게 임대용역을 제공하기로 하고 그에 대한 대가를 받은 것으로 봄이 타당하므로 선수임대료로 보아 부가가치세의 신고･납부의무가 있다.

▪ 그러나, 신건물 신축을 위하여 사용 중인 건물을 철거하는 경우 구건물 본래의 목적대로 취득･사용가능한 상태로 만드는 과정과 직접 관련이 있는 부대비용도 아니고, 신건물의 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시키는 지출도 아니어서 구건물의 미상각잔액과 그 철거비용은 당기비용으로 처리한다(감심2004-74, 2004.8.19.).

1) 사실관계

▪ 임차인이 임대인의 토지만을 임차하여 구건물(재산적 가치가 미미하여 철거될 처지에 있는 경우 포함)을 철거하고 임차인의 비용으로 신건물을 신축하여 임차기간 동안 저리의 임차료를 지급하고 사용･수익하기로 한 경우 임차인의 구건물 철거 및 건물신축에 대한 과세방법

2) 세무처리

▪ 임차인이 임대인 소유의 구건물 철거 및 신축비용을 부담하여 임대차기간 동안 무상 또는 저리의 임대료를 지급하고 임대인에게 소유권을 이전(보존등기 포함)하는 경우

- 구건물의 철거비용을 포함한 건축물의 시가상당액은 임대료의 선급으로서 임대인에게 그 소유권이 이전되는 때에 재화의 공급으로 부가가치세가 과세되며, 임대인은 동액을 선수임대료로 보아 과세기간별로 안분계산하여 부가가치세과세표준을 계산한다.

1) 사실관계

▪ 토지 및 건물을 소유한 사업자가 토지를 야적장(나대지) 등으로 임대하기 위하여 구건물을 철거하면서 철거비용 관련 매입세액이 발생한 경우 관련 매입세액의 공제 여부?

2) 세무처리

▪ 건축물이 있는 토지를 임대함에 있어서 임차인이 당해 토지상의 기존 건축물을 철거하고 나대지 또는 건축물을 신축하도록 하는 경우 당해 건축물의 장부가액, 철거비용은 임대하는 토지에 대한 자본적지출로 매입세액공제 대상이 되지 아니한다(법인46012-908, 1999.3.12.).

- 나대지 양도를 위해 구건물을 철거하는 과정에서 발생하는 매입세액도 토지 관련 매입세액에 해당한다(부가가치세과-552, 2009.4.21.).

▪ 다만, 임대할 토지에 야적장 조성을 위한 옹벽, 포장공사 및 진입도로공사를 하고 이를 감가상각대상 자산으로 계상하였다면 이는 토지와 구분되는 별도의 구축물로서 매입세액 공제대상이 된다(국심2004서1041, 2004.7.15.).

▪ 부가가치세 과세사업을 영위하기 위한 사업자가 임야나 전･답 등의 토지소유자와 골프장용지 등으로 조성･개발하여 일정기간 동안 사용･수익하다 기간종료 후 토지와 시설물을 토지소유자에게 기부하기로 토지임대차계약(토지 임차료 별도 지급)을 체결하고 임차인이 노력과 출재로 비용을 부담하여 임차토지를 골프장부지, 공장부지 등으로 형질을 변경하는 토지조성공사와 시설물 신축공사를 시행한 후 임차인은 조성된 골프장부지와 시설 등을 당초 약정내용 대로 일정기간 동안 과세사업에 사용･수익하다 그 기간 종료 후 모든 시설물 등을 토지소유자에게 무상 이전하기로 약정하였다.

▪ 임차인이 임차한 토지에 토지의 자본적 지출에 해당하는 공사를 한 경우 임차인과 토지소유자에 대한 부가가치세 과세방법

1) 쟁점 매입세액에 대한 공제 여부 변천 과정

(1) 2010.2.3. 이전 과세방법

▪ 사업자가 타인의 토지를 임차하여 해당 토지의 가치를 증가시키는 건설공사를 한 경우 동 공사에 관련된 매입세액은 토지소유의 여부에 관계 없이 토지 관련 매입세액으로 공제하지 아니하는 것이므로 임차인이 지출한 토지조성공사 관련 매입세액을 불공제처리한다(부가46015-111, 1993.7.1.).

(2) 대법원 판결

▪ 대법원은 토지의 소유자가 아닌 사업자가 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출의 성격을 갖는 비용을 지출한 경우 그에 관련된 매입세액은 불공제대상인 토지 관련 매입세액에 해당하지 아니한다고 판결하였다(대법원2007두20744, 2010.1.14.).

(3) 기획재정부의 기존 유권해석 변경

▪ 임차인이 임차토지에 자기의 비용으로 골프장용지 등으로 조성･개발하여 일정기간 동안 별도의 차임 없이 사용･수익하고 임대차기간 만료 후 당해 토지 및 시설물 등을 토지소유자에게 기부하기로 하는 경우

- 당해 토지를 임차한 사업자는 토지소유자인 임대인에게 당해 토지의 조성･개발용역을 유상으로 공급하고 토지소유자는 골프장 운영사업자에게 유상의 토지임대용역을 제공하는 것으로서 각각「부가가치세법」제1조 제1항 제1호에 따라 부가가치세 과세대상에 해당한다.

- 이때 토지를 임차한 사업자의 토지조성･개발용역에 대하여는 2010.2.4. 이후에 토지조성공사가 완료된 분과 2010.2.3. 이전에 토지조성공사가 완료된 경우로서 토지를 임차한 사업자가 관련 매입세액을 공제받은 분의 경우에만 부가가치세 과세대상에 해당한다(부가가치세제과-786, 2011.12.13.).

2) 새로운 유권해석에 따른 과세방법

(1) 임차인

① 매입세액공제 여부

▪ 임차인이 임차한 토지의 조성･개발공사 관련 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제 또는 환급 가능하다.

② 개발용역 등의 제공에 대한 부가가치세 과세

▪ 토지소유자에게 토지의 조성･개발용역을 공급한 것이므로「부가가치세법」제7조 제1항에 따른 용역의 공급으로 부가가치세 과세대상이 된다.

▪ 임차인의 부담으로 설치한 건축물 등을 일정기간 동안 과세사업에 사용･수익하다 그 기간 종료 후 모든 시설물 등을 토지소유자에게 무상으로 귀속하거나 준공 즉시 임대인에게 보존등기하는 경우 동 건축물 등은「부가가치세법」제6조 제1항에 따른 재화의 공급으로 부가가치세 과세대상이 된다.

③ 적용시기의 특례

가. 원칙

▪ 2010.2.4. 이후 토지조성공사가 완료되는 분은 매입세액공제 여부에 관계 없이 임대인에게 귀속되는 용역대가에 대해 과세한다.

나. 예외

▪ 2010.2.3. 이전 토지조성공사가 완료된 경우 임차인이 토지조성공사 관련 매입세액을 신고 또는 경정청구 등에 의해 매입세액공제를 받은 경우에 한하여 용역의 공급으로 과세된다.

④ 공급시기

▪ 임야나 전･답 등의 토지를 골프장부지, 공장부지, 택지 등으로 조성･개발이 완료되면 지적공부상의 지목이 바뀌고, 그 효과는 토지소유자에게 귀속되므로 토지의 조성･개발공사를 완료한 때를 공급시기로 본다.

▪ 임차인의 비용으로 신축한 건축물은 임대인명의로 보존등기하는 경우 그 소유권이 이전되는 때를 공급시기로 본다.

⑤ 부가가치세 과세표준

▪ 토지의 사용･수익권이라는 금전 외의 대가를 받는 것이므로 자기가 공급한 용역의 시가가 과세표준이 된다.다만, 거래당사자간의 사전약정으로 토지조성 등에 따른 합리적인 용역대가를 도급계약서 등에 정하여 놓은 경우 그 가액을 부가가치세 과세표준으로 한다.

▪ 당사자간 시가에 대한 약정이 없는 경우「부가가치세법 시행령」제50조에 따라 시가를 산정한다.

㉠ 사업자가 그와 특수관계에 있는 자 외의 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격

㉡ 제1호의 가격이 없는 경우에는 사업자가 그 대가로 받은 재화 또는 용역의 가격(공급받은 사업자가 그와 특수관계에 있는 자 외의 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 재화 및 용역의 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격을 말한다)

㉢ ‘㉠, ㉡’호에 따른 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는「소득세법 시행령」제98조 제3항 및 제4항 또는「법인세법 시행령」제89조 제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격

시가 = 공사원가(공사에 소요된 직･간접공사비 포함) × 수익률

▪ 임차인은 위 시가를 과세표준으로 하여 토지의 조성･개발공사를 완료한 때에 토지소유자에게 세금계산서를 발급한다.

(2) 임대인(토지소유자)

① 발급받은 세금계산서의 매입세액공제 여부

▪ 임차인으로부터 발급받은 토지조성공사 관련 세금계산서의 매입세액은 토지 관련 매입세액에 해당되어 불공제한다.

* 토지소유자가 직접 토지를 조성･개발한 것과 같은 효과 유지

▪ 다만, 토지조성공사 외에 임차인의 책임과 부담으로 신축한 건물, 구축물, 기타시설물을 이전받는 경우에는 토지 관련 매입세액이 아니므로 관련 세금계산서의 매입세액은 공제대상이 된다.

② 토지임대에 대한 과세

▪ 토지소유자는 토지를 임대하고 임차인으로부터 토지의 조성･개발용역 또는 건축물을 무상 이전받았으므로 그 대가는 임차인의 토지사용대가로 지급받은 것이므로 선수임대료에 해당된다.

③ 과세표준

▪ 토지소유자가 토지임대에 대한 대가로 금전으로 받은 임대료와 금전 외의 토지조성공사 용역 및 건축물을 공급받은 것이므로 임차인이 공급한 토지조성공사 용역의 가액과 건축물의 시가를 임대기간 동안 과세기간별로 안분하여 부가가치세과세표준을 계산한다.

④ 공급시기

가. 원칙

▪ 임대용역 대가를 선불로 받은 것이므로 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일을 공급시기로 한다.

나. 예외

▪ 「부가가치세법」제16조에 따라 세금계산서를 발급한 경우 세금계산서를 발급한 때에는 같은 법 제9조 제3항에 따라 그 발급한 때를 공급시기로 한다.

(3) 임차인의 선급임대료에 대한 매입세액공제

▪ 부가가치세 과세사업을 영위하는 임차인이 제공한 토지개발용역 또는 무상이전한 건축물을 선급임차료로 보아 토지소유자로부터 토지임대용역 관련 세금계산서를 발급받은 경우 자기의 매출세액에서 공제가능하고, 세금계산서를 발급받지 못한 경우에도 동 선수임대료 상당액을 임차기간 동안 안분하여 비용으로 계상할 수 있다(증빙불비가산세 적용).

1) 사실관계

▪ 임대인이 임차인이 사용할 건물을 직접 신축하는 경우로서 신축비의 일부 또는 전부를 선수임대료로 지급받아 공사비를 지급한 경우 당해 공사비 관련 매입세액의 공제 여부

2) 세무처리

▪ 임대인이 토지와 건물을 임대목적물로 기재하고 건물의 신축과정에서 건축주를 임대인으로 하며, 건축과정에서 모든 책임을 부담하고 공사계약도 자산의 명의로 신축공사를 하는 경우

- 건물의 신축비는 그 자금의 원천이 비록 임차인이라 하더라도 이는 선수임대료를 받아 공사비를 지급한 것이므로 공사비 관련 매입세액은 임대인의 매출세액에서 공제된다(국심2000서0616, 2011.7.4.).

1) 사실관계

▪ 임차인이 임차토지 위에 임차인의 계산과 책임으로 자신이 사용할 건축물을 제3자에게 도급을 주어 신축하면서 수취한 세금계산서상의 매입세액의 공제 여부

① 임대인이 토지에 대한 재산권 행사를 제한받지 않기 위해 또는 건축허가에 대한 제한 등으로 건축주 명의는 임대인 명의로 이루어진 경우

② 임차인 명의로 건축허가를 받아 임차인 명의로 공사 후 건축물대장 또는 등기부등본에 등재(등기)하는 경우

2) 세무처리

▪ 과세사업에 사용할 건물을 신축하는 사업자가 당해 건물신축과 관련하여 거래당사자인 시공사로부터 세금계산서를 수취한 경우

- 건축허가 명의에 관계 없이 실지로 당해 용역을 공급받는 자가 당해 신축에 관련된 매입세액을 자기의 매출세액에서 공제받을 수 있다(서면3팀-3447, 2007.12.31., 부가가치세과-3414, 2008.10.5.). ▪ 하지만, 공부상 명의가 다름을 이유로 세무관서와의 다툼이 많이 발생하므로 실제 건물신축 용역을 공급받는 자가 명의자가 아닌 임차인이라는 객관적 증빙이 필요하므로 거래당사자가 누구인지는 건축허가 및 계약사항, 신축자금 지급내역, 도급계약서 작성 등 입증자료를 충분히 확보해 두어야 한다.

1) 사실관계

▪ 임대인이 자신의 자금으로 건축물을 신축하여 토지와 건물을 임대차목적물로 임대하는 경우 당해 건축물의 신축관련 매입세액의 공제 여부

2) 세무처리

▪ 부가가치세 과세사업을 위하여 자기의 노력과 출재로 건물을 신축해 토지와 함께 임대하는 경우 관련 매입세액은 매출세액에서 공제된다.

- 이 때 자산의 과세사업 등에 사용하던 구건물의 철거와 관련된 매입세액은 토지 관련 매입세액으로 보지 아니하므로 자신의 매출세액에서 공제된다(법규부가2009-214, 2009.6.25., 서면3팀-2528, 2007. 9.6.).

1) 사실관계

▪ 임차인이 부가가치세가 면제되는 사업을 영위하기 위하여 임차토지 위에 면세사업에 사용할 건물을 신축하고 임대인 명의로 소유권보존등기하는 경우 임차인이 건물 신축 관련 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부

▪ 임차인이 부가가치세가 면제되는 사업을 영위하기 위하여 임차토지 위에 면세사업에 사용할 건물을 신축하여 자신의 명의로 등기하고 면세사업에 사용하다가 임대기간 만료시 철거하고 명도하기로 임대차계약을 한 경우 임차인이 건물 신축 관련 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부

2) 세무처리

▪ 과세사업에 사용하는 경우 건설단계에서 부담한 매입세액은 자기의 과세사업을 위하여 사용 또는 소비될 재화 또는 용역의 구입에 대한 매입세액으로 자기의 매출세액에서 공제되고 소유권 이전시 재화의 공급으로 과세되는 것이나, 임차토지위에 건설한 건축물을 임차인의 면세사업에 사용하는 경우에는 건설단계에서 부담한 매입세액은 자기의 면세사업을 위한 일시적･우발적 공급과 관련된 매입세액으로 불공제된다(소비46015-118, 2002.5.1.).

- 따라서 건설단계에서는 매입세액불공제, 소유권이전단계에서는 부가가치세 면세되며, 임대인은 동 건축물의 시가 상당액에 대하여 과세기간별로 임차인에게 세금계산서를 발급하여야 한다.

▪ 면세사업자가 자신의 면세사업을 위하여 면세사업에 사용할 건물을 신축하는 경우 임대기간 종료 후 철거 여부에 관계 없이 신축 관련 매입세액은 면세사업 관련 매입세액으로 불공제된다.

▪ 타인소유(임대인)의 토지위에 임차인의 부담으로 신축한 건물을 임차인 명의로 소유권 보존등기를 하고 20년의 임대차기간 종료 후 건물을 멸실하여 임대인에게 토지만을 반환하는 경우,

- 상기 건물은 임차인의 사업용고정자산으로 보아「법인세법 시행령」제28조에 의해 해당 내용연수를 적용하여 감가상각한다(서면2팀-2504, 2006.12.7., 국심2002서전2908, 2002.2.9.).

- 이는 임의적 과세소득조작 방지를 위해 내용연수의 추정을 인정하지 않고 법정화되어 있는 내용연수 범위를 벗어나 임의적으로 계산된 감가상각비를 손금에 산입할 수 없도록 한 것이다(서울고법2008누38157, 2009.7.22.).

▪ 임차인이 신축한 건물을 임대인 명의로 보존등기한 후 임대차기간 종료시 소유권을 무상양도할 것을 조건으로 타인의 토지위에 건축물을 신축한 경우

- 사용수익기간(임대차기간)이 확정적인 경우에는 그 건축물의 취득가액은 선급임차료로 하여 임차기간 동안 균등하게 안분하여 손금에 산입하고 동 금액을 토지소유자의 익금으로 한다(법인세과-573, 2009.5.13., 소득 46011-21091, 2000.8.21.).

- 다만, 사용기간을 연장할 수 있거나 사용기간이 정하여지지 아니한 경우에는 당해 건축물의 내용연수를 사용기간으로 하여 균등하게 손금에 산입한다.

▪ 또한 토지소유자는 건축물의 준공일 또는 임차인의 건축물 사용수익일 중 빠른 날이 속하는 사업연도에 그 건축물의 취득가액(그 신축가액 상당액)을 자산으로 계상하여 감가상각비를 계상할 수 있다(법인세과-573, 2009.5.13., 법인46012-2595, 1999.7.8.).

※공부상 등기가 법인명의로 되어 있지 아니한 경우에도 사실상 당해 법인이 취득한 부동산은 법인의 자산으로 보아 감가상각 등이 가능함(법인46012-716, 1994.3.11.).

▪ 특수관계인간의 임대차계약으로서 위와 같이 임차인이 각 사업연도 손금에 산입한 금액 중 정상 감가상각비를 차감한 금액이 토지에 대한 적정임대료를 초과하여「법인세법」제52조에 따라 부당행위부인대상이 적용되는 경우에는 토지에 대한 적정임대료를 한도로 손금에 산입하고 적정임대료를 초과하는 금액은 익금에 산입하여 유보처분하며, 건축물 취득가액 중 소유권이전시까지 감가상각비와 토지에 대한 적정임대료로 손금에 산입된 금액을 차감한 잔액에 대하여는 소유권 이전시에 같은 법 시행령 제106조에 따라 토지의 소유자에게 소득처분한다(법인세집행기준 19-19-6).

▪ 임차인이 임차토지에 대하여 부담한 자본적지출은 계약상 임차기간 종료시 원상복구의무가 있는 경우 임차인의 자산으로 보아 감가상각을 하는 것이나, 원상복구의무가 없는 경우 선급임차료로 보아 임차기간 동안 안분하여 손금에 산입한다.

- 다만「법인세법」제52조 및 시행령 제88조 및 89조에서 정하는 시가를 초과하는 금액은 손금불산입한다(서면2팀-1803, 2006.9.15.).
　

▪ 타인(임대인)의 토지 위에 건축물을 신축하고 동 건물 및 부속토지를 일정기간 사용한 후 토지소유자에게 건물의 소유권을 무상으로 이전하는 경우(단, 토지소유자에게 임대보증금 및 임대료는 별도 지급함)

- 토지소유자인 임대법인이 선수임대료에 상당하는 건물의 취득가액을 계상 누락한 경우에는「법인세법 시행령」제31조에서 정하는 즉시상각의제로 볼 수 없다(과세기준자문, 2007.12.14).

▪ 부동산임대업을 영위하는 거주자가 토지를 임대하고 임차인이 당해 토지 위에 건물을 신축하여 소유권을 임대인에게 무상양도한 경우, 임대인은 당해 건물 신축비를 선수임대료로서 임대기간동안 안분한 금액을 총수입금액에 산입하는 것이며, 그 건물의 감가상각비를 필요경비에 산입할 수 있다(서일46011-10187, 2002.2.14.).

※기본적으로 임차인이 개인이든 법인이든 비용처리에 있어서는 동일하다.

▪ 사업자가 부동산을 임대하고「지방세법」에 따라 임대인이 부담하여야 할 해당 임대부동산에 대한 재산세 등을 임차인에게 부담시킨 경우

- 당해 재산세상당액은 임대용역에 대한 대가로서 부가가치세가 과세되는 것이며, 임대인이 납부한 재산세 등은 필요경비에 산입한다. 이 때 재산세상당액에 대한 부가가치세를 누가 부담하는지는 계약내용에 따라 당사자간에 해결한다(서면3팀-705, 2005.5.21.).

- 다만, 임차인의 계산과 책임으로 신축한 건물의 실질적 소유권이 임차인에게 있는 경우로서 동 건물에 부과된 지방세를 임차인이 부담한 경우에는 임차인의 필요경비로 인정된다.