종전에는 전자세금계산서 발급일의 다음 달 15일까지 세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하였으나, 2012.7.1. 이후 최초로 발급하는 분부터는 전자세금계산서 발급일의 다음 날까지 전송하여야 한다(「부가가치세법 시행령」제53조의 2 ⑥). 그러나 전송기한이 공휴일이면 다음 날까지 연장된다(「국세기본법」제5조).

① 미발급(2%)가산세 적용시 ➞ 미전송(0.3%)가산세 적용 배제
② 지연발급(1%)가산세 적용시 ➞ 기재불성실ㆍ미전송(0.3%)ㆍ지연전송(0.1%)가산세 적용 배제
③ 기재불성실가산세 적용시 ➞ 지연전송(0.1%), 미전송(0.3%)가산세 적용 배제

이 경우 1역월에 2건 이상의 거래가 있으면 고정거래처로 볼 수 있고 월합계 발급이 가능하다(국심 88서1330, 1989.2.4.).

사업자가 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 세금계산서를 발급하는 경우에는 작성연월일과 세금계산서 발급일이 과세기간을 달리하는 경우에도 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니하는 것이며, 발급받은 자는 매입세액을 자기의 매출세액에서 공제할 수 있다(부가가치세과-39, 2012.1.12.).
예) 6월 거래분을 6.30.자로 7.10.까지 발급시 정상적인 세금계산서

사업자가 월합계 세금계산서를 발급하는 경우에 당해 월에 매출가액과 반품가액이 있는 때에는 매출가액에서 반품가액을 차감하고 월합계 세금계산서를 발급할 수 있는 것이며, 이 경우 고정거래처와 이루어진 공급가액과 반품가액에 관련된 별도명세서를 보관하여야 한다(부가-46015-1807, 1996.9.3. ).

사업자가 대가의 지급 없이 선발행세금계산서를 발급받아 관할세무서장으로부터 경정처분을 받은 후, 그 이후 당해 거래에 대한 공급시기가 도래하여 세금계산서를 그 공급시기가 속하는 과세기간 내에 다시 발급받아 경정청구하는 경우 매입세액공제 가능하다(법규과-27, 2010.1.13. 외).

이 경우 가산세는 적용되지 아니한다.

사례 공급시기가 2012.9.30.인 거래건에 대하여 2012.6.30.에 세금계산서를 발급하였으나 관할세무서장으로부터 경정처분을 받아 부인된 후, 다음과 같이 세금계산서를 발급한 경우

① 2011.9.30.에 9.30.자 5억원 수취한 경우 매입세액공제 가능
② 2011.9.30.~2011.12.31. 기간 내 9.30.자로 5억원 수취한 경우도 매입세액공제 가능

선발급 부인 경정 이후, 당해 거래에 대한 공급시기가 속하는 과세기간이 경과한 시점에서 소급 발행한 경우는 매입세액공제 받을 수 없다(조심2003광2043, 2004.6.7. 외).