사업을 포괄적으로 양도하는 경우라 함은 사업장별로 당해 사업에 관한 모든 권리(미수금에 관한 것을 제외한다)와 의무(미지급금에 관한 것을 제외한다)를 포괄적으로 양도하는 경우로 하되,「법인세법 시행령」제49조에 규정하는 당해 사업과 직접 관련이 없는 업무무관자산을 제외하고 양도하는 경우를 포함한다(「법인세법 시행규칙」제31조 ③).

사업을 포괄적으로 양도하는 방법에는 ① 개인사업을 법인으로 전환하거나, ② 법인의 2개 이상 사업 중 한 사업을 타법인에게 양도하거나, ③ 개인사업을 모두 법인에게 양도하는 경우, ④ 법인이 다른 법인에게 사업을 모두 양도하는 경우가 있다. 또한 법인분할 중에서 소멸분할이 아닌 존속분할의 경우에도 사업의 포괄양도에 해당될 것이다.

법률적으로는 양도시점에 양도법인과 사용인간의 고용관계는 소멸되고 양수인과 새로운 고용관계가 맺어진 것이므로 퇴직급여를 지급하는 것이 일반적이다.

그러나 사업양수인이 종업원도 함께 인수하는 경우에는 양도시점에서 종업원에 대한 퇴직급여를 지급하지 아니하고 대신 그간 적립한 퇴직급여충당금을 양수법인에게 인계하기도 한다.

이 경우 법인이 다른 법인 또는 개인사업자로부터 사업을 포괄적으로 양도․양수함에 따라 사용인 및 당해 사용인에 대한 퇴직급여충당금을 승계받은 경우에는 이를 사업을 양수한 법인의 퇴직급여충당금으로 본다(「법인세법」제33조 ④).

양수법인이 양수 후에 양도법인 등으로부터 인수한 종업원에 대하여 퇴직급여충당금을 계산하거나 당해 종업원이 실제로 퇴직하여 퇴직급여를 계산하는 경우에는 포괄양수․도 당시 인수종업원의 퇴직급여상당액(퇴직보험계약의 인수를 포함한다)을 전액 인수하는 경우와 인수하지 아니하거나 일부만 인수하는 경우에 있어서 세무처리방법이 서로 다르다(법인세 집행기준 33-60-2).

① 양수법인의 처리

가. 퇴직급여의 통산계산

양수법인은 사업의 포괄양수․도 계약상 인수종업원이 실제 퇴직시에 양수법인의 퇴직급여지급규정에 따라 양도법인 등에 근무한 기간을 통산하여 퇴직급여를 지급하기로 약정한 경우 당해 종업원에 대한「법인세법 시행령」제60조 제2항의 퇴직급여추계액과 퇴직급여는 양도법인 등에 근무한 기간을 통산하여 계산할 수 있다(법인세 집행기준 33-60-2).

나. 퇴직급여충당금부인액의 처리

퇴직급여충당금부인액은 양수법인에게 승계되지 아니한다(서이46012-11823, 2003.10.21.).


② 양도법인의 퇴직급여에 대한 처리

양도법인이 종업원을 양수법인에게 인계함으로써 당해 종업원과 실질적으로 고용관계가 소멸되는 경우에 양수법인에게 지급한 종업원 인계시점의 퇴직급여상당액은 퇴직급여충당금과 상계하고 부족액은 각사업연도소득금액 계산상 손금에 산입한다(법인세 집행기준 33-60-2 ③).

① 양수법인의 처리

가. 퇴직급여의 통산계산

양수법인은 사업의 포괄양수․도 계약상 인수종업원이 실제 퇴직시에 양수법인의 퇴직금지급규정에 따라 양도법인 등에 근무한 기간을 통산하여 퇴직급여를 지급하기로 약정한 경우 당해 종업원에 대한「법인세법 시행령」제60조 제2항의 퇴직급여추계액과 퇴직급여는 소멸법인에 근무한 기간을 통산하여 계산할 수 있다.

나. 퇴직급여충당금의 처리

양수법인은 인수종업원 각인에 대한 인수시점의 퇴직급여상당액명세서를 작성하여 인수하지 아니하거나 부족하게 인수한 금액을 계산하고 당해 금액은 지급의무가 없는 부채의 인수금액이므로 인수일이 속하는 사업연도에 손금산입하여 유보처분함으로써 부채인수로 인한 손실을 세무조정하고 동시에 지급의무가 없는 부채의 인수로 인한 손실이므로 세무상 손금불산입하고 기타사외유출 처분한다.

[세무조정]

〈손금산입〉 퇴직급여충당금 ✕✕✕(△유보)
〈손금불산입〉 채무인수액 ✕✕✕(기타사외유출)

위 손금산입 유보금액은 인수한 종업원이 실제로 퇴직하여 퇴직급여를 지급하는 경우에 익금산입하고 유보로 처분하여 정리한다.

다. 퇴직급여충당금부인액의 처리

퇴직급여충당금부인액은 양수법인에게 승계되지 아니한다(서이46012-11823, 2003.10.21.).

② 양도법인의 퇴직급여에 대한 처리

위 ‘3)’의 퇴직급여상당액을 전액 인수한 경우와 동일하다.

여러 회사가 서로 출자관계에 의하여 특수관계를 형성하고, 그 특수관계 있는 법인 내의 법인간 임직원을 전출입시키는 경우가 흔히 있다. 특수관계 있는 법인간의 전출은 현실적인 퇴직에 해당한다. 그러나 특수관계 있는 법인간의 전출시마다 퇴직급여를 지급하게 되면 이는 퇴직급여로서의 기능을 다하지 못하고 또 임직원의 입장에서도 불리한 경우가 생기게 된다.

또한 현실적으로는 임원이나 사용인의 퇴직급여산정은 전체 계열사의 근무기간을 통산하여 지급하는 것이 일반적이므로 2009.2.4. 법인세법의 개정에 따라「법인세법 시행령」제87조에 따른 특수관계 있는 법인간의 근무기간을 통산하여 지급한 퇴직급여의 산입방법을 신설하고(「법인세법 시행령」제44조 ③) 2009.2.4. 이후 지급하는 분부터 적용하도록 하였다(대통령령 제21302호, 「법인세법 시행령」부칙 10).

＊종전 예규：법인의 임원이 당해 법인과 직접 또는 간접으로 출자관계에 있는 법인으로 전출한 경우에는 현실적인 퇴직으로 보는 것으로, 당해 임원에 대한 퇴직금의 손금귀속시기는 당해 법인의 정관 등에 의하여 퇴직금 지급이 확정된 날로 하여(서면2팀-2231, 2007.12.10., 서면2팀-1086, 2007.6.4.) 임원은 전출시 퇴직급여의 통산대상에서 제외되었다.

① 전입법인의 처리

가. 퇴직급여의 통산계산

특수관계에 있는 법인으로부터 임원(지배주주 등과「법인세법 시행령」제43조 제8항에 따른 특수관계인(주)은 제외한다)이나 사용인이 전입함에 있어 전입법인이 전출법인으로부터 당해 임원이나 사용인이 전출일 현재 퇴직하는 것으로 보아 지급하여야 할 퇴직급여추계액 전액을 인수하고 퇴직급여충당금으로 계상한 경우에는 퇴직급여충당금 계상시 또는 당해 임원 또는 사용인이 전입법인에서 실제로 퇴직함에 따라 지급하는 퇴직급여 계산시 근속연수를 통산하여 계산할 수 있으며, 동 퇴직급여 전액은 전입법인의 퇴직급여충당금과 상계하여야 한다.

주：지배주주 등과「법인세법 시행령」제43조 제8항에 따른 특수관계의 유무를 판단할 때 지배주주 등과「법인세법 시행령」제87조 제1항 제7호의 관계*에 있는 임원의 경우에는 특수관계에 있는 것으로 보지 아니하므로(「법인세법 시행령」제44조 ⑥) 퇴직급여를 통산하여 지급할 수 있다.

＊당해 법인이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 기업집단에 속하는 법인인 경우 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원과의 관계를 말한다.

나. 퇴직급여충당금부인액의 승계 여부

전출법인의 퇴직급여충당금부인액은 전입법인에게 승계되지 않는다(서면2팀-876, 2007.5.8.).

② 전출법인의 퇴직금에 대한 처리

전출법인이 임원 또는 사용인을 전입법인에게 인계함으로써 당해 임원이나 사용인과 실질적으로 고용관계가 소멸되는 경우에 전입법인에게 지급한 임원이나 사용인 인계시점의 퇴직급여상당액은 퇴직급여충당금과 상계하고 부족액은 각사업연도소득금액 계산상 손금에 산입한다.

① 퇴직급여의 처리

법인이 임원(지배주주 등과「법인세법 시행령」제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자는 제외한다)이나 사용인에게 해당 법인과「법인세법 시행령」제87조에 따른 특수관계인인 법인에 근무한 기간을 합산하여 퇴직급여를 지급하는 경우 해당 퇴직급여상당액을 각 법인별로 안분하여 손금에 산입한다(「법인세법 시행령」제44조 ③ 전단). 이에 따라 법인이 임원이나 사용인에게 해당 법인(임원 또는 사용인이 전입하는 때에 퇴직급여상당액을 인수하지 아니한 법인＊을 말한다)과「법인세법 시행령」제87조에 따른 특수관계인인 법인에 근무한 기간을 합산하여 퇴직급여를 지급하는 경우에는 퇴직급여 전액 중 해당 법인이 지급할 퇴직급여의 금액(각 법인으로부터의 전출 또는 각 법인으로의 전입을 각각 퇴직 및 신규채용으로 보아 계산한 금액을 말한다)을 임원이나 사용인이 해당 법인에서 퇴직하는 때에 각 법인의 손금에 산입한다(「법인세법 시행규칙」제22조 ④).

＊부족하게 인수한 경우도 포함한다(법인세과-1371, 2009.12.3.).

② 구체적인 처리방법

법인세법 시행령 제87조에 따른 특수관계인 법인간에 전출․입하는 경우로서 전입당시에 퇴직급여상당액을 전사업자로부터 인수하지 아니하거나 부족하게 인수하고 전사업자에 근무한 기간을 통산하여 퇴직급여를 지급하기로 한 경우에는「법인세법 시행령」제44조 제3항에 의하며(법인세 집행기준 33-60-2 ② 단서), 전입․전출법인간에 안분계산하여 각각 부담할 퇴직급여를 계산하는 정산방식에 따른다. 임원이나 사용인이 퇴사시 전출․입법인이 부담할 퇴직급여(일부 인계한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 차감한 금액)는 다음과 같으며, 당해 금액을 각각 전출․입법인의 퇴직급여충당금과 상계하여야 한다.
　
③ 원천징수 및 지급명세서의 제출

임원이나 사용인에게 특수관계법인간의 근무기간을 통산하여 지급하는 경우 각 해당 법인의 손금산입액은 각 법인으로부터의 전출 또는 각 법인으로의 전입을 각각 퇴직 및 신규채용으로 보아 계산한 금액만을 해당 법인의 손금으로 하지만 퇴직급여에 대한 원천징수의무와 지급명세서의 제출은 마지막으로 근무한 법인이 일괄하여 할 수 있다(「법인세법 시행령」제44조 ③ 후단).