합병법인이나 피합병법인 중 어느 한 법인이라도 직전 사업연도에 산출세액이 있는 경우는 직전 사업연도산출세액을 기준으로 중간예납할 수 있다. 이 경우 직전 사업연도의 산출세액, 감면세액, 원천납부세액, 수시부과세액은 합병법인과 피합병법인의 것을 합산한다.

그러나 합병등기일이 속하는 최종사업연도의 기간이 6개월을 초과하는 피합병법인이「법인세법」제63조의 규정에 의한 중간예납세액의 납부기한이 도래하기 전에「법인세법」제60조의 규정에 의하여 해당 사업연도의 소득에 대한 법인세과세표준과 세액을 신고한 경우에는 피합병법인은 중간예납을 하지 아니하며, 이 경우「법인세법」제63조 제1항의 규정에 의한 직전 연도실적에 의한 합병법인의 중간예납세액은 당해 합병법인의 직전 사업연도만을 기준으로 계산한다(서이46012-10380, 2001.10.18., 법인46012-977, 2001.10.15.).

[합병으로 인하여 설립된 내국법인의 설립 후 최초사업연도의 중간예납세액을 계산하는 경우에는 그 합병으로 인하여 소멸한 법인들의 합병등기를 한 날이 속하는 사업연도(의제사업연도)의 직전 사업연도산출세액과 공제세액들을 합산한다.



▪ 합병신설일자…2012.2.1.
▪ 신설법인 C의 최초사업연도…2012.2.1.～12.31.
▪ C법인의 중간예납세액

- 직전 사업연도：A, B의 2011.1.1.～12.31.
- 중간예납기간：2012.2.1.～7.31.
- 납부기한：2012.9.30.
- 중간예납세액：(18,000－500－1,500)×( 6 / 12 ) ＝8,000

존속법인은 사업연도가 연속되므로 직전 사업연도를 결정하는데 문제가 없으나 소멸법인의 직전 사업연도는 합병등기일이 속하는 사업연도(의제사업연도)의 직전 사업연도가 된다.



▪ 흡수합병법인의 중간예납계산
- 직전 사업연도：A, B의 2011.1.1.～12.31.
- 중간예납기간：2012.1.1.～6.30.
- 납부기한：2012.8.31.
- 중간예납세액：(15,000－1,500－2,000)× ( 6 / 12 ) ＝5,750
　

① 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 확정된 산출세액이 없는 법인. 다만, 유동화전문회사, 증권투자회사, 기업구조조정투자회사 등은 직전 연도의 법인세액이 없는 경우에는 중간예납의무가 없다.
② 중간예납기간만료일까지 직전 사업연도의 법인세액이 확정되지 아니한 법인
③ 합병당사법인 모두가 자기계산대상으로서 합병 후 존속하는 법인 그러나 어느 한 법인이라도 직전 사업연도의 법인세산출세액이 있는 경우에는 직전 사업연도를 기준으로 중간예납이 가능하다(법인22601-1919, 1985.6.25.).
④ 분할신설법인 및 분할합병의 상대방법인(분할 후 최초사업연도에 한함)
⑤ 가결산방법을 선택한 법인(직전연도세액을 기준으로 하면 부담이 큰 경우 등) 다만, 위 ‘⑤’의 경우에는 중간예납의 납부기한이 경과한 경우에는 가결산에 의한 중간예납을 할 수 없다(「법인세법」제63조 ⑤ 단서).

(1) 직전 사업연도의 법인세액으로서 확정된 산출세액이 없는 법인

① 직전 사업연도의 법인세로서 정부에 의하여 결정된 세액이나 신고한 과세표준에 의하여 확정된 법인세산출세액이 없는 법인으로서 다음의 법인을 말한다.
㉮ 각 사업연도의 소득금액이 없는 법인…결손법인
㉯ 각 사업연도의 소득금액은 있으나 과세표준이 없는 법인…다음의 공제항목의 금액이 더 큰 경우
▪ 이월결손금
▪ 비과세소득
▪ 소득공제
또한 직전 연도의 결손 등으로 인하여 산출세액은 없으나 가산세액만 있는 경우에도 직전 연도의 확정된 법인세산출세액이 없는 경우에 해당된다(「법인세법 시행규칙」제51조 ②.③).
② 직전 사업연도의 과세표준에 의하여 산출된 법인세액은 있으나 다음의 공제세액이 더 많아서 납부세액이 없는 경우는 직전 연도의 실적에 의한 중간예납대상법인에 해당된다.
㉮ 법인세법상 세액공제
㉯ 조세특례제한법상의 감면공제세액
㉰ 수시부과세액
㉱ 원천징수세액
이는 결정된 법인세액이나 신고한 과세표준에 의한 산출세액은 있으나 공제금액이 더 크기 때문에 납부세액이 없는 경우이므로 가결산납부를 하여야 되는 “직전 사업연도의 확정된 법인세산출세액이 없는 법인”에 해당되지는 않는다. 이 경우 중간예납세액이 없는 경우에는 중간예납을 하지 아니하여도 된다. 그러나 중간예납신고는 하여야 한다.

(2) 해당 중간예납기간만료일까지 법인세액이 확정되지 않은 경우

직전 사업연도의 확정된 법인세액이 없으므로 가결산방법에 의하여 납부한다.

(3) 분할신설법인 및 분할합병의 상대방법인(분할 후 최초사업연도에 한함)

분할이나 분할합병으로 인하여 설립된 법인(분할신설법인)이나 분할합병의 경우에 분할법인의 사업부문을 흡수합병한 상대방법인(분할합병의 상대방법인)은 반드시 가결산에 의하여 중간예납세액을 납부하여야 한다. 이는 분할법인의 직전 연도세액을 기준으로 할 경우 세액계산이 매우 복잡함 등 적용상의 어려움을 감안한 것이다.

(4) 가결산납부방법이 유리한 법인

직전 사업연도의 확정된 법인세산출세액이 있는 법인은 직전 사업연도의 실적에 의하여 중간예납세액을 계산하는 것이 원칙이나, 가결산에 의하여 납부하는 것이 유리한 법인은 법인이 임의로 가결산 방법에 의하여 납부할 수 있다. 그러나 직전 사업연도의 법인세액이 있는 법인으로서 중간예납기간에 중간예납세액을 납부하지 아니하고 납부기한이 지난 경우에는 가결산에 의한 중간예납방법을 적용할 수 없다(「법인세법」제63조 ⑤ 단서).

① 정규결산과 마찬가지로 법인세법 제13조부터 제54조까지의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득을 계산하면 된다.
② 각종 준비금의 손금산입, 퇴직급여충당금의 손금산입, 대손충당금의 손금산입 등 각종 손금산입규정, 기부금의 손금불산입, 접대비 등의 손금불산입, 감가상각비 등은 정기분 과세표준계산시와 동일하게 계산하면 된다.
③ 장부에 기장하여 손익계산서에 계상함으로써 손금산입을 인정하는 경우는 중간예납계산서에만 조정계산 납부하여서는 안되고 정기분과 같이 장부에 기장하고 손익계산서에 계상하여야 손비로 인정받는다(법인세 집행기준 63－0…6 참조).

(2) 과세표준의 계산

‘⑴’에서 계산된 각 사업연도소득에서 이월결손금, 비과세소득 및 소득공제를 차감하여 계산한다. 이 경우 이월결손금은 중간예납개시일 전 5년(2009.1.1. 이후 개시사업연도의 발생분부터는 10년) 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 사업연도의 과세표준에서 공제하지 아니한 금액을 공제한다.

(3) 산출세액의 계산
　
산출세액에는 조세특례제한법 규정에 의한 준비금미사용분 환입 등에 따른 이자상당가산액은 포함하지 아니한다. 2012사업연도의 중간예납시 법인세율은 다음과 같이 적용한다(「법인세법」제55조 ①).
　
　
(4) 중간예납공제액

산출세액에서 다음의 ‘①.②.③’의 공제금액을 공제한 금액이 납부세액이 된다.

① 감면세액(중간예납기간분)

▪ 이월공제가 가능한 세액공제도 중간예납시 공제가능하다(법인22601-2049, 1987.7.30.).

▪ 연구 및 인력개발비 세액공제
「법인세법」제63조 제5항의 규정에 의하여 중간예납세액을 가결산에 의하여 신고.납부하는 경우에 「조세특례제한법 시행령」제9조 제3항의 규정에 의한 “4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액”은 당해 중간예납기간을 1사업연도로 보아 적용하는 것으로 “1사업연도”는 12월말 결산법인의 경우에는 익년 1월 1일∼6월 30일까지의 기간이며, 이때, 중간예납공제액은 [(당해 사업연도의 연구.인력개발비 발생액－과거 4년간 연구ㆍ인력개발비 연평균발생액)×6/12]×40/100(중소기업은 50/100)의 산식에 따라 계산하는 것이므로, 당해 사업연도분 정기 법인세 신고시 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제와 정산할 사항은 아닌 것임(서이-1359,  2005.8.23.).

▪ 중간예납기간의 외국납부세액 과세

법인세 중간예납세액 계산시 외국자회사로부터의 수입배당금에 대한 간접외국납부세액공제는 당해 중간예납기간 과세표준에 포함된 국외원천소득에 대응하는 세액을 공제하는 것임(서이-1381, 2005.8.26.).

② 원천징수세액(중간예납기간분)

③ 수시부과세액((중간예납기간분)

(5) 최저한세

조세특례제한법상의 각종 감면을 받은 후의 세액과 준비금.특별상각 및 소득공제 등을 하지 아니한 과세표준에 최저한세율을 곱하여 계산한 세액 중 많은 것으로 한다(「조세특례제한법」제132조).
과세표준에 대한 법인세 최저한세는 아래 ‘①’과 ‘②’ 중 많은 금액이 된다.

① 각종 감면 후의 법인세

법인세산출세액(토지등양도소득에 대한 법인세 제외)－조세특례제한법규정에 의한 최저한세적용대상 법인세 면제.감면.공제세액

② 각종 감면 전 법인세 과세표준 12/6×최저한세율×6/12

(법인세 과세표준＋연구.인력개발준비금의 손금산입액＋조세특례제한법상 연구개발출연금의 익금불산입＋조세특례제한법상 특별상각비손금산입 등＋조세특례제한법상 공장양도차익 익금불산입 등＋조세특례제한법상 소득공제＋조세특례제한법상 비과세소득) 12/6×최저한세율×6/12

(6) 신고서 및 첨부서류

① 법인세중간예납신고납부계산서(별지 제58호서식)
② 기업회계기준에 따라 작성한 재무상태표.손익계산서
③ 법인세 과세표준 및 세액조정계산서
④ 세무조정계산서와 그 부속서류
⑤ 세액공제신고서 등

(7) 법인세 중간예납 전자신고 서식 목록

① 직전 사업연도 법인세 기준
　
② 자기계산 기준
　

「조세특례제한법」제104조의 10 규정에 의하여 과세표준계산특례의 적용을 신청하여 이를 적용받고 있는 내국법인이「법인세법」제63조 제5항의 규정(해당 연도의 가결산에 의한 중간예납)에 따라 중간예납을 하는 경우 중간예납의 과세표준은「조세특례제한법」제104조의 10 제1항부터 제5항까지의 규정에 의하여 계산한 금액으로 하고「법인세법」제63조 제4항 제1호(감면세액) 및 제2호(원천징수세액)의 규정은 비해운소득과 관련된 부분에 한하여 이를 적용한다(「조세특례제한법」제104조의 10 ⑦).

이를 산식으로 표시하면 다음과 같다.

① 해운소득의 과세표준

해운소득의 과세표준은 다음 산식을 적용하여 계산한 개별선박표준이익의 합계액으로 한다.


② 비해운소득의 과세표준

비해운소득의 과세표준은「법인세법」제13조부터 제54조까지의 규정에 의하여 계산한다.
　
③ 해운기업의 해당 연도 가결산에 의한 중간예납세액