1) 신고대상 기간 및 신고납부기한

사업자는 각 과세기간에 대한 부가가치세 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 확정신고.납부하는 경우에 있어서의 확정신고기간 및 신고납부기한은 다음과 같다(「부가가치세법」제19조 ①, ②, 3호).
 
※ 과세기간 중 간이과세포기한 일반사업자 확정신고기간은 일반과세자 유형전환일로부터 확정신고기간 종료일까지이며 이 때의 신고납부기한은 당해 확정신고기간 끝난 후 25일 이내임.

2) 신고대상

▪ 신고의 대상：그 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액 －확정신고는 예정신고와는 달리 가산세는 포함되지만 이미 예정신고 또는 영세율 등 조기환급신고한 내용은 제외됨(「부가가치세법 시행령」제65조 ①).

3) 신고 관할세무서
 
4) 신고서 제출방법

신고서 제출방법은 다음과 같은 방법 중 납세자가 선택하여 신고서 및 첨부서류를 제출할 수 있다.

① 직접 방문제출：사업장관할 세무서를 직접 방문하여 신고서 접수창구에 제출
② 우편신고방법：사업장관할 세무서에 우편으로 발송
③ 전자신고방법：국세청홈텍스(HTS)에 의하여 인터넷으로 신고서를 작성하여 전송하고 부속서류 등은 사업장 관할세무서에 우편 또는 방문하여 제출

1) 납부세액 납부 관할세무서
 
2) 납부 및 환급방법

(1) 현금 납부방법

▪ 납부할 세금은 납부서에 기재하여 금융기관 또는 우체국에 납부
▪ 인터넷을 통한 전자납부방법을 이용하여 납부

(2) 신용카드에 의한 납부

▪ 1,000만원까지 납부가능

* 납부가능카드(총14개)：비씨, 신한, 삼성, 현대, 롯데, 국민(KB), 외환, 씨티, 전북은행, 광주은행, 제주은행, 수협은행, 하나카드, 농협(NH)

－인터넷을 통한 전자납부방법을 이용하여 카드납부

* 금융결제원 홈페이지(www.cardrotax.or.kr)에 접속 경로

[국세납부] → [조회납부 또는 자진납부] → [결제수단선택 중 신용카드]

▪ 세무서 방문납부：일선세무서를 방문 신용카드단말기로 납부
▪ 신용카드 납부대행수수료：납부세액의 1.0%는 납세자 부담(국세납부대행기관이 수수료 징수)

(3) 확정신고 환급

▪ 조기환급：확정신고기한 경과 후 15일 이내
▪ 일반환급：확정신고기한 경과 후 30일 이내
▪ 환급방법：신고인의 은행 등 금융기관이나 우체국의 예금계좌로 송금
* 확정신고 환급발생시 유의사항

－부가가치세 확정신고서상 “국세환급금 계좌신고란”：환급금 송금받을 본인명의 예금계좌번호를 반드시 기재 → 환급세액이 2,000만원 이상인 경우：“계좌개설(변경)신고서”에 통장사본 첨부제출

사업자는 부가가치세 확정신고시에 다음의 서류를 제출(당해 사업자의 경우에 해당하지 아니하면 제출할 필요 없음)하여야 한다(다만, 영세율 또는 사업설비투자로 인해 확정신고 기한 이전 조기환급신고시에 이미 제출한 첨부서류는 제외).

① 부가가치세 확정신고서
② 공제받지 못할 매입세액명세서
③ 신용카드매출전표 등 발행금액집계표
④ 신용카드매출전표 등 수령명세서：신용카드매출전표에 의해 매입세액을 공제받는 경우
⑤ 부동산임대공급가액명세서와 임대차계약서 사본(사업장을 임대한 후 임대차계약을 갱신한 경우만 제출. 이 때의 갱신에는 임대차기간연장 이외에 임차보증금, 임대료 등이 변경되는 경우포함)：부동산임대업자의 경우
⑥ 현금매출명세서：부동산업, 전문, 과학및 기술서비스업, 보건업, 기타 개인서비스업 중 예식장업, 부동산중개업, 보건업(병원.의원으로 한정)과 변호사업, 심판변론인업, 변리사업, 법무사업, 공인회계사업, 세무사업, 경영지도사업, 기술지도사업, 감정평가사업, 손해사정인업, 통관업, 기술사업, 건축사업, 도선사업, 측량사업, 공인노무사업, 의사업, 한의사업, 약사업, 한약사업, 수의사업, 그밖에 이와 유사한 사업서비스업으로서 기획재정부령이 정하는 것의 경우
⑦ 매출처별세금계산서합계표 및 매입처별세금계산서합계표, 매입자발행세금계산서합계표, 매출처별계산서합계표
⑧ 영세율첨부서류(「개별소비세법」에 의한 수출면세의 적용을 받기 위하여 영세율첨부서류를 관할세무서장에게 이미 제출한 경우에는 “영세율첨부서류제출명세서”로 영세율첨부서류를 갈음할 수 있음(「부가가치세법 시행령」제65조 ⑤).
⑨ 전자화폐결제명세서(법인사업자는 제외, 전산작성분 첨부가능)
⑩ 건물 등 감가상각자산취득명세서：건물.기계장치 등을 취득하는 경우
⑪ 대손세액공제(변제)신고서：대손세액(공제) 발생 사업자의 경우
⑫ 사업장현황명세서：음식숙박업자 및 기타 서비스업자의 경우
⑬ 사업양도신고서：사업을 양도하는 경우
⑭건물관리명세서：부동산관리업 영위 사업자의 경우. 다만,주거용건물관리는 제외
⑮ 기타의 서류

가. 의제매입세액공제신고서와 신용카드매출전표 등 수령명세서 또는 매입처별계산서합계표(제조업자가 농.어민으로부터 면세농산물 등을 직접 구입시는 의제매입세액공제신고서만 제출)：의제매입세액을 공제받는 경우
나. 매입세액불공제분 계산근거
다. 사업장별 부가가치세과세표준 및 납부세액(환급세액)신고명세서(총괄납부하는 경우에 한함)
라. 재활용폐자원 및 중고자동차 매입세액공제신고서
마. 면세공급증명서[「조세특례제한법」제106조 제1항(농.어업용 기계에 공급하는 석유류 제외)에 의한 면세의 경우]
바. 위탁급식공급가액증명서(「조세특례제한법」제106조 제1항 제2호가 적용되는 학교급식공급업자로서 부가가치세 과세사업 겸업자)
사. 사업자단위과세의 사업장별 부가가치세과세표준 및 납부세액(환급세액)신고명세서
아. 고금의제매입세액공제신고서
자. 과세사업전환 감가상각자산신고서
차. 일반과세전환시의 재고품 등 신고서
카. 사업자등록증(폐업신고시 첨부)
파. 세액공제신청서(전자신고세액공제를 받는 경우)

1) 과세관청의 경정

사업장관할세무서장.사업장관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음의 어느 하나에 해당하게 되면 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다(「부가가치세법」제21조 ①).

① 확정신고를 하지 아니한 경우

② 확정신고한 내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우

③ 확정신고를 할 때 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

2) 가산세의 부과

사업자가 부가가치세 확정신고.납부 등 부가가치세법상 제반의무를 이행하지 아니할 경우에는 가산세가 부과된다(「부가가치세법」제22조,「국세기본법」제47의조 2,「국세기본법」제47조의 3,「국세기본법」제47조의 4,「국세기본법」제47의5).

1) 세금계산서 발급분(과세, 영세율분)

(1) 세금계산서 발급분(과세, 영세율분)을 신고서에 구분하여 정확하게 기재하였는지?

당해 확정신고 대상 세금계산서 발급분에 대하여 과세분과 영세율분을 구분하여 신고서에 정확하게 기재 하였는지 매출처별세금계산서합계표 내용과 상호 연계하여 확인하여야 한다.

(2) 세금계산서 발급분(과세, 영세율분)을 매출처별세금계산서합계표에 정확하게 기재하였는지?

① 당해 확정신고 대상 세금계산서 발급분에 대하여 매출처별세금계산서합계표를 정확히 작성하였는지를 확인하고,

② 특히 매출처별세금계산서합계표 내용을 전산 수록한 전산테이프나 디스켓으로 제출하는 경우는 반드시 당해 과세기간 해당분이 정확하게 전산 수록 되었는지 확인해 보아야 한다.

③ 매출처별세금계산서합계표를 확정신고와 함께 제출하지 아니하였거나 매출처별세금계산서합계표 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다른 경우에는 가산세 적용대상이 될 뿐만 아니라, 과세관청이 거래상대방과 전산 상호대사(Cros－Check) 결과 불부합자료가 발생하였다 하여 통보할 경우 이에 대한 소명 등 번거로운 절차가 따르고, 이를 소명하지 못할 경우 해당 세액 추징 및 가산세 부과 등 불이익을 받을 수 있다.

④ 매출처별세금계산서합계표상 전자세금계산서 발급분은 전자금계산서를 발급하고 국세청에 전송된 매출세금계산서에 대한 매출처수, 총매수, 총공급가액 및 총세액을 적는 것이므로 전자세금계산서 발급분이 국세청에 전송되었는 지를 국세청 e세로에서 꼭 확인하고 적어야 한다. 매출처별세금계산서합계표상에 적힌 전자세금계산서발급분과 국세청 e세로에 입력된 내용이 다를 경우에는 과세관청에서는 이를 전산 상호대사(Cros－Check)하여 반드시 소명토록 하고 있으므로 소명절차의 번거로움이나 가산세 부과 등 불이익을 받지 않도록 유의하여야 한다.

특히 전사적기업자원관리설비(ERP)나 전자세금계산서 발급업무 대행사업자(ASP)를 통하여 전자세금계산서를 역발행한 경우에도 전자세금계산서 전송의무는 재화나 용역을 공급하는 자에게 있으므로 이를 꼭 확인하여야 한다.

(3) 매입자발행세금계산서 세금계산서 발급분이 있는지?

재화나 용역을 공급하는 자가 세금계산서를 발급하지 않아「조세특례제한법」제126조의 4의 규정에 따라 매입자로부터 발급받은 매입자발행세금계산서가 있는 경우에는 이를 신고하여야 한다.

2) 신용카드매출전표 등 현금영수증 발행분


① 신용카드매출전표 등 발행분이나 현금영수증발행분에 대하여 공급가액과 부가가치세액으로 별도구분 표시된 금액으로 부가가치세 과세표준을 계산하지 않은 경우 거래금액의 110분의 100에 해당하는 금액으로 과세표준을 계산하였는지 확인한다.

② 신용카드매출전표발행분 중 세금계산서 발급분에 대하여 신용카드매출전표를 외상대금 결제용으로 발행한 경우(신용카드매출전표 여백 또는 이면에 “200×.××.××. 세금계산서발행분”으로 기재)는 신용카드매출전표발행분에 대하여 신고 제외한다.

③ 신용카드매출전표 등 발행분이나 현금영수증발행분에 대하여는 신용카드매출전표 등 발행금액집계표를 작성 제출하여야 한다.

3) 기타(세금계산서발급의무 면제분 및 정규영수증 외 매출분)

(1) 과세.영세율분 기타분(세금계산서발급의무 면제분 및 영수증교부 대상 매출분)을 정확하게 기재하였는지?

①「부가가치세법 시행령」제57조 규정에 의한 세금계산서발급의무 면제 대상사업 및「부가가치세법 시행령」제79조의 2에 의한 영수증 교부대상사업의 매출분(신용카드.현금영수증발행분 제외)에 대하여 과세부분과 영세율 적용부분을 구분하여 기재하였는지 확인하고

② 특히 과세분 중 공급대가로 기재한 영수증의 과세표준 계산시 거래금액 또는 영수할 금액의 110분의 100에 해당하는 금액으로 계산하였는지를 확인한다.

(2) 간주공급 분 중 세금계산서 발급의무가 없는 분에 대한 과세표준을 적정하게 계산하였는지?

간주공급 분 중 세금계산서 발급의무가 없는 자가공급, 개인적공급, 사업상 증여, 폐업시 남아있는 재화의 과세표준이 되는 시가를 적법하게 계상 하였는지를 확인한다.

간주공급시 과세표준이 되는 시가 계산방법

⑶ 부동산 전세보증금 등에 대한 간주임대료 계산은 적법한지?

① 사업자가 부동산임대용역을 직접 공급하는 경우

사업자가 부동산임대용역을 공급하고 전세금 또는 임대보증금을 받는 경우는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 과세표준으로 한다(「부가가치세법 시행령」제49의2 ①).
 
※ 계약기간 1년의 정기예금이자율：4.0%(「부가가치세법 시행규칙」제15조 ①)

▪ 전세금.임대보증금에 대한 과세표준 계산기준：임차자가 당해 부동산을 사용하거나 사용하기로 한 때를 기준으로 계산함(부통 13－49의2－1)

② 지하상가 건설 기부채납자의 전세금 또는 임대보증금 등에 대한 간주임대료 계산 특례

국가 또는 지방자치단체의 소유로 귀속되는 지하도의 건설비를 전액 부담한 자가 지하도로점용허가(1차 무상점용기간에 한함)를 받아 대여하는 경우에 다음 산식에 의하여 계산한 건설비상당액은 전세금 및 임대보증금으로 보지 아니한다(「부가가치세법 시행령」제49조의 2 ①, 「부가가치세법 시행규칙」제15조 ④).
 
③ 부동산을 임차한 사업자가 다시 임대를 한 경우

사업자가 부동산을 임차하여 다시 임대를 하는 경우는 위 ‘①’의 산식 중 “당해 기간의 전세금 또는 임대보증금”을 “당해 기간의 전세금 또는 임대보증금－임차시 지불한 전세금 또는 임차보증금”으로 한다. 이 경우 임차한 부동산 중 직접 자기의 사업에 사용하는 부분이 있는 경우 임차시 지불한 전세금 또는 임차보증금은 다음 산식에 의한 금액을 제외한 금액으로 한다(「부가가치세법 시행령」제49조의 2 ②).

④ 전세금 보증금을 임대료에 충당한 경우

사업자가 계약에 따라 전세금 또는 임대보증금을 임대료에 충당한 경우에는 그 금액을 제외한 가액을 전세금 또는 임대보증금으로 한다(「부가가치세법 시행령」제49조의 2 ⑤) ⑤ 주택과 건물을 함께 임대시 과세표준 계산

과세되는 부동산임대용역과 면세되는 주택임대용역을 함께 공급하여 그 임대구분과 임대료 등의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호의 산식을 순차로 적용하여 과세표준을 계산한다(「부가가치세법 시행령」제49조의 2 ③).


※토지가액 또는 건물가액의 계산(「부가가치세법 시행규칙」제15조 ②.③)

－토지가액 또는 건물가액：예정신고기간 또는 과세기간종료일 현재의「소득세법」제99조의 규정에 의한 기준시가

－토지임대면적.건물임대면적 등의 면적이 예정신고기간 또는 과세기간 중에 변동된 경우：당해 예정신고기간 또는 과세기간 중의 당해 면적의 적수에 의하여 계산한 면적으로 함.

⑥ 과세기간 중 보증금이 변동되는 경우 간주임대료 계산 부동산임대용역에 대한 간주임대료의 계산에 있어서 전세금 또는 임대보증금이 과세기간 중에 변동이 있는 경우에는 당해 기간에 해당하는 적수를 계산하여 과세 해당 일수로 나눈 금액을 전세금 또는 임대보증금으로 보아 계산한다(간세 1265－311, 1981.3.14.).

⑦ 부동산임대공급가액명세서의 제출의무 부동산임대업자는 부동산임대공급가액명세서를 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하여야 한다(「부가가치세법」제20조의 2 ②). 부동산임대공급가액명세서를 제출하지 아니하거나 제출한 수입금액이 사실과 다르게 적어 제출한 경우는 제출하지 아니한 수입금액 또는 제출한 수입금액과 실제 수입금액과의 차액에 대하여 1%의 가산세가 부과된다(「부가가치세법」제22 조 ⑦).

4) 예정신고 매출 누락분

예정신고 누락분은 확정신고의 대상이 되므로 예정신고누락분이 있는 경우는 부가가치세 확정신고서상 예정신고누락분 명세 매출란에 “과세”분과 “영세율”분을 구분한 후 다시 “세금계산서”와“기타”분으로 구분하여 적는다.

5) 대손세액 가감(대손세액공제사업자가 유의해야 할 사항)

(1) 대손세액 공제요건

① 대손사유

공급받는 자의 파산.강제집행 기타의 대손사유라 함은「소득세법 시행령」제55조 제2항 및 「법인세법 시행령」제19조의 2 제1항에 따라 대손금으로 인정되는 사유를 말한다(「부가가치세법 시행령」제63조의 2 ①).

가. 소득세법상 대손금으로 인정되는 사유

「소득세법 시행령」제55조 제2항에서 규정하는 대손금은 다음 ‘나’의「법인세법 시행령」제19조의 2 제1항 제1호부터 제11호까지의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

나. 법인세법상 대손금으로 인정되는 사유

「법인세법 시행령」제19조조의 2 제1항에서 규정하는 대손금으로 인정되는 회수할 수 없는 채권은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 「상법」에 의한 소멸시효가 완성된 외상매출금 및 미수금
2. 「어음법」에 의한 소멸시효가 완성된 어음
3.「수표법」에 의한 소멸시효가 완성된 수표
4. 「민법」에 의한 소멸시효가 완성된 대여금 및 선급금
5.「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권
6.「민사집행법」제102조의 규정에 의하여 채무자의 재산에 대한 경매가 취소된 압류채권
7. 물품의 수출 또는 외국에서의 용역제공으로 발생한 채권으로서 외국환거래에 관한 법령에 따라 한국은행총재 또는 외국환은행의 장으로부터 채권회수의무를 면제받은 것
8. 채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망, 실종, 행방불명으로 인하여 회수할 수 없는 채권
9. 부도발생일부터 6개월 이상 지난 수표 또는 어음상의 채권 및 외상매출금(중소기업의 외상매출금으로서 부도발생일 이전의 것에 한정한다). 다만, 해당 법인이 채무자의 재산에 대하여 저당권을 설정하고 있는 경우를 제외한다.
10. 「국세징수법」제86조 제1항의 규정에 따라 납세지관할세무서장으로부터 국세결손처분을 받은 채무자에 대한 채권(저당권이 설정되어 있는 채권을 제외한다)
11. 회수기일을 6개월 이상 지난 채권 중 채권가액이 20만원 이하(채무자별 채권가액의 합계액을 기준으로 한다)인 채권
12. 제61조 제2항 각 호 외의 부분 단서의 규정에 의한 금융회사 등의 채권(같은 항 제13호에 따른 여신전문금융회사인 신기술사업금융업자의 경우에는 신기술사업자에 대한 것에 한정한다) 중 다음 각목의 채권
㉮ 금융감독원장이 기획재정부장관과 협의하여 정한 대손처리기준에 따라 금융회사 등이 금융감독원장으로부터 대손금으로 승인받은 것
㉯ 금융감독원장이 가목의 기준에 해당한다고 인정하여 대손처리를 요구한 채권으로서 금융회사 등이 대손금으로 계상한 것
13. 「중소기업창업지원법」에 따른 중소기업창업투자회사의 창업자에 대한 채권으로서 중소기업청장이 기획재정부장관과 협의하여 정한 기준에 해당한다고 인정한 것

② 대손세액공제 범위

사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급한 후 공급일로부터 5년이 경과된 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 ‘①’ 각 호의 사유로 인하여 확정되는 대손세액을 말한다(「부가가치세법 시행령」제63조의 2 ②).

(2) 대손세액 공제절차

대손세액공제는 부가가치세 확정신고서와 함께 대손세액공제신고서(별지 제11호의 4서식)와 대손사실을 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 관할세무서장에게 제출한 경우만 적용한다(「부가가치세법」제17조의 2 ②, 「부가가치세법 시행령」제63조의 2 ④).

※대손세액공제 증빙서류

대손세액을 공제받기 위해서는 부가가치세 확정신고서에 대손세액공제 신고서와 대손사실을 증명하는 서류를 첨부하여 관할세무서장에게 제출하여야 함.
 

(3) 확정신고서상 대손세액 기재방법

① 대손세액을 공제받는 경우

▪ 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역의 공급에 대한 외상매출금 그 밖의 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말함)의 전부 또는 일부가 공급받는 자의 파산.강제집행 등 대손사유 발생으로 인하여 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 그 대손금액의 110분의 10에 해당하는 대손세액을 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다(「부가가치세법」제17조의 2 ①).

→ 대손세액공제는 부가가치세 확정신고시에만 차감가능하고, 확정신고서상 「대손세액」란에 대손세액을 차감표시(△)하여 적는다.

② 대손금액을 변제받아 대손세액을 납부하는 경우

▪ 당해 사업자가 대손금액의 전부 또는 일부를 회수한 경우에는 회수한 대손금액에 관련된 대손세액을 회수한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에 더한다(「부가가치세법」제17조의 2 ①).

→ 대손세액을 회수하여 납부하는 경우도 부가가치세 확정신고시에만 가능하고 확정신고서상 「대손세액」란에는 회수한 대손금액에 110분의 10에 해당하는 대손세액을 적는다.

1) 세금계산서 수취분

(1) 신고서상에 일반매입과 고정자산매입으로 구분 기재하였는지?

세금계산서 수취분은 부가가치세 신고서상의 매입세액란 중 「일반매입」, 「고정자산매입」란으로 구분하여 적어야 한다. 부가가치세 신고서상에 이를 구분하여 적도록 한 것은 국세청에서 사업자의 업종별 부가가치율 산정시 고정자산 매입분을 제외하기 위해서이다. 따라서 이를 구분하여 적지 아니하고 일반 매입에 포함하여 적게 되면 당해 사업자의 부가가치율이 상대적으로 낮게 나타나게 되어 불성실사업자로 오인될 소지가 있다.

(2) 매입처별세금계산서합계표와 일치하는지?

① 당해 확정신고 대상 매입세금계산서에 대하여는 매입처별세금계산서합계표를 작성하여 제출하여야 하며, 매입처별세금계산서합계표상 매입처별세금계산서 총합계란의 합계 공급가액과 세액은 위 ‘(1)’의 부가가치세 신고서상의 매입세액 란 중 「일반매입」, 「고정자산매입」란의 공급가액과 세액란과 일치되어야 한다.

② 매입처별세금계산서합계표 내용을 전산 수록한 전산테이프나 디스켓으로 제출하는 경우는 반드시 당해 과세기간 해당분이 정확하게 전산수록 되었는지를확인해 보아야 한다.

③ 매입처별세금계산서합계표상 전자세금계산서 발급받은 분은 전자세금계산서로 발급받고 국세청에 전송된 매입세금계산서에 대한 매입처수, 총매수, 총공급가액 및 총 세액을 적는 것이므로 발급받은 전자세금계산서가 국세청에 전송 되었는 지를 국세청e세로에서 꼭 확인하고 적어야 한다. 매입처별세금계산서합계표상에 적힌 전자세금계산서 발급받은 분과 국세청 e세로에 입력된 내용이 다를 경우는 과세관청에서는 이를 전산 상호대사(Cros－Check)하여 반드시 소명토록 하고 있으므로 소명절차의 번거로움이나 매입세액공제누락, 가산세 부과 등 불이익을 받지 않도록 유의하여야 한다.

2) 예정신고시 신고누락하여 매입세액을 공제받지 못한 분이 없는지?

예정신고시 신고누락된 매입세금계산서나 신용카드매출전표 등의 매입세액, 재활용폐자원 등에 대한 매입세액, 고금 의제매입세액, 재고매입세액 등이 있는 경우 이를 확정신고시에 신고하고 관련서류를 제출하면 매입세액을 공제받을 수 있으므로 예정신고누락분이 있는 지를 확인하고 예정신고누락분이 있는 경우는 부가가치세 확정신고서상 예정신고누락분 명세의 매입란에 세금계산서분과 기타 공제매입세액을 구분하여 적는다.

3) 매입자가 발행한 세금계산서는 없는지?

매입자가 확정신고기간에 재화나 용역을 공급받고 세금계산서를 발급받지 못하여 조세특례제한법 제126조의4의 규정에 따라 매입자발행세금계산서를 발행한 경우(매입자 및 공급자가 관할세무서장으로부터 거래사실 확인 통지를 받은 경우에는 매입자발행세금계산서를 발급한 것으로 봄)에는 부가가치세 예정 또는 확정신고 시 매입자발행세금계산서합계표를 제출(매입자발행세금계산서를 발급하지 아니하고 관할세무서장이 거래사실을 통보하여 매입자발행세금계산서를 발급 한 것으로 보는 경우도 포함)해야 매입세액을 공제받을 수 있으므로, 이 경우는 매입자발행세금계산서합계표(조세특례제한법 시행규칙 별표 제76호의 3서식)를 부가가치세 신고시 반드시 제출해야 한다.

4) 기타 공제매입세액

(1) 발급받은 신용카드매출전표 등으로 매입세액을 공제받으려면?

① 매입세액공제 대상 신용카드매출전표 등의 요건을 갖추어야 한다.

▪ 사업자가 “일반과세자(목욕.이발.미용업과 「여객자동차 운수사업법 시행령」제3조의 규정에 따른 전세버스 운송사업을 제외한 여객운송업 및 입장권을 발행하여 영위하는 사업, 부가가치세가 과세되는 쌍꺼풀수술, 코성형수술, 유방확대 축소술, 지방흡인술, 주름살제거술 등.수의사가 제공하는 동물의 진료용역.무도학원 및 자동차운전학원은 제외)”로부터 재화 또는 용역을 공급받고, 부가가치세액이 별도로 구분 가능한 신용카드매출전표 등을 발급받은 경우에는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우에 그 부가가치세액은「부가가치세법」제17조 제1항 및「부가가치세법」제26조 제3항에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 본다(「부가가치세법」제32조의 2 ③, 「부가가치세법 시행령」제80조 ④).

－신용카드매출전표 등 수령금액합계표(별지 제13호서식) 및 신용카드매출전표 등 수령명세서(별지 제13호의 2서식)를 제출할 것

－신용카드매출전표 등을 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 확정신고를 한 날로부터 5년간 보관할 것(「소득세법」제160조의 2 제4항 또는「법인세법」제116조 제4항에서 규정하는 방법으로 증빙자료를 보관하는 경우도 인정)

② 신용카드매출전표 등 수령명세서 제출분도 신고서상의“기타공제매입세액명세”란에 일반매입과 고정자산매입으로 구분 기재하여야 한다.

(2) 의제매입세액공제는?

사업자가 부가가치세를 면제받아 공급받는 농산물.축산물.수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 과세되는 경우(면세포기하여 영세율이 적용되는 경우 제외)에는 매입세액을 의제하여 공제할 수 있다(「부가가치세법」제17조 ③).

① 의제매입세액공제율 및 계산 산식

의제매입세액 계산시 면세로 공급받은 원재료에 대한 의제매입세액공제율은 다음과 같다(「부가가치세법 시행령」제62조 ①).

가. 음식점업

㉠ 과세유흥장소의 경영자：104분의 4

㉡ 과세유흥장소의 경영자 외의 음식업을 영위하는 사업자：106분의 6(개인사업자인 경우에는 108분의 8)

나. 음식점 외의 사업：102분의 2
 
② 겸업자의 의제매입세액 계산

과세사업과 면세사업을 겸업하는 사업자가 면세원재료를 매입한 경우에는 그 과세기간종료일까지 당해 원재료의 실지귀속에 따라 의제매입세액공제 대상 원재료 여부를 구분하고 차기 이월원재료에 대하여는 그 용도가 불분명하므로「부가가치세법 시행령」제61조 제1항의 공통매입세액 안분계산방법을 준용한다.

이 경우의 계산식은 해당 사업장에서 매입한 면세원재료로서 제조.가공한 과세재화 또는 창출한 과세용역과 면세재화 또는 면세용역과의 총공급가액에 대한 과세재화 또는 과세용역 공급가액이 차지하는 비율에 따라 의제매입세액공제 대상 원재료를 구분한 후 이를 매입가액으로 하여 의제매입세액을 계산한다.

그러나 의제매입세액이 공제된 원재료가 과세재화 또는 과세용역의 원재료로 사용되지 아니하고 면세재화 또는 면세용역의 원재료로 전용되는 경우「부가가치세법 시행령」제62조 제2항에 따라 전용한 날이 속하는 예정 또는 확정신고시 추가 납부한다(「부가가치세법 시행규칙」제19조 ⑤, 부통 17－62－4).

③ 의제매입세액의 재계산

의제매입세액으로 공제받은 농산물.축산물.수산물 또는 임산물을 그대로 양도 또는 인도하거나 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 그 공제한 금액을 전용한 날이 속하는 예정 또는 확정신고 시 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하여야 한다(「부가가치세법 시행령」제62조 ②).

④ 의제매입세액 신고시 제출서류

▪ 부가가치세 (예정)확정신고와 함께 의제매입세액공제신고서와 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 서류를 사업장 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하는 경우만 적용한다(「부가가치세법」제17조 ④, 「부가가치세법 시행령」제62조  ①).

－매입처별계산서합계표

－신용카드매출전표 등 수령명세서

▪ 제조업을 영위하는 사업자가 농.어민으로부터 면세농산물 등을 직접 공급받는 경우：의제매입세액공제신고서만 제출(「부가가치세법 시행령」제62조 ①).

(3) 재활용폐자원에 대한 매입세액은?

① 매입세액공제

「조세특례제한법 시행령」제110조 제3항의 규정에 따라 매입세액을 공제받을 수 있는 재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자가 국가.지방자치단체, 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우 포함)와 간이과세자로부터 재활용폐자원 및 중고자동차를 2013.12.31.까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 취득가액에 106분의 6(중고자동차에 대해서는 2011.1.1.부터 2013.12.31.까지 취득하는 경우에는 109분의 9를 적용함)을 곱하여 계산한 금액을 「부가가치세법」제17조 제1항에 따른 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다(「조세특례제한법」제108조 ①, 「조세특례제한법 시행령」제110조 ①).
 
② 매입세액공제 한도

재활용폐자원 등에 대한 매입세액공제 한도는 부가가치세 확정신고를 할 때 해당 과세기간에 해당 사업자가 공급한 재활용폐자원과 관련한 부가가치세 과세표준에 100분의 80을 곱하여 계산한 금액에서 세금계산서를 발급받고 매입한 재활용폐자원 매입가액(해당 사업자의 사업용 고정자산 매입가액을 제외한다)을 뺀 금액을 한도로 하여 계산한 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있다. 이 경우 예정신고 및 조기환급신고를 할 때 이미 재활용폐자원 매입세액공제를 받은 경우에는 확정신고를 할 때 정산해야 한다(「조세특례제한법」제108조 ②).
 
③ 공제대상 재화의 범위

부가가치세과세사업을 영위하지 아니하는 자로부터 취득하는 재활용폐자원 및 중고자동차로서 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 및 중고자동차의 범위는 다음과 같다(「조세특례제한법 시행령」제110조 ④).

1. 재활용폐자원
가. 고철
나. 폐지
다. 폐유리
라. 폐합성수지
마. 폐합성고무
바. 폐금속캔
사. 폐건전지
아. 폐비철금속류
자. 폐타이어
차. 폐섬유
카. 폐유

2. 중고자동차：「자동차관리법」에 따른 자동차 중 중고자동차. 다만, 중고자동차를 수출하는 경우로서 「자동차등록령」제8조에 따른 자동차등록원부에 기재된 제작연월일부터 같은 영 제32조에 따른 수출이행 여부 신고서에 기재된 수출신고수리일까지의 기간이 1년 미만인 자동차는 제외한다.

④ 매입세액공제 신고시 제출서류

▪ 부가가치세(예정)확정신고시 재활용폐자원 및 중고자동차 매입세액공제신고서[별지 제69호서식, 제69호 서식⑵]에 매입처별계산서합계표 또는 영수증을 첨부하여 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함)

▪ 재활용폐자원 등의 매입세액공제신고서에 다음의 사항이 기재되어 있지 아니하거나, 그 거래내용이 사실과 다른 경우에는 매입세액을 공제하지 아니함(「조세특례제한법 시행령」제110조 ⑤).

－공급자의 등록번호(개인의 경우에는 주민등록번호)와 명칭 및 대표자 성명(개인의 경우에는 그의 성명), 취득가액

(4) 재고매입세액은?

간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우에 그 변경되는 날 현재의 재고품, 건설중인자산 및 감가상각자산(매입세액공제대상인 것에 한함)을 변경되는 날의 직전과세기간에 대한 확정신고와 함께 일반 과세전환시의 재고품 등 신고서(별지 제11호의5 서식)를 사업장 관할세무서장에게 신고하여(「부가가치세법」제17조의 3, 「부가가치세법 시행령」제63조의 3 ①) 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 재고매입세액은 그 승인을 얻은 날이 속하는 예정신고 기간 또는 과세기간의 매출세액에서 공제한다(「부가가치세법 시행령」제63조의 3 ⑦).

(5) 대손세액 변제시의 매입세액공제는?

① 확정신고서상에 변제대손세액 기재

대손세액에 대한 매입세액을 뺀(관할세무서장이 경정하는 경우를 포함) 사업자가 대손금액의 전부 또는 일부를 변제한 경우에는 변제한 대손금액의 110분의 10에 해당하는 대손세액을 변제한 날이 속하는 과세기간의 매입세액에 더한다(「부가가치세법」제17조의 2 ⑤).

☞ 확정신고서상의 “기타 공제매입세액명세” 중 “변제대손세액”란에 기재

② 확정신고시 제출서류

대손금액을 변제함에 따라서 매입세액에서 뺀 대손세액을 다시 매입세액에 더 하고자 하는 사업자는 부가가치세 확정신고서에 대손세액변제신고서[별지 제11호의4 서식(1), 서식(2)]와 변제사실을 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함)해야 한다(「부가가치세법」제17조의 2 ⑤, 「부가가치세법 시행령」제63조의 2 ④).

(6) 면세사업용 감가상각자산의 과세사업용 전환시 매입세액공제는?

① 매입세액의 공제

사업자가 「부가가치세법」제17조 제2항 제6호(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액)에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 그 사업자는 부가가치세법 시행령 제63조의 규정에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다(「부가가치세법」제17조 ⑥).

② 과세사업 전환 감가상각자산신고서의 제출

사업자가 「부가가치세법」제17조 제6항에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용.소비하는 때에는 동 과세사업에 사용.소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고와 함께 과세사업전환 감가상각자산신고서(별지 제11호의3서식)에 의하여 각 사업장관할세무서장에게 신고해야 한다(「부가가치세법 시행령」제63조 ⑤).

5) 부가가치세 신고서상 공제받지 못할 매입세액의 검토

(1) 공제받지 못할 매입세액은?

다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다(「부가가치세법」제17조 ②). 이 경우 공제받지 못할 매입세액에 대하여는 부가가치세 신고서상 “공제받지 못할 매입세액”과 “공제받지 못할 매입세액 명세” 란에 기재하고, 매입세액불공제사유 등은 “공제받지 못할 매입세액명세서(별지 제12호의4서식)”에 기재하여 부가가치세 (예정)확정신고와 함께 제출해야 한다.

① 매입처별세금계산서합계표 미제출.거래처별 등록번호 및 공급가액 기재불성실.사실과 다른 기재

매입처별세금계산서합계표를 당해 예정신고 또는 확정신고시에 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우, 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

다만, 다음의 경우 매입세액은 제외한다(「부가가치세법 시행령」제60조 ①).

가. 적법하게 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표 등 수령명세서를 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우

나. 적법하게 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표 등 수령명세서를 경정청구서와 함께 제출하여 경정기관이 경정하는 경우

다. 적법하게 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표 등 수령명세서를 기한후과세표준신고서와 함께 제출하여 관할세무서장이 결정하는 경우

라. 적법하게 발급받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표의 거래처별등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 적힌 경우로서 발급받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인된 경우

마. 부가가치세법에 의한 경정에 있어서 사업자가 발급받은 세금계산서 또는 발급받은 신용카드매출전표 등(부가가치세액이 별도로 구분가능 한 것)을 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 경우

② 세금계산서 미수취, 필요적 기재사항의 부실기재 및 사실과 다른 세금계산서

부가가치세법에 의한 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

다만, 다음의 경우 매입세액은 제외한다(「부가가치세법 시행령」제60조 ②).

가. 사업자등록을 신청한 사업자가 사업자등록증 발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우

나. 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 적혔으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

다. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 발급받은 경우(제54조 제1항에 따른 세금계산서 발급특례로 발급받은 경우를 포함한다)

라. 발급받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우

마. 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화나 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받았고(제54조 제1항에 따른 세금계산서 발급특례로 발급받은 경우를 포함한다) 그 거래사실도 확인되는 경우

③ 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는「소득세법 시행령」제78조 또는「법인세법 시행령」제48조,「법인세법 시행령」제49조 제3항 및「법인세법 시행령」제50조에 규정하는 바에 따른다(「부가가치세법 시행령」제60조 ③).

④ 직접 영업으로 사용되지 아니하는 승용차의 구입과 유지에 관한 매입세액

「개별소비세법」제1조 제2항 제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업, 자동차임대업 및 운전학원업 및 이외 유사한 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액(「부가가치세법 시행령」제60조 ④).

「개별소비세법」제1조 제2항 제3호에 따른 자동차의 범위
 
⑤ 접대비 및 이와 유사한 비용의 지출에 관련된 매입세액

접대비 및 이와 유사한 비용의 지출은「소득세법」제35조 및「법인세법」제25조에 규정하는 접대비 및 이와 유사한 비용의 지출로 한다(「부가가치세법 시행령」제60조 ⑤).

⑥ 면세사업(비과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 포함)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액 포함)과 토지 관련 매입세액

▪ 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)

▪ 토지 관련 매입세액의 범위

토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다(「부가가치세법 시행령」제60조 ⑥).

－토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

－건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

－토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

⑦ 등록 전 매입세액

▪ 부가가치세법에 의한 등록을 하기 전의 매입세액, 다만 등록신청일로부터 역산하여 20일 이내의 것은 제외한다(「부가가치세법」제17조 ② 5호, 「부가가치세법 시행령」제60조 ⑧).

－등록：등록신청일을 기준으로 함(「부가가치세법 시행령」제60조 ⑦).

－등록신청일：등록신청서 접수일을 말함(간세1235－4729, 1977.12.26.).

6) 공통매입세액 중 면세사업 관련분에 대한 안분계산

공통매입세액 중 매입세액이 불공제되는 면세사업 관련분에 대한 매입세액은 부가가치세 신고서상(별지제12호서식 1장 앞쪽) “공제받지 못할 매입세액”과 “공제받지 못할 매입세액명세(별지 제12호서식 2장 앞쪽)” 란에 기재하고 그 안분계산 내역 및 정산내역은 “공제받지 못할 매입세액명세서(별지 제12호의4 서식)”에 기재하여 부가가치세 확정신고와 함께 제출해야 한다

(1) 안분계산방법

① 일반적인 경우

▪ 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 다음 산식에 의하여 계산한다(「부가가치세법 시행령」제61조 ①).
 

※ 용어의 정의(「부가가치세법 시행규칙」제18조의 2 ①)

▪ 총공급가액：공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액

▪ 과세사업에 대한 공급가액：공통매입세액에 관련된 과세사업공급가액으로서 공급시기가 도래된 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준(영세율 과세표준 포함)의 합계액(부가가치세 집행기준 17－61－4)

▪ 면세공급가액：공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 면세사업에 대한 수입금액

② 과세.면세 공통사용재화를 공급받은 과세기간 중에 공급한 경우

가. 당해 재화공급시 과세표준을 안분계산한 경우

과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 재화를 공급받은 과세기간 중에 당해 재화를 공급하여 과세표준을 안분계산한 경우에는 그 재화에 대한 매입세액의 안분계산은 다음 산식에 의한다(「부가가치세법 시행규칙」제18조의 2 ③).
 

나. 해당 재화공급시 과세표준 안분계산을 생략한 경우

과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 재화를 공급받은 과세기간 중에 당해 재화를 공급시에 「부가가치세법 시행령」제48조의 2 제3항의 규정에 의하여 과세표준 안분계산을 생략하고 당해 재화의 공급가액을 과세표준으로 한 경우에는 그 재화에 대한 매입세액은 공통매입세액 안분계산을 생략하고 공제되는 매입세액으로 한다(「부가가치세법 시행규칙」제18조의 2 ③).

③ 과세.면세 공급가액이 없는 경우

가. 안분계산방법

당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우는 ‘㉢’을 ‘㉠’ 및 ‘㉡’에 우선하여 적용한다(「부가가치세법 시행령」제61조 ④).

㉠ 총매입가액(공통매입가액을 제외)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율
㉡ 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

㉢ 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

나. 당초 예정사용면적비율로 안분계산 후 공급가액 발생시 안분계산 방법

위 ‘가’의 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우로서 토지를 제외한 건물 등에 대하여 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율을 적용하여 공통매입세액 안분계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 있게 되어 위 ‘⑴ ①’의 산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율을 적용하고, 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제61조의2 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다(「부가가치세법 시행령」제61조 ⑥).

(2) 전기통신사업자 및 고속철도 운영사업자의 경우 공통매입세액 안분계산 특례

위 ‘⑴’의 규정을 적용하는 때 「전기통신사업법」에 의한 전기통신사업자 및 「한국철도공사법」에 의한 한국철도공사는 실지귀속을 구분하기 어려운 재화 또는 용역에 대해서만 다음 산식에 따라 공통매입세액을 안분계산할 수 있다(「부가가치세법 시행령」제61조 ⑤).
 
(3) 확정신고시 매입세액 안분계산의 정산

① 일반적인 경우

예정신고를 하는 때의 공통매입세액은 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액 비율에 의하여 안분계산하고 확정신고를 하는 때에 정산하여야 한다(「부가가치세법 시행령」제61조 ①).

② 과세.면세 공급가액이 없는 경우

사업자가 매입가액비율, 예정공급가액의 비율, 예정사용면적의 비율의 방법으로 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 다음의 산식에 의하여 정산한다.

다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고 확정신고를 하는 때에 정산한다(「부가가치세법 시행령」제61조의 2).

가. 매입가액 비율 또는 예정공급가액 비율로 매입세액을 안분계산한 경우

나. 예정사용면적 비율로 매입세액을 안분계산한 경우


(4) 매입세액 안분계산의 생략

다음 각 호의 어느하나에 해당하는 경우에는 공통매입세액이라 하더라도 안분계산을 생략하고 전액 공제되는 매입세액으로 한다(「부가가치세법 시행령」제61조 ③).

① 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5% 미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.
② 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액,
③ 재화를 공급하는 날이 속하는 과세기간에 신규로 사업을 개시한 자가 당해 과세기간 중에 공급받은 재화를 당해 과세기간 중에 공급하는 경우의 그 재화에 대한 매입세액

5) 납부세액 또는 환급세액의 재계산

(1) 재계산한 납부세액 또는 환급세액의 신고.납부

매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함. 이하 같다)이나 그밖의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 경우 해당 사업자는 납부세액 또는 환급세액을 다시 계산하여 해당 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고.납부하여야 한다(「부가가치세법」제17조 ⑤).

(2) 확정신고시 납부세액 또는 환급세액 재계산 적용대상

납부세액 또는 환급세액의 재계산은 과세사업과 면세사업에 공하는 감가상각자산으로서「부가가치세법」제17조 제1항,「부가가치세법 시행령」제61조 및「부가가치세법 시행령」제61조의 2규정에 의하여 매입세액을 공제한 후 총공급가액에 대한 면세되는 공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 해당 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율간의 차이가 5% 이상인 경우에 한하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고ㆍ납부하여야 한다(「부가가치세법」제17 ⑤, 「부가가치세법 시행령」제62조의 2 ①).

(3) 재계산 방법

납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하는 세액은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다(「부가가치세법 시행령」제62조의 2 ②③).

① 건물 또는 구축물
 
② 기타의 감가상각자산
 
(4) 재계산의 생략

다음의 경우는 납부세액 또는 환급세액은 재계산하지 않는다.

① 감가상각자산으로서 자가공급, 개인적 공급 및 사업상 증여, 사업의 폐지 등으로 인하여 과세된 경우(「부가가치세법 시행령」제62조의 2 ④).
② 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업과 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 공통으로 사용하던 재화를 공급하는 경우[과세표준 안분계산을 생략하고 전액 과세된 경우 포함](「부가가치세법 시행규칙」제19조의 2 ②).

1) 전자신고세액공제

(1) 납세자의 경우

▪ 납세자가 직접 부가가치세 전자신고를 하는 경우 전자신고세액공제금액：1만원

－매출가액과 매입가액이 없는 일반과세자에 대해서는 이를 적용하지 함.

－간이과세자는 공제세액이 매입세액에 대한 세액공제, 재고납부세액 가산, 의제매입세액을 가감한 후의 금액을 초과할 때에는 그 초과하는 금액은 없는 것으로 봄(「조세특례제한법」제104조의 8 ② 단서).

(2) 세무사의 경우

▪ 「세무사법」에 따른 세무사(세무법인과 회계법인을 포함)가 납세자를 대리하여 전자신고의 방법으로 직전 과세기간 동안 부가가치세를 전자신고한 경우 전자신고세액공제금액：1만원을 당해 세무사의 부가가치세 납부세액에서 공제함(「조세특례제한법」제104조의 8 ③,「조세특례제한법 시행령」제104조의 5 ⑤).
－연간공제한도액(해당 세무사가 소득세 또는 법인세의 납부세액에서 공제받을 금액 및 부가가치세에서 공제받을 금액을 합한 금액)：400만원(세무법인 또는 회계법인인 경우에는 1,000만원)

(3) 세액공제신청서 제출 전자신고를 하는 때(세무사가 세액공제를 받고자 하는 경우에는 세무사 본인의 과세표준신고를 하는 때)에 세액공제신청서(별지 제1호서식)를 제출해야 한다(「조세특례제한법 시행령」제104조의 5 ⑥).

2) 택시운송사업자 경감세액

「여객자동차운수사업법」및 같은 법 시행령에 따른 일반택시운송사업자에 대하여는 부가가치세 납부세액의 100분의 90을 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세기간 분까지 경감한다(「조세특례제한법」제106조의 7 ①).

3) 신용카드매출전표 발행세액공제

(1) 공제대상사업자：개인사업자만 적용

일반과세자 중 영수증 교부대상 사업을 영위하는 사업자(법인은 제외한다) 및 간이과세자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서의 발급시기에 “신용카드매출전표 등”[ 신용카드매출전표 또는 직불카드 영수증, 결제대행업자를 통한 신용카드매출전표, 선불카드영수증(실지명의가 확인되는 것에 한정함) 및 현금영수증(부가통신사업자가 통신판매업자를 대신하여 발급하는 현금영수증을 포함한다] 발급하거나 다음 각 호의 요건을 갖춘 전자화폐에 의하여 대금을 결제받는 경우에는 다음 “나”에서 정하는 금액(연간 500만원을 한도로 한다. 다만, 2012.12.31.까지는 연간 700만원을 한도로 한다)을 납부세액에서 공제한다. 이 경우 공제받는 금액이 그 금액을 차감하기 전의 납부할 세액[이 법, 「국세기본법」및 「조세특례제한법」에 따라 빼거나 더할 세액(「부가가치세법」제22조 및「국세기본법」제47조의 2,「국세기본법」제47조의 3, 「국세기본법」제47조의 4, 「국세기본법」제47조의5까지의 규정에 따른 가산세는 제외한다)을 빼거나 더하여 계산한 세액을 말하며, 그 계산한 세액이 음수(陰數)인 경우에는 “0”으로 본다]을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분은 없는 것으로 본다(「부가가치세법」제32조의 2 ①,「부가가치세법 시행령」제80조 ②.③).

① 전자화폐의 요건

▪ 카드 또는 컴퓨터 등 전자적인 매체에 화폐가치를 저장하였다가 재화 또는 용역 구매시 지급하는 결제수단(전자화폐)일 것

▪ 전자화폐를 발행하는 사업자가 결제내역을 가맹사업자별로 구분하여 관리하는 것

② 신용카드매출전표 등과 전자화폐의 발행세액공제금액

▪ 그 발급금액 또는 결제금액의 1%(2012.12.31.까지는 1.3%)에 해당하는 금액

▪ 음식점업 또는 숙박업을 하는 간이과세자의 경우에는 발급금액 또는 결제금액의 2%(2012.12.31.까지는 2.6%)에 해당하는 금액

(2) 신고시 첨부서류

① 신용카드매출전표 등 발행세액공제：신용카드매출전표 등 발행금액 집계표(별지 제12호의5서식)

② 전자화폐결제세액공제：전자화폐결제명세서(별지 제12호의6서식)

4) 현금영수증사업자 세액공제

현금영수증 결제를 승인하고 전송할 수 있는 시스템을 갖춘 사업자로서 국세청장으로부터 현금영수증사업의 승인을 얻은 현금영수증사업자에 대하여「조세특례제한법」제126조의 3에 따라 납부세액에서 빼거나 환급세액에 더하는 부가가치세공제액을 기재한다.

① 공제세액：「조세특례제한법 시행령」제121조의 3 제8항에서 규정하는 금액

② 공제시 제출서류：현금영수증사업자 부가가치세액공제신청서(별지 제75호서식)

1) 예정신고 미환급세액

예정신고납부를 하는 사업자가 예정신고를 할 때 조기환급세액이 아닌 일반환급세액이 발생한 것으로 신고하여 조기에 환급을 받지 아니한 환급세액을 기재하며 확정신고시 납부세액에서 빼거나 환급세액에 더한다. 특히 예정신고 미환급세액을 확정신고서에 자칫 기재누락 하는 경우가 있으므로 확정신고서 작성 시에는 당해 과세기간의 예정신고 시 일반환급대상으로서 미환급세액이 있는지를 반드시 확인해야 한다.

2) 예정고지세액(개인사업자만 해당)

일반과세자 중 개인사업자로서 당해 과세기간 중에 예정고지된 세액이 있는 경우 그 예정고지세액을 기재한다.

※ 예정고지세액 조회방법

▪ 납세자 본인：국세청 홈텍스의 [조회서비스]－[부가가치세 예정고지 세액 조회]에서 직접 조회 가능

▪ 세무대리인：국세청 홈텍스의 [세무대리]－[수임자납세자정보]－[부가가치세 예정고지세액 조회]에서 조회 가능

금지금 매입자가「조세특례제한법 시행령」제106조의 9에 따라 부가가치세 관리기관(주식회사 신한은행)에 입금한 부가가치세액이 있는 경우에는 금사업자의 금지금 매입자납부특례 기납부세액으로서 금사업자가 납부하여야 할 세액에서 공제하거나 환급받을 세액에 가산한다(「조세특례제한법」제106조의 4 ⑨).

1) 현금매출명세서 제출대상사업자 등의 범위

부동산업, 전문, 과학 및 기술서비스업, 보건업, 기타 개인서비스업 중, 예식장업, 부동산중개업, 보건업(병원.의원으로 한정)과 변호사업, 심판변론인업, 변리사업, 법무사업, 공인회계사업, 세무사업, 경영지도사업, 기술지도사업, 감정평가사업, 손해사정인업, 통관업, 기술사업, 건축사업, 도선사업, 측량사업, 공인노무사업, 의사업, 한의사업, 약사업, 한약사업, 수의사업, 그밖에 이와 유사한 사업서비스업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 영위하는 자(「부가가치세법」제20조의 2 ①, 「부가가치세법 시행령」제67조의 2).

2) 현금매출명세서의 제출

현금명세서 제출대상사업을 영위하는 사업자는 현금매출명세서를 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하여야 한다(「부가가치세법」제20조의 2 ①). 사업자가 현금매출명세서를 제출하지 아니하거나 제출한 현금매출이 사실과 다르게 적혀 있는 경우에는 제출하지 아니한 수입금액 또는 제출한 수입금액과 실제 수입금액과의 차액에 대하여 1%에 해당하는 가산세가 부과되므로(「부가가치세법」제22조 ⑦), 이를 유의하여야 할 것이다.

간이과세자는 각 과세기간의 과세표준과 납부세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일(폐업하는 경우에는 폐업일이 속하는 달의 다음 달 25일)이내에 사업장관할세무서장에게 신고.납부하여야 한다(「부가가치세법」제27조 ①).

간이과세자가 각 과세기간에 대한 과세표준과 세액을 확정신고 납부하는 경우에 있어서의 확정신고기간 및 신고납부기한은 다음과 같다.
 
※과세기간 중 간이과세 포기자에 대한 확정신고기간은 간이과세포기의 신고일이 속하는 과세기간의 개시일로부터 그 신고일이 속하는 달의 말일까지이며, 이 때의 신고납부기한은 당해 확정신고기간 끝난 후 25일 이내임.

간이과세자의 부가가치세의 확정신고.납부에 있어서는 해당 과세기간의 납부세액에 가산세(미등록.명의위장등록가산세, 무신고가산세, 과소신고가산세, 초과환급신고가산세, 납부.환급불성실가산세)를 가산하고 다음 각 호의 세액을 차감한 금액을 간이과세자 부가가치세확정신고서와 함께 관할세무서장에게 납부하거나 납부서에 의하여 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다(「부가가치세법 시행령」제75조 ⑥).

① 세금계산서 등의 매입세액에 대한 공제세액

② 의제매입세액공제

③ 신용카드매출전표 등 발행공제세액

간이과세자는 부가가치세확정신고시 다음의 서류를 제출하여야 한다(「부가가치세법 시행령」제75조 ②, ⑧, ⑩). 다만, 다음에 규정하는 것 중 당해 사업자에 해당하지 아니한 것은 제출할 필요가 없다.

① 간이과세자 부가가치세 확정신고서

② 매입처별세금계산서합계표

③신용카드매출전표 등 수령명세서(신용카드매출전표로 매입세액을 공제받는 경우 )

④ 영세율 첨부서류(부가가치세 확정신고서에 첨부하지 아니한 부분에 대하여는 부가가치세 확정신고로 보지 아니함)

⑤ 신용카드매출전표 등 발행금액집계표

⑥ 의제매입세액공제신고서와 매입처별계산서합계표.신용카드매출전표등수령명세서[의제매입세액공제의 경우에 제출하며, 음식점업자(복식부기의무자 제외)가 농어민이나 개인으로부터 직접 공급받은 면세농산물 등의 가액 중 과세공급대가의 5%에 해당하는 가액에 대하는 의제매입세액공제신고서만을 제출]

⑦ 부동산임대공급가액명세서(“간이과세자부가가치세 간편신고서”에 의하여 신고하는 자는 간편신고서식에 기재)

⑧ 사업양도신고서(부가가치세법상 사업양도에 한함)

⑨ 사업장현황명세서(음식.숙박업, 기타 서비스업자에 한함)

⑩ 건물등감가상각자산취득명세서(건물.구축물.기계장비.차량운반구 등 감가상각자산을 부동산을 취득하는 경우)

⑪ 전자화폐결제명세서(전자화폐가 결제수단인 경우)

⑫ 세액공제신청서(전자신고 세액공제를 받는 경우)

1) 납부의무면제 대상

간이과세자의 해당 과세기간에 대한 공급대가가 1,200만원 미만인 경우에는 그 납부세액에 대한 납부할 의무를 면제한다. 다만, 일반과세자에서 간이과세자로 과세유형이 전환된 경우의 재고납부세액은 그러하지 아니하다(「부가가치세법」제29조 ①).

신규사업자 및 휴폐업자 등의 납부의무면제기준금액 판단 방법(「부가가치세법」제29조 ③)

▪ 신규사업자：사업개시일부터 그 과세기간의 종료일까지의 공급대가의 합계액을 6개월로 환산한 금액을 기준으로 함(1개월미만은 1개월로 함)

▪ 휴업자.폐업자 및 과세유형전환자：과세기간 개시일부터 휴업일.폐업일 및 과세유형 전환일까지의 공급대가의 합계액을 6개월로 환산한 금액을 기준(1개월 미만은 1개월로 함)

2) 납부의무면제자의 가산세 적용배제

간이과세자의 부가가치세 납부의무를 면제하는 경우는 다음의 가산세는 적용되지 아니한다(「부가가치세법」제29조 ②). 다만, 사업자등록 기한 내에 사업자등록을 하지 아니한 경우[고정된 물적시설을 갖추지 않고 공부(公簿)에 등록된 사업장소재지가 없는 경우는 제외)에는 사업개시일부터 등록을 신청한 날의 직전일까지의 공급가액에 대하여 1,000분의 5에 해당하는 금액과 5만원 중 큰 금액의 가산세를 적용한다.

① 미등록(고정된 물적시설을 갖추지 않고 공부에 등록된 사업장 소재지가 없는 경우).명의위장등록가산세

② 무신고 및 과소 신고가산세

③ 영세율과세표준 신고불성실가산세

3) 납부의무면제자가 납부세액을 자진납부시 처리

▪ 부가가치세 납부의무가 면제되는 사업자가 자진납부한 경우에는 관할세무서장은 이를 환급하여야 한다. 따라서 부가가치세 납부의무가 면제되는 사업자가 자진납부를 하고 환급청구를 하는 경우에는 관할세무서장은 그 청구일로부터 2월 이내에 이를 환급해야 한다(「부가가치세법」제29조 ④, 「부가가치세법 시행령」제77조의 3 ①).

－환급청구방법：“환급청구서(별지제21호서식)”(전자문서로 된 청구서 포함)에 납부사실을 증명할 수 있는 서류를 첨부하여 관할세무서장에게 청구(국세정보퉁신망에 의한 청구를 포함)해야 함(「부가가치세법 시행령」제77조의 3 ②).

다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 용역 또는 무체물(이하 용역 등이라 한다)을 공급(무체물인 재화의 수입으로서「부가가치세법」제19조의 2에 따라 관세와 함께 부가가치세를 신고.납부하여야 하는 재화의 수입에 해당하지 아니한 경우를 포함한다) 받는 자(공급받은 그 용역을 과세사업에 제공하는 경우는 제외하되 법 제17조 제2항 각 호에 따라 매입세액이 공제되지 아니하는 용역등을 공급받는 경우를 포함한다)는 그 대가를 지급하는 때에 부가가치세를 징수하고 예정 또는 확정신고 시에 대리납부해야 한다(「부가가치세법」제34조 ①, 「부가가치세법 시행령」제85조 ④).

① 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인

② 국내사업장이 있는 비거주자 또는 외국법인. 다만, 비거주자 또는 외국법인이 국내사업장과 관련 없이 용역 등을 제공하는 경우로서 다음의 경우에 해당하는 경우만 해당한다

가. 「소득세법」제156조 제1항 본문 또는「법인세법」제98조 제1항 본문의 규정에 해당하는 경우
나. “가” 이외의 경우로서 해당 용역 등의 제공이 국내사업자에 귀속되지 아니하는 경우

1) 과세사업과 면세사업 공급가액이 있는 경우

부가가치세 대리납부를 함에 있어서 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인으로부터 공급받은 용역 등이 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 그 실지귀속을 구분할 수 없는 경우의 면세사업에 사용된 용역 등의 과세표준은 다음 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다(「부가가치세법 시행령」제85조 ②).


2) 과세사업과 면세사업 공급가액이 모두 없거나 어느 하나의 사업에 공급가액이 없는 경우

위 ‘1)’의 산식을 적용함에 있어서 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 없거나 어느 하나의 사업에 공급가액이 없으면 그 과세기간에 있어서의 안분계산은 「부가가치세법 시행령」제61조 제4항과 제61조의 2를 준용한다(「부가가치세법 시행령」제85조 ②).

부가가치세 대리납부를 함에 있어서 대가를 외화로 지급하는 때에는 다음 각호에 규정하는 금액을 그 대가로 한다(「부가가치세법 시행령」제85조  ③).

① 원화를 외화로 매입하여 지급하는 경우에는 지급일 현재의 대고객외국환매도율에 의하여 계산한 금액
② 보유 중인 외화로 지급하는 경우에는 지급일 현재의 기준환율 또는 재정환율에 의하여 계산한 금액

1) 대리납부 시기

국내에 사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인으로부터 용역 등의 공급을 받는 자는 그 대가를 지급하는 때에 부가가치세를 징수하고 그 지급일이 속하는 예정신고 또는 확정신고시에 사업장 또는 주소지관할세무서장에게 납부하여야 한다(「부가가치세법」제34조 ①).

2) 대리납부 절차

국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인으로부터 용역등을 공급받은 자로서 대리납부의무가 있는 자가 그 대가 지급시 징수한 부가가치세는 부가가치세대리납부신고서(별지 제22호서식)와 함께 이를 징수한 사업장 또는 주소지관할세무서장에게 납부하거나 「국세징수법」에 의한 납부서에 의하여 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다(「부가가치세법 시행령」제85조 ①).

「부가가치세법」제34조에 따라 용역 등을 공급받는 자로서 부가가치세를 징수하여 납부할 의무를 지는 자가 징수하여야 할 세액을 세법에 따른 납부기한까지 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 한도로 하여 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다(「국세기본법」제47조의 5,「국세기본법 시행령」제27조의 4).

① 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 3에 상당하는 금액

② (납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액)×(납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간)×100분의 3

다음 각 호(「부가가치세법」제34조 제1항 각 호)의 어느 하나에 해당하는 자가 「부가가치세법」제5조에 따른 사업자등록의 대상인 위탁매매인, 준위탁매매인 또는 대리인에 의하여 용역 또는 무체물(이하 “용역 등”이라 한다)를 공급하는 경우에는 위탁매매인, 준위탁매매인 또는 대리인이 해당 용역 등을 공급한 것으로 본다. 이 경우 무체물의 공급(무체물인 재화의 수입으로서 「부가가치세법」제19조의2에 따라 관세와 함께 부가가치세를 신고.납부하여야 하는 재화의 수입에 해당하지 아니하는 경우를 포함한다)에 대해서는 같은법 제6조 제5항의 적용을 배제한다(「부가가치세법」제34의2 ①, 「부가가치세법 시행령」제85조 ① . ②).

① 「소득세법」제120조 또는「법인세법」제94조에 따른 국내사업장(이하 이 조에서 “국내사업장”이라 한다)이 없는 비거주자 또는 외국법인
② 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인(비거주자 또는 외국법인의 국내사업장과 관련없이 용역 등을 제공하는 경우로서 다음의 경우만 해당한다)

가. 「소득세법」제156조 제1항 본문 또는 「법인세법」제98조 제1항 본문의 규정에 해당하는 경우
나. ‘가’ 이외의 경우로서 해당 용역 등의 제공이 국내사업장에 귀속되지 아니한 경우

위 ‘1’의 ‘①, ②’의 어느 하나에 해당하는 자로부터 무체물을 공급받는 경우에는「부가가치세법」제10조(거래장소) 제1항에도 불구하고 공급받는 자의 사업장 또는 주소지를 해당 무체물이 공급되는 장소로 본다(「부가가치세법」제34조의 2).