「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교, 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하나, 다만 아래 각 호의 경우에는 감면을 배제한다.

① 수익사업에 사용하는 경우(주의 ☞ 2012.1.1. 이후부터는 학교는 이 규정 배제함)
② 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
③ 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

학교 등이나 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 … 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다. 다만, ① 수익사업에 사용하는 경우와 ② 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 ③ 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는… 면제하지 아니한다.

위 규정의 경우와 같이 비영리법인 또는 비영리단체의 지방세 감면은

① 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여 적용하고, 다만
② 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우
③ 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는… …감면을 배제하는 것으로 정하고 있다. 지방세 감면규정의 충분한 이해를 위하여서는 ‘① 해당 사업, ② 고유업무, ③ 수익사업…등’의 정의 개념을 확실히 하여야 한다.

「지방세특례제한법」제2조 등에서 정한 정의규정을 살펴보면 다음과 같다.

“고유업무”란 법령에서 개별적으로 규정한 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다(「지방세특례제한법」제2조).

실질적으로 수행하는 모든 목적사업을 인정하는 것이 아니고 법령이나 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무에 국한하는 것이다. 법인세법 등의 경우에 ‘정관에 정한 목적사업’을 고유업무로 인정하는 것으로 정하고 있으나 지방세 감면규정에서는 단순히 ‘정관에 정한 목적사업’은 고유업무가 아닌 것이다.

(1) 인용규정

“수익사업”이란「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업을 말한다. 다만,「고등교육법」제4조에 따라 설립된 의과대학 등의 부속 병원이 경영하는 의료업과「사회복지사업법」에 따라 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업은 수익사업으로 보지 아니한다(「지방세특례제한법」제2조).

지방세 감면 배제의 규정을 적용할 때의 수익사업은 따라서 다음 각 호의 사업(이하 “수익사업”이라 한다)…으로 한다(「법인세법」제3 조 ③).

1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
2.「소득세법」제16조 제1항에 따른 이자소득(☞지방세 감면규정에서는 인용의 여지 없음)
3.「소득세법」제17조 제1항에 따른 배당소득(☞지방세 감면규정에서는 인용의 여지 없음)
4. 주식ㆍ신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입(☞지방세 감면규정에서는 인용의 여지 없음)
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입(☞지방세 감면규정에서는 인용의 여지 없음)
6.「소득세법」제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입(☞지방세 감면규정에서는 인용의 여지 없음)
7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것(☞지방세 감면규정에서는 인용의 여지 없음)

(2) 수익사업의 범위(「법인세법 시행령」제2조)

「법인세법」제3조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.

1. 축산업(축산 관련 서비스업을 포함한다)ㆍ조경수 식재 및 관리서비스업 외의 농업(☞지방세 감면규정에서는 감면 배제대상 수익사업에 해당하지 아니함)
2. 사업서비스업 중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다) (☞지방세 감면규정에서는 감면 배제대상 수익사업에 해당하지 아니함)
2의 2. 비영리내국법인이 외국에서 영위하는 선급검사용역에 대하여 당해 외국이 법인세를 부과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에 본점 또는 주사무소가 있는 비영리외국법인(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우에 한한다)이 국내에서 영위하는 선급검사용역(☞지방세 감면규정에서는 감면 배제대상 수익사업에 해당하지 아니함)
3. 교육서비스업 중「유아교육법」에 따른 유치원ㆍ「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 의한 학교와「평생교육법」제31조 제4항에 따른 전공대학 형태의 평생교육시설 및 같은 법 제33조 제3항에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설을 경영하는 사업(☞지방세 감면규정에서는 감면 배제 대상 수익사업에 해당하지 아니함)
4. 보건 및 사회복지사업 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사회복지시설에서 제공하는 사회복지사업(☞지방세 감면규정에서는 감면 배제대상 수익사업에 해당하지 아니함)
가.「사회복지사업법」제34조에 따른 사회복지시설 중 사회복지관, 부랑인ㆍ노숙인 시설 및 결핵ㆍ한센인 시설
나.「국민기초생활보장법」제15조의 2 제1항 및「국민기초생활보장법」제16조 제1항에 따른 중앙자활센터 및 지역자활센터
다.「아동복지법」제16조 제1항에 따른 아동복지시설
라.「노인복지법」제31조에 따른 노인복지시설(노인전문병원은 제외한다)
마.「노인장기요양보험법」제2조 제4호에 따른 장기요양기관
바.「장애인복지법」제58조 제1항에 따른 장애인복지시설
사.「한부모가족지원법」제19조 제1항에 따른 한부모가족복지시설
아.「영유아보육법」제10조에 따른 어린이집 (2011.12.8. 개정)
자.「성매매방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」제6조 제2항 및 제10조 제2항에 따른 지원시설 및 성매매피해상담소
차.「정신보건법」제3조 제4호 및 제5호에 따른 정신질환자사회복귀시설 및 정신요양시설
카.「성폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」제10조 제2항 및「성폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」제12조 제2항에 따른 성폭력피해상담소 및 성폭력피해자보호시설
타.「입양촉진 및 절차에 관한 특례법」제10조 제1항에 따른 입양기관
파.「가정폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」제5조 제2항 및 제7조 제2항에 따른 가정폭력 관련 상담소 및 보호시설
하.「다문화가족지원법」제12조 제1항에 따른 다문화가족지원센터
5. 연금 및 공제업 중 다음 각목의 사업(☞지방세 감면규정에서는 감면 배제대상 수익사업에 해당하지 아니함)
가.「국민연금법」에 의한 국민연금사업(2005.2.19. 법명개정)
나. 특별법에 의하거나 정부로부터 인가 또는 허가를 받아 설립된 단체가 영위하는 사업(기금조성 및 급여사업에 한한다)
6. 사회보장보험업 중「국민건강보험법」에 의한 의료보험사업과「산업재해보상보험법」에 의한 산업재해보상보험사업(☞지방세 감면규정에서는 감면 배제대상 수익사업에 해당하지 아니함)
7. 주무관청에 등록된 종교단체(그 소속단체를 포함한다)가 공급하는 용역 중「부가가치세법」제12조 제1항 제17호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업(☞지방세 감면규정에서는 감면 배제대상 수익사업에 해당하지 아니함)
8. 금융 및 보험 관련 서비스업 중 다음 각 목의 사업(☞지방세 감면규정에서는 감면 배제대상 수익사업에 해당하지 아니함) 가.「예금자보호법
」에 의한 예금보험기금 및 예금보험기금채권상환기금을 통한 예금보험 및 이와 관련된 자금지원ㆍ채무정리 등 예금보험제도를 운영하는 사업
나.「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」및「수산업협동조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
다.「새마을금고법」에 의한 예금자보호준비금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
라.「금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」에 따른 구조조정기금을 통한 부실자산 등의 인수 및 정리와 관련한 사업
마.「신용협동조합법」에 의한 신용협동조합예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업(2005.2.19. 법명개정)
바.「산림조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업(2005.2.19. 법명개정)
9.「대한적십자사 조직법」에 의한 대한적십자사가 행하는 혈액사업(☞지방세 감면규정에서는 감면 배제대상 수익사업에 해당하지 아니함)
10.「한국주택금융공사법」에 따른 주택담보노후연금보증계정을 통하여 주택담보노후연금보증제도를 운영하는 사업(보증사업과 주택담보노후연금을 지급하는 사업에 한한다) (☞지방세감면규정에서는 감면 배제대상 수익사업에 해당하지 아니함)
11.「국민기초생활 보장법」제2조에 따른 수급권자ㆍ차상위계층 등 기획재정부령으로 정하는 자에게 창업비 등의 용도로 대출하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖춘 사업(☞지방세 감면규정에서는 감면 배제대상 수익사업에 해당하지 아니함)
12. 비영리법인(사립학교의 신축ㆍ증축, 시설확충, 그밖에 교육환경 개선을 목적으로 설립된 법인에 한한다)이 외국인학교의 운영자에게 학교시설을 제공하는 사업(☞지방세 감면규정에서는 감면 배제대상 수익사업에 해당하지 아니함)
13.「국민체육진흥법」제33조에 따른 대한체육회에 가맹한 경기단체 및「태권도 진흥 및 태권도공원조성에 관한 법률」에 따른 국기원의 승단ㆍ승급ㆍ승품 심사사업(☞지방세 감면규정에서는 감면 배제대상 수익사업에 해당하지 아니함)
14.「수도권매립지관리공사의 설립 및 운영 등에 관한 법률」에 따른 수도권매립지관리공사가 행하는 폐기물처리와 관련한 사업(☞지방세 감면규정에서는 감면 배제대상 수익사업에 해당하지 아니함)
15. 제1호, 제2호, 제2호의2, 제3호부터 제14호까지의 규정과 비슷한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업 즉, 그 사업활동이 각 사업연도의 전기간에 걸쳐 계속하여 행하여지는 사업 외에 상당기간에 걸쳐 계속적으로 행하여지거나 정기적 또는 부정기적으로 상당회수에 걸쳐 행하여지는 사업을 포함하는 것으로 한다(법칙 1). (☞지방세 감면규정에서는 감면 배제대상 수익사업에 해당하지 아니함)
 

(3) 수익사업의 판단기준인 ‘수익성’

위 수익사업의 범위규정(법령 2)은… ‘「법인세법」제3조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다’라고 하여… 수익사업은 단순히 ① 한국표준산업분류에 의한 각 사업을 영위하는 것으로 족하지 않고 ② 수익이 발생하는 것 즉, ‘수익성’을 수익사업의 조건으로 설정하고 있다.

‘해당 사업에 직접 사용하는 부동산’에 대하여 지방세 감면을 적용하는 바, ‘해당 사업에 직접 사용하는 부동산’의 판정을 함에 있어서는 …당해 부동산의 용도가 당해 목적사업 자체에 직접 사용하는 것…을 뜻하는 것으로, 당해 법인의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것이다.

(1) 취득세의 감면과 배제

가 개정 후 규정

「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교,「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」또는「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자(이하 이 조에서 “학교 등”이라 한다)가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 2012년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다. (2011.12.31. 개정)

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우(2011.12.31. 신설)
2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우(2011.12.31. 신설) 종전규정과 비교하면 종전의 ‘수익사업에 사용하는 경우’의 감면 배제 규정이 삭제된 것이다.

나 개정 전 규정

「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교,「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법」또는「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, …

① 수익사업에 사용하는 경우(☞ 2011.12.31.개정에 의하여 삭제된 것)와
② 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는
③ 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우…

그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다. (2010.12.27. 단서개정)

다 부 칙(2011.12.31. 법률 제11138호)

제1조 【시행일】
이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제10조 제1항 및 제57조 제3항의 개정규정은 2012년 3월 2일부터 시행한다.

제2조 【일반적 적용례】
이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다.

(2) 재산세의 감면과 배제

가 감면과 배제

학교 등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대하여는 재산세(「지방세법」제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및「지방세법」제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다. 다만, …
① 수익사업에 사용하는 경우와
② 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및
③ 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는…면제하지 아니한다. (2011.12.31. 개정)
나 해당 사업에 직접 사용하는 부동산의 범위

(가) 수익용재산은 직접사용부동산이 아님

학교 경영에 필요한 경비를 마련하기 위하여 경영하는 수익용 재산은 교육에 직접 사용하고 있는 재산(교사, 교지, 실습장, 운동장 등)으로 볼 수 없으므로 재산세 과세대상에 해당한다(지방세특례제한법 기본통칙 41-1 【학술 등에 사용하지 아니하는 재산】).

(나) 건축 중인 경우 등

해당 사업에 직접 사용하는 부동산으로 보는 “대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 해당 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지를 말한다( 「지방세특례제한법 시행령」제18조). 즉, 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지는 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 해당하여 감면배제를 하지 아니하는 것이다.

(1) 취득세의 감면과 배제

가. 개정규정

종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다.

1. 수익사업에 사용하는 경우(2011.12.31. 신설)
2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우(2011.12.31. 신설)
3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우(2011.12.31. 신설)

나. 종전규정

종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, …

① 수익사업에 사용하는 경우와
② 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는
③ 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우…

그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다. (2010.12.27. 단서개정)

(2) 재산세의 감면과 배제

가 감면배제의 내용

종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대하여는 재산세…를 각각 면제한다. 다만, …

① 수익사업에 사용하는 경우와
② 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및
③ 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산…에 대하여는 면제하지 아니한다.

나 해당 사업에 직접 사용하는 부동산의 범위(건축 중인 경우 등)

(가) 건축 중인 경우 또는 건축규제기간을 직접사용으로 인정함

법 제50조 제2항 본문에서 “대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지”란 해당 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지를 말한다(「지방세특례제한법 시행령」제25조).

(나) 단순히 사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 것은 직접사용 아님

조세감면의 범위를 정하는 규정은 이를 확대해석하면 조세형평의 원칙에 반하는 결과를 초래하기 때문에 과세요건을 정하는 규정과 같이 엄격히 해석하여야 할 것(대법원98두15122, 2001.2.23.참조)이고, 재산세에 있어서 그 사업에 “직접 사용”하는 부동산이라 함은 현실적으로 그 사업에 직접 사용되고 있는 것만을 지칭하는 것이고 단지 사업에 직접 사용하기 위한 준비를 하고 있는 것까지 포함한다고 볼 수 없다고 할 것(대법원97누14644, 1997.12.12., 조심2008지632, 2009.2.16. 같은 뜻)인 바, 청구법인은 위에서 본 바와 같이 2011년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 공실상태로 내부공사 중이었는데 이는 사회통념상 직접 사용하기 위한 준비단계라고 봄이 타당하다 할 것이다.

그렇다면,「지방세특례제한법」제50조 제2항에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여 재산세 및 지역자원시설세를 각각 면제한다고 되어 있는 이상, 처분청이 이 건 재산세 등을 부과고지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.