「고등교육법」에 따른 학교법인이 대통령령으로 정하는 수익용기본재산(이하 “수익용기본재산”이라 한다)을 2013년 12월 31일까지 양도하고 양도일부터 1년 이내에 다른 수익용기본재산을 취득하는 경우 보유하였던 수익용기본재산을 양도하여 발생하는 양도차익은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 3개 사업연도의 기간에 균등액 이상을 익금에 산입하여야 한다(2010.1.1. 개정,「조세특례제한법」제104조의 16).

「조세특례제한법」제104조의 16 제1항에 의한 익금불산입의 규정을 적용받으려는 학교법인은 수익용기본재산의 양도일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 양도차익명세 및 분할익금명세서(조세특례제한법 시행규칙 별지 제12호의2)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 하며, “취득예정 자산가액”을 적용하여 익금불산입규정을 적용받은 후 수익용기본재산을 취득하는 때에는 취득일이 속하는 사업연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 취득완료보고서(조세특례제한법 시행규칙 별지 제64호의 14)를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다

학교법인이 수익용 기본재산 양도차익의 익금불산입규정을 적용하기 전에 수익용기본재산의 양도차익에 대하여 고유목적사업준비금을 전입하는 것이 인정된다. 그러나 그 양도가액을 다시 다른 수익용기본재산을 취득하는 데에 사용하는 것은 의료회계의 경우를 제외하고는 고유목적사업준비금의 사용에 해당하지 아니한다. 따라서 수익용기본재산의 양도가액으로 다른 수익용기본재산을 취득하는 경우에는 고유목적사업준비금을 전입하지 아니하고 이 규정에 의한 익금불산입의 규정을 적용하는 것이 유익할 것이다.

의과대학부속병원 등 의료회계의 경우에는 수익용기본재산의 양도가액으로 다시 의료용기본재산을 취득하는 것은 고유목적사업준비금의 사용에 해당하는 것이므로 이 경우에는 양도차익 익금불산입규정을 적용하지 않고 고유목적사업준비금의 전입을 하는 방법이 있는가 하면 먼저 양도차익익금불산입규정을 적용하고 그 익금불산입액이 추후 익금에 산입되는 시점에 그 익금산입액에 대한 고유목적사업준비금 전입을 하는 방법이 있다. 후자의 경우에는 해당 익금불산입 금액을 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 3개 사업연도의 기간에 균등액 이상을 익금에 산입하게 되는데 그 각각의 균등익금산입을 하는 사업연도에 익금산입액의 100/100에 상당하는 고유목적사업준비금의 손금산입을 하게 된다. 즉, 양도 후 거치기간 2년, 익금산입기간 3년 및 준비금사용기한 5년을 합하여 최장기 10년의 사용기한을 갖게 된다.

의과대학부속병원의 의료회계에서 위의 익금불산입의 규정을 적용하지 아니한다면 양도일이 속하는 사업연도에 양도차익전액의 100/100에 상당하는 고유목적사업준비금을 손금산입할 수 있는 것이므로 그 후 5년의 준비금사용기한을 갖게 된다. 결과적으로 전자의 경우에는 후자의 경우에 비하여 고유목적사업준비금의 사용기한이 단기 2년, 장기 5년 더 연장되는 것에 불과한 셈이 된다.