2012.12.31. 이전에 창업한 중소기업이어야 한다. 창업벤처중소기업은 창업 후 3년 이내에 2012.12. 31.까지 벤처기업으로 확인을 받은 기업을 말하며, 창업일로부터 3년이 경과되어 벤처기업 확인을 받은 기업, 벤처기업으로 확인을 받은 후 다시 연장받는 기업 또는 벤처기업으로 확인받기 전까지 예비벤처중소기업 등은 원칙적으로 창업벤처중소기업에 해당되지 않는다고 할 것이다.

수도권 과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업이어야 한다. 2002.12.31.까지는「조세특례제한법」제6조 제1항 및 같은 법 시행령 제5조 제2항의 규정에 의한 별표1에 의하여 수도권지역 중 과밀억제권역 및 성장관리지역 일부지역 외의 지역에서 창업하는 중소기업이면 창업중소기업에 해당되었으나, 2003.1.1.부터「조세특례제한법」제6조 제1항의 개정과 같은법 시행령 제5조 제2항을 삭제함으로써 수도권지역 중 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업만 창업중소기업으로 보도록 개정하였다. 창업중소기업과는 달리 창업벤처중소기업의 감면에 대하여는 지역적 제한규정을 두고 있지 아니하므로 수도권 과밀억제구역 안에서 창업한 중소기업이라 하더라도 창업벤처중소기업에 해당된다는 점에 유의할 필요가 있다.

[수도권 중 과밀억제권역의 범위]
　

창업(벤처)중소기업에 해당되기 위해서는 일정한 업종을 영위하여야 한다. 창업중소기업이 영위하여야 하는 업종은「조세특례제한법」제6조 제3항에서 창업벤처중소기업과 같이 규정하고 있으므로 창업벤처중소기업이 영위하여야 하는 업종과 동일하다. 감면대상인 창업중소기업에 해당되기 위해서는 영위하여야 하는 업종으로는 다음과 같다.

1) 광업, 2) 제조업, 3) 건설업, 4) 음식점업, 5) 출판업, 6) 영상. 오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업 제외), 7) 방송업, 8) 전기통신업, 9) 컴퓨터 프로그래밍, 시스템통합 및 관리업, 10) 정보서비스업(뉴스제공업 제외), 11) 연구개발업, 12) 광고업, 13) 그 밖의 과학기술서비스업, 14) 전문디자인업, 15) 전시 및 행사대행업, 16) 창작 및 예술 관련 서비스업(자영예술가 제외), 17)「엔지니어링기술 진흥법」에 따른 엔지니어링활동(「기술사법」의 적용을 받는 기술사의 엔지니어링활동 포함)을 제공하는 사업, 18) 운수업 중 화물운송업, 화물취급업, 보관 및 창고업, 화물터미널운영업, 화물운송 중개. 대리 및 관련 서비스업, 화물포장. 검수 및 형량 서비스업 및「항만법」에 따른 예선업과 기타 산업용 기계장비 임대업 중 파렛트임대업, 19)「학원의 설립. 운영 및 과외교습에 관한 법률」에 따른 직업기술 분야를 교습하는 학원을 운영하는 사업, 20)「관광진흥법」에 따른 관광숙박업, 국제회의업, 유원시설업 및「관광진흥법 시행령」제2조에 따른 전문휴양업과 종합휴양업, 21)「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 22)「전시산업발전법」에 따른 전시산업

창업한 기업이 중소기업의 범위에 적합하여야 한다.「조세특례제한법」제5조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 중소기업(이하 중소기업이라 한다)”으로 규정하고 있으므로 동법 제5조 제1항에서 정의하는 중소기업은 동법 제6조, 제119조, 제120조 및 제121조에도 동일하게 적용된다고 본다. 조세특례제한법 시행령 제2조제1항에서 중소기업의 범위에 대하여 업종제한 및 규모제한을 규정하고 있다. 따라서 다음과 같이 영위업종 요건, 규모제한요건 및 실질적 독립성 기준의 요건을 모두 충족하여야 중소기업에 해당된다. 이 경우 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니하도록 규정하고 있다.

① 영위업종(「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항)

• 작물재배업, 축산업, 어업, 광업 등

중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각 호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당 여부를 판정한다. 다만, 다음의 경우는 유예기간을 적용하지 아니한다.

ㄱ)「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우
ㄴ) 유예기간 중에 있는 법인과 합병하는 경우
ㄷ) 제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우
ㄹ) 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

창업중소기업의 영위업종은「조세특례제한법」제6조 제3항에서, 중소기업의 영위업종은 동법 시행령 제2조 제1항에서 각각 구체적으로 열거하고 있고, 동법 제5조 제1항 및 동법 시행령 제2조 제1항에서 규정하는 업종에 해당되는 경우에만 조세특례제한법에서 규정하는 중소기업의 범위로 규정하고 있기 때문에 이론상이나 법체계상으로 동법 제6조 제3항에서 규정하는 업종이라 하더라도 동법 시행령 제2조 제1항에서 열거하는 업종에 해당되어야 한다고 본다.

② 규모제한

규모제한에 대하여는 중소기업기본법에서 규정하고 있는 기준을 인용하여 규정하고 있다. 즉, 중소기업에 해당되기 위해서는 업종별로 상시 사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 다음의 규모 이내이어야 한다.

[중소기업의 업종별 상시근로자수. 자본금 또는 매출액 기준]

창업중소기업의 법인설립 등기[창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날)부터 4년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함], 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 법인의 주소 또는 대표이사의 주소 변경으로 인한 등기,「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조의 2 제1항 제2호 다목에 따라 창업 중에 벤처기업으로 확인받은 중소기업이 그 확인을 받은 날부터 1년 이내에 하는 법인설립 등기에 대하여는 등록면허세

창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제하고 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대를 포함)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액 추징

창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업에 직접 사용하는 사업용 재산(건축물 부속토지인 경우에는「지방세법 시행령」제102조 제1항 제1호에 따른 공장입지기준면적 이내 또는「지방세법 시행령」제101조 제2항에 따른 용도지역별적용배율 이내의 부분만 해당한다)에 대해서는 창업일부터 5년간 재산세(「지방세법」제111조에 따라 부과된 세액을 말한다. 이하 같다)의 100분의 50에 상당하는 세액 감면

• 「조세특례제한법」제120조【취득세의 면제 등】


③ 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용ㆍ처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다. 　

창업중소기업의 사업용 재산을 사업용 재산이 아니라고 보아 취득세를 신고납부한 후 사업용 재산이라고 주장하면서 불복청구를 할 수 있는지가 문제가 된다. 취득세의 신고납부행위를 2010.12.31. 이전까지는 “처분”으로 보아 신고납부일로부터 90일 이내에 이의신청, 심사청구 및 심판청구 등이 가능했으나, 지방세법이 개정(3개로 분법)되어 2011.1.1.부터는 신고납부행위를 “처분”으로 보지 아니하므로 불복청구대상에서 제외된다. 취득세를 신고납부한 후 90일 이내에 조세심판원에 심판청구를 제기한다 하더라도 처분부존재로 인하여 심리하지 않고 각하하게 되며, 수정신고제도나 경정청구제도를 활용하여 구제받아야 할 것이다. 따라서, 2011.1.1. 이후 과세대상 물건을 취득하고 수정신고나 경정청구를 함에 따라 과세기관이 결정(거부처분 등)을 하는 경우 그 결정이 곧 처분이므로 거부처분통지서를 수령한 날로부터 90일 이내에 불복제기를 할 수 있는 것이다. 이 경우에는 처분에 해당되어 각하대상이 아니라 본안을 심리하여 결정하게 된다.
　

지방세 신고납부 후에 세액 등을 수정하고자 할 경우에는 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결 등에 의하여 변경. 확정되거나 증빙서류 압수 또는 법인의 청산 등 부득이한 사유 등 법률이 정한 후발적 사유가 있는 경우에 한하여 과소. 과다납부 구분 없이 60일 이내에 수정신고(가산세 미부과나 환부이자 미지급)를 할 수 있었으나 지방세법이 지방세기본법, 지방세법 및 지방세특례제한법 등 3개 법률로 분법되면서 2011.1.1.부터는 후발적 사유가 없더라도 과소신고시에는 지방자치단체장이 과표‧세액결정 통지 전까지는 수정신고를 할 수 있도록 하였고 이 경우 가산세를 부과하며 과다신고시에는 신고납부기한 경과 후 3년 이내 경정청구를 하고 이 경우 환급이자를 지급할 수 있도록 관련 규정이 개정되었다. 또한 경정청구의 경우에 최초신고 등이 그와 관련된 판결에 따라 다른 것으로 확정되거나 대통령령이 정하는 후발적 사유가 발생한 때에는 사유발생을 안 날로부터 2개월 이내 경정청구를 할 수 있도록 하였다. 수정신고의 경우 후발적 사유의 경우에도 가산세를 부과하지만 6개월 이내 수정신고시에는 신고불성실가산세 50%를 경감하고, 1년 이내 수정신고시에는 20%를 경감하며, 2년 이내 수정신고시에는 10%를 경감한다. 다만 해당 지방세에 관하여 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 수정신고서를 제출한 경우에는 가산세 감면대상에서 제외된다. 창업중소기업이 취득한 부동산에 대하여도 수정신고를 하거나 경정청구를 하는 경우 동일한 법리로 적용되므로 불복청구를 할 수 없는 경우에는 수정신고제도나 경정청구제도를 잘 활용하여 위법. 부당한 처분에 대하여 사전에 구제받을 수가 있을 것이다.
　

창업중소기업이 창업일로부터 4년 이내 취득하는 사업용 재산에 대한 취득세(구 등록세 포함)를 면제하지만 부가세로서 농어촌특별세 및 지방교육세가 함께 부과되고, 재산세에는 지역자원시설세 및 지방교육세가 함께 부과되므로 부가세에 대하여 별도의 감면규정이 없는 한 부가세는 감면대상에서 제외되는 것이라 하겠다. 예를 들어 창업중소기업의 취득세(구 등록세 포함) 감면분에 대한 농어촌특별세를 농어촌특별세법 제4조 제3호의 규정에서 비과세하도록 규정하고 있는 경우에는 농어촌특별세도 비과세되는 것이다.

법인의 경우에는 법인설립등기일을, 개인사업자인 경우에는 부가가치세법 제5조의 규정에 의한 사업자등록일과 동법 시행규칙 제3조의 규정에 의한 사실상 사업의 개시일 중 빠른 날을 말한다. 여기서 사업의 개시일이라 함은 제조업은 제조장별로 재화의 제조를 개시하는 날, 광업은 사업장별로 광물의 채취, 채광을 개시하는 날, 기타 사업에 대하여는 재화 또는 용역 등의 공급을 개시하는 날을 말한다.

창업중소기업이 취득하는 부동산에 대하여 지방세를 감면받기 위해서는 창업일로부터 4년 이내에 당해 사업을 영위하기 위하여 취득하는 사업용 재산이어야 한다. 여기서 사업용 재산이라 함은 당해 사업에 직접 공여되는 모든 재산을 의미하므로 부동산은 물론, 차량, 기계장비, 선박, 저당권 및 전세권 등의 권리도 사업에 직접 공여되고 있는 경우에는 사업용 재산에 포함된다고 본다. 부동산의 경우는 창업중소기업의 공장, 사무소, 구내의 부속시설 등이 당해 사업에 직접 공여되고 있다면 사업용 재산에 해당된다고 보지만 구내의 부동산이라 하더라도 타인에게 임대하여 사용하게 하는 경우에는 직접 공여되는 것이라고 볼 수 없으므로 감면대상에서 제외되고, 공장구 외의 종업원 기숙사 등은 종업원의 후생복지시설은 될지언정 당해 사업에 직접 공여되는 부동산으로는 보기 어려우므로 사업용 재산에서 제외된 다 할 것이나 이는 사례를 통하여 적용함이 타당하고 차량, 기계장비, 선박 등은 창업중소기업의 명의로 등록하여 실질적으로 당해 사업에 직접 공여되고 있는 재산에 해당되는지를 사실판단하여 감면대상 여부를 결정하여야 할 것이다.

창업중소기업의 감면요건이 충족되지 않음에도 감면대상이라고 보아 감면을 받은 경우에는 부과의 제척기간 내에는 기 감면된 취득세가 가산세를 가산한 금액으로 추징된다. 감면대상에 해당되지 않음에도 취득세를 신고납부하지 않은 경우 지방세기본법 제53조에 의하여 지방세기본법 또는 지방세관계법에 따른 신고 의무를 이행하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액보다 적을 때에는「지방세법」에서 정한 비율에 따른 가산세(“신고불성실가산세”) 및 지방세기본법 또는 지방세관계법에 따른 지방세를 납부하지 아니하였거나 산출세액보다 적게 납부하였을 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 금융회사의 연체이자율을 고려하여 1일 3/10,000에 납부지연일자를 곱하여 산출한 가산세(“납부불성실가산세”)를 가산하여 부과하도록 규정하고 있다. 취득세 법정신고기한이 지난 후 1개월 이내에 기한후신고를 한 경우에는 무신고에 따른 신고불성실가산세를 50% 경감받는다. 이 경우 30일이 아니라 1개월 이내이므로 기산일과 만료일 산정에 착오가 없어야 할 것이다.
　

창업중소기업에 대하여는「조세특례제한법」제6조,「조세특례제한법」제14조,「조세특례제한법」제16조,「조세특례제한법」제116조 및「조세특례제한법」제117조에서 법인세, 양도소득세, 인지세 및 증권거래세 등의 감면 특례를 규정하고 있다.

1) 법인세 및 소득세 감면(「조세특례제한법」제6조 ①, ②)

창업중소기업에 대하여 창업 후 최초로 소득발생연도부터 4년간 법인세 또는 소득세 납부세액의 50%를 감면한다.
• 창업 후 최초로 소득이 발생한 연도(사업개시 후 5년이 되는 날까지 소득이 발생하지 않는 경우 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 후 3년간 법인세 또는 소득세의 50%를 매년 감면
• 창업 후 2년 이내에 창업벤처중소기업으로 확인받은 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시 후 5년이 되는 날까지 소득이 발생하지 않는 경우 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 후 3년간 감면, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면 미적용

2) 양도소득세 감면(「조세특례제한법」제14조 ①,「조세특례제한법」제16조 ①)

다음의 창업기업에 출자하여 주식을 취득한 후 양도하는 경우에는 주식양도차익에 대하여 양도소득세가 면제된다.
• 중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융업만을 등록한 여신전문금융회사자에 출자함으로써 취득한 주식
• 중소기업창업투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식
• 한국벤처투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식
• 농식품투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식
• 신기술사업투자조합이 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식
• 벤처기업에 출자(조합을 통한 출자 포함)하여 취득한 주식을 5년이상 보유하다가 양도하는 경우(벤처기업으로 창업 및 전환 후 3년 이내의 벤처기업 및 특수관계가 없는 벤처기업에 대한 출자에 한함)
• 부품. 소재전문투자조합이 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자하는 주식
•「증권등거래세법」제3조 제1호 나목에서 정하는 방법으로 거래되는 벤처기업의 주식(「소득세법」제94조 ① 3호 가목의 대주주가 아닌 자가 양도하는 것으로 한정)
또한 다음의 기업에 2012.12.31.까지 출자 또는 투자한 경우에는 투자금액의 10%(‘③, ④’의 경우는 20%, 당해 과세연도의 종합소득금액의 40%한도)를 그 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도부터 출자 또는 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 거주자가 선택하는 1과세연도의 종합소득금액에서 공제한다.
① 중소기업창업투자조합, 한국벤처투자조합, 신기술사업투자조합 및 부품. 소재전문투자조합에 출자한 금액
② 벤처기업투자신탁의 수익증권에 투자한 금액
③「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제13조에 따른 조합에 출자한 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업에 투자하는 경우
④ 벤처기업에 투자한 금액(조합에 출자하여 투자하는 경우 포함)

3) 인지세 면제(「조세특례제한법」제116조 ① 19호)

중소기업창업지원법에 의한 창업자(동법 제3조의 업종을 창업한 자에 한정)가 창업일부터 2년 이내에 당해 사업과 관련하여 금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률 제2조 제1호의 규정에 의한 금융기관으로부터 융자를 받기 위하여 작성하는 증서ㆍ통장ㆍ계약서 등에 대하여는 인지세가 면제된다.

4) 증권거래세 면제(「조세특례제한법」제117조 ① 1, 2, 2의3)

다음과 같은 주식거래에 대하여는 증권거래세가 면제된다.
• 중소기업창업투자회사 또는 중소기업창업투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우
• 신기술사업금융업자 또는 신기술사업투자조합이 신기술사업자에게 직접 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우
• 농식품투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우
• 한국벤처투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주권 또는 지분을 양도하는 경우