주1：상호출자제한기업집단은 공정거래위원회(www.ftc.go.kr)에서 확인할 수 있다.
주2：자산총액 5천억원 이상 기업의 범위에는 외국법인도 포함하되, 중소기업기본법시행령 제3조의 2 제2항 각호의 어느 하나에 해당하는 다음의 자는 제외한다(「중소기업기본법 시행령」제3조 2호 나목)
     1. 중소기업창업지원법에 따른 중소기업창업투자회사
    2. 여신전문금융업법에 따른 신기술금융사업자
    3. 벤처기업육성에관한특별조치법에 따른 신기술창업전문회사
    4. 산업교육진흥및산학연협력촉진에관한법률에 따른 산학협력기술지주회사
    5. 그밖에 위 ‘1.’부터 ‘4.’까지의 규정에 준하는 경우로서 중소기업 육성을 위하여 중소기업청장이 정하여 고시하는 다음의 자
①「자본시장 및 금융투자업에 관한 법률」제8조에 따른 금융투자업자(다만, 금융투자업자가 금융 및 보험업 이외의 업종을 영위하는 기업의 주식 등을 소유한 경우로서 해당 기업과의 관계에 한정한다)
②「자본시장 및 금융투자업에 관한 법률」제9조 제19항에 따른 사모집합투자기구(「자본시장 및 금융투자업에 관한 법률」제279조에 따라 금융위원회에 등록한 외국사모집합투자기구를 포함한다)
③「기업구조조정촉진법」제2조 제1호에 따른 채권금융기관(다만, 채권금융기관이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업의 주식 등을 소유한 경우로서 해당 기업과의 관계에 한정한다)
    가.「기업구조조정촉진법」제2조 제5호에 따른 부실징후기업
    나. 채권금융기관으로부터 받은 신용공여액의 합계가 500억원 미만으로서 기업구조조정촉진법을 준용하여 기업구조조정 중인 기업
    다. 채무자회생및파산에관한법률에 따라 법원으로부터 회생절차 개시의 결정을 받은 기업
주3：최다출자자는 해당 기업의 주식 등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식 등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식 등의 간접소유 비율에 관하여는 국제조세조정에관한법률시행령 제2조 제2항을 준용한다(「중소기업기본법 시행령」제3조 ① 2호 나목 후단).
    1. 주식 등을 소유한 자가 법인인 경우：그 법인의 임원
    2. 주식 등을 소유한 자가 위 ‘1.’에 해당하지 아니하는 개인인 경우：그 개인의 친족

아울러 위 ‘독립성기준의 ②’에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(자본시장과 금융투자업에 관한법률에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외＊한다)를 포함한다. 이 경우 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여는「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조 제2항을 준용한다(「조세특례제한법 시행규칙」제2조 ⑦).

＊집합투자기구를 통한 간접소유의 제외에 대한 이유 및 적용시기종전에는 사모투자전문회사 등 집합투자기구에 투자한 유한책임사원(Limited Partner)이 자산총액 5천억원 이상인 경우 동 집합투자기구가 투자한 중소기업은 대기업의 계열회사로서의 특혜를 받지 아니함에도 중소기업에서 제외되었다.사모투자전문회사 등은 간접투자를 위한 도구로서 대기업의 계열사라는 개념과 부합되지 아니하고, 해외투자자를 유한책임사원으로 모집하는 경우도 많이 있으므로 사모투자전문회사 등을 통한 중소기업에 투자가 걸림돌이 되지 않도록 간접소유 계산시 사모투자전문회사 등을 통한 간접투자는 포함하지 아니하였고, 2009.2.4. 이후 종료하는 사업연도분부터 적용한다.
　

참고：발행주식의 간접소유비율(「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조 ②)

「국제조세조정에 관한 법률 시행령」제2조 제1항 제1호부터 제3호 및 제5호에서 규정하는 주식의 간접소유비율은 다음 각호의 방법으로 계산한다.

1. 어느 한 쪽 법인이 다른 쪽 법인의 주주인 법인(이하 “주주법인”이라 한다)의 의결권 있는 주식의 100분의 50 이상을 소유하고 있는 경우에는 주주법인이 소유하고 있는 다른 쪽 법인의 의결권 있는 주식이 그 다른 쪽 법인의 의결권 있는 주식에서 차지하는 비율(이하 “주주법인의 주식소유비율”이라 한다)을 어느 한 쪽 법인의 다른 쪽 법인에 대한 간접소유비율로 한다. 다만, 주주법인이 둘 이상인 경우에는 각 주주법인별로 계산한 비율을 합계한 비율을 어느 한 쪽 법인의 다른 쪽 법인에 대한 간접소유비율로 한다.

[사례1]



※간접소유비율：어느 한 쪽 법인(A)이 주주법인(B)의 주식을 50% 이상 소유하고 있으므로 어느 한 쪽 법인(A)의 다른 쪽 법인(C)에 대한 간접소유비율은 60%가 된다.

[사례2]



2. 어느 한 쪽 법인이 다른 쪽 법인의 주주법인의 의결권 있는 주식의 100분의 50 미만을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율에 주주법인의 주식소유비율을 곱한 비율을 어느 한 쪽 법인의 다른 쪽 법인에 대한 간접소유비율로 한다. 다만, 주주법인이 둘 이상인 경우에는 각 주주법인별로 계산한 비율을 합계한 비율을 어느 한 쪽 법인의 다른 쪽 법인에 대한 간접소유비율로 한다.

[사례3]



※간접소유비율：어느 한 쪽 법인(A)이 주주법인(B)의 주식을 5 0% 미만 소유하고 있으므로 어느 한 쪽 법인(A)의 다른 쪽 법인(C)에 대한 간접소유비율은 24%(40%.60%)가 된다.

[사례4]



※간접소유비율：어느 한 쪽 법인(A)이 주주법인인 (X), (Y)의 주식을 50% 미만 소유하고 있으므로 어느 한 쪽 법인(A)의 다른 쪽 법인(C)에 대한 간접소유비율은 25%[(40%.40%)＋(30%.30%)]가 된다.

3. 다른 쪽 법인의 주주법인과 어느 한 쪽 법인 사이에 하나 이상의 법인이 개재되어 있고 이들 법인이 주식소유관계를 통하여 연결되어 있는 경우에도 제1호와 제2호의 계산방법을 준용한다.

[사례5]



※간접소유비율：주주법인(X)의 다른 쪽 법인(C)에 대한 간접소유비율은 60%이며, 어느 한 쪽 법인(A)의 다른 쪽 법인(C)에 대한 간접소유비율 역시 어느 한 쪽 법인(A)의 주주법인(X)에 대한 소유비율이 50% 이상이므로 결국 어느 한 쪽 법인(A)의 다른 쪽 법인(C)에 대한 간접소유비율은 60%가 된다.

2) 관계기업제도의 적용에 따른 중소기업의 판정요령

관계기업제도의 기본 개념은 어떤 기업이 다른 기업의 주식 등을 소유하여 중요한 지배력을 행사할 수 있는 요건을 가진 경우, 지배.종속의 관계로 규정하고 이들 기업을 서로 독립된 기업이 아닌 하나의 기업으로 간주하여 상시 근로자 수.매출액 등을 주식 등의 소유비율만큼 합산하여 중소기업 여부를 판정하는 것이다.

다만, 지배.종속의 관계가 성립한다고 모두 관계기업인 것은 아니며, 관계기업이 성립한다고 하여 모두 중소기업에서 제외되는 것은 아니다.

즉 지배.종속의 관계가 성립하더라도 지배기업이 외부감사대상기업이 아니면 관계기업이 아니며, 관계기업이 성립하는 기업간에 주식 등 소유비율에 따라 합산하여 산정한 상시 근로자 수.매출액.자산총액 등이 규모기준을 충족하지 못하는 경우에만 중소기업에 해당하지 않는다.

관계기업제도는 중소기업기본법에서는 2011.1.1.부터 시행하지만 조세특례제한법은 2012.1. 1. 이후 개시하는 사업연도분부터 시행한다(「조세특례제한법 시행령」제2조 ① 3호, 부칙 1 단서, 2010.12.27. 개정).
　

• 참고：관련 중소기업기본법시행령 조문


⑴ 제2조(정의)

3. “관계기업”이란 ｢주식회사의 외부감사에 관한 법률｣ 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 “외부감사대상기업”이라 한다)이 제3조의 2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다.

⑵ 제7조의4(관계회사의 상시근로자수 등의 산정)

① 관계기업에 속하는 지배기업과 종속기업의 상시근로자수 등*의 산정은 별표 2에 따른다.
＊상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액을 말한다.
② 제1항에 따른 지배기업과 종속기업이 상호간 의결권 있는 주식 등을 소유하고 있는 경우에는 그 소유비율 중 많은 비율을 해당 지배기업의 소유 비율로 본다.
③ 제1항에 따른 상시근로자수등은 관계기업에 속하게 된 사업연도의 직전 사업연도의 지배기업과 종속기업의 상시근로자수 등에 따른다.
　

중소기업이 되기 위한 네번째 요건은 중소기업 졸업기준에 해당되지 아니하여야 한다(「조세특례제한법 시행령」제2조 ① 본문 단서). 중소기업이 되기 위한 규모기준은 종업원수.자본금 또는 매출액 중 하나 이상만 충족하면 중소기업이 되기 때문에 노동집약적 또는 자본집약적 초대형 중견기업이 중소기업에 포함되는 문제점이 있으므로 이를 보완하기 위한 조치로 중소기업 졸업기준을 마련하고 여기에 해당하는 경우에는 중소기업에서 제외한다.

법인이 업종에 관계없이 종업원수, 자기자본총액, 매출액, 자산총액 중 어느 하나라도 다음의 기준에 해당하는 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다(「조세특례제한법 시행령」제2조 ① 본문 단서).

① 종업원수가 1,000명 이상인 경우
② 자기자본이 1,000억원 이상인 경우
     이때에 ‘자기자본’은 사업연도종료일 현재 기업회계기준에 의하여 작성한 재무상태표상의 자산에서 부채를 차감한 금액으로 한다(「조세특례제한법 시행규칙」제2조 ③).
③ 매출액이 1,000억원 이상인 경우
④ 자산총액이 5천억원 이상인 경우
     이때에 ‘자산총액’이라 함은 사업연도종료일 현재 재무상태표상의 자산총액으로 한다 (「조세특례제한법 시행규칙」제2조 ⑤).

(1) 중소기업의 유예기간을 적용하는 경우

중소기업의 해당 여부를 판정함에 있어서 중소기업이 그 규모가 확대되는 등으로 다음에 해당하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 최초로* 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도와 그 다음 3개 사업연도까지는 중소기업으로 보고, 동 유예기간이 경과한 후에는 사업연도별로 앞에서 설명한 업종기준, 규모기준 및 독립성 기준 등의 중소기업 적용요건에 따라 중소기업 해당 여부를 판정한다(「조세특례제한법 시행령」제2조 ② 본문).

＊중소기업 졸업유예기간 적용횟수 제한 폐지

2011.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터는 최초 중소기업 졸업시부터 유예기간 4년 동안에는 유예기간 적용횟수의 제한을 폐지하였다.
(예) 최초 중소기업 졸업→유예기간 내 중소기업 복귀→유예기간 내 일반기업이 된 경우：잔존 유예기간 동안 졸업유예 적용

① 중소기업 규모기준을 초과하는 경우

중소기업이 상시사용하는 종업원수.자본금 또는 매출액이 중소기업기본법시행령 [별표 1]상의 중소기업 규모기준을 초과함으로써 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 중소기업의 유예기간을 적용한다.

＊조세특례제한법시행령 제2조 제2항 본문에 따라 ‘유예기간’의 적용을 받던 법인이「법인세법」제46조 제2항 각호의 요건을 갖춰 분할하거나 같은법 제47조 제1항의 규정에 따라 물적분할함에 있어, 분할신설법인이「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항 제1호의 ‘규모기준’을 초과하더라도 분할당시 분할법인의 잔존 ‘유예기간’ 내에 종료하는 각 과세연도까지는 중소기업으로 본다(법인세과-776, 2010.8.20.).

② 중소기업 졸업기준에 해당하는 경우

중소기업이 다음의 중소기업 졸업기준에 해당함으로써 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 중소기업의 유예기간을 적용한다.
 
가. 종업원수：1,000명 이상
나. 자기자본：1,000억원 이상
다. 매출액：1,000억원 이상
라. 자산총액：5,000억원 이상

(2) 중소기업의 유예기간을 적용하지 아니하는 경우

중소기업이 다음 각호의 어느 하나의 사유로 규모가 확대되는 등 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다(「조세특례제한법 시행령」제2조 ② 단서).

① 중소기업이 중소기업기본법에 의한 중소기업 외의 기업과 합병하는 경우
그러나 중소기업간의 합병시에는 유예규정을 적용받을 수 있다(법인46012-1056, 1998.4.28.). 또한 중소기업이 사업양수도계약에 의하여 중소기업기본법의 규정에 의한 중소기업 외의 기업으로부터 사업부문을 인수하는 것은 본 규정에 의한 합병에 해당되지 아니한다(서이46012-12010, 2003.11.21.).
②중소기업이 유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우
이 경우 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 사업연도부터 중소기업으로 보지 아니한다(「조세특례제한법 시행령」제2조 ② 단서 후단, 조세특례제한법 기본통칙 4-2…5 ②).
③ 실질적인 독립성이「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호의 규정(독립성 기준)에 적합한 기업 외의 기업에 해당하는 경우
④ 창업일이 속하는 사업연도종료일부터 2년 이내의 사업연도종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우
　

• 참고：업종변경의 경우


중소기업의 주된 사업이 중소기업 해당 업종인 다른 업종으로 변경됨으로써 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하나, 주된 사업이 중소기업 해당 사업이 아닌 사업으로 변경되어 중소기업에 해당하지 않는 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다(조세특례제한법 기본통칙 4-2…5 ①, 서면2팀-145, 2007.1.18.). 예컨대 법인의 주된 사업이 건설업에서 부동산공급업으로 변경된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다(조세지출예산과-153, 2004.3.13.).
　

⑵ 중소기업기본법시행령 개정시 적용유예

종전 세법규정에는 중소기업이 독립성기준에 적합하지 아니하게 된 경우 유예기간을 적용하지 아니하였으나, 2012.2.2.의 개정에 따라 기업이「중소기업기본법 시행령」제3조 제1항 제2호(소유와 경영의 실질적 독립성 기준), [별표 1(규모기준)] 및 [별표 2(관계기업의 상시근로자수 등의 산정기준)]의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도부터 중소기업으로 보고 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 그 사유발생한 사업연도와 그 다음 3개 사업연도까지 중소기업으로 보도록 하고(「조세특례제한법 시행령」제2조 ⑤), 2012.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도분부터 적용하도록 하였다(대통령령 제23590호, 2012.2.2., 「조세특례제한법 시행령」부칙 2조 ①).
　

• 중소기업기본법상 중소기업과 조세특례제한법상 중소기업의 비교