연말정산의무자는 각 근로소득자로부터 연말정산에 의해 원천징수한 소득세를 연말정산일이 속하는 다음달 10일(반기별납부자는 연말정산일이 속하는 반기의 다음달 10일)까지 ‘납부서[국세징수법 시행규칙 별지 제8호 서식]’와 함께 원천징수 관할세무서.한국은행(국고수납을 대리하는 은행 등 포함) 또는 체신관서에 납부하여야 한다. 이때 ‘원천징수이행상황신고서[별지 제21호 서식]’도 원천징수 관할세무서장에게 함께 제출(국세정보통신망에 의한 제출 포함)한다(「소득세법 시행령」제185조 제1항).

연말정산에 의해 징수한 농어촌특별세는 별도로 납부하지 않고 소득세의 신고.납부서에 해당 소득세의 세액과 농어촌특별세의 세액 및 그 합계액을 각각 기재하여 원천징수한 근로소득세의 납세지에 신고.납부하여야 한다(「농어촌특별세법」제6조.