국민건강보험법, 고용보험법 또는 노인장기요양보험법에 따라 근로자가 부담하는 보험료는 전액 공제한다(「소득세법」제52조 제1항 제1호). 다만, 다음 사항에 유의한다.

① 공제시기

국민건강보험료는 급여에서 지급한 날이 속하는 과세기간의 소득에서 공제한다(「소득세법 기본통칙」52-0…1). 따라서 국민건강보험료를 다음해 3월에 정산하여 정산차액을 납부하는 경우 해당 정산차액은 정산한 연도의 국민건강보험료로 본다.

② 지역가입자

근로자가 근로제공기간 중에 국민건강보험법에 의하여 지역가입자로서 납부한 건강보험료는 납부한 연도의 근로소득세액에 대한 연말정산시 공제받을 수 있다(원천세과-290,2010.4.2.; 서면1팀-476,2004.3.26.; 서면1팀-468,2006.4.12.; 서이46013-10340,2003.2.17.).

③ 회사부담분

본인부담분에 한하므로 국민건강보험법 등에 의해 사용자(회사)가 부담하는 보험료는 공제대상 보험료가 아니며, 비과세근로소득에 해당한다(「소득세법」제12조 제4호 나목).

별도의 서류를 제출하지 않아도 된다(「소득세법 시행령」제113조 제1항).