다음과 같이 공제대상 연금보험료를 판단한다.

① 사업장가입자인 경우

근로자 임금에서의 원천공제 여부를 기준으로 판단한다(서이46013-10459,2003.3.10.). 다만, 비상근 등 사업장에서 상시근로에 종사할 목적으로 고용되지 아니한 근로자가 국민연금법의 규정에 의하여 지역가입자로서 국민연금보험료를 납부한 경우에도 공제대상 연금보험료로 본다(서이46013-10340,2003.2.17.).

② 지역가입자인 경우

본인이 전액 연금보험료를 부담하고 있으므로 연금보험료 납부 유무에 따라 판단한다. 즉 본인이 국민연금을 납부한 경우에만 해당 보험료를 공제대상 연금보험료로 본다.

2002년에 입사한 근로자의 사업장이 2005년 중에 국민연금 가입대상에서 사립학교교직원연금 적용대상으로 변경됨으로 인하여 해당 근로자가 사립학교교직원연금법의 규정에 따라 2002.1.1. 이후분의 개인부담금을 소급하여 납부하는 경우 그 소급개인부담금은 공제대상 연금보험료로 본다(서면1팀-1559,2005.12.19.).

종합소득이 있는 거주자가 사업의 중단이나 실질 등으로 인하여 국민연금법 제77조의 2의 제1항의 규정에 의하여 납부하지 아니한 2001.1.1. 이후 분의 국민연금보험료를 국민연금법 제77조의 3의 규정에 의하여 추후 납부하는 경우 해당 추납보험료는 소득공제대상 연금보험료로서 이를 납부한 과세기간의 종합소득금액에서 전액(2001년분은 50%만) 공제한다(서면1팀-1338,2006.9.25.).

퇴직한 공무원이 공무원으로 재임용되어 공무원연금관리공단에 반납하여야 하는 반납금(퇴직당시에 수령한 퇴직급여액과 이자)은 연금보험료 공제대상에 해당하지 않는다(원천세과-205,2009.3.16.).

⑴ 근로소득자만 공제가능

근로를 제공한 기간(휴직기간 포함) 동안 지급한 비용에 대해서만 공제를 받을 수 있으며, 근로자가 아닌 때에 지급한 비용은 공제될 수 없다.
다만, 기부금공제는 공제대상자가 ‘거주자’이므로 근로자가 아닌 때에 지급한 기부금뿐 아니라 사업소득자가 지급한 기부금도 공제대상이 된다(서면1팀-124,2005.1.27.).

⑵ 기본공제대상자를 위해 지급한 비용만 공제가능

보험료공제.의료비공제.교육비공제의 경우 근로자가 본인의 ‘기본공제대상자’를 위해 지급한 비용에 대해서 공제가능하다. 이때 본인의 ‘기본공제대상자’는 다음과 같이 판단하며, 타인의 기본공제대상자를 위해 지급한 보험료.의료비.교육비는 공제받을 수 없다(소득세제과-649,2006.10.24.).
 
다만, 예외적으로 기본공제대상자가 아닌 배우자(소득요건을 충족하지 못해 기본공제를 받지 못한 배우자)를 위해 지급한 의료비는 공제받을 수 있으며(서면1팀-1752,2006.12.27.), 과세기간 종료일 이전에 혼인.이혼.별거.취업 등의 사유로 인하여 본인의 기본공제대상자가 아닌 종전의 기본공제대상자(배우자.부양가족.장애인 또는 과세기간 종료일 현재 65세 이상인 사람)를 위하여 해당 사유가 발생한 날까지 이미 지급한 특별공제대상 보험료, 의료비 및 교육비는 해당 과세기간의 근로소득금액에서 공제한다
(「소득세법」제52조 제7항).

[보험료공제.의료비공제.교육비공제 적용 여부]


주) 과세기간 종료일 이전에 혼인.이혼.별거.취업 등의 사유로 인하여 본인의 기본공제대상자가 아닌 종전의 기본공제대상자를 위해 이미 지급한 특별공제대상 보험료, 의료비 및 교육비도 포함한다.

⑶ 본인부담분에 한하여 공제가능

근로자(기부금은 거주자) 본인이 부담한 비용만 공제가능하다. 따라서 원칙적으로 타인이 부담한 비용을 본인이 공제받을 수 없다.

다만, 다음과 같은 사항에 유의하여야 한다.

1) 보험료공제

보험료공제에 있어 통상 계약자가 부담자에 해당되므로 계약자가 본인명의가 아닌 경우 해당 보험료는 공제대상이 될 수 없다.

다만, 기본공제대상자를 피보험자로 하고 본인 또는 소득이 없는 가족명의로 계약한 것으로 근로자가 본인이 지급한 보험료는 공제대상 보험료에 포함된다(서면1팀-1340,2007.10.2.). 이는 본인의 기본공제대상자가 계약자이며 피보험자가 기본공제대상자인 보험료는 실질적으로 근로자 본인이 부담하는 것으로 보기 때문이다.

2) 의료비공제

의료비는 근로자 본인이 해당 과세기간에 부담(지급)한 것에 한하여 공제가능하므로 다음에 해당하는 의료비는 공제대상 의료비에서 차감하여야 한다.

① 사내근로복지기금에서 보조받은 의료비
② 보험회사로부터 수령한 보험금으로 지급한 의료비
③ 국민건강보험공단으로부터 지원받은 ‘출산전 진료비’로 지급한 의료비
한편, 회사로부터 지원받은 의료비는 총급여에 포함한 후 의료비 증명서류를 제출하여 의료비공제를 받을 수 있다.

3) 교육비공제

소득세 또는 증여세가 비과세되는 장학금 또는 학자금으로서 다음 어느 하나에 해당하는 것은 공제대상 교육비에서 제외한다(「소득세법」제52조 제3항 단서, 「소득세법 시행령」제110조의 3 제2항).

① 사내근로복지기금으로부터 받은 장학금 등
② 재학 중인 학교로부터 받은 장학금 등
③ 근로자인 학생이 직장으로부터 받은 장학금 등
④ 국외근무공무원에게 지급되는 자녀 등에 대한 장학금 등
⑤ 그밖에 각종 단체로부터 받은 장학금 등

4) 기부금공제

① 2011.1.1. 이후 지출분

거주자 본인뿐 아니라 본인의 기본공제대상자(타인의 기본공제대상자 제외)가 지급한 기부금도 공제대상기부금으로 본다(「소득세법」제52조 제6항). 다만, 정치자금기부금 및 우리사주조합기부금은 거주자 본인이 기부한 것만 공제대상 기부금으로 본다(원천세과-714,2009.3.6.).

② 이월된 기부금

다음 연도로 이월된 기부금은 기부금이 지출된 과세기간 이후 기본공제대상자의 변동에 영향을 받지 않으므로(기부금명세서 작성방법 문단 10.), 기부금 지출연도의 소득세법 또는 조세특례제한법에 따라 기부금공제대상이었던 기부금이 이월된 경우에도 이월공제기간 내에 해당되는 경우에는 해당 과세기간의 공제대상 기부금으로 본다.

⑷ 공제증명서류

특별공제를 적용받기 위해서는 법소정 서류를 제출하여야 한다. 이때 다음의 서류들도 포함된다(「소득세법 시행규칙」제58조 제1항～제5항).

1) 인터넷증명서류

국세청장이 다음 사항을 정하여 고시하는 기준에 해당하는 자로서 국세청장이 지정하는 자가 인터넷을 통하여 발급하는 서류를 말한다.

① 인터넷증명서류 신청자 및 발급자의 인적사항의 표기에 관한 사항
② 소득공제 대상금액의 표기에 관한 사항
③ 암호화코드.복사방지마크 등 위조 또는 변조방지장치에 관한 사항
④ 그밖에 인터넷증명서류가 갖추어야 할 요건에 관한 사항

2) 국세청 소득공제증명서류

‘국세청 소득공제증명서류’란 다음에 해당하는 금액에 대한 소득공제증명서류를 발급하는 자가 법소정 자료집중기관에게 제출한 자료를 국세청장이 제출받아 해당 소득공제내역을 일괄기재하여 발급하는 서류를 말한다(「소득세법 시행령」제216조의 3, 「소득세법 시행규칙」제58조 제5항).

① 근로자퇴직급여보장법에 따라 근로자가 부담하는 부담금(퇴직연금소득공제)
② 일반보장성보험료 및 장애인전용보장성보험료(보험료공제)
③ 의료기관에 지급한 비용, 의약품을 구입하고 지급하는 비용 및 노인장기요양보험법에 따라 실제 지출한 본인일부부담분(의료비공제)
④영유아보육법.유아교육법.초등교육법.중등교육법.고등교육법.특별법에따른 교육기관(보육시설, 유치원, 학교) 및 직업능력개발훈련시설에 지급한 교육비(교육비공제)
⑤ 주택임차차입금원리금상환액, 장기주택저당차입금이자상환액(주택자금공제)
⑥ 다음 어느 하나에 해당하는 저축납입액
   가. 개인연금저축(개인연금저축소득공제)
   나. 연금저축(연금저축소득공제)
   다. 소기업.소상공인 공제부금(소기업.소상공인 공제부금 소득공제)
   라. 청약저축.주택청약종합저축(주택마련저축소득공제)
   마. 장기주식형저축(장기주식형저축소득공제)
⑦ 신용카드 등 사용금액(신용카드소득공제)