조세법의 원천을 구분하고 적용을 함에 있어서 동일하거나 유사한 사안에 대하여 2 이상의 법률이 정함을 두고 있는 경우가 있다.

⑴ 법인세법의 원천징수 규정(법인에게 소득을 지급하는 자는 법인세법을 적용함)

법인이 받는 소득에 대한 법인세의 원천징수에 대한 규정을 법인세법이 정하고 있는 바, 그 법은 법인에게 적용할 것인지 아니면 개인에게도 적용할 것일지를 구분하는 기준은 …‘소득을 지급받는 자가 내국법인’인가의 여부이다.

즉 소득을 법인에게 지급하는 자(현행규정은 이자소득에만 국한하고 있음)는 개인이건 법인이건 법인세법의 원천징수에 대한 규정을 적용하여야 한다.

<법인세법 제73조 【원천징수】>

① 다음 각 호의 금액 …을 내국법인에 지급하는 자(이하 이 조에서 “원천징수의무자”라 한다)가 그 금액을 지급하는 때에는 지급하는 금액에 100분의 14(「소득세법」 제16조 제1항 제11호의 비영업대금의 이익인 경우에는 100분의 25)의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납세지관할세무서 등에 납부하여야 한다.

1. 「소득세법」 제127조 제1항 제1호의 이자소득금액
…

⑵ 소득세법의 원천징수규정(개인에게 소득을 지급하는 자는 소득세법을 적용함)

거주자 또는 비거주자 즉 개인이 받는 소득에 대한 소득세의 원천징수에 대한 규정을 소득세법이 정하고 있는 바, 그 법을 법인에게만 적용할 것인지 아니면 개인에게도 적용할 것일지를 구분하는 기준은 …‘소득을 지급받는 자가 개인’인가의 여부이다.

즉 소득을 개인에게 지급하는 자(현행 규정은 이자소득, 배당소득, 사업소득 중 일부 근로소득, 기타소득 등에만 국한하고 있음)는 개인이건 법인이건 소득세법의 원천징수에 대한 규정을 적용하여야 한다.

<소득세법 제127조 【원천징수의무】>

① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 지급하는 자는 이 절의 규정에 따라 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다. (2009.12.31. 개정)

1. 이자소득
…

「소득세법」, 「법인세법」에 따라 소득세, 법인세를 원천징수할 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라(☞ 지방세법 시행령 제92조에 위임함) 해당 원천징수의무자는 “지방소득세 특별징수세액”을 소득세 또는 법인세와 동시에 특별징수하여야 한다.

지방세법 시행령 제92조에 위임한 내용을 보면, “… 지방소득세의 특별징수의무자는 「소득세법」에 따른 소득세의 원천징수 및 「법인세법」 제98조에 따른 법인세의 원천징수를 하는 경우 법 제96조 제1항 전단에 따라 소득분을 특별징수하여야 하고 소득세의 경우에는 모든 소득세의 원천징수에 대하여 지방소득세의 특별징수의무를 부과하는 반면에 법인세의 경우에는 법인세법 제98조에 따른 법인세 즉 외국법인에 대하여 제93조 제1호ㆍ제2호ㆍ제4호 내지 제7호 및 제9호 내지 제11호의 규정에 따른 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자에게만 지방소득세 특별징수의무를 부과하고 … 내국법인에게 소득을 지급하는 경우에는 지방소득세의 특별징수의무가 없는 것인다.

<법령 인용>

　가. 지방세법 제96조 【특별징수】

① 「소득세법」, 「법인세법」에 따라 소득세, 법인세를 원천징수할 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 원천징수의무자는 원천징수할 소득세액 또는 법인세액에 제89조 제1항에 따른 세율을 적용하여 계산한 세액(이하 “특별징수세액”이라 한다)을 소득세 또는 법인세와 동시에 특별징수하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 또는 「법인세법」에 따른 원천징수의무자를 소득분의 특별징수의무자로 한다. (2010.3.31. 개정)

　나. 지방세법 시행령 제92조 【특별징수】

① 법 제96조 제1항에 따른 특별징수의무자(이하 이 조에서 “특별징수의무자”라 한다)는 「소득세법」에 따른 소득세의 원천징수 및 「법인세법」 제98조에 따른 법인세의 원천징수를 하는 경우 법 제96조 제1항 전단에 따라 소득분을 특별징수하여야 한다. (2010.9.20. 개정)

　☞ 「법인세법」 제98조：외국법인에 대하여 제93조 제1호ㆍ제2호ㆍ제4호 내지 제7호 및 제9호 내지 제 11호의 규정에 따른 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자

부가가치세는 재화나 용역을 공급하는 사업자가 징수하여 납부하는 것이 일반적이나…
국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인이 외국에서 용역을 공급하는 경우에는 그 외국사업자가 징수하여 납부하는 것을 기대하는 것은 비현실적이다.

따라서 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인으로부터 용역을 공급받는 자(공급받은 그 용역을 과세사업에 제공하는 경우를 제외한다)가 대리하여 그 대가를 지급하는 때에 부가가치세를 징수하여 납부하여야 한다.

국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인으로부터 용역을 공급받는 자 중에서 공급받은 그 용역을 과세사업에 제공하는 경우를 제외한 경우에만 대리납부의무를 부여하는 바, 비록 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인으로부터 용역을 공급받는 자라도 공급받은 그 용역을 과세사업에 제공하는 자라면 이 경우에는 대리납부의무를 부여한다한들 공급받은 사업자가 매입세액공제를 받을 것이어서 실익이 없는 것이다.

공급받은 그 용역을 과세사업에 제공하는 경우를 제외한 경우에만 대리납부의무가 생기는 것이므로 면세사업자 또는 비사업자가 용역을 공급받은 경우에만 대리납부의 의무가 생기는 것이다.

<부가가치세법 제34조 【대리납부】>

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 용역을 공급받는 자(공급받은 그 용역을 과세사업에 제공하는 경우는 제외한다)는 그 대가를 지급하는 때에 부가가치세를 징수하고 제18조 제4항 및 제19조 제2항을 준용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 또는 주소지관할세무서장에게 납부하여야 한다. (2010.1.1. 개정)

　1. 「소득세법」 제120조 또는 「법인세법」 제94조에 따른 국내사업장(이하 이 조에서 “국내사업장”이라 한다)이 없는 비거주자 또는 외국법인

　2. 국내사업장이 있는 비거주자 또는 외국법인(비거주자 또는 외국법인의 국내사업장과 관련 없이 용역을 제공하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우만 해당한다)

☞ 제119조 제1호ㆍ제2호ㆍ제4호부터 제6호까지 및 제9호부터 제12호까지의 규정에 따른 국내원천소 득으로서 제120조에 따른 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니한 소득의 금액(국내사업장이 없는 비거주자에게 지급하는 금액을 포함한다)을 비거주자에게 지급하는 자(제119조 제9호에 따른 소득을 지급하는 거주자 및 비거주자는 제외한다)는 제127조에도 불구하고 그 소득을 지급할 때에 다음 각 호의 금액을 그 비거주자의 국내원천소득에 대한 소득세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. 다만, 제119조 제5호에 따른 소득 중 조세조약에 따라 국내원천사업소득으로 과세할 수 있는 소득은 제외한다. (2009.12.31. 개정)

법인세법 제24조 및 「조세특례제한법」 제73조의 규정에 의하여 기부금으로 손금산입을 받기 위하여 필요한 기부금영수증을 발급하는 자가 다음 각 호에 따른 내국법인에게 기부금영수증을 발급하는 경우에는 법인세법의 규정에 따라 대통령령으로 정하는 기부법인별 발급명세를 작성하여 발급한 날부터 5년간 보관하여야 한다. 법인세법 제24조 및 「조세특례제한법」 제73조의 규정에 의하여 기부금으로 손금산입을 받기 위하여 필요한 기부금영수증이란 “기부자가 법인인 경우의 기부금영수증”을 말한다. 기부금영수증의 서식 규정 또한 법인세법 시행규칙에 의한 서식규정을 적용한다.

<관련 조문인용>

가. 법인세법 제112조의2 【기부금영수증 발급명세의 작성ㆍ보관의무 등】

　① 제24조 및 「조세특례제한법」 제73조의 규정에 의하여 기부금으로 손금산입을 받기 위하여 필요한 기부금영수증(이하 이 조에서 “기부금영수증”이라 한다)을 발급하는 자가 다음 각 호에 따른 내국법인에게 기부금영수증을 발급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 기부법인별 발급명세(이하 이 조에서 “기부법인별 발급명세”라 한다)를 작성하여 발급한 날부터 5년간 보관하여야 한다. (2007.12.31. 개정)

　③ 기부금영수증을 발급하는 자는 해당 사업연도의 기부금영수증 총발급건수 및 금액 등이 적힌 기획재정부령으로 정하는 기부금영수증 발급명세서를 해당 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 6개월 이내에 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

나. 조세특례제한법 제104조의16 【대학 재정 건전화를 위한 과세특례】

　④ 「고등교육법」에 따른 학교법인이 전액 출자하여 설립한 법인이 해당 법인에 출자한 학교법인에 2010년 12월 31일까지 출연하는 금액은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액을 한도로 손금에 산입한다. (2010.1.1. 개정)

　1. 해당 사업연도의 소득금액(「법인세법」 제24조에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)

　2. 「법인세법」 제13조 제1호에 따른 결손금의 합계액 및 같은 법 제24조에 따른 기부금과 제73조에 따른 기부금의 합계액

거주자에게 소득세법 제34조ㆍ제52조 제6항 및 「조세특례제한법」 제73조 제1항에 따라 필요경비산입이나 소득공제를 받기 위하여 필요한 기부금영수증을 발급하는 자는 소득세법의 규정에 따라 대통령령으로 정하는 기부자별 발급명세를 작성하여 발급한 날부터 5년간 보관하여야 한다.

거주자에게 소득세법 제34조ㆍ제52조 제6항 및 「조세특례제한법」 제73조 제1항에 따라 필요경비산입이나 소득공제를 받기 위하여 필요한 기부금영수증이란 기부자가 개인인 경우의 기부금영수증을 말한다. 서식 규정 또한 소득세법 시행규칙에 의한 서식규정을 적용한다.

<관련 규정 인용>

가. 소득세법 제160조의3 【기부금영수증 발급명세의 작성ㆍ보관의무 등】

　① 거주자에게 제34조ㆍ제52조 제6항 및 「조세특례제한법」 제73조 제1항에 따라 필요경비산입이나 소득공제를 받기 위하여 필요한 기부금영수증을 발급하는 자는 대통령령으로 정하는 기부자별 발급명세를 작성하여 발급한 날부터 5년간 보관하여야 한다. (2009.12.31. 개정)

　③ 기부금영수증을 발급하는 자는 해당 과세기간의 기부금영수증 총발급건수 및 금액 등을 기재한 기부금영수증 발급명세서를 해당 과세기간의 다음 연도 6월 30일까지 제168조 제5항에 따른 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2009.12.31. 개정)

나. 소득세법 시행규칙 제100조 【일반서식】

일반서식은 다음 각 호의 어느 하나에 의한다. (2007.4.17. 개정)

29의8. 영 제208조의3 제1항에 따른 기부자별 발급명세는 별지 제29호의7서식⑴에 따른다.(2008.4. 29. 개정)
29의9. 영 제208조의3 제2항에 따른 기부금영수증 발급명세서는 별지 제29호의7서식⑵에 따른다. (2008.4.29. 신설)

⑴ 법인세법의 계산서 규정(법인이 계산서를 발행하는 경우에 적용하는 규정)

법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 계산서 또는 영수증을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 하고, … 교부하였거나, 교부받은 계산서의 매출ㆍ매입처별합계표를 대통령령이 정하는 기한 내에 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다.

한편 「부가가치세법」에 의하여 세금계산서 또는 영수증을 작성ㆍ교부하였거나 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표를 제출한 것은 법인세법에 의하여 계산서 등을 작성ㆍ교부하였거나 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 제출한 것으로 본다.

<관련 조문>

가. 법인세법 제121조 【계산서의 작성ㆍ교부 등】

① 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 “계산서 등”이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다. (1998.12.28. 개정)

⑤ 법인은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 교부하였거나, 교부받은 계산서의 매출ㆍ매입처별합계표(이하 “매출ㆍ매입처별계산서합계표”라 한다)를 대통령령이 정하는 기한 내에 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 제3항의 규정에 따라 계산서를 교부받은 법인은 그 계산서의 매입처별합계표를 제출하지 아니할 수 있다. (2005.12.31. 단서신설)

⑥ 「부가가치세법」에 의하여 세금계산서 또는 영수증을 작성ㆍ교부하였거나 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표를 제출한 분에 대하여는 제1항 내지 제3항 및 제5항의 규정에 의하여 계산서 등을 작성ㆍ교부하였거나 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 제출한 것으로 본다. (2001.12.31. 개정 ; 2006.12.30. 법명개정)

나. 법인세법 시행령 제164조 【계산서의 작성ㆍ교부 등】

① 「소득세법 시행령」 제211조 내지 제212조의2의 규정은 법 제121조의 규정에 의한 계산서 등의 작성ㆍ교부에 관하여 이를 준용한다. (2005.2.19. 법명 개정)

⑥ 「소득세법 시행령」 제212조의 규정은 이 영에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 제5항의 규정에 의한 매출ㆍ매입처별계산서합계표의 제출에 관하여 이를 준용한다.

⑵ 법인세법의 매입처별세금계산서합계표의 제출규정(면세사업법인이 매입세금계산서를 교부받은 경우에 적용하는 규정)

부가가치세가 면제되는 사업을 영위하는 법인이 재화 또는 용역을 공급받고 ‘세금계산서’를 교부받은 때에는 매입처별세금계산서합계표를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다. 매입처별세금계산서합계표제출에 관하여 부가가치세법도 규정을 두고 있으나 그 규정은 부가가치세 과세사업자에게만 적용하는 것이어서 부가가치세 면세사업자에게는 적용울 하지 못한다.
부가가치세 면세사업자 중 법인사업자에게는 법인세법이 정하는 바에 따라, 또 개인사업자에게는 소득세법이 정하는 바에 따라 ‘매입처별세금계산서합계표’를 납세지관할세무서장에게 제출하도록 정하고 있다.

<법인세법 제120조의3 【매입처별세금계산서합계표의 제출】>

① 「부가가치세법」 및 「조세특례제한법」에 따라 부가가치세가 면제되는 사업을 영위하는 법인은 재화 또는 용역을 공급받고 「부가가치세법」 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 따라 세금계산서를 교부받은 때에는 대통령령이 정하는 기한 이내에 매입처별세금계산서합계표(「부가가치세법」 제20조의 규정에 따른 매입처별세금계산서합계표를 말한다. 이하 같다)를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 「부가가치세법」 제20조 제4항의 규정에 따라 제출한 경우에는 그러하지 아니하다. (2006.12.30. 신설)

⑶ 소득세법의 계산서 규정(개인사업자가 계산서를 발행하는 경우에 적용하는 규정)
사업자등록을 한 개인사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 계산서 또는 영수증을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 하고, … 교부하였거나, 교부받은 계산서의 매출ㆍ매입처별합계표를 대통령령이 정하는 기한 내에 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다.
한편 「부가가치세법」에 의하여 세금계산서 또는 영수증을 작성ㆍ교부하였거나 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표를 제출한 것은 소득세법에 의하여 계산서 등을 작성ㆍ교부하였거나 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 제출한 것으로 본다.

<관련 조문>

가. 소득세법 제163조 【계산서의 작성ㆍ발급 등】

① 제168조에 따라 사업자등록을 한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 “계산서 등”이라 한다)을 작성하여 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다. (2009.12.31. 개정)

⑤ 사업자는 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 발급하였거나 발급받은 계산서의 매출ㆍ매입처별합계표(이하 “매출ㆍ매입처별계산서합계표”라 한다)를 대통령령으로 정하는 기한까지 사업장 소재지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 제3항에 따라 계산서를 받은 수입자는 그 계산서의 매입처별 합계표를 제출하지 아니할 수 있다. (2009.12.31. 개정)

⑥ 「부가가치세법」에 따라 세금계산서 또는 영수증을 작성ㆍ발급하였거나 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표를 제출한 분에 대해서는 제1항부터 제3항까지 및 제5항에 따라 계산서 등을 작성ㆍ발급하였거나 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 제출한 것으로 본다. (2009.12.31. 개정)

나. 소득세법 시행령 제211조 【계산서의 작성ㆍ교부】

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 다음 각 호의 사항이 기재된 계산서 2매를 작성하여 그 중 1매를 공급받는 자에게 교부하여야 한다. (1994.12.31. 개정)

　1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
　2. 공급받는 자의 등록번호와 성명 또는 명칭
　3. 공급가액
　4. 작성연월일(1996.12.31. 개정)
　5. 기타 참고사항

⑷ 소득세법의 매입처별세금계산서합계표의 제출규정(개인면세사업자가 매입세금계산서를 교부 받은 경우에 적용하는 규정)
부가가치세가 면제되는 사업을 영위하는 개인사업자가 재화 또는 용역을 공급받고 ‘세금계산서’를 교부받은 때에는 매입처별세금계산서합계표를 납세지관할세무서장에게 제출하여야 한다. 매입처별세금계산서합계표제출에 관하여 부가가치세법도 규정을 두고 있으나 그 규정은 부가가치세 과세사업자에게만 적용하는 것이어서 부가가치세 면세사업자에게는 적용울 하지 못한다.
부가가치세 면세사업자 중 법인사업자에게는 법인세법이 정하는 바에 따라, 또 개인사업자에게는 소득세법이 정하는 바에 따라 ‘매입처별세금계산서합계표’를 납세지관할세무서장에게 제출하도록 정하고 있다.

<소득세법 제163조의2 【매입처별세금계산서합계표의 제출】>

① 제78조 제1항에 따라 사업장 현황신고를 하여야 하는 사업자는 재화 또는 용역을 공급받고 「부가가치세법」 제16조 제1항 및 제3항에 따라 세금계산서를 발급받은 경우에는 해당 과세기간 종료 후 31일(제78조 제1항 제1호에 따른 사업자의 경우는 제74조에 따른 과세표준확정신고기한을 말한다) 이내에 매입처별세금계산서합계표를 사업장 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 「부가가치세법」 제20조 제4항에 따라 제출한 경우에는 그러하지 아니하다. (2009.12.31. 개정)

납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 계산서가 아닌 “세금계산서”를 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다는 규정은 부가가치세법의 소관 규정이다.
부가가치세법에 정한 “전자세금계산서”를 발행교부한 것은 이미 언급한 바에 의하여 법인세법 또는 소득세법에 정한 계산서의 발급의무를 이행한 것에 해당한다.
“매출ㆍ매입처별세금계산서합계표”의 제출의무 규정은 부가가치세법의 소관규정이므로 과세사업자인 법인이나 개인에게 적용하는 것이고 만약 그 사업자가 면세사업자인 경우에는 이 부가가치세법에 정한 “매출ㆍ매입처별세금계산서합계표” 규정이 적용되지 아니하고 전술한 바와 같이 사업자가 법인이면 법인세법의 규정을, 사업자가 개인이면 소득세법의 규정을 적용하여야 한다.

<관련 조문>

가. 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다. (2010.1.1. 개정)

　1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
　2. 공급받는 자의 등록번호
　3. 공급가액과 부가가치세액
　4. 작성연월일
　5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

② 법인사업자와 대통령령으로 정하는 개인사업자는 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 전자적 방법으로 세금계산서(이하 “전자세금계산서”라 한다)를 발급하여야 한다. 다만, 법인사업자는 2010년 12월 31일까지, 개인사업자는 2011년 12월 31일까지 전자세금계산서 이외의 세금계산서도 발급할 수 있다. (2010.1.1. 개정)

③ 제2항에 따라 전자세금계산서를 발급하였을 때에는 대통령령으로 정하는 기한까지 대통령령으로 정하는 세금계산서 발급명세를 국세청장에게 전송하여야 한다. (2010.1.1. 개정)

나. 부가가치세법 제20조 【세금계산서합계표의 제출】

① 사업자는 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따라 세금계산서를 발급하였거나 발급받은 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 매출처별 세금계산서합계표와 매입처별 세금계산서합계표(이하 “매출ㆍ매입처별세금계산서합계표”라 한다)를 해당 예정신고 또는 확정신고(제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항 제18조 제2항 본문이 적용되는 경우에는 해당 과세기간의 확정신고)와 함께 제출하여야 한다. 다만, 제16조 제3항 및 제4항에 따라 국세청장에게 세금계산서 발급명세를 전송한 경우에는 그러하지 아니하다. (2010.1.1. 개정)

　1. 공급하는 사업자 및 공급받는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
　2. 거래기간
　3. 작성일자
　4. 거래기간의 공급가액의 합계액 및 세액의 합계액
　5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

② 제18조 제1항 및 제2항 단서에 따라 예정신고를 하는 사업자가 각 예정신고와 함께 매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 못하는 경우에는 해당 예정신고기간이 속하는 과세기간에 확정신고와 함께 이를 제출할 수 있다. (2010.1.1. 개정)

조세특레제한법 제126조의4에의한 매입자발행세금계산서에 의한 매입세액공제 특례 규정은 「부가가치세법」 제16조에 대한 특례 규정이므로 이 규정의 적용대상인 사업자는 부가가치세법상의 사업자를 말한다.

<관련 조문>

가. 조세특례제한법 제126조의4 【매입자발행세금계산서에 의한 매입세액공제 특례】

① 「부가가치세법」 제16조에도 불구하고 납세의무자로 등록한 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 「부가가치세법」 제16조에 따른 세금계산서 교부시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할세무서장의 확인을 받아 세금계산서(이하 “매입자발행세금계산서”라 한다)를 발행할 수 있다. (2010.1.1. 개정)

나. 조세특례제한법 시행령 제121조의4 【매입자발행세금계산서의 발행대상 사업자 및 매입세액공제 절차 등】

① 법 제126조의4 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업자”란 「부가가치세법」 제16조에 따른 세금계산서 교부의무가 있는 사업자(「부가가치세법」 제25조 제1항에 따른 간이과세자를 제외하며, 「부가가치세법 시행령」 제79조의2 제3항 및 제4항에 따라 세금계산서 교부의무가 있는 사업자를 포함한다)를 말한다. (2010.2.18. 개정)

② 법 제126조의4 제1항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하려는 자(이하 이 조에서 “신청인”이라 한다)는 「부가가치세법」 제16조에 따른 세금계산서 교부시기부터 3개월 이내에 기획재정부령이 정하는 거래사실확인신청서에 거래사실을 객관적으로 입증할 수 있는 서류를 첨부하여 신청인의 관할세무서장에게 거래사실의 확인을 신청하여야 한다. (2010.2.18. 개정)

③ 제2항에 따른 거래사실의 확인신청 대상이 되는 거래는 거래건당 공급대가가 10만원 이상인 경우로 한다. (2010.2.18. 개정)

④ 제1항에 따라 발행한 매입자발행세금계산서에 기재된 그 부가가치세액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 「부가가치세법」 제17조 제1항 및 제26조 제3항에 따라 공제할 수 있는 매입세액으로 본다. (2010. 1.1. 개정)

⑤ 신청인이 제4항의 기간 이내에 보정요구에 응하지 아니하거나 다음 각 호에 해당하는 경우에는 신청인의 관할세무서장은 거래사실의 확인을 거부하는 결정을 하여야 한다. (2007.2.28. 신설)

　1. 제1항의 신청기간을 넘긴 것이 명백한 경우
　2. 신청서의 내용으로 보아 거래당시 미등록사업자 및 휴ㆍ폐업자와 거래한 것이 명백한 경우
　3. 삭 제(2010.2.18.)

⑥ 신청인 관할세무서장은 제5항에 따른 확인을 거부하는 결정을 하지 아니한 신청에 대하여는 거래사실확인신청서가 제출된 날(보정을 요구한 때에는 보정이 된 날)부터 7일 이내에 신청서와 제출된 증빙서류를 공급자의 관할세무서장에게 송부하여야 한다. (2007.2.2.)