1) 일용근로자 근로소득

일용근로자의 근로소득은 근로를 제공한 날의 일급여액에서 10만원을 차감한 금액으로 과세표준으로 하고, 해당 과세표준에 6%를 적용하여 산출세액을 계산하고, 산출세액에서 산출세액의 55%에 해당하는 금액을 공제(“근로소득세액공제”)한 금액을 원천징수한다. 만약 원천징수 대상세액이 1,000원 미만인 경우 해당 소득세를 징수하지 아니한다. (소액부징수)
 
원천징수 소액부징수 규정은 지급시점에서 지급액에 대한 원천징수할 근로자별 세액의 합계액을 기준으로 판단하는 것이므로 일용근로자의 급여를 일정기간 단위로 일괄지급하는 경우에는 일괄지급액에 대한 일별 징수세액의 합계액을 기준으로 소액부징수 규정을 적용한다.
 
2)  일반근로자의 근로소득

일반근로자의 근로소득에 대해서는 기본세율을 적용하나 매월분의 근로소득에 대한 원천징수세율을 적용할 때에는 근로소득 간이세액표를 적용한다.

(1) 매월 급여를 지급할 때 근로소득 간이세액표 적용

근로소득 간이세액표는 소득세법에 따라 원천징수의무자가 근로자에게 매월 급여를 지급하는 때에 원천징수해야 하는 세액을 급여수준 및 가족 수별로 정한 표로 월급여액과 공제대상가족의 수를 알고 있으면 근로소득 간이세액표에서 해당 세액을 원천징수할 수 있다.

a. 월급여액

해당 월에 지급받는 급여에서 비과세소득을 차감한 금액이나, 회사에서 근로자에게 과세되는 학자금을 지원하는 경우 과세되는 학자금을 제외할 수 있다. 가끔 월급여액이 본봉으로 착각하는 경우가 있어 주의가 필요하다.

b. 공제대상가족의 수

근로자 본인을 포함하여 공제대상가족의 수를 계산하나 공제대상가족 중 20세 이하의 자녀가 2명 이상인 경우 다음과 같이 공제대상가족의 수로 한다.  
 

o 근로소득 간이세액표 찾아보기

근로소득 간이세액표(소득세법 시행규칙 별표 2)는 일반적으로 국세청 홈페이지를 통해 프로그램과 책자 형식으로 제공하고 있다. 2011년귀속 근로소득에 적용되는 근로소득 간이세액표는 2010.12.31. 개정되어 2011.1.1. 이후 발생하는 분부터 적용된다.
* 프로그램, 책자：국세청 홈페이지(www.nts.go.kr) > 조회ㆍ계산 > 근로소득 간이세액표

o 1,000만원 이상인 근로소득에 대한 원천징수 세액

근로소득 간이세액표에 따른 10,000,000원인 경우의 해당 세액과 10,000,000원을 초과하는 금액 중 95%를 곱한 금액의 35% 상당금액의 합계액으로 한다.

(2)  외국인 단일세율에 따른 원천징수 방법

원천징수의무자는 외국인근로자에게 매월분의 근로소득을 지급할 때 근로소득 간이세액표에 따라 소득세를 원천징수하여야 하는 소득세법 제134조 제1항에도 불구하고 해당 근로소득에 100분의 15를 곱한 금액을 원천징수할 수 있다.

이 경우 외국인근로자＊는 근로를 제공한 날이 속하는 달의 다음달 10일까지 단일세율 적용 원천징수신청서(조세특례제한법 시행규칙 별지 제8호의2서식)를 원천징수의무자를 거쳐 원천징수관할세무서장에게 제출하여야 한다.

＊원천징수신청일 현재 대한민국 국적을 가지지 아니한 사람만 해당한다.
 
외국인근로자의 자격을 유지하거나 단일세율 적용 포기신청이 없는 경우에는 당초 제출한 단일세율적용원천징수신청서의 효력이 계속 유지되는 것이므로 단일세율 적용 원천징수신청서는 조세특례제한법 시행규칙 별지 제8호의2서식에 따라 처음 근로를 제공한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 1회만 제출하면 된다.

단일세율을 적용받던 외국인근로자가 연도 중에 단일세율 적용을 포기하고 간이세액표에 의한 원천징수를 적용받고자 하는 경우에는 연간 1회(간이세액표로 원천징수하고자 하는 연도의 직전 월의 1일부터 말일까지)에 한하여 단일세율 적용 원천징수를 포기할 수 있다.

(3) 우리사주 인출시 원천징수세율

우리사주조합원이 우리사주조합으로부터 배정받은 우리사주를 인출하여 인출금을 근로소득으로 보아 해당 법인이 원천징수하는 경우 소득세법 제50조에 따른 기본공제 등을 적용하지 아니하고 같은 법 제55조 제1항에 따른 기본세율을 적용하여 원천징수한다.

(4) 외국인기술자 감면 적용시 원천징수

근로자가 조세특례제한법 제18조에 따른 외국인기술자에 대한 소득세 감면을 적용받는 경우 해당 근로소득을 지급할 때에는 원천징수할 세액의 감면비율에 상당하는 세액을 원천징수한다.

3) 납세조합에 의한 원천징수

납세조합이 원천징수 제외대상 근로소득에 대해 소득세를 징수할 때에는 그 조합원의 매월분의 근로소득에 대하여 근로소득 간이세액표에 따라 계산한 소득세에서 납세조합공제＊를 적용한 금액을 징수한다.
＊납세조합이 징수할 때에는 그 세액의 100분의 10에 공제하고 징수하며 이러한 공제를 “납세조합공제”라 한다.

4)  연말정산에 따른 원천징수세액

(1) 중도퇴사자에 대한 연말정산세액

근로자가 해당 과세기간 중도에 퇴직자의 경우 퇴직하는 날까지의 기간의 근로소득금액에 그 근로소득자가 근로소득자의 소득공제신고내용에 따라 종합소득공제를 적용하여 종합소득과세표준을 계산하고, 종합소득 과세표준에 기본세율을 적용하여 종합소득산출세액 산출한다.

연말정산세액은 종합소득산출세액에서 해당 과세기간에 근로소득을 지급시 원천징수한 세액, 외국납부세액공제 및 근로소득세액공제에 따른 공제세액을 공제하여 계산한다.

만일 근로소득자가 중도퇴사시 소득공제 영수증 등을 구비하여 못해 소득공제신고서를 제출하지 아니한 경우에도 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때 기본공제 중 근로소득자 본인에 대한 분과 표준공제만을 적용하여 연말정산 세액을 계산하여 납부하여야 한다.
 
(2) 계속근로자에 대한 연말정산

① 일반적인 경우

원천징수의무자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득을 지급하는 때에 해당 과세기간의 근로소득금액에 그 근로소득자가 소득공제신고내용에 따라 연말정산 세액을 계산한다.
이 경우 다음 연도 2월분의 근로소득에 대해서는 근로소득 간이세액표에 따라 소득세를 원천징수하여야 한다.

② 근로소득을 추가 지급한 때의 연말정산

원천징수의무자가 근로소득에 대한 연말정산을 한 후 해당 과세기간의 근로소득을 추가로 지급하는 때에 근로소득세액의 연말정산을 다시 하여야 한다.

③ 인정상여에 대한 연말정산

법인세에 따라 처분되는 상여에 대하여 원천징수할 소득세는 해당 과세기간에 귀속한 해당 상여 외의 근로소득과 합산하여 연말정산을 다시 하여야 한다.

④ 부당해고기간의 급여
 
근로자가 법원의 판결ㆍ화해 등에 의하여 부당해고기간의 급여를 일시에 지급받는 경우에는 해고기간에 근로를 제공하고 지급받는 근로소득으로 보아 다음과 같이 원천징수한다.

- 법원의 판결ㆍ화해 등이 해당 과세기간경과 후에 발생하는 경우
   그 판결ㆍ화해 등이 있는 날의 다음달 말일까지 연말정산을 한다.
- 법원의 판결ㆍ화해 등이 해당 근로소득이 귀속하는 과세기간의 종료일 전에 있는 경우
   근로소득 간이세액표에 의해 원천징수하고 해당 과세기간의 근로소득에 포함하여 연말정산을 하여야 한다.