대학이 자기 책임아래 기업 등 외부와 연구용역 제공 계약을 체결하고 그에 대한 대가를 수령하는 경우 학교법인의 수익사업에 포함하여 법인세를 과세함.(법인세법 3조 ① 1호)
다만, 국공립대학(대학 조직의 일부로 보는 법정연구소 포함)은 국가 또는 지방자치단체에 해당하므로 법인세 납세의무가 없음.(법인세법 2조 ③)

가) 중앙관리(대학이 연구주체가 되어 연구비를 직접 관리하는 경우)

대학이 연구용역계약을 체결하고 외부로부터 받는 연구비총액이 수익사업의 수입금액임.

* 연구비를 대학에서「중앙관리」하는 경우

대학이 주체가 되어 총(학)장 명의로 계약을 체결하고 받은 연구용역대가를 예산에 편입한 후 연구비 지출을 교수 등이 제출한 연구비실행예산서 또는 구매요구서에 의하여 대학이 직접 집행 정산하는 제도

※ 국립대학의 경우 예산에 준하여 대학이 건별로 집행관리

나) 개별관리(교수 등 개인이 연구주체가 되어 연구비를 관리하는 경우)

- 연구용역대가를 대학이 받아 연구소에 인계하는 경우 연구비 수령액 총액은 수익사업의 수입금액임.

* 대학에서 연구발전기금 등 연구간접경비(overhead cost)로 공제하고 연구소에 인계하는 금액은 손금산입

- 연구용역대가를 교수 등이 받아 일정액을 대학에 납부하는 경우 대학이 징수하는 연구간접경비가 수익사업의 수입금액임.

대학이 연구용역의 주체가 되어 연구비를 중앙관리하지 아니하고 연구소가 연구비를 직접 관리하는 경우

가) 법인으로 보는 연구소

대학으로부터 받는 연구비를 수익사업의 수입으로 보아 법인세 과세
* 기업으로부터 직접 받는 경우 총액을 수입으로 계상하고 대학에 납부하는 연구간접경비는 비용으로 처리

나) 법인으로 보지 아니하는 임의단체인 연구소

책임연구원인 교수 개인에게 소득세(사업소득)를 과세하는 것이나, 책임연구원이 다수인 경우에는 다음과 같이 공동사업자 또는 1거주자로 과세

1) 책임연구원간에 이익의 분배방법이 정하여진 경우 : 개인공동사업자로 보아 과세
* 연구소 구성원별로 종합소득세 신고ㆍ납부의무 있음.
2) 이익의 분배방법이 없는 경우 : 연구소를 1거주자로 보아 과세
* 연구소 구성원에 대한 종합소득세 신고ㆍ납부의무 없음.

교수 등이 독립된 자격으로 연구용역을 제공하고 받는 대가는 그 재원이 어디에 있는 지에 관계없이 소득세 과세

교수가 연구용역 제공의 대가로 받는 금액(고용관계에 따른 근로제공과 관련 없이 외부에 제공하는 연구용역대가)

⇒ 연구활동비ㆍ연구수당 등 명칭여하에 불구하고 기타소득으로 과세
※ 교육과학기술부ㆍ학술진흥재단ㆍ과학재단 등에서 지원받는 연구비 포함.
☞ 기존 예규로 운영되어오고 있다 2011.1.1 이후 영 제41조제11항(대학이 자체 연구관리비 규정에 따라 대학에서 연구비를 관리하는 경우에 교수가 제공하는 연구용역)으로 조문추가

연구목적의 고용관계 없는 연구보조원 등이 받는 연구비

⇒ 연구소와 고용관계 없는 대학생 또는 다른 대학교ㆍ연구소 소속교수 등이 연구업무를 수행하고 받는 금액은 명칭여하에 불구하고 기타소득으로 과세

연구소에서 연구목적으로 고용한 연구원 등이 받는 인건비

⇒ 급여ㆍ수당ㆍ장학금 등 명칭여하에 불구하고 근로소득으로 과세

※ 고용관계가 있는지 여부의 판단기준

업무에 대한 거부를 할 수 있는지, 시간적ㆍ장소적 제약을 받는지, 업무수행과정에서 구체적 지시를 받는지, 복무규정의 준수의무가 있는지에 따라 종합적으로 판단(소득46011-2004, 1996.07.12)

교수 등이 받은 연구용역대가 총액을 사업소득으로 과세

가) 대학이 연구계약을 체결하고 대가를 수령한 경우

기업으로부터 받은 연구용역대가 총액에서 대학이 연구간접경비로 공제하고 교수에게 지급하는 금액이 사업소득『수입금액』임.

나) 교수 등 개인이 연구계약을 체결하고 대가를 직접 수령한 경우

기업으로부터 받은 연구용역대가 총액이『사업소득 수입금액』임.

다) 신고의무

- 당해 교수는 사업장 관할 세무서에 별도의 사업자 등록을 하고
- 장부의 비치ㆍ기장의무에 따라 기장한 내역과 증빙자료를 근거로 소득세를 신고ㆍ납부하여야 함.
※ 기장없이 신고하는 경우 기준경비율 또는 단순경비율에 따라 소득세 계산
- 계산서 발급 및 매출ㆍ매입처별계산서합계표 제출의무가 있음. → 의무 불이행시 가산세가 부과됨.
※ 교수 등의 사업은「교육공무원법」등에 규정된『영리업무 및 겸업 금지의무』의 위반 등 신분상의 문제가 발생함.
- 교수 등 연구소의 원천징수의무
연구소에서 직접 채용한 고용관계 있는 연구원ㆍ연구보조원 및 고용관계 없는 자에게 인건비, 연구보조비 등을 지급하는 경우 지급자인 교수 및 책임연구원은 원천징수 및 지급명세서 제출의무 있음

가) 기타소득 과세방법

소득을 지급하는 자는 지급액에서 80％를 필요경비로 공제한 소득금액의 20％를 기타소득세로 원천징수하여야 하며, 소득을 수령한 자는 기타소득금액을 근로소득 등 다른 소득과 합산하여 소득세 신고를 하여야 함.
※ 다만, 일정한 기타소득금액 합계액이 연간 300만원 이하인 경우 종합소득세 확정신고없이 원천징수 분리과세를 선택할 수 있음.
- 기타소득금액(수입금액에서 필요경비를 차감한 금액)이 매건마다 5만원 이하인 경우 과세하지 아니함(법84)
- 기타소득으로 구분되는 연구비는 교수 등이 강의 등 대학과 일상적인 고용관계 이외에 독립된 지위에서 연구용역을 제공하고 그 대가로 받는 금액임.
→ 연구활동비ㆍ연구수당ㆍ연구장학금 등 명칭여하에 불구함.

나) 사업소득 과세방법

연구용역대가로 지급받은 금액의 합계액을 사업소득의 수입금액으로 보아 기장내역에 따라 과세(무기장시 단순ㆍ기준경비율 적용)
- 소득을 지급하는 자는 필요경비 공제없이 지급총액의 3％를 원천징수하여야 함
- 임의단체로 보는 연구소의 원천징수 기납부세액의 처리
ㆍ연구소가 1거주자에 해당하는 경우 → 당해 연구소의 종합소득세 신고시 기납부세액으로 공제
ㆍ연구소가 공동사업자에 해당하는 경우 → 공동사업자의 손익분배비율에 따라 배분한 세액을 종합소득세 신고시 기납부세액으로 공제받음.

다) 근로소득 과세방법

다른 소득이 없는 경우, 소득을 지급하는 자가 원천징수 및 연말정산을 하므로써 납세의무가 종결됨.