설랑대리! 「산업안전보건법」에 의하여 사업주는 근로자의 건강보호ㆍ유지를 위하여 노동부장관이 지정하는 기관 또는 「국민건강보험법」에 따른 건강진단을 실시하는 기관에서 근로자에 대한 건강검진을 의무적으로 실시해야 하는 것으로 해당 건강검진이 「국민건강보험법」이나 「산업안전보건법」 등‘건강검진 관련 법률’ 등에 따라 직원에 대하여 건강검진을 실시하는데 따른 비용은 회사의 비용으로 직원의 근로소득에 해당하지 않는 것이나 그 외의 경우로서 근로자가 부담하여야 할 종합건강검진비 등 급여성격의 비용을 회사가 부담한 경우에는 근로소득에 해당하는 것이라네.

설랑대리! 회사가 건강검진을 실시하는 근거법령인 「산업안전보건법」에 규정된 ‘의무 검사항목 범위 내’의 검진비는 근로소득에 해당하지 않는 것이나, 법령상 의무 검사항목을 초과하여 지원한 검진비는 근로소득으로 보아야 하며, 해당 건강검진이 「산업안전보건법」 등 건강검진 관련 법령에 의한 것이 아니고 그 이외의 경우로 복리후생차원에서 회사 자체적으로 실시한 것은 근로소득으로 과세되는 것이라네. 직원대상으로 건강검진을 실시하고 건강검진비를 지원하는 경우 근로소득에 해당하는지 여부는, 건강검진비의 지원 근거가 되는 「산업안전보건법」상 건강검진이 법령상 의무 이행 범위 내의 금액인지 아닌지 여부에 근로소득 과세 여부가 결정되는 것이라네. 국세청은 직원은 기본검진을, 임원은 종합검진을 하는 등 검진내용에 대하여 차별을 두고 실시하는 검진비의 근로소득에 해당하는지 여부는 검진범위, 검진내용 및 비용의 차액 등 건전한 사회통념을 감안하여 사실 판단할 사항이라고 해석하고 있다네.

설랑대리! 회사의 업무와 관련하여 암 검진 등의 추가검진을 실시하지 않아 종업원이 불가피하게 근로를 제공하지 못하게 되어 손실을 입게 되는 등 추가 검진비용을 지급하는 것은 당해 경제적 이익이 종업원에게 귀속되었다고 보기보다는 회사에 귀속된다고 볼 수 있다네. 이 경우 추가검진내용에 차별을 두고 실시함에 따라 발생하는 비용 차액은 근로소득으로 보지 않는다는 의미로 이해하면 된다네.

설랑대리! 재화나 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 때에 “지출증명서류의 수취 및 보관 규정” 에 의하여 거래 건당 3만원을 초과하는 때 그 지출증명서류로 세금계산서나 계산서, 신용카드매출전표, 현금영수증을 수취하도록 하고 있으나, 법인의 임직원이 거래의 주체로서 지급하여야 할 종합건강검진비를 법인이 대신 지급하고 이를 급여로 보아 원천징수를 하는 경우는 법인이 직접 사업자와 사업상의 거래를 한 것이 아니므로 “지출증명서류의 수취 및 보관 규정”을 적용받지 않는다네.

설랑대리! 직원에 대한 의료비 등을 회사가 부담하는 경우 의료비 지급액은 ‘의료보건용역’에 해당하여 지급방법에 관계없이 ‘사업소득’으로 원천징수하는 것이고, 의료기관이 법인인 경우 사업소득세 납부의무가 없어 원천징수 없이 해당 의료법인으로부터 계산서를 발급받아야 하는 것이나, 의료기관이 개인병원의 경우는 계산서를 발급 받았다 하더라도 사업소득으로 원천징수를 해야 하는 문제가 있다네.

설랑대리! 「소득세법」상 ‘원천징수대상 사업소득의 범위’에는 부가가치세가 면제되는 의료보건용역과 저술가ㆍ작곡가ㆍ강사 등 개인이 사무실 등 물적시설이 없이 근로자를 고용하지 않고 독립된 자격으로 부가가치세가 면제되는 인적용역을 제공받고 그 대가 지급 시 반드시 사업소득으로 원천징수를 하도록 하고 있다네. 이에 따라 「부가가치세법」상 계산서를 발급한 경우에도 「소득세법」상 원천징수의무는 유지되는 것으로 사업소득세 원천징수의무를 이행하지 않는 경우에는 원천징수납부불성실가산세와 지급명세서 미제출에 따른 보고불성실가산세가 적용되는 것이라네.

건강검진비의 원천징수 여부는 의료기관이 법인사업자인지 개인사업자인지 여부에 따라 달라지는 것으로 의료기관이 법인사업자인 경우 법인에 제공하는 의료용역에 대한 사업소득은 「법인세법」상 원천징수대상 소득에 해당하지 아니하므로 별도로 원천징수를 하지 않고 ‘계산서’를 발급받으면 되는 것이며, 의료기관이 개인사업자인 경우에는 해당 의료기관의 ‘계산서’ 발급 여부와 관계없이 해당 건강검진비에 대하여는 사업소득으로 지급금액의 3.3%(지방소득세 포함)의 세율로 원천징수하여야 한다네.

설랑대리! 개인병원 입장에서는 사업소득 원천징수영수증을 발급받은 경우에는 계산서를 발급한 것으로 인정되기 때문에 회사가 직원에 대한 치료비를 지급하거나 직원 채용과 관련하여 개인병원에게 건강검진비를 지급하는 경우에는 실무적으로는 계산서를 발급 받는 것이 아니라 사업소득으로 원천징수를 해야 하는 것이며, 건강검진비에 대하여 사업소득 원천징수를 하고 ‘원천징수영수증’을 발급 받았다면 ‘매입처별계산서합계표’에는 이를 포함하여 작성ㆍ제출하여야 하는 것이라네.

설랑대리! 직원들의 건강검진비 지원액이 근로소득으로 과세되어 소득세가 원천징수된 경우에는 해당 건강검진비는 근로자 본인이 지출한 금액이 아니라 할지라도 근로자 본인이 지출한 의료비로 보아 특별세액공제 대상에 해당되는 것이라네. 다만, 의료비공제를 받기 위해서는 세법에서 정한 증빙서류를 제출해야 하는 것으로 간소화서비스에서 의료비항목을 출력하거나, 해당 의료기관에서 의료비영수증을 발급받아 소득공제를 신청해야 하므로 의료기관과의 건강검진 계약에 따라 회사의 부담으로 건강검진비가 지급되어 근로자 명의로 진료비 납입확인서 또는 의료비 영수증을 발급받을 수 없는 경우에는 의료비 특별세액공제를 적용할 수 없는 것이라네. 즉, 의료보험료ㆍ고용보험료ㆍ노인장기요양보험료와 급여에서 일괄공제하는 기부금에 대해서는 공제서류를 제출하지 않아도 되는 것이나, 그 외 소득ㆍ세액공제 항목에 대해서는 세법에 별도의 예외 규정이 없기 때문에 세법에서 규정하고 있는 의료비 영수증을 갖추지 않고 의료기관이 발급한 계산서와 직원 개인별 과세내역 및 검진대상자 명단 등의 증빙만으로는 일괄하여 특별세액공제를 적용받을 수 없는 것이라네.

설랑대리! 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우가 아닌 회사의 직원이 거래의 주체로서 지급하여야 할 종합건강검진비 등 급여성격의 비용을 회사가 대신 지급하고 이를 급여로 보아 원천징수하는 경우 계산서 등 적격증빙 수취대상에 해당하지 않기 때문에 실무적으로 의료기관에게 계산서를 요구하는 것이 아니라 직원별로 진료비 납입확인서를 의료기관에 요청하면 된다네.