남녀고평법 제19조의3 제1항은 사업주는 육아기 근로시간 단축을 하고 있는 근로자에 대하여 근로시간에 비례해 삭감하는 경우 외에는 육아기 근로시간 단축을 이유로 그 근로조건을 불리하게 하여서는 아니된다고 규정하고 있다, 이에 따르면 사업주는 단축된 시간에 비례하여 임금을 삭감할 수 있다. 단축 근무자에 대해서 단축된 시간에 비례하여 임금을 삭감할 경우 삭감할 수 있는 임금 범위가 문제되는바, 통상임금은 단축된 시간에 비례하여 삭감이 가능하지만 그 외의 임금은 삭감할 수 없다고 본다. 실무적으로 기본급, 정기적ㆍ일률적ㆍ고정적으로 지급되는 수당, 고정적으로 지급되는 시간외수당은 단축된 근로시간에 비례하여 삭감 후 산정이 가능하다.

육아기 근로시간 단축을 사용한 기간의 연차휴가 산정 방법은 단시간근로자의 휴가시간을 계산하는 공식이 활용되므로 주의한다.
즉, 다음연도 정상휴가 일수를 각각 정상출근한 기간과 단축근무한 기간을 소정근로일수의 비율대로 나누어 산정한다. 예를 들어 정상휴가 15일, 소정근로일수 250일을 부여받은 근로자가 150일간 정상근로하고 100일간 8시간 중 2시간 단축하여 6시간씩 육아기 단축근로를 한다면 연차휴가일수 계산방법은 다음과 같다.

육아기 근로시간 단축 근로자는 근로시간에 비례하여 임금이 감소하므로퇴직일 기준 최종 3개월의 임금 총액을 기준으로 퇴직금을 산정하면 종전보다 낮아지게 되어 문제되는 바, 퇴직으로 인한 평균임금 산정 시 육아휴직 근로시간 단축기간과 그 기간 중에 지급된 임금은 제외하여 산정해야한다. 최근 근로자퇴직급여 보장법 시행령의 개정으로 사용자가 근로자와의 합의에 따라 소정근로시간을 1일 1시간 또는 1주 5시간 이상 변경하여 그 변경된 소정근로시간에 따라 근로자가 3개월 이상 계속 근로하기로 한 경우에는 퇴직금 중간정산도 가능하므로 참고한다.

사업주는 임신 중인 여성 근로자가 모성을 보호하거나, 만 8세 이하 또는 초등학교 2학년 이하의 자녀를 가진 근로자가 자녀를 양육하기 위해 신청하는 경우 1년 이내의 육아휴직을 부여하는 것이 원칙이다. 다만, 계속근로기간이 6개월 미만인 근로자의 신청은 회사가 거부할 수 있다. 육아휴직 신청의 요건으로 ‘휴직 개시일 30일 전까지 회사에 신청서를 제출할 것’을 법제화하여 회사가 대체인력을 확보하고 업무 인수인계가 이루어질 수 있는 최소한의 기간을 보장한다. 육아휴직 기간 동안 회사의 급여 지급의무는 없으며, 고용보험에서 일정 요건을 충족한 근로자의 신청을 받아 육아휴직급여를 지급한다. 다만, 회사는 근로자가 육아휴직급여를 받을 수 있도록 협조하여야 한다. 종전 3+3 부모육아휴직제를 통해 12개월 이내의 자녀를 둔 부모가 동시에 혹은 순차적으로 육아휴직을 사용할 경우 첫 3개월간 각각 통상임금의 100%를 지급했다.
2024년부터는 ‘6+6 부모육아휴직제’로 확대 실시되어 생후 18개월 이내, 맞벌이 부모가 동시에 혹은 순차적으로 육아휴직을 사용하는 경우 6개월에 대한 육아휴직급여는 통상임금의 100%로 보장된다.

남녀고용평등법은 사업주가 육아휴직을 이유로 해고 기타 불리한 처우하는 것을 금지하고 있다. ‘불리한 처우’란 육아휴직을 이유로 그 밖의 근로조건 등에서 육아휴직 사용 근로자에게 발생하는 불이익 전반으로 휴직, 정직, 배치전환, 전근, 출근정지, 승급정지, 감봉 등을 통해 근로자에게 경제ㆍ정신ㆍ생활상의 불이익을 주어서는 안된다. 다만, 상여금과 성과급 지급에 있어 존재하는 차등이 일률적으로 불리한 처우라고 볼 수는 없어 검토가 필요하다.
① 상여금의 경우 근속연수에 따라 차등 지급 한다면 그 근속연수에 육아휴직을 제외하는 것은 불리한 처우지만, 상여금이 근로한 대가로써 육아휴직 기간이 전부 또는 일부에 포함되어 상여급 지급을 전부 또는 일부 지급하지 않는다면 불리한 처우라고 볼 수 없다. ② 성과급의 경우 육아휴직 기간을 근속기간으로 인정하지 않고 평가 대상에서 제외하는 것은 불리한 처우에 해당할 수 있으므로 주의한다. 평가대상에 포함한다면 평가기준이 근속기간이 아닌 실근무일수에 따른다고 명시되어 있는 등 합리적 이유가 있는 것으로 인정된다면 불리한 처우라고 볼 수 없다.
다만, 평가기준이 실근무일수 외에 다른 지표가 없거나 미미하여 육아휴직자만 현저하게 불리한 평가를 받을 수 밖에 없다면 불리한 처우에 해당할 수 있으므로 평가기준을 점검할 필요가 있다.

육아휴직 기간은 승진, 승급, 퇴직금 산정의 기초가 되는 근속기간에 포함해야 한다. 또한, 해당 기간은 연차휴가 산정을 위한 소정근로일수 계산에 있어 출근한 것으로 간주한다. 다만, 법정 육아휴직(1년)을 초과하여 회사의 재량으로 부여하는 약정 육아휴직 기간은 취업규칙 등에 정하면 근속기간으로 인정하지 않을 수 있고, 연차휴가 산정시 소정근로일에서 제외하고 계산할 수 있다.

A1 : 기간제법 제6조 제3항은 소정근로시간을 초과하여 근로하는 경우 통상임금의 100분의 50 이상을 가산하여 지급하도록 규정함. 따라서 육아기 근로시간 단축 근로자는 육아기 근로시간 단축기간 동안에는 단시간근로자로 볼 수 있으며, 초과근로에 대하여 통상임금의 100분의 50 이상을 가산하여 지급해야 함.