지특법상 사후관리 유형은 개별조문에 따라 사후관리하는 개별 추징규정을 두는 경우와 개별조문에 사후관리하는 추징규정을 두지 아니하는 경우 일반적 추징규정을 적용하는 것으로 구분된다. 따라서 개별 추징규정은 지방세감면 등 지방세특례를 적용받은 경우 개별조문의 추징요건별로 적용된다. 그러나 일반적 추징규정인 지특법 제178조는 지특법에 근거하여 지방세 감면 등을 적용할 때 개별조문에서 특별히 추징조문을 별도 규정한 경우를 제외하고는 나머지 해당 부분에 대하여 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있으며 일반적 추징요건은 다음과 같다. 첫째 지특법(§178)의 적용요건은 지특법상의 감면규정을 적용받아 감면을 받은 경우에 적용되는 것이므로 지방자치단체의 감면조례나 「조세특례제한법」의 적용을 받은 경우에는 적용대상이 아니며 여기서 감면은 “지방세의 세율경감, 세액감면 및 세액공제”로 한정할 것인지 아니면 감면은 지방세특례이므로 “세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함) 등”을 의미하는지 여부에 대하여 지특법상의 감면은 지방세특례와 동일시하고 있다(행안부, 지방세특례제도과-249, 2020.2.6. , 참조).²⁾
둘째, 일반적 추징규정은 감면법인이 취득하는 부동산에 한정하여 취득세를 감면받은 경우에 적용하는 것이므로 취득세 이외 재산세 등 감면은 적용대상이 아닌 것이다. 여기서 부동산의 범위는 토지와 건축물을 의미하며 주택도 포함하게 된다.
셋째, 일반적 추징규정은 지특법상 각각의 개별조문에 사후관리규정을 별도로 두고 있는 경우에는 그 규정을 적용하여야 하므로 개별 감면규정에 사후관리규정을 두고 있지 아니하는 경우 일반적 추징규정이 적용된다. 그런데 지특법상 각각의 개별 감면규정에서 당초 처분의 감면요건상 ‘직접사용’이라는 규정이 없거나 ‘사용’하는 경우 감면한다고 규정하는 경우에도 일반적 추징규정이 적용되는지 여부가 쟁점이다.
이에 대하여 살펴보면 개별 감면조문(예 : 지특법 §57의 2 등)에 ‘해당 부동산을 취득하는 경우’에 취득세를 감면한다고 규정하는 경우 취득하면 감면한다는 의미이지 이를 사용하도록 별도의 규정을 두고 있지 아니함에도 불구하고 직접사용하여야 감면하고 직접사용하지 아니한 경우 추징하는 것은 당초 조건유보부 감면이 아니므로 일반적 추징규정을 적용할 수 없는 것이다(행안부, 지방세특례제도과-587, 2022.3.15., 참조). 2) [사례] 감면규정과 중과세 배제의 중복감면 적용(행안부, 지방세특례제도과-249, 2020.2.6.)
부동산투자회사가 현물출자로 취득하는 재산에 대하여 「지방세특례제한법」제57조의 2 제3항 제3호의 규정에 따른 취득세 감면과 같은 법 제180조의 2 지방세 중과세율 적용 배제가 동시에 해당될 경우에는 같은 법 제180조에 따른 중복감면 배제 대상에 해당되므로 감면율이 높은 감면 규정을 적용함이 타당함.

지특법(§178 ①)에서 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다. 또한 지특법 제178조 제2항에서는 취득세를 추징하는 경우 이자상당액을 가산하여 추징하도록 규정하고 있다. 즉, 지특법에 따라 부동산에 대한 취득세 감면을 받은 자가 일반적 추징규정이나 그 밖에 각 규정에서 정하는 추징사유에 해당하여 그 해당 부분에 대해서 감면된 세액을 납부하여야 하는 경우에는 이자상당액을 가산하여 납부하여야 하며, 해당 세액은 「지방세법」제20조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다. 다만, 파산 등 부득이한 사유가 있는 경우에는 이자상당액을 가산하지 아니한다.

감면받은 법인등이 부동산을 유예기간(취득일부터 1년까지) 내에 정당한 사유없이 해당 용도로 직접사용하지 아니하는 경우에 추징하는 것이므로 유예기간 내 감면 목적에 직접사용을 개시하여야 한다. 또한 감면받은 법인등이 직접사용의 유예기간 동안 그의 직접 목적이 아닌 부수적인 목적에 부동산을 사용하거나 전혀 사용을 하지 않고 있는 상태라 하여도 유예기간이 경과하기 전까지는 추징사유가 발생한 것으로 볼 수 없다(대법원 2005두14035, 2006.1.27., 판결 참조). 그러므로 감면법인 등이 부동산을 취득하고 해당 사업에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 신고하여 취득세 등을 면제받은 때에는 추징유예기간(예 : 1년)에는 취득한 부동산의 용도가 감면 목적으로 사용하기 불가능한 정도의 수준이 아니한 이상 추징사유가 발생한 것이 아닌 것이다. 따라서 사후관리규정인 유예기간 내 해당 용도에 직접사용을 개시한 경우에는 추징대상이 아닌 것이다. 또한 취득 이후 유예기간 내에 감면법인 등이 해당사업에 직접사용할 수 없는 정당한 사우가 발생한 경우에도 추징사유에 해당되지 아니한다.

감면받은 법인등이 유예기간 내에 사용을 개시하였다고 하더라도 해당 용도로 직접사용한 의무기간(2년) 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 추징하게 된다. 이는 취득일로부터 1년 이내에 사용개시를 하였다고 하더라도 의무사용기간(2년)을 충족하여야 추징되지 아니하는 것이다. 감면하였다가 일정한 요건하에 추징을 하는 것은 일단 감면요건에 해당하여 그 세액을 감면한 후에 당초의 감면취지에 합당한 사용을 하느냐에 대한 사후관리의 측면에서 규정한 것으로서 본래의 부과처분과는 그 요건을 달리하는 부과처분이라고 할 것이다(대법원 2002두516, 2003.9.26., 판결 참조). 그리고 감면법인등이 유예기간 내에 당해 사업에 직접사용개시를 하여야 하는바 이는 당해 사업에 사실상 사용개시하는 것을 의미하며 건축공사에 착공하여 공사 중인 경우에는 직접사용이라고 볼 수가 없고 단지 정당한 사유가 있는 기간으로 판단하는 것이다. 따라서 당해 사업에 공여하기 위하여 2년 이상 건축공사만 하다가 매각하는 경우에는 당해 사업에 직접사용한 기간이 2년이 아니므로 추징대상에 해당하는 것이다. 또한 지특법 제2조 제8의 2호에서 ‘매각ㆍ증여’란 이 법에 따라 지방세를 감면받은 자가 해당 부동산, 차량, 선박 등을 매매, 교환, 증여 등 유상이나 무상으로 소유권을 이전하는 것을 말한다.
‘매각’의 의미가 유상으로 소유권을 타인에게 이전하는 것을 의미한다고 볼 때 법문상 ‘매각’과 상대적인 의미로 쓰인 ‘환매’의 경우에도 소유권이 최종 이전된 상태를 의미하는 것으로 보는 것이 타당하므로 과세기준일 현재 환매신청이 있었다는 사실만으로 감면된 세액의 추징요건에 해당되나(행안부, 지방세운영과－4471, 2010.9.24., 참조), 증여의 경우에는 무상으로 소유권을 이전하는 것이기 때문에 매각과는 달리 보아야 한다. 그러므로 매각과 증여에 의한 추징요건은 엄격하게 구분하여 적용하여야 하고 매각시점에 대하여 보면 매각시점은 통상의 매매계약을 체결하고 그 계약금을 수령한 경우에는 특별한 사정이 없는 한 계약일을 기준으로 매각일이라고 판단하여야 한다(대법원 2010두15582, 2010.11.25., 판결 참조).

지특법 제2조 제1항 제8호의 규정에서 “직접사용”은 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자(「신탁법」제2조에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당함)가 해당 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다고 규정하고 있다. 이는 지특법상 직접사용의 개념을 적용할 경우 지특법에 의거 감면을 받은 경우에 한정하여 적용하도록 규정하고 있는 이상 소유자가 해당 부동산을 직접사용하는 경우이고 나아가 직접사용은 감면법인의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하면 되는 것이다(대법원 2001두878, 2002.10.11., 판결 등). 그런데 신탁재산에 대한 소유자는 수탁자이므로 수탁자인 신탁회사는 담보 목적으로 부동산을 취득하고 있을 뿐이기 때문에 부동산을 당초 위탁자가 취득하여 사용하는 목적으로 사용할 수가 없는 것이다. 이와같이 신탁재산에 대하여 직접사용은 수탁자가 사용하는 경우에도 직접사용으로 보더라도 담보신탁으로 소유권을 이전하였기 때문에 소유권이 수탁자에게 이전되는 결과 수탁자는 대내외적으로 신탁재산에 대한 소유권을 가지게 된다(대법원 2010다84246, 2011.2.10., 판결). 따라서 “소유자로서의 지위를 상실한 이후에는 위탁법인이 취득한 부동산을 목적사업인 고유목적에 사용하지 아니한다”고 볼 수 있다. 지특법 제2조 제1항 제8호의 규정은 위탁자인 당초 소유자뿐만 아니라 신탁재산의 경우 수탁자가 신탁목적에 맞게 사용하는 것도 직접사용으로 보도록 한 것이다. 엄격해석의 법리상 수탁자가 목적사업에 사용하여야 하므로 수탁자의 사업은 신탁재산의 담보나 관리목적용이기 때문에 고유목적사업이 없어 직접사용에 해당되지 아니하게 된다. 그리고 위탁자가 취득한 후 신탁을 위하여 수탁자에게 이전하는 경우에는 매각이나 증여로 볼 수 없기 때문에 일반적 추징규정인 지특법 제176조 제1항의 적용대상에 해당되지 아니한다(조심 2016지0153, 2016.11.25., 참조).

‘건축 중’의 의미는 사실상 건축공사에 착공하여 공사가 진행 중인 상태를 의미하는 것이므로 ‘건축중인 건축물’이라 함은 ‘과세기준일 현재 공사에 착수한 경우’만을 말하고 그 착공에 필요한 준비작업을 하고 있는 경우까지 포함한다고 볼 수는 없다(대법원 2008두3319, 2008.5.29., 판결 참조). 따라서 건축중인 부속토지에 대하여는 현실적으로 직접사용하는 것이 아니기 때문에 취득세 감면 추징요건 중 직접사용기간이 2년 이상 여부를 판단할 때에는 그 기간에 포함되지 아니한다. 그러나 건축물의 건축공사는 직접사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 그 토지를 고유업무에 직접사용한 것이라고 볼 수 없고, 그 고유업무에 직접사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 할 것이다(대법원 2006두11781, 2009.3.12., 판결 참조).³⁾ 감면법인이 건물을 신축하고자 유예기간 내 착공한 경우 착공시점부터는 당해 사업에 사용하지 못하는 정당한 사유로 인정받는 것이므로 향후 임대목적으로 건축하더라도 현실적으로 임대행위가 발생되지 아닌 이상 추징사유가 발생되지 아니한 것이다.⁴⁾
이 경우 정당한 사유의 범위에 취득 후 유예기간 이내 건축공사에 착공한 경우(규준틀 설치일)에 당해 법인이 현실적으로 사용할 수 없는 정당한 사유에 해당하며 당해 토지를 사용하고자 착공공사를 진행한 것이라면 유예기간 경료시점에는 사실상 사용할 수 없는 부득이한 사유가 있을 뿐만 아니라 당해 착공행위로 인하여 건축공사가 진행되는 이상 당해 토지를 직접사용하기 위한 부단한 노력을 한 것으로써 시간적으로 3년 유예기간 내에 사용할 수 없는 정당한 사유가 있는 것이다(조심 2015지1092, 2015.11.12., 참조 등).
그리고 지특법 규정 중 일부 규정은 취득세 감면과 재산세 감면을 ‘동일 조문’에 규정하고 있는 경우와 각각 구분하여 ‘분리규정’하는 경우로 구분된다. 이 경우 ① 동일조문에 규정된 경우(예 : 지특법 §15 ①)에는 유예기간 내 건축공사 착공이나 직접사용을 하지 아니하더라도 취득세 및 재산세 감면배제를 하고 있지 아니한다. 3) [판례] 건축 중인 부속토지의 정당한 사유 인정 범위(대법원 2006두11781, 2009.3.12., 판결)
토지를 취득하여 고유업무에 직접사용하기 위한 건축 등의 공사를 하였다고 하더라도 그것만으로는 그 토지를 고유업무에 직접사용한 것이라고 볼 수 없고, 다만 그 고유업무에 직접사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 하되, 그 정당한 사유가 있는 범위는 특별한 사정이 없는 한 건축 중인 건물의 연면적 중 고유업무에 직접사용되는 건물 부분이 차지하는 비율에 해당하는 토지 부분으로 제한된다[조세심판원결정(조심 2015지1092, 2015.11.12.)도 동일한 취지임]. 4) [사례] 유예기간 내 건축공사 착공과 정당한 사유(조심 2023지3732, 2024.4.15.)
농협이 쟁점토지를 취득한 후(2021.5.4.) 그로부터 1년 이내인 2022.4.27. 건축물 건축공사를 착공하였고 쟁점토지상에 건축물 신축을 위한 진지한 노력을 다하는 등 쟁점토지를 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보는 것임.
그러나 대부분의 지특법상 감면 규정은 취득세 감면과 재산세 감면을 동일 조문 내에서도 각 항(각 호)을 달리 ② 분리규정된 경우에는 유예기간 내 건축공사 등을 하지 아니하는 경우 취득세는 추징하지 아니하면서 재산세 감면이 배제된다는 문제가 제기된다.
왜냐하면 취득세의 경우 유예기간 내 직접사용하는 데 소요되는 기간을 감안하여 명문의 추징규정을 두고 있는데 비하여 재산세는 ‘매년 과세기준일’ 현재 현실적으로 직접사용하는 경우 감면하도록 하되 건축공사 중인 경우에는 직접사용하는 겻으로 의제규정(지특령 §123)을 두고 있기 때문이다. 따라서 감면대상법인이 나대지인 토지를 취득한 후 취득세 유예기간 중에 재산세 과세기준일이 도래되는 경우 당해 감면사업에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 감면하더라도 ‘정당한 사유 없이 그 취득일부터 유예기간(1, 3년)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접사용하지 아니하는 경우’에는 추징대상으로 하는바 사용 개시하기 위하여, 유예기간은 통상 1년[종교단체, 학교 등 3년, 창업중소기업 4년(5년)]이라는 준비하는 기간을 두고 있다.
그러므로 감면대상법인이 토지 취득 후 목적사업에 사용을 준비하도록 일정한 유예기간(1년, 3년 및 4년) 중에 감면목적 사업에 건축 착공이나 현실적인 사용 등 직접사용을 하지 아니한다고 하여 재산세를 추징할 수 있는지 여부가 쟁점이다. 감면법인이 부동산을 취득한 그날부터 바로 사용개시하기 어렵기 때문에 일정기간(1년, 3년, 4년)을 두어 준비를 하도록 하며 재산세도 1년(3년)간 감면지원을 하는 것이 아니라 그 후에도 감면사업(예 : 종교용 등)으로 사용하는 경우에는 재산세를 감면하도록 지특법상 별도 분리하여 규정을 두고 있는 것이다. 취득세의 경우 종교용으로 사용유예기간(3년)을 주고 있음에도 불구하고 재산세는 취득 즉시 사용하여야만 감면을 받을 수 있다면 불합리한 결과를 초래하게 된다는 것이다.
왜냐하면 나대지 상태의 토지를 취득하여 현실적으로 사용하기 위해서는 건물 건축 등 공사과정을 거쳐야 하고 나아가 준공 이후에 감면사업용으로 사용하기 때문에 감면법인과 같이 나대지를 취득한 쟁점 토지를 건축공사에 착공하지 아니하였다고 하여 감면을 배제하는 것은 감면취지에 부합되지 아니한 것이다.⁵⁾ 그러므로 감면유예기간이 경과하지 아니한 경우 취득세 추징대상에도 해당되지 아니하므로 재산세는 과세기준일 현재 직접사용하지 아니하는 것으로 보는 것은 타당하지 아니하다(조심 2021지0921, 2022.6.8., 참조). 5) 조세심판원결정(조심 2021지2431, 2022.6.29.)에서 재산세의 경우 과세기준일 현재 종교행위에 직접사용하는 경우나 건축허가를 받아 종교시설(사찰)을 건축 중인 경우에 한하여 재산세를 면제하는 것이므로 취득세가 면제되는 유예기간 내에 재산세도 면제되는 것은 아니라고 한 바 있어 차이가 있다. 나아가 건축 중에는 토지 취득 당시부터 목적사업 이외 사용(임대 등)하거나 임대면적과 범위도 확정되지 아니한 상태에서는 추징사유가 발생하였다고 볼 수도 없는 것이다. 이 경우 임대용으로 사용하는 것은 실제 임대차계약을 체결하고 현실적으로 임대용에 공여하는 경우(즉, 임대개시일)를 의미하는 것인 만큼 건축공사에 착공하는 것은 고유목적 사업에 사용할 수 없는 정당한 사유가 있는 것으로 추징요건이 발생되지 아니한 것이다. 추징사유 발생일은 현실적으로 임대행위가 발생하여 임대차계약을 체결하는 날을 기준으로 하여야 하나 현실적인 임대행위가 없고 건축 중인 경우라면 추징할 수가 없다.
만, 건축 당시부터 감면제외 대상 건축물의 부속토지에 해당하는 경우 그 추징사유 기산일은 유예기간 종료일이 되는 것이다(조심 2020지3331, 2021.12.28., 참조).⁶⁾ 6) [사례] 건축 중인 대학병원 내 상가 및 장례식장 추징기산일(조심 2020지3331, 2021.12.28.)
청구법인은 임시 사용승인일 이전부터 건축물 건축허가 등을 통해서 일부가 병원용 이외의 용도(장례식장, 상가)로 건축중인 사실을 알 수 있었던 것으로 보이므로 그 사실을 확인한 때에 「지방세기본법」제49조의 규정에 따라 신고를 한 후 건축물이 준공(사용승인)될 때 그 과세면적의 변동사항을 바로잡는 것이 타당해 보이는 점, 「지방세특례제한법」제41조에서 취득일부터 3년이 경과할 때까지를 유예기간으로 두고 있어 적어도 토지 취득일부터 3년이 경과한 날을 장례식장용 토지의 추징사유발생일로 보는 것이 타당함(조심 2021지0605, 2021.12.28., 결정도 동일한 취지임).

지특법상 사후관리규정에 의거 ‘정당한 사유 없이 그 취득일부터 유예기간(1년, 3년)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접사용하지 아니하는 경우’에는 기 감면한 취득세를 추징하는 것이므로 취득일 이전부터 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황에서는 정당한 사유로 인정되지 아니한다(대법원 2016두32251, 2016.4.28., 판결 참조). 이 경우 감면 추징을 위한 유예기간은 취득일로부터 유예기간(1년, 3년)까지 산정한 기간이 되며 법률상 장애 사유 등 정당한 사유가 해소된 날로부터 유예기간이 새로이 기산되지 아니하는 것이고 유예기간 종료일이 기산일이 된다.

부동산 취득 이후 취득 주체에게 귀책사유를 물을 수 없는 불가항력적 사유가 발생하여 유예기간 종료일 이후까지 지속되는 경우에는 유예기간 종료일 시점에는 정당한 사유가 존재하는 한 추징사유에 해당되지 아니한다. 이 경우 추징 여부 판단일은 유예기간 종료일이 되는 것이다. 따라서 유예기간 종료시점에 불가항력적인 정당한 사유가 발생하더라도 그 사유가 소멸한 이후에 추가적으로 새로이 유예기간이 기산되는 것은 아닌 것이므로 항상 유예기간의 존속기간은 취득일로부터 1년(3년)이 되는 것이다.

상기 ‘2)’의 경우와 같이 취득일로부터 1년(3년) 이내에 불가항력적인 정당한 사유가 발생하였으나 유예기간 중에 소멸한 경우나 취득일 이전부터 정당한 사유가 발생하였으나 유예기간 중에 소멸한 경우에도 정당한 사유, 존속기간 여부에 불구하고 추징 판단시점은 유예기간 종료일을 기준으로 판단한다. 이는 기감면된 취득세의 추징을 위한 과세요건에는 해당 부동산의 취득 외에 유예기간(1년, 3년)의 경과도 포함된다고 할 것이므로(대법원 96누14494, 1997.7.11., 판결 등 참조), 취득 주체가 부동산을 취득한 날로부터 유예기간(1년, 3년) 이내에 고유업무에 직접사용하지 아니한데 정당한 사유가 있는 경우라고 하더라도 추징을 위한 과세기준일은 부동산 취득일로부터 유예기간 종료일(1년, 3년)이 경과한 날이 되고, 정당한 사유가 소멸된 날로부터 새로이 유예기간(1년, 3년)이 경과한 날이 되는 것은 아닌 것이다(대법원 2003다66271, 2005.5.27., 판결 참조).
이는 정당한 사유가 소멸된 때로부터 새로이 유예기간이 기산된다고 본다면, 정당한 사유가 소멸된 때로부터 당초 유예기간의 종료일까지의 기간 동안에는 납세자에게 정당한 사유가 존재하지 않음에도 부당한 혜택이 주어진다는 점이 지적되기 때문이다(대법원 2021두58059, 2024.5.30., 참조).

감면 추징사유에 해당하는 수익사업은 지특법 제2조 제2호의 규정에 따르면 「법인세법」제4조 제3항에 따른 수익사업을 말한다. 이 경우 수입사업에 해당하면 무조건 추징대상인지 여부가 쟁점이다. 즉, 그 수익사업을 통하여 수입이 발생하고 있는 경우라면 실비변상적 경비 여하에 불구하고 수익사업에 해당한다고 보는지 여부이다. 따라서 발생한 수입을 당해 법인의 비영리사업 등 고유사업에 사용하는지 여부는 고려의 대상이 아니라고 보는 것이다(조심 2017지0285, 2017.5.1., 등 다수). 그러나 비영리법인이 존립을 위하여 불가피하게 수익사업을 하는 경우로서 수혜자로부터 받는 수익의 범위가 실비변상적 수준에 해당하는 경우라도 수익사업에 해당하는지 여부는 어느 사업이 수익을 목적으로 하더라도 그 규모와 사업활동으로 볼 수 있는 정도의 계속성과 반복성이 있는지 여부 등을 고려하여 사회통념에 따라 합리적으로 판단하여야 한다.
따라서 수익사업을 통하여 수입이 발생하는 경우 무조건 수익사업으로 보는 견해(수입기준설)와 달리 수익이 발생하였더라도 그 수익의 범위가 실비변상적 수준에 해당되거나 일시적인 사용에 따라 발생한 수익인 경우에는 수익사업으로 보아서는 아니 되며, 나아가 발생한 수익의 사용에 있어서도 비영리목적 사업을 위해 지출되는 것이라면 수익사업으로 보아서는 아니 된다는 견해(실비변상적 수입기준설)이다(대법원 2017두31101, 2017.4.28., 판결 참조).⁷⁾ 7) [판례] 종교단체의 수익사업의 범위(대법원 2017두31101, 2017.4.28., 판결)
원고 재단은 마음수련활동 참가자들로부터 참가비를 지급받았으나 마음수련활동 참가기간, 참가자들에게 기본적으로 숙식이 제공되는 점 등에 의하면, 원고 재단이 참가자들로부터 지급받은 참가비가 실비 수준을 부당하게 초과한다거나 이를 원고 재단의 수익 내지 영리활동으로 평가하기 어렵다. 나아가 원고 재단의 손익계산서 기재에 의하면, 마음수련활동 회비 수입액은 원고 재단의 인건비 등을 포함한 총비용보다 작고, 별도의 기부금 수입액이 없는 한 순수익이 발생하는 구조가 아님을 충분히 파악할 수 있다.

• ① 일시적 수익사업 사용과 감면 추징
  수익사업이 그 사업 규모 등을 고려하여 계속성과 반복성을 수반하는 것이므로 일시적으로 수익사업을 하는 경우에도 수익사업에 해당하는지 여부가 쟁점이다. 비영리법인이 사용하는 시설을 일부 대관(貸館)하면서 사용료를 받는 경우 이는 일시적 사용관계에서 발생한 수익이지만 단순히 수익발생기준으로 본다면 수익사업으로 볼 수 있을 것이다. 그러나 수익사업의 개념에서 볼 때 수익사업은 기본적으로 사업성을 구비하여야 하는바 그 속성인 계속성과 반복성이 없는 경우라면 일시적 수익사업에 사용을 하였다고 하더라도 이를 수익사업으로 볼 수 없는 것이다(조심 2018지1200, 2019.6.27., 조심 2018지3216, 2019.6.18., 참조).
• ② 필수불가결한 시설의 수익사업과 감면배제
  대학법인이 교육목적으로 대학병원이나 장례학과를 운영하면서 부수시설로 설치한 대학병원 장례식장에 대한 사례를 살펴보자. 먼저 교육 목적사업에 해당하는지 여부를 보면, 의료법 제3조 제1항의 규정에서 의료인이 공중(公衆) 또는 특정 다수인을 위하여 의료ㆍ조산의업(“의료업”)을 하는 곳을 의료기관으로 정의하고 있으며 장례식장 운영의 경우 의료업의 범위에 포함되지 아니하기 때문에 이를 근린생활시설로 보아 감면대상에서 배제하고 있다(대법원 2006두11781, 2009.3.12., 판결 참조). 또한 학교시설로서 운영되는 산학협력단의 사례에서도 해당 부동산이 교육용으로 사용되기보다는 교육사업 이외의 사업에 사용되는 것으로 보아 산학협력단에서 발생되는 수익도 수익사업에 해당한다(조심 2018지962, 2018.12.7., 참조).
• ③ 임대승계와 수익사업 판단
  취득 당시 당해 부동산에 임차인이 거주하고 있고 임차기간이 종료되지 아니한 상태에서 취득할 경우 임대차관계를 승계할 수밖에 없는 상태임에도 불구하고 이를 수익사업을 영위하는 것으로 보아 감면 배제대상으로 할 것인지 여부가 쟁점이다. 수익사업은 그 사업의 규모나 반복성, 계속성을 살펴서 판단하는 것인 만큼, 목적사업에 직접사용하기 전의 유예기간 동안 부수적인 목적에 부동산을 사용하거나 또는 전혀 사용하지 않고 있는 상태라 하여도 유예기간이 경과하기 전까지는 추징사유가 발생한 것으로 볼 수는 없다(대법원 2005두14035, 2006.1.27., 판결 참조). 그러므로 임대사용계약을 승계함에 따른 임차인의 일시적인 사용에 불과하고, 해당 임대차계약을 승계하면서 별도로 임대료를 받는 등의 계약을 체결하지 아니한 경우라면 당해 부동산을 수익사업에 사용한 것으로 볼 수 없다(조심 2017지310, 2017.6.19., 참조).
• ④ 유료사용과 수익사업 비교와 재산세 감면 배제
  ‘유료로 사용되는 경우’란 당해 재산의 사용에 대한 대가가 지급되는 경우를 의미한다. 그리고 그 사용의 대가적 의미를 가지는 것이라면 대가의 명목이나 사용기간의 장단, 그 대가의 지급이 1회적인지 또는 정기적이거나 반복적인 것인지 여부는 문제되지 않는다(대법원 2010두4964, 2012.12.13., 판결 참조). 이에 반하여 수익사업은 대가적 의미 외에도 사업성이 가미되어야 하기 때문에 사업의 규모와 사업 활동으로 볼 수 있는 정도의 계속성과 반복성이 있는지 여부 등을 모두 고려하여 판단해야 한다는 점이 유료사용과는 차이가 있다. 따라서 ‘수익사업에 사용하는 경우’와 ‘해당 재산이 유료로 사용되는 경우’를 구별하여 이를 병렬적으로 열거하고 있는 경우 설령 해당 재산을 수익사업에 사용하는 경우에 해당하지 않더라도, 해당 재산이 유료로 사용되고 있다면 그 대가의 다과 등과 관계없이 해당 재산에 관한 재산세 등이 면제되지 않는다(대법원 2021두34534, 2021.6.3., 판결 참조).

통상적으로 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 의하여 감면하였거나 감면되어야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”는 경과규정은 신법령 시행 후에 과세요건이 완성된 경우에는 원칙적으로 종전 규정에 의거 과세요건 성립 당시의 법령인 종전 규정을 적용하여야 한다는 의미이다. 이러한 법리의 적용은 법령이 개정된 후에 비로소 과세요건이 완성되는 경우를 당연히 전제로 하고 있는 것이다.
그러나 개정 법령 부칙에서 “종전의 규정을 개정 법령 시행 후에도 계속 적용한다”는 경과규정을 두지 아니한 이상 다른 특별한 사정이 없는 한 법률불소급의 원칙상 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 법령을 적용하여야 하고, 이는 구법령이 실효되고 이를 대체한 새로운 법령이 제정된 경우에도 마찬가지라 할 것이다(대법원 98두15788, 1999.9.3., 판결 참조). 이에 대하여 감면 축소와 관련하여 명문의 규정이 없는 한 신의칙을 부정한다(대법원 2022두57633, 2022.12.15., 판결).
법령의 전부 개정은 기존 법령을 폐지하고 새로운 법령을 제정하는 것과 마찬가지여서 특별한 사정이 없는 한 새로운 법령이 효력을 발생한 이후의 행위에 대하여는 기존 법령의 본칙은 물론 부칙의 경과규정도 모두 실효되어 더는 적용할 수 없다(대법원 2001두11168, 2002.7.26., 판결 참조). 그러나 특별한 사정이 있는 경우에는 종전 규정의 부칙도 존속하는 것이므로 그 범위는 종전 경과규정의 입법 경위 및 취지, 전부 개정된 법령의 입법 취지 및 전반적 체계, 종전 경과규정이 실효된다고 볼 경우 법률상 공백상태가 발생하는지, 그 밖의 제반 사정 등을 종합적으로 고려하여 종전 경과규정이 실효되지 않고 계속 적용된다고 보아야 할 만한 특별한 사정이 있는 경우에 한하여 효력이 존속한다(대법원 2011두27919, 2012.3.29., 판결 참조).

지방세 관계법령의 개정 시에는 부칙 규정을 두고 있는바, 부칙 규정에는 개정조문에 대한 시행일과 적용기준을 명시하고 있어서 구 조문과의 관계와 신조문과의 적용상 충돌을 피하도록 하기 위함이다. 따라서 개정 조문에 대한 소급적용이 필요하지 아니한 경우 등 특별한 사정이 없는 이상 개정조문 시행일 이후부터 적용하도록 부칙 규정을 두는 입법형식을 취하게 된다.
특히, 지특법 부칙 규정상 일반적 적용례에서는 “이 법은 이 법 시행 이후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다”는 표현으로 개정조문의 적용일은 납세의무 성립일 분부터 적용하게 된다.
「지방세법 시행령」제20조 제5항의 규정에 의거 ‘연부로 취득하는 것은 그 사실상의 연부금 지급일을 취득일’로 의제하도록 규정하고 있는바 연부취득 중에 지특법상의 감면율이 축소 개정되는 경우로서 연부취득 시 별도의 적용경과규정을 두고 있지 아니한 경우가 대부분의 입법례이다.
연부취득의 경우 ‘매 사실상의 연부금을 지급하는 날’을 납세의무 성립일로 보게 되면 각각의 연부금 지급일 당시의 관련 법령에 따라 감면율을 적용하여야 하므로 납세자는 불측의 불이익을 받게 된다. 따라서 신의칙은 계약 당시 과세관청의 언동에 신뢰하고 그에 따라 경제행위를 하였으나 지특법 개정으로 불측의 피해를 보게 되는 경우 종전 규정을 적용하게 되는 것이므로 연부취득 중에 감면근거 규정이 개정되어 감면율이 축소되더라도 신의칙을 적용하는 것이 타당할 것이다(조심 2022지1798, 2023.12.15., 참조).⁸⁾
그리고 연부취득 시 감면 추징을 하기 위한 유예기간의 기산일은 원칙적으로 연부대금을 완납한 때이고, 그 대금완납 전에 소유권이전등기를 한 때에는 그 등기일이라고 본다(대법원 2023두39939, 2023.8.31., 판결 참조). 8) [사례] 신의칙과 지목변경 취득세 면제범위(조심 2022지1798, 2023.12.15.)
지목변경 공사가 2017.4.28.에 준공되었으나, 개발계획을 수립한 이후 준공시까지 개발계획의 취소됨이 없이 동일한 사업으로 진행되었고, 종전 지특법 시행 당시인 2013.8.8. 착공한 것으로 확인되어 지목변경에 따른 취득 시 종전 지특법 제78조 제1항을 적용하여 면제대상임.