소규모 법인사업자(직전 과세기간의 공급가액 합계액이 1억 5천만원 미만)와 개인 일반사업자는 직전 과세기간(6개월) 납부세액의 50%를 예정고지서(24년 10월)에 의해 납부하여야 하고, 예정고지된 세액은 2024년 제2기 부가가치세 확정신고 시 기납부세액으로 차감된다.
다만, 예정고지 대상자라도 휴업 또는 사업 부진으로 인하여 사업실적이 악화되거나 조기환급을 받고자 하는 경우 예정신고를 할 수 있으며, 이 경우 예정고지는 취소된다.

간이과세자는 1년을 과세기간으로 하여 신고ㆍ납부하게 된다.

이하에서는 부가가치세 신고서식 중 과세표준 및 매출세액과 매입세액 부분을 참고하여 부가가치세 신고서식의 각 항목에 대하여 이해하고, 매출세액에서 공제하거나 불공제하는 매입세액의 기준에 대하여 구체적으로 살펴보겠다.

세금계산서를 발급한 경우 해당 금액을 기재하고, 거래처별로 작성한 매출처별 세금계산서 합계표를 작성하여 제출한다.
전자세금계산서 발급분은 국세청 홈택스의 금액과 일치하는지를 확인하고, 종이세금계산서를 발급한 건에 대하여 전자세금계산서를 중복 발급하였는지 확인한다.
또한 공급시기에 세금계산서를 먼저 발급하고 신용카드매출전표로 결제받는 경우에는 세금계산서로 신고한다. 이 경우에는 부가가치세법 시행규칙[별지 23호 서식] 「신용카드매출전표등 발행금액 집계표」상 “3. 신용카드매출전표등 발행금액(⑤ 합계) 중 세금계산서(계산서) 발급명세”란에 해당 중복금액을 기재한다.

매출자가 세금계산서를 발급하지 않아 관할 세무서장에게 신고하여 승인받은 매입자로부터 받은 매입자발행세금계산서가 있는 경우 기재한다.
매입자발행세금계산서를 발급받는 경우 매출자는 세금계산서 미교부 가산세가 부과된다.

신용카드매출전표, 직불카드, 기명식선불카드, 현금영수증, 직불전자지급수단 및 기명식선불전자지급수단에 의한 매출이 있는 경우 기재한다.
해당 과세기간의 신용카드 매출금액과 현금영수증 발행금액은 국세청 홈택스 및 여신금융협회자료와 일치하는지 확인한다.
또한 판매ㆍ결제대행매출(배달앱, 온라인쇼핑몰 등을 통한 매출)이 있는 경우 국세청 홈택스상 판매(결제)대행 매출자료 조회내역과 플랫폼사(결제대행업체) 매출자료와 비교하여 매출 누락 여부 등을 확인한다.
매출이 발생한 플랫폼사가 전자금융업상 결제대행업체로 등록되지 않은 경우에는 (4) 기타(정규영수증 외 매출분)로 구분하고 해당 매출을 신용카드발급세액공제 대상에서 제외한다.

영세율이 적용되는 매출 중 세금계산서를 발급한 분을 기재한다. 국내 거래에 해당하는 내국신용장 또는 구매확인서로 공급하는 경우와 해외 건설용역을 원도급자로부터 하도급받은 경우에 해당한다.
영세율이 적용되는 매출이 있는 경우 영세율 매출명세서 및 영세율 첨부서류를 제출하여야 한다. 부가가치세 신고서상 영세율합계금액은 영세율매출명세서와 일치하여야 하며, 세금계산서 발급분 금액은 매출처별세금계산서합계표상 기재된 영세율 대상 공급가액과 금액이 일치하여야 한다.

예정신고 누락분은 확정신고 시에 포함하여 신고할 수 있다. 다만 예정신고분에 대한 과소신고가산세, 미납세액에 대한 납부지연가산세를 포함하여 신고ㆍ납부해야 한다.

사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 파산ㆍ강제집행 등의 대손세액공제 사유로 외상매출금, 그 밖에 매출채권의 전부 또는 일부가 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 대손세액을 대손이 확정된 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다. 대손금액의 전부ㆍ일부를 회수한 경우에는 대손금액에 관련된 대손세액을 회수한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에 더한다(부법 §45). 부가가치세 확정신고 시에만 대손세액공제 신청이 가능하다.
대손세액공제를 받으려 하거나 대손세액을 매입세액에 더하려는 사업자는 부가가치세 확정신고서에 대손세액공제(변제)신고서와 대손사실 또는 변제사실을 증명하는 서류를 제출하여야 한다(부법 §45 ②; 부령 §87 ④).

세금계산서를 발급받은 경우 해당 금액을 기재하고, 거래처별로 작성한 매입처별 세금계산서 합계표를 작성하여 제출한다.
① 일반매입 : 매입처별 세금계산서합계표상의 총합계란의 공급가액 및 세액 중 고정자산 매입분 이외의 일반매입분을 기재한다. 공제받지 못할 매입세액을 포함한다. ② 수출기업 수입분 납부유예 : 납세의무자가 재화의 수입에 대하여 관세법에 따라 관세를 세관장에게 신고하고 납부하는 경우에는 재화의 수입에 대한 부가가치세를 함께 신고하고 납부하여야 하는데, 수출중소기업이 납부유예를 신청하는 경우 세관장으로부터 납부유예가 표시된 세금계산서를 발급받되, 수입 시마다 납부하는 것이 아니라 부가가치세 예정신고 또는 확정신고를 할 때 정산하여 납부할 수 있다. ③ 고정자산 매입 : 고정자산(건물, 구축물, 기계장치, 차량운반구 등) 매입분이 있는 경우 공급가액과 세액을 기재하며, 건물등감가상각자산취득명세서를 포함하여 제출한다.

예정신고를 하면서 누락한 매입금액인 예정신고 누락분은 확정신고 시에 포함하여 신고할 수 있다. 예정신고누락분 명세의 합계란의 금액과 세액을 기재한다. 공제받지 못할 매입세액을 포함한다.

재화나 용역을 공급한 사업자가 부도ㆍ폐업, 공급 계약의 해제ㆍ변경 등의 사유로 세금계산서를 발급하지 않은 경우, 매입자는 관할세무서장에게 거래사실확인을 받아 매입자발행세금계산서를 발행할 수 있다. 즉, 매출자가 세금계산서를 발급하지 않아 관할세무서장에게 신고한 후 승인받은 매입자발행세금계산서상 금액을 기재한다.

발급받은 신용카드매출전표상 매입세액, 의제매입세액, 재활용폐자원 등에 대한 매입세액, 재고매입세액, 변제대손세액을 등을 공제받는 사업자가 기재한다.

• ① 신용카드매출전표등 수령명세서 제출분
  재화나 용역을 공급받고 부가가치세액이 별도로 구분되는 신용카드매출전표 등을 발급받은 경우 신용카드매출전표등 수령명세서를 제출하고 관련 공급가액과세액을 기재한다.
  세금계산서 수취분과 달리 매입세액 불공제대상(비영업용 소형승용차 관련, 기업업무추진비 관련 등)은 제외하고 기재한다. 신용카드로 결제하고 동일거래에 대하여 세금계산서도 중복으로 수취하였다면 세금계산서에 의해 공제받아야 한다.


• ② 의제매입세액공제
  사업자가 부가가치세를 면제받아 공급받거나 수입한 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(면세농산물 등)을 원재료로 제조가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우에 의제매입세액을 공제받을 수 있다(부법§42).
  의제매입세액은 면세농산물등의 매입가액에 의제매입세액공제율을 곱한 금액을 기재한다.
  
  □ 면세농산물등의 매입가액
  

  구분	면세농산물등의 매입가액
  국내의 다른 사업자로부터 공급받는 경우 (다른 사업자가 수입한 것을 공급받는 경우 포함)	운임 등의 부수비용을 제외한 매입원가
  수입한 경우	수입되는 면세농산물등의 수입가액은 관세의 과세가격으로 함

  
  □ 의제매입세액 공제율
  

  구분		공제율
  1. 음식점업	가. 과세유흥장소의 경영자	2/102
  	나. 음식점(과세유흥장소 제외)을 경영하는 사업자 중 개인사업자	8/108(과세표준 2억원 이하는 26.12.31까지 9/109)
  	다. 가목 및 나목 외의 사업자	6/106
  2. 제조업	가. 과자점업, 도정업, 제분업 및 떡류 제조업 중 떡방앗간을 경영하는 개인사업자	6/106
  	나. 중소기업 및 개인사업자	4/104
  	다. 위 가목 및 나목 외의 법인사업자	2/102
  3. ‘1호’ 및 ‘2호’ 외의 사업(과세유흥장소, 기타)		2/102

  
  □ 의제매입세액 공제한도
  해당 과세기간에 사업자가 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준에 한도율을 곱한 금액을 한도로 공제한다.

  구분	과세표준	한도율
  		음식점업	기타업종
  개인사업자	1억원 이하	75%	65%
  	1억원 초과 ~ 2억원 이하	70%
  	2억원 초과	60%	55%
  법인사업자		50%



• ③ 재활용폐자원 등 매입세액공제
  재활용폐자원 및 중고자동차를 수집하는 사업자가 세금계산서를 발급할 수 없는 자로부터 재활용폐자원 및 중고자동차를 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 취득가액의 일정률에 해당하는 금액을 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다(조특법 §108).
  재활용폐자원 등 매입세액공제를 받고자 하는 사업자는 재활용폐자원 등의 매입세액공제신고서와 매입처별계산서합계표 또는 영수증을 첨부하여 제출하여야 한다.


• ④ 재고매입세액
  간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 그 변경되는 날 현재에 있는 재고품등에 대하여 일반과세자로 전환되는 날의 직전 과세기간에 대한 확정신고와 함께 일반과세 전환 시의 재고품등 신고서를 작성하여 납세지 관할 세무서장에게 신고한다(부령 §86 ①).
  관할세무서장이 승인한 재고매입세액은 그 승인을 얻은 날이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

발급받은 세금계산서에 의한 매입세액 중 불공제 대상 매입세액 내역을 기재한다.
공제받지 못할 매입세액 명세서를 제출해야 한다.
다음 매입세액은 거래상대방 또는 세관장에게 부가가치세를 거래징수당하고 세금계산서 등 적격증빙을 수취하여도 매출세액에서 공제하지 아니한다(부법 §39 ①).
「부가가치세법」제39조에서는 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’을 열거하고 있다. 여기서 사업관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것인지 개별적으로 판단해야 할 것이다.
예를 들어 사업과 관련 없는 지출은 다음과 같다.
또한 사업이란 사업자의 과세사업에 관련된 것을 말한다. 과세사업이 아닌 면세사업과 관련된 재화 또는 용역의 구입에 따른 부가가치세는 매입세액으로 공제 받을 수 없다.