설랑대리! 연구소 또는 전담부서에서 근무하는 직원(다만, 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비는 연구인력개발비 세액공제 대상이라네. 여기서 “기획재정부령으로 정하는 자”란 전담부서등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원을 말하며, 다만 주주인 임원으로서 「조세특례제한법 시행규칙」제7조 제3항 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다네.

「조세특례제한법 시행규칙」제7조 제3항을 해석함에 있어 검토 사항은 다음과 같다네. 지배주주 또는 10% 초과하는 대표자의 특수관계자는 주주이면서 임원일 때만 공제되지 않으며, 비특수관계자는 임원이면서 주식이 10% 초과될 때만 공제되지 않는다네. 따라서 대표자의 배우자가 법인의 주식을 25% 소유하고 있다고 하더라도 해당 배우자는 주주인 임원이 아니므로 연구 및 인력개발비 세액공제가 가능한 것이라네.

설랑대리! 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 연구요원 등의 범위에 개인사업자 자녀의 인건비도 세액공제 대상에 포함되는 것이라네.

설랑대리! 주식의 증자나 감자등 여부에 불문하고 연구요원이자 임원에 해당하는 자가 사업연도 중 법인의 주식을 취득하여 그 소유지분이 총발행주식의 10%를 초과하게 되는 경우, 그 초과일 이전 기간에 상당하는 인건비에 대해서는 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용할 수 있는 것이라네.

설랑대리! 연구개발출연금을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액은 연구ㆍ인력개발비를 산정할 때 제외하는 것이므로 관련 법률에 따라 지급받은 연구개발출연금이 아닌 법인이 자체부담금으로 지출한 연구인력개발비는 세액공제 대상이라네.

설랑대리! 연구ㆍ인력개발비세액공제대상 인건비는 과학기술분야의 “연구업무 전담부서” 종사자로서 실질상 전업적으로 연구개발 관련 업무에 종사하는 연구원에게 지급하는 인건비를 말하는 것이라네.

설랑대리! 연구의 정의는 「기술개발촉진법」제2조 제1호의 기술개발을 말하는 것으로 해당 규정에 의하면 기술개발이라 함은 “신기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료제품ㆍ장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험과정까지를 포함한다”고 되어 있으므로 연구소의 연구원이 자신의 연구결과가 타당한지 여부를 점검하는 과정에서 매출활동인 외부에서 위탁받은 연구개발용역에 일부 관여하였다 하더라도 이를 이유로 연구원이 연구활동에 전념하지 않았다고는 보기는 어렵다고 볼 수 있을 것이네. 하지만 연구원이 자체개발활동과 매출활동을 동시에 수행하는 경우 그 실질이 연구원으로서 연구결과가 타당한지 여부를 점검하는 과정에서 매출활동에 일부 관여한 것이 아니고 사업활동으로서의 수익을 목적으로 계속ㆍ반복되었다면 해당 연구원은 전업적으로 연구개발 활동만을 하는 것이 아니므로 인건비 전액을 세액공제할 수 없다네.

설랑대리! 기업부설연구소의 연구원으로 신고된 자들이 실제로는 연구전담이 아닌 타부서에 소속되어 매출활동도 겸하고 있음이 조직도ㆍ지출결의서ㆍ급여명세서ㆍ출장보고서 등에 의하여 확인되고 세무조사가 예상되자 직원의 자리 재배치 등을 통하여 연구원들이 연구활동에 전념한 것처럼 꾸민 것이라면 연구소는 한국산업기술진흥협회의 인정요건을 충족하기 위하여 형식상 존재하는 것으로 볼 수 있다네. 따라서 전담연구원이 행정업무에 종사하였거나 연구 도중에 타부서와 혼재하여 근무한 사실이 확인되고 실질적으로 연구실적이 없는 등 전담연구원으로 신고된 자들이 연구에만 전념하지 않고 실제로는 연구전담이 아닌 매출활동도 하였음을 확인된다면 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에서 제외하는 것이 타당할 것이라네.

설랑대리! 기업부설연구소 등이 한국산업기술진흥협회로부터 연구 또는 연구개발전담부서로 확인을 받은 이후 연구개발과제를 직접 수행하는 직원의 인건비에 대하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제가 되는 것이 원칙이나, 기업부설연구소에 연구원으로 등록되지 않은 자도 실제 연구소 소속으로 직접적으로 연구업무에 종사하는 연구원이라면 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하는 것이라네.

설랑대리! 세액공제대상은 자체 연구개발의 경우 “연구소 또는 전담부서”에서 연구개발업무에 직접종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비라고 규정하고 있고, “연구소 또는 전담부서”란 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 규정하고 있다네. 따라서 기업부설연구소로 인정을 받기 전에 발생한 비용과 기업부설연구소가 연구시설 등에 대한 세부요건을 충족하지 못하여 연구소 인정이 취소된 후 발생한 인건비 등 비용은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 받을 수 없는 것이라네. 다만 기업부설연구소 취소 전까지 발생한 연구 및 인력개발비는 세액공제가 가능한 것이네.

설랑대리! 「조세특례제한법 시행령」 별표 6에서 연구인력개발비 세액공제 대상 인건비에는 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용 중 퇴직금을 제외한 연월차, 시간외 수당 등 근로의 제공으로 지급하는 수당이 포함된다네.