(대법원2020두56919, 2021.3.25.) 판결 법인이 특수관계자로부터 지급받아야 할 채권의 회수를 정당한 사유 없이 지연시키는 것은 실질적으로 그 채권 상당액이 의무이행기간 내에 전부 회수되었다가 다시 가지급된 것과 같은 효과를 가져온다는 점에서 그 미회수채권 상당액은 구 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목이 규정하는 ‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에 해당하여 그에 상당하는 차입금의 지급이자가 손금에 산입되지 않는다. 또한 그와 같은 채권의 회수지연이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 결여되어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 구 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호에 준하는 행위로서 같은 항 제9호의 규정에 의한 부당행위계산부인에 의하여 그에 대한 인정이자가 익금에 산입된다. (중략) ③ 원고의 채권회수 지연행위의 기간은 1~2개월에 불과한데, 이처럼 단기간의 채권회수 기간의 조정은 유일한 거래처인 cc의 자금사정을 반영하여 원고의 더 큰 손실을 피하기 위해서 이루어진 것으로서 정당한 사유와 경제적 합리성이 있다고 볼 여지가 크다.

④ 한편 cc, ee하우시스, ff벽지, gg벽지 등의 대규모 업체들이 2015년 벽지시장 점유율의 약 94%를 차지했는데, 대규모 업체들은 대부분 하나의 법인 안에서 자신만의 브랜드 벽지를 직접 생산해서 판매하고 있고, cc와 ee하우시스만 주문자상표부착(OEM) 방식으로 벽지를 생산ㆍ판매하고 있다. 이러한 벽지시장의 특성 및 원고가 원고 벽지를 cc를 통해서만 판매해 왔고, 원고는 OEM 생산업체로서 별도의 판매ㆍ유통망을 갖추지 않고 있었던 점 등을 고려해 보면, 원고로서는 cc와의 거래를 중단하고 새로운 매출처를 개척하는 것은 쉽지 않았을 것으로 보인다. 오히려 원고 벽지의 유일한 거래처가 cc라는 점을 고려해 보면, 원고는 cc의 경영실적이 좋지 않은 경우 대금 회수시기를 조정하여 유일한 매출처인 cc의 부도를 막고, 경영상태가 호전되었을 때 채권을 회수하는 방식으로 cc와 거래를 유지할 충분한 동기가 있었던 것으로 보인다. (중략) 이 사건 각 처분 중 채권회수 지연행위에 따른 지급이자 손금불산입 및 인정이자 익금산입 부분을 취소한다.

(조심2017서4397, 2018.2.1.) 처분청은 특수관계법인에 매입대금을 부당하게 조기결제하였으므로 현금결제 비율을 초과하여 지급한 대금 상당액을 특수관계인 가지급금으로 보아 법인세를 과세한 처분은 정당하다는 의견이나, 청구법인과 쟁점거래처 간에 체결된 하도급계약서 상 대금지급조건은 ‘현금’ 지급으로 명시되어 있는 점, 당해 공사에 있어서 쟁점거래처는 청구법인의 주된 거래처(같은 기간 2차 하도급 업체 전체에 지급한 지급총액의 OOO가 쟁점거래처에게 지급됨)로서 청구법인은 거래상대방의 자금 사정 등을 감안하여 매입대금을 지급할 수 있다고 볼 수 있는 점, 매입대금을 조기결제한 것이 부당한 자금대여인지 여부를 비교할 수 있는 유사거래규모의 타 매입처에 대한 결제기일 등에 대한 조사 내용이 제시된 바 없고, 매출처로부터 OOO만기 어음으로 지급받았다 하여, 매입처인 쟁점거래처에게도 동일한 결제방식으로 결제해야 한다는 것이 일반적인 상관행이라고 보기 어려운 점, 건설하도급의 경우 현금을 지급하지 않으면 용역의 진행이 어려우므로 하도급 대금은 대부분 현금으로 지급하고 있다는 청구주장에 신빙성이 있고, 처분청이 달리 이를 부인할 과세근거를 제시하지 못하는 점, 청구법인은 매출대금으로 수취한 대부분의 어음(전체 어음의 OOO)을 할인하여 자금을 융통하고 있는 것으로 보이고, 타거래처에 대하여도 하도급 대금을 현금결제하는 경우가 많은 것으로 나타나므로, 쟁점거래처에게 자금을 조기결제할 목적만으로 매출채권처분손실을 부담하였다고 보기는 어려운 점 등에 비추어 현금결제 비율을 초과하여 지급한 대금 상당액을 특수관계법인에 대한 가지급금으로 보아 인정이자를 익금에 산입하고 관련 지급이자를 손금불산입한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(조심2022구1913, 2022.8.24.)

• (나) 청구법인과 거래당사자 간에 체결한 공사도급계약, 채무인수계약, 건설출자자약정 및 주주협약에 의하면, 청구법인은 특수관계법인의 기존 차입금 OOO원에 대한 채무보증 및 추가자금에 대한 자금보충의무를 부담하는 것으로 나타나는바, 이러한 상황에서 청구법인이 쟁점채권포기액을 회수하기 위하여 건설출자자로서의 지위를 유지하면서 추가PF에 참여하였다면, OOO원의 추가적인 손실이 발생할 것으로 예상되어 손실을 최소화하기 위하여 쟁점사업에서 철수하는 과정에서 불가피하게 회수실익이 없는 미회수공사채권의 일부인 쟁점채권포기액을 포기하게 된 것으로 보이고, 청구법인과 동일한 상황에서 다른 법인들도 청구법인과 유사한 선택을 하였을 것이라고 인정되는 점,
• (다) 특수관계법인의 연도별 매출액은 2016년에 OOO원, 2017년에 OOO원, 2018년에 OOO원 및 2019년에 OOO원으로 당초 계획대비 25% 수준에 불과한 것으로 나타나고, 이로 인하여 2016년부터 2019년까지 계속해서 매출총손실 및 영업손실이 발생하여 공동출자자 A의 유상증자(OOO원)에도 불구하고 계속된 당기순손실 발생으로 자본총계가 2015년 말 △OOO원에서 2020년 말 △OOO원으로 자본잠식이 심화된 것으로 나타나는 점,
• (라) 청구법인은 ① 특수관계법인의 자산 중 대부분을 차지하는 단기금융상품 OOO원과 건물 등 유형자산 OOO원은 OOO원에 달하는 차입금에 대한 담보로 제공되어 있었고, ② 선급비용 OOO원은 압류할 수 있는 자산이 아니었으며, ③ 소프트웨어 OOO원도 범용성 있는 자산이 아니라 압류실익이 없는 자산이었던바, 청구법인이 쟁점채권포기액의 회수를 위하여 특수관계법인의 자산을 압류하는 등 법적 조치를 취하는 것은 사실상 불가능한 상태였다고 주장하는 점,
• (마) 비록 쟁점사업으로 인하여 청구법인에게 손실이 발생하였으나, 불가피한 손실을 최소화한 것은 경제적 실질 측면에서 손실감소로 그만큼의 수익이 창출된 것으로도 볼 수 있고, 「법인세법」은 업무와 관련하여 발생한 손실도 손금으로 인정하고 있으며, 쟁점합의서에 따라 청구법인은 특수관계법인에 대한 건설공사채권 OOO원 중 OOO원을 회수하고, 나머지 쟁점채권포기액(OOO원)은 포기를 통하여 특수관계법인의 채무를 면제하였는바, 결국 청구법인이 특수관계법인에 대한 건설공사채권 OOO원을 매각한 것과 동일한 효과가 발생한 것으로, 쟁점채권포기액을 매매차손과 동일하게 손금으로 볼 수 있어 보이는 점,
• (바) 청구법인이 특수관계법인에게 기부 또는 접대할 의도로 쟁점채권포기액을 포기하였다고 보기보다는 스스로의 사업상 손실을 최소화하기 위한 판단으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청에서 쟁점채권포기액이 손금에 해당하지 아니한 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(대법원2003두7651, 2006.5.12.) 판결 법인이 특수관계에 있는 자로부터 지급받아야 할 공사대금의 회수를 정당한 사유 없이 지연시키는 것은 실질적으로 공사대금이 계약상의 의무이행기한 내에 전부 회수된 후 다시 가지급된 것과 같은 효과를 가져온다는 점에서 그 공사대금을 회수하여야 할 날에 그 미회수 공사대금을 가지급금으로 지출한 것으로 보아야 할 것이다.

원심이 같은 취지에서, 원고가 특수관계법인으로부터 공사미수금의 회수를 지연하게 된 동기나 그 경위 등에 비추어 보면, 원고가 공사미수금의 회수를 지연한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵고 오히려 그 공사미수금의 회수를 지연함으로써 특수관계법인에 대하여 운영자금 등을 대여한 것과 같은 경제적 효과를 가지고 온 것으로 보이므로, 원고 회사의 목적사업이나 영업 내용 등에 비추어 볼 때 이 사건 공사미수금의 회수지연은 원고의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금에 해당한다고 판단한 것은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같은 업무무관 가지급금의 지급이자 손금불산입에 관한 법리 등을 오해한 위법이 있다고 할 수 없다.

(대법원2017두51167, 2017.9.29.) 판결 피고는 이 사건 계약기간이 10년으로 정해진 사실 자체로서 원고와 특수관계법인이 법인세법상 ‘시가’를 반영하여 용역제공을 받으려는 의사를 포기한 것으로 추단할 수 있으므로, 이 사건 계약에 기초한 거래는 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것이라고 주장한다.

살피건대, 이 사건 계약기간이 장기이기는 하나, 이 사건 계약은 국내에서 정보기술 시스템 구축 및 운영이라는 개념이 자리 잡을 정보기술의 초창기 시절 체결되었던 점, 이 사건 계약이 일괄적인 정보기술 시스템 구축 및 운영계약인 측면을 감안하여볼 때 계약기간을 장기간으로 정하는 것은 원고의 전산시스템을 안정적이고 효율적으로 관리하는 데에 도움이 된다고 볼 수도 있는 점 등에 비추어, 이 사건 계약기간이 10년이라는 사실만으로 이 사건 계약에 기초한 거래를 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래라고 단정하기 어렵다.

오히려 이 사건 계약이 1998.11.25. 체결된 사실은 앞서 본 바와 같은데, 원고가 특수관계법인에 고시단가를 기준으로 용역대금을 지급하였다는 것은 계약의 내용을 충실히 이행하였다는 것에 불과한데, 이를 두고 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래라고 볼 수 있는지 의문이 들고, 피고가 주장하는 바와 같이 2008년경 고시단가를 할인하는 관행이 생겼다고 하더라도, 원고가 계약에 반하여 특수관계법인에게 고시단가를 할인하여 달라는 요구를 하였어야 하고, 특수관계법인은 원고의 요구를 받아들여 실질적으로 계약의 내용을 변경했어야만 하는지는 더욱더 의문이다.

따라서 원고에게는 부당행위계산 부인규정인 법인세법 제52조 제1항, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호, 제89조 제1항, 제5항이 적용될 수 없고, (후략)

(대법원2016두39573, 2018.10.25.) 판결 한편 부당행위계산부인을 적용할 때 기준이 되는 법인세법 제52조 제2항의 시가에 관하여 정하고 있는 법인세법 시행령 제89조 제3항은, 부당행위계산의 유형 중 하나인 ‘금전을 시가보다 높은 이율로 차용하는 경우’에는 ‘가중평균차입이자율이나 당좌대출이자율을 시가로 한다’고 규정하고 있으므로, 특별한 사정이 없는 한 위 규정에서 정한 이자율을 그 시가로 보아야 한다. (중략) 과세연도인 2009년부터 2012년까지 사이에 시중금리는 가장 높은 이율이 연 5.81%에 불과하고 계속하여 시중금리가 하락추세였으며, 당좌대출이자율은 일반 시중금리보다 높게 고시되거나 정하여졌으므로 이 사건 차입의 약정기간이 장기간이라는 점을 감안하더라도 이 사건 차입 이자율의 시가가 2009년부터 2011년까지의 당좌대출이자율 연 8.5%, 2012년 당좌대출이자율 연 6.9%를 초과할 것으로 보이지 않는다.

이 사건 차입 약정에 차주가 대출기관의 사전 동의 없이 제3자에 대한 금전채무를 부담하는 행위를 금지하는 조항이 있으나, 이는 원고의 재무상황이 악화되는 것을 방지하기 위하여 둔 조항으로 보일 뿐, 비용을 줄일 수 있도록 높은 이율의 채무를 변제하기 위한 낮은 이율의 채무부담행위까지 금지하는 내용으로는 보이지 않는다.

이 사건 차입 약정에 원고의 조기 상환을 금지하는 어떠한 제한이 있다고 보이지 않고, 시중금리가 장기간 낮게 형성되었을 때 원고가 다른 금융업자로부터 낮은 이율로 자금을 대여받아 조기 상환을 하거나 이를 근거로 특수관계인(주주)을 상대로 이자율을 낮추는 것이 어려웠다고 보이지 않는다.

(대법원2017두38461, 2017.6.29.) 판결 ④ 원고는 2009년 이전에는 H 주식회사와 P 주식회사로부터 소비자가의 3%(매출액의 8.7%)를 상표권 사용료로 지급받았고, 2007년경 이 사건 회사에 대하여 상표권 사용료를 수취하지 않을 경우 과세 가능성이 매우 높다는 것을 인식하고 있었으며, 그 후 회계법인에 적정한 상표권의 가치에 대한 평가를 요청하여 그 평가 결과를 기초로 P 주식회사, 이 사건 회사, 은물학교에 대하여 매출액의 6%에 해당하는 상표권 사용료를 지급받기로 하고 2009.10.1. 이 사건 회사와 사이에 매출액의 6%에 해당하는 상표권 사용료를 지급받기로 약정하였고, 매출액의 6%라는 사용료 기준은 현재까지도 유지되고 있으므로, 매출액의 6%라는 상표권 사용료는 원고가 특수관계자 아닌 자와의 정상적인 거래에서도 지급받을 것으로 판단되는 사용료라고 봄이 상당하다. ⑤ 원고는 특수관계자가 아닌 지역사업자에게는 무상으로 상표권을 제공하고 있다고 주장하나, 원고는 유아용 교재ㆍ교구 및 학습지를 제작하여 H 주식회사 또는 P 주식회사에게 공급하고, H 주식회사, P 주식회사가 이를 지역사업자에게 공급하면서 지역사업자가 상품 판매의 용도로 원고의 상표권을 사용할 수 있도록 하고 있는데 반하여 원고는 이 사건 회사와는 직접 상표권 사용 계약을 체결하고 교육용역 등과 관련하여 상표를 사용하게 하고 있어 원고와 지역사업자 사이의 거래형태는 원고와 이 사건 회사와의 거래형태와 다르므로, 지역사업자가 원고에게 지급하여야 할 상표권 사용료가 원고와 이 사건 회사와의 거래의 시가라고 할 수는 없다. ⑥ 원고가 들고 있는 우리나라 대기업 등의 상표권 사용료 사례들은 특수관계자 사이의 상표권 사용료 수취율이거나 원고의 상표권이 사용되는 상품이나 서비스와는 상품이나 서비스의 종류나 특성이 차이가 있어 이를 시가로 볼 수 없다.

이러한 거래행위의 여러 사정을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고가 2006년부터 2008년까지 특수관계자인 이 사건 회사로부터 상표권 사용료를 수취하지 않은 것은 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 결여된 비정상적 거래행위에 해당하고, 정당한 세액 산정의 기준이 되는 상표권 사용료의 시가는 매출액의 6%라고 봄이 상당하고, 갑 제10 내지 25호증의 각 기재 및 영상만으로는 이를 뒤집기에 부족하며 달리 반증이 없다.

(조심2019서2601, 2020.5.20.) 처분청은 청구외법인이 순자산가치 및 순손익가치를 기준으로 하는 상증법상 보충적 시가 평가액인 쟁점가액에 상증법 제63조 제3항에 따른 과점주주에 대한 최대주주 할증평가(30%)를 적용한 가액으로 자기주식 매수청구를 한 후, 청구법인이 이에 응하여 위 할증평가를 적용한 가액으로 쟁점주식을 양도하였어야 정상적인 거래로 인정할 수 있다는 의견이나, 회사는 상법 제341조에 따라 자기주식 취득시 모든 주주에게 균등한 조건(가액 등)으로 매수청구하여야 하는데, 만일 회사가 최대주주 아닌 주주에게 최대주주에 대한 할증평가를 적용한 고가에 자기주식을 매수청구하여 취득할 경우, 그러한 경영진은 형법 제356조에 의거 업무상 배임죄로 형사처벌되는 한편, 민사상 손해배상책임을 부담하게 될 수 있고, 회사가 최대주주 여부에 따라 주주들로부터 불균등한 가액으로 자기주식을 매수청구하는 것은 이를 금지하는 강행법규인 상법 제341조에 위배되어 그 법률행위가 무효가 되므로 2011년에 개정된 상법 및 자본시장법에 따른 자기주식 공개매수시 최대주주와 그 외 주주를 구분하여 불균등한 가액으로 자기주식 거래가 이루어진 전례가 전자공시시스템에서 확인되지 않는 것으로 보이는바, 위와 같은 처분청의 의견은 납세자에게 관계 법률에 따라 불가능한 것을 요구하면서 무리한 수인의무를 지우는 것이라 할 것이다.

처분청은 회사가 자기주식 취득시 상법 제341조에 따라 최대주주 여부에 관계없이 균등한 가액으로 자기주식 매수청구를 할 수밖에 없으므로 쟁점가액으로 이루어진 이 건 쟁점거래가 거래당시에는 정상적이었다고 인정하더라도 이에 불구하고 법인세법 제52조에 따른 부당행위계산부인은 그 이후인 조세부과 단계에서 적용되는 별개의 규정이므로 이를 적용하여야 한다는 의견이나, 위 부당행위계산부인 규정은 합리적인 경제인의 입장에서 비정상적인 거래행위를 하여 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킨 경우에 한하여 적용할 수 있는 것인바(대법원 2012.11.29. 선고 2010두19294 판결 등 다수, 같은 뜻임), 이 건 쟁점거래 및 그 거래가액이 경제적인 합리성이 결여된 것으로 인정되지 않는 이상, 이에 관계없이 부당행위계산부인 규정이 적용되어야 한다는 처분청의 의견은 타당하지 않다 할 것이다.

위와 같은 사항들을 종합적으로 고려할 때, 처분청이 이 건 쟁점거래에 대하여 법인세법 제52조에 따른 부당행위계산의 부인을 적용함을 전제로 청구법인의 이 건 경정청구를 거부한 부분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

(대법원98두12055, 2000.11.10.) 판결 부당행위계산의 유형을 정하고 있는 법인세법 시행령 제46조 제2항 제3호 소정의 무수익자산이라 함은 법인의 수익파생에 공헌하지 못하거나 법인의 수익과 관련이 없는 자산으로서 장래에도 그 자산의 운용으로 수익을 얻을 가망성이 희박한 자산을 말한다 할 것인바, 원심이 인정한 위 사실과 기록에 비추어, 원고의 이 사건 골프회원권의 매입은 부당행위계산부인의 대상인 무수익자산의 매입에 해당한다 할 것이고, 같은 견해에서 그와 같이 판단한 원심판결은 정당한 것으로 수긍되고, 거기에는 상고이유로서 주장한 바와 같은 부당행위계산부인 및 무수익자산에 관한 법리오해가 없다.

부당행위계산부인의 대상인 무수익자산의 매입으로 인정되면, 세법상으로는 무수익자산의 매입이 부인되고 대신 매입대금상당을 법인이 출자자 등에게 대여한 것으로 의제하여 법인세법시행령 제47조 소정의 인정이자를 익금산입함이 타당하다 할 것인바, 같은 견해에서, 그와 같은 방법으로 세액을 산정한 이 사건 부과처분이 적법하다고 판단한 원심판결은 정당하고, 거기에 상고이유로서 주장하는 바와 같은 부당행위계산부인의 효과에 관한 법리오해는 없다.

(대법원2017두44084, 2020.8.20.) 판결 ‘수익이 없는 자산’을 매입하는 경우 법인이 매입대금 상당의 자금을 수익자산의 매입에 사용하였더라면 적어도 그 보유기간 동안 수익자산의 운용을 통하여 인정이자 상당의 이익이 법인에 귀속되었을 것임에도 이를 ‘수익이 없는 자산’의 매입에 사용함으로써 그 인정이자 상당의 이익이 법인에 귀속되지 않고 상대방에게 이전되었다고 볼 수 있으므로, 이에 관한 부당행위계산 부인을 할 때에는 법인이 그 자산의 취득일로부터 이를 처분하여 매입대금을 회수할 때까지의 기간 동안 매입대금 상당액을 상대방에게 대여한 것으로 재구성하여 그 기간 동안의 인정이자 상당액을 익금산입하고 그에 따른 소득금액변동통지를 하는 것이 타당하다.

(대법원2022두46053, 2022.9.29.) 판결 이 사건 담보제공 행위는 아래에서 보는 바와 같이 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 거래로서, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호가 준용하는 같은 항 제6호(금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우)에 준하는 행위 또는 그 밖의 방법으로 법인의 이익을 분여하였다고 인정할 수 있는 행위에 해당한다 할 것이므로, 피고가 구 법인세법 시행령 제89조 제3항에 따라 가중평균차입이자율을 시가로 적용하여 이 사건 처분을 한 것은 적법하다.

원고가 2013부터 2017 사업연도 전 기간에 걸쳐 대출금에 대하여 고율의 금리에 따른 이자를 부담하고 있었음에도, 대출금을 상환하기는커녕, 상당한 금원을 낮은 이율의 이 사건 각 정기예금 계좌에 예치한 후, 이를 BB에너지의 대출금을 위한 담보로 제공한 행위는, 그로 인한 지급 이자와 수입 이자의 차이가 현저한 이상, 그 자체로서 원고에게 상당한 수입의 감소를 초래한다[(대법원2006두19037, 2009.4.23.) 판결 참조].

원고가 담보로 제공한 정기예금은 BB에너지가 대출금을 상환할 때까지 이를 인출할 수 없다. 즉, 원고는 이 사건 각 정기예금을 담보로 제공함으로써 그만큼의 유동성을 상실하였고, 나아가 BB에너지가 대출금을 변제하지 않을 경우 원고는 이 사건 각 정기예금을 상실하는 경제적 위험을 감수하여야 한다(바로 위에서 든 대법원 판결 참조).

(대법원2017두35165, 2020.12.10.) 판결 한편 구 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제88조 제2항 본문에 의하면, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항은 당해 법인과 특수관계자 간의 거래에 적용되는데, 여기에는 특수관계자 외의 자를 통하여 이루어진 거래가 포함된다. 그러나 그 거래가 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 행위라고 할 수 없다면, 설령 법인이 특수관계 없는 자와 거래를 함으로써 법인과 특수관계에 있는 자가 경제적으로 어떠한 이익을 얻었다고 하더라도 이를 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각호의 부당행위계산 부인의 대상에 해당한다고 할 수 없다.

(수원고법2020누11141, 2020.10.14.) 판결 원고와 모회사는 이 사건 거래구조 변경 합의와 이 사건 가격조정과 관련하여 이 사건 기본계약을 변경하거나 별도의 합의서 등을 작성하지 않은 채 각 회사 중역들의 회의나 구두 합의를 통해 그 내용을 확정한 것으로 보이고, 이 사건 가격조정의 방법도 국내 부품거래 과정에서 기발행된 기존의 세금계산서 공급가액을 사후에 마이너스 세금계산서를 발행하여 감액하는 방법으로 처리하였다.

이 사건 거래구조 변경으로 인하여 원고는 종전 보다 더 큰 이익을 얻게 되었고, 모회사는 중국합작법인과의 부품거래로 얻던 종전의 이익을 잃게 되었다. 이 사건 가격조정은 이러한 사정을 반영하여 원고가 종전보다 더 얻게 된 이익 중 일부를 모회사에 분여하여 이 사건 거래구조 변경으로 인하여 모회사가 입은 손실을 일부 보전하기 위하여 이루어진 것인바, 위 법리에 비추어 볼 때 아래와 같은 점에서 그 경제적 합리성을 충분히 인정할 수 있어 부당행위계산 부인 대상에 해당하지 않는다고 판단된다.

① 원고가 이 사건 거래구조 변경 합의에 이르게 된 이유는 이 사건 거래구조변경으로 인해 원고가 중국합작법인과의 거래에서 이 사건 부품을 종전의 공급가(100원)보다 높은 공급가(160원)로 판매함에 따라 추가 이익(60원)을 얻게 되었다는 데 있다. 그리고 원고가 얻게 된 위와 같은 추가 이익은 원고의 노력에 의한 것이 아니라 모회사가 원고로 하여금 이 사건 부품을 원고중국자회사를 통하여 중국합작법인에 높은 가격(160원)에 공급할 수 있게 해주었기 때문이다(모회사의 완성차 부품에 대한 전세계 시장 판매가격은 모회사가 결정하고 있다). (중략) ④ 결국 이 사건 가격조정은 이 사건 거래구조 변경에 따라 발생하는 모회사의 손실과 원고의 추가 이익을 합리적인 범위 내에서 정산한 것으로 볼 수 있고, 이러한 원고와 모회사의 행위나 계산은 이 사건 거래구조 변경을 전후한 전체적인 거래관계를 따져보았을 때, 상호 실질적ㆍ경제적 대가관계에 터잡아 이루어진 것으로서 그 경제적 합리성을 충분히 긍정할 수 있다(오히려 이 사건 거래구조 변경에도 불구하고 원고가 그 추가 이익을 어떠한 형태로든 모회사에 분여하지 않는다면, 그러한 모회사의 행위가 원고에게 이익을 얻을 기회를 무상으로 제공한 부당행위에 해당한다고 볼 여지도 있다). (중략) ⑥ 당시 원고의 50% 지분을 가진 주주였던 CCC는 원고와 모회사 사이의 이 사건 거래구조 변경 합의에 동의하였던 것으로 보이는바, 이처럼 독립한 이해관계를 갖는 CCC가 이를 수용하였다는 것은 이 사건 거래구조 변경 합의와 이에 따른 이 사건 가격조정이 경제적 합리성이 있는 행위였음을 강하게 뒷받침한다.

⑦ 모회사의 특수관계인이 아닌 부품업체의 경우에도 이 사건 거래구조 변경합의에 응하였을 개연성이 농후하다. 그 부품업체로서도 중국합작법인에 대해 고가부품을 판매할 수 있고 그에 따른 추가적인 이익 일부를 모회사에 분여하더라도 종전에 누리던 이익보다 높은 수익을 얻을 수 있기 때문이다.

⑧ 이 사건 거래구조 변경 전 모회사가 중국합작법인과의 거래에서 얻고 있던 종전의 이익(70원)이 모회사가 취할 수 있는 고유의 이익이고 정당한 수익의 성격을 갖는 이상, 이 사건 거래구조 변경과 그에 따른 이 사건 가격조정으로 인해 원고나 모회사의 조세납부의무가 부당하게 경감되었다거나 회피된 부분이 생겼다고 보이지 않는다.