청구법인은 의류판매 사업을 영위하는 업체로, 중국 현지법인과 완사입 방식¹⁾으로 계약을 맺고, 현지법인이 제작한 의류를 중국의 수출 유통업자를 통하여 수입하고 있다. 구체적으로 ① 청구법인이 현지법인에게 생산요청을 하면, ② 현지법인에서 익월 생산비용에 대하여 예상 생산비용을 송부하여 주고, ③ 청구법인이 자금사정에 따라 현지법인과 지출액 지급 일정을 협의하여 결정하면, ④ 청구법인은 물품을 제공받는 시점과 특별히 관계없이 협의된 지급일정대로 비용을 지급하여 왔으며(주로 월 3회에 걸쳐서 송금), ⑤ 현지법인은 자금 집행 후 지출한 내역을 청구법인에게 월 1회 보고하였다. 청구법인은 위와 같은 방식으로 5년간 200건의 물품(이하 “이 사건 물품”)을 수입하고 대금을 지급하였다.
처분청은 청구법인을 기업심사한 결과, 수입신고 시 신고한 이 사건 물품의 송품장 가격보다 이 사건 물품을 위하여 송금한 금액이 더 많다는 사실을 발견하고, 청구법인에게 구체적인 가격자료를 요청하였으나, 청구법인이 개개의 가격자료를 관리하고 있지 않고 있어, 관세법 제35조²⁾에 따라 합리적인 과세가격 산정방법으로서 송금액을 과세가격으로 산정한 뒤, 재산정된 과세가격에 따라 추가 관세 및 부가가치세를 부과하였다.
청구법인은 관세 및 부가가치세 부과가 이루어지더라도, 이미 통지받은 오류를 반복하는 등 중대한 잘못이 있는 경우가 아닌 한 수정수입세금계산서를 발급하여주어야 한다는 취지로 처분청에 수정수입세금계산서 발급신청을 하였으나,³⁾ 처분청은 송품장의 가격 총액과 실제 수입가격(송금액)이 명백히 달라 수정수입세금계산서 발급사유가 없다는 이유로 수정수입세금계산서 발급신청을 거부하였다(이하 “이 사건 처분”).

대상결정은 개정 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 다목에 따른 ‘대통령령으로 정하는 중대한 잘못이 있는 경우’ 및 같은 법 시행령 제72조 제4항 제4호에 따른 ‘관세법 시행령 제15조 제1항 제1호⁵⁾에 따른 사항을 적은 서류 또는 같은 조 제5항 각 호⁶⁾에 해당하는 과세자료의 내용이 객관적 사실과 명백히 다른 경우 등 해당 서류 또는 과세자료에 중대한 하자가 있는 경우’에는 수정수입세금계산서를 발급하지 않는 것이 타당한 점, 송품장은 수출업자가 자신의 책임하에 수입업자에게 제공하는 상업서류로서 수출업자에게는 수입계산서 역할을 하며, 관세법 시행령 제15조 제5항 제1호에서 송품장은 수입신고 시 가격신고를 입증하는데 필요한 과세자료로 규정되어 있는 점, 중국 현지법인은 청구법인이 지급한 물품대금 등 객관적 사실과 명백히 다른 송품장을 작성하였고, 해당 송품장은 개정 부가가치세법 시행령 제72조 제4항 제4호에서 규정한 ‘중대한 하자가 있는 과세자료’에 해당하는 점, 청구법인은 쟁점물품의 생산과 관련된 모든 제비용이 포함된 원가계산서를 중국 현지법인과 공유하고 있고, 원가계산서에 대해 검토ㆍ협의를 거친 이후 이 사건 물품에 대한 생산이 이루어지며, 현지법인으로부터 실제 쟁점물품의 생산에 소요된 지출내역서를 매달 받아 그 내역에 따라 물품대금을 지급하므로 물품대금 지급액 대비 수입신고가격이 현저하게 낮은 점을 충분히 인지할 수 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 사건 처분은 위법하지 않다고 결정하였다.

세금계산서(Tax Invoice)는 재화나 용역을 공급한 사업자가 그 공급받는 자에게 발행하는 것으로서 부가가치세를 거래징수한 사실을 나타내고, 납세의무자의 매입세액 공제를 위한 자료가 되며, 과세관청에게는 과세거래의 포착 및 과세표준 파악을 위한 기초자료로 기능한다.⁷⁾ 이때 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생하거나 계약의 해지 등 후발적 사유로 공급가액의 증감이 발생한 경우 법 소정의 사유 및 절차에 따라 수정세금계산서를 발급할 수 있다(부가가치세법 제32조 제7항, 같은 법 시행령 제70조).
수입되는 재화가 과세대상인 경우 세관장은 수입된 재화에 대한 세금계산서를 수입하는 자에게 발급하도록 하고 있는데(부가가치세법 제35조 제1항), 일반 세금계산서를 수정할 수 있는 것과 같이 수입세금계산서도 수정발급신청할 수 있도록 길을 열어두고 있다(부가가치세법 제35조 제2항).⁸⁾ 만일, 당초 과세표준을 과소신고하였던 납세의무자가 수정수입세금계산서를 신청하였음에도 세관장이 수정수입세금계산서를 발급하지 않는 경우에는, 납세의무자가 세관장의 결정ㆍ경정, 수정신고 등에 따라 과소납부분을 납부한 이후에도 매입세액공제 시 추가로 납부한 부분에 대해서는 공제(환급)받을 수 없게 되는 불이익이 발생하게 된다.

2013.7.26. 법률 제11944호로 개정되기 이전의 부가가치세법은 부가가치세를 과오납한 경우 특별한 제한 없이 수정수입세금계산서를 발급하도록 하여, 설사 관세조사로 탈루사실이 밝혀지더라도 추징당한 수입부가가치세 중 매입분에 해당하는 부분은 모두 매입세액공제를 받을 수 있었다.⁹⁾
2013.7.26. 법률 제11944호로 개정 부가가치세법에서는 수입거래 과소신고 유인을 타파하기 위하여 수정수입세금계산서 미발급 제도를 도입하였고, “수입자의 단순착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우”에 해당하는 경우 외에는 원칙적으로 수정수입세금계산서를 미발급하는 것으로 규정하였으며, 2017.12.19. 법률 제15223호로 개정된 부가가치세법에서 그 정도를 다소 완화하여 수입자의 경과실까지도 발급 사유로 지정하여 “수입자의 착오 또는 경미한 과실로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유가 없음을 증명하는 경우”에 해당하는 경우 외에 원칙적으로 수정수입세금계산서를 미발급하는 것으로 규정하여 왔다(각 당시 개정된 부가가치세법 제35조 제2항 제2호 다목).

개정 부가가치세법은 미발급 원칙으로 되어 있는 구법의 구조를 바꾸어 “세관장이 과세표준 또는 세액을 결정 또는 경정하는 경우”에는 원칙적으로 수정수입세금계산서를 발급하는 것을 원칙으로 하고(제35조 제2항 제2호), 다만 고발ㆍ통고처분을 받은 경우, 부정한 행위로 과세표준 또는 세액을 과소신고한 경우, 수입자가 과세표준 또는 세액을 신고하면서 관세조사 등을 통하여 이미 통지받은 오류를 다음 신고 시에도 반복하는 등 중대한 잘못이 있는 경우에 예외적으로 미발급하는 것으로 하여, 이러한 경우는 과세관청에서 입증하도록 개정하였다(제35조 제2항 제2호 괄호 기재 및 각 목).

개정 취지는 현행 수정수입세금계산서 미발급 원칙하에서 수입자 자신이 귀책사유가 없음을 증명해야 하는 등 발급 요건이 지나치게 엄격한 것에 반하여 과소신고한 부가가치세액에 대해서는 가산세 등으로 제재를 받고 있으므로, 수입부가가치세에 대하여 매입세액을 공제받지 못하도록 하는 것이 지나치게 납세자에게 불리하다는 점이 지적되고 있으므로, 이러한 구조를 ‘원칙 발급, 예외적 미발급’ 체계로 전환하여 납세자 권익보호를 강화하기 위함이라고 하며, 이러한 개정법은 ① 전단계세액공제 방식을 통해 각 거래단계에서 생성되는 부가가치에 대해서 과세하고 있는 부가가치세 제도에서 납세자가 실제 부담한 부가가치세 부분에 대하여는 매입세액을 공제하는 것이 실질과세 원칙에 보다 부합할 수 있다는 점,¹⁰⁾ ② ‘착오’, ‘경미한 과실’, ‘귀책사유 없음’과 같은 불명확한 개념에 대한 납세자의 입증책임을 면하게 함으로써 법률의 명확성을 제고하고, 과세관청의 권한남용 가능성을 축소할 수 있다는 점, ③ 동일한 행위에 대하여 가산세 또는 형벌을 부과하는데 더하여 수정수입세금계산서 미발급을 통해 매입세액을 공제받지 못하도록 하는 것은 중복제재의 소지가 있다는 점,¹¹⁾ ④ ‘원칙적 발급, 예외적 미발급’ 형식으로 전환하면서도 고의적인 조세포탈 행위, 상습적인 부정행위 등에 대해서는 현행과 같이 수정수입계산서를 미발급함으로써 고의적인 과소신고 유인을 방지하고 있다는 점에서 긍정적인 부분이 있다고 검토되어,¹²⁾ 최종적으로 개정ㆍ공포되었다.
이러한 개정으로 인하여 과세당국이 고의성 입증이 어려워지므로 수정수입세금계산서 미발급 원칙이 제재적 효과 달성을 위해 유리할 수 있다는 점도 검토가 되었으나, 2021.12.21. 법률 제18583호로 개정된 관세법에서 과세자료 미제출ㆍ거짓제출 행위에 대한 과태료 부과 후 미제출ㆍ거짓제출 행위에 대하여 시정요구하고, 30일 이내에 시정요구 미이행 시 추가 과태료(최대 2억원)를 부과하는 제도를 신설한 것이 이러한 우려를 완화할 수 있다고 보았다.¹³⁾

개정 부가가치세법은 명확하게 고발ㆍ통고처분을 받은 경우, 부정한 행위로 과세표준 또는 세액을 과소신고한 경우, 수입자가 과세표준 또는 세액을 신고하면서 관세조사 등을 통하여 이미 통지받은 오류를 다음 신고 시에도 반복하는 등 중대한 잘못이 있는 경우 외에는 원칙적으로 수정수입세금계산서를 발급하도록 하고 있다(개정 부가가치세법 제35조 제2항).

다만, ‘수입자가 과세표준 또는 세액을 신고하면서 관세조사 등을 통하여 이미 통지받은 오류를 다음 신고 시에도 반복하는 등 중대한 잘못이 있는 경우’는 대통령령으로 세부적인 내용을 정하도록 하고 있는데, 개정 부가가치세법 시행령 제72조는 그 중대한 잘못이 있는 사유를 기한 내에 세관장이 요구한 자료를 제출하지 않거나 거짓의 자료를 제출하는 경우(제1호), 과세표준 및 세액의 오류를 통지받은 후에도 다음 신고 시 그 오류를 반복하는 경우(제2호), 세관장이 세액 부족에 대하여 보정신청을 하도록 통지하였으나 정당한 사유 없이 그 신청 또는 수정신고를 하지 않은 경우(제3호), 송품장 등¹⁴⁾ 과세자료의 내용이 객관적 사실과 명백히 다른 경우 등 해당 서류 또는 과세자료에 중대한 하자가 있는 경우(수입자의 착오 또는 경미한 과실로 인한 경우는 제외한다)(제4호)를 나열하고 있다.

개정 부가가치세법 시행령 제72조 제4항 제4호에서 기재하고 있는 수정수입세금계산서 발급 제한 사유인 ‘송품장 등 과세자료의 내용이 객관적 사실과 명백히 다른 경우 등 해당 서류 또는 과세자료에 중대한 하자가 있는 경우(수입자의 착오 또는 경미한 과실로 인한 경우는 제외한다)’(이하 “쟁점 규정”)는 구법에서 원칙적으로 수정수입세금계산서를 미발급하는 것을 원칙으로 하되 수입자의 착오 또는 경미한 과실로 인한 경우를 제외하고 있는 것과 구조가 비슷하다.

그런데 통상 수입신고는 송품장 등 과세자료를 토대로 이루어지는 것이므로, 수입신고가 잘못되어 세관장이 경정ㆍ결정하는 경우에는 당연히 송품장 등 과세자료의 내용도 ‘객관적 사실과 명백히 다른 경우’로서 실제와 다른 경우가 일반적일 것이다. 따라서 과세관청은 개정 부가가치세법 하에서도 쟁점 규정을 이용하여 사실성 구법 하에서의 수정수입세금계산서 ‘미발급 원칙’을 고수할 수 있게 되는 문제점이 발생한다.

하위 규정이 모법의 위임범위를 벗어나는 경우는 무효이며[(대법원2006두19693, 2009.3.19.) 전원합의체 판결,¹⁵⁾ (대법원2019두53464, 2021.9.9.) 전원합의체 판결¹⁶⁾], 법률의 해석을 함에 있어서는 입법취지가 중요한 참고자료가 된다[(대법원2011두5001, 2012.2.23.) 판결 참조]는 점을 고려하여 본다면, 쟁점 규정의 모법의 규정과 입법취지를 살펴볼 필요가 있을 것이다.
모법은 원칙적으로 수정수입세금계산서를 발급하도록 하되, 고의적인 조세포탈 행위, 상습적인 부정행위 등에 대해서는 예외적으로 수정수입계산서를 미발급하도록 한다는 입법취지를 그대로 반영하여 관련 규정을 마련하고 있다. ‘수입자가 과세표준 또는 세액을 신고하면서 관세조사 등을 통하여 이미 통지받은 오류를 다음 신고 시에도 반복하는 등 중대한 잘못이 있는 경우’ 역시 그 ‘중대한 잘못’이라는 문언, 이미 통지받은 오류를 반복한다는 예시 상황 및 입법취지를 고려한다면 납세의무자에게 고의가 있거나 실수를 반복하는 것과 같은 명백하게 중대한 잘못을 저지른 경우에 한하여 수정수입세금계산서를 미발급하도록 해석하여야 할 것이다.

나아가 수입세금계산서에 의한 매입세액 공제는 최종소비자가 부담하여야 할 세금을 수입화주가 먼저 원천징수 당하는 방식으로 대납하는 것이므로, 수입세금계산서에 의한 매입세액 공제액은 납세의무자가 국가에 대하여 갖는 채권의 성격을 갖는다.¹⁷⁾ 따라서 수입세금계산서 미발급에 따른 매입세액 불공제는 행정질서벌적 성격을 띤다.¹⁸⁾ 이는 수입세금계산서 미발급 제도가 반대급부 없이 강제적으로 부과되는 조세로서 납세의무자가 본래 납부하였어야 하는 부가가치세 상당액과는 달리, 조세제도 자체를 보호하기 위하여 조세제도를 침해하는 경우에만 부과되는 행정질서벌적 측면을 가진다는 것을 의미한다.¹⁹⁾ 그렇다면 수입세금계산서 미발급은 일정 요건이 충족되면 부과되어야 하는 조세와는 달리 조세제도를 침해하는 것인지 여부에 따라 달리 결정될 수 있는 것인데, 개정 입법은 고의성ㆍ부정성이 없는 한 조세제도의 침해가 없다고 보아 수입세금계산서 발급을 원칙적으로 허용하고 있는 것으로도 해석되며, 특히 이미 부가가치세 과소신고에 대해서는 가산세의 형태로 제재가 되고 있다는 점을 고려한다면 더더욱 그러하다.
그렇다면 쟁점 규정은 모법에서 나열하고 있는 고의적인 조세포탈 행위, 상습적인 부정행위, 같은 실수를 반복하는 명백하게 중대한 잘못에 준하는 경우로 해석되어야 하고, 이렇게 해석되지 않는 한 모법의 위임범위를 벗어나고 입법취지를 몰각한 것으로서 무효를 면치 못할 것으로 보인다. 따라서 쟁점규정에서 ‘송품장 등 과세자료의 내용이 객관적 사실과 명백히 다른 경우 등 해당 서류 또는 과세자료에 중대한 하자가 있는 경우’라고 함은 과세자료를 조세포탈을 위하여 임의조작하는 등에 해당하는 경우로 한하여 해석함이 타당하다.