다음의 요건을 모두 갖춘 경우 주식매수선택권(우리사주매수선택권 포함)을 행사하면 ‘(2)’의 금액을 손금에 산입할 수 있다(법령 §19 19호의 2).

• ① 「상법」제340조의 2,¹⁾ 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제16조의 3 또는 「소재 부품 장비산업 경쟁력강화를 위한 특별조치법」제56조에 따른 주식매수선택권(이하 “주식매수선택권”이라 한다), 「근로복지기본법」제39조에 따른 우리사주매수선택권(이하 “우리사주매수선택권”이라 한다)을 부여받을 것 1) 상법 제340조의 2 제1항의 주식매수선택권은 제340조의 3 제2항 각호의 사항을 정하는 주주총회결의일부터 2년 이상 재임 또는 재직하여야 이를 행사할 수 있다(상법 §340의 4). 따라서 상장내국법인으로부터 주식매수선택권을 부여받은 임직원이 부여일로부터 2년 이내 비자발적인 사유로 퇴직하고 주식매수선택권을 행사하는 경우 상장내국법인이 동 행사로 인한 차액을 「법인세법 시행령」제19조 제19호의 2에 따라 손금산입할 수 없다(기준법무법인-172, 2023.09.14.).
• ② 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10 범위²⁾에서 부여하였을 것 2) “발행주식총수의 100분의 10”은 주식매수선택권의 행사 시점(신주발행 시점)이 아닌 부여 또는 지급 시점을 기준으로 판단하는 것이 타당함[광주고법 2020누1287, 2020.10.28.)].

주식매수선택권(우리사주매수선택권 포함)을 부여받은 임직원이 그 권리를 행사하면 행사한 사업연도에 다음 금액을 손금으로 본다(법령 §19 19호의 2).
① 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 또는 우리사주매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액(우리사주매수선택권 추가) ② 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우의 해당 금액

「조세특례제한법」제16조의 4 【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】에는 벤처기업 또는 벤처기업이 인수한 기업의 임직원이 해당 벤처기업으로부터 부여받은 적격주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 그 임직원이 행사이익에 대한 과세특례를 신청한 경우에는 주식매수선택권 행사 시에 소득세를 과세하지 아니하고, 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식을 양도할 때 양도소득세를 과세하도록 하고 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 주식매수선택권의 경우에는 그 차액(이를 “시가 이하 발행이익”이라고 함)에 대해서는 주식매수선택권 행사 시 소득세를 과세하고 과세된 시가 이하 발행이익은 주식 양도 시 취득가액에 포함한다(조특법 §16의 4).
이와 같이 적격주식매수선택권 행사이익에 대하여 소득세를 과세하지 아니한 경우에는 해당 주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 비용으로서 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액(소득세가 과세되는 “시가 이하 발행이익”을 제외함)은 「법인세법」제19조, 제20조 및 제52조에도 불구하고 해당 벤처기업의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다(조특법 §16의 4 ④).³⁾ 3) 종전에는 주식매수선택권의 행사가격을 부여 당시 시가보다 낮은 가액으로 하는 경우에는 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세이연 혜택을 주지 않았다. 그러나 시가 이하 발행 스톡옵션 관련 제도를 합리화하기 위하여 2022.1.1. 이후 부여분부터는 주식매수선택권의 행사가격을 부여 당시 시가 이하로 하는 경우 주식매수선택권의 행사이익 중 시가 이하 발행이익은 근로소득으로 과세하고, 시가초과분은 과세이연 혜택을 적용받을 수 있도록 하였다. 이와 같이 시가 이하 발행차익에 대해 근로소득으로 과세하고, 시가초과분에 대하여 과세이연혜택을 받는 경우 주식매수선택권을 부여한 법인은 근로소득으로 과세되는 시가 이하 발행 이익부분만 손금에 산입할 수 있다(조특법 §16의 4 ④; 조특령 §14의 4 ⑦).

K－IFRS에서는 주식매수선택권을 부여받은 임직원으로부터 제공받은 용역의 공정가치를 신뢰성 있게 측정할 수 없으므로 주식매수선택권의 부여일을 기준으로 부여한 지분상품의 공정가치에 기초하여 주식보상원가를 측정하여 한다. 부여일을 기준으로 공정가치를 측정하므로 부여일 이후의 지분상품의 단위당 공정가치가 변동되어도 이를 반영하지 않는다. 그러나 가득되는 지분상품의 수량은 임직원의 퇴직 등에 따라 변동되므로 보상원가는 다음과 같이 측정한다. 공정가치를 재측정하지 않으므로 가득일 이후에는 주식보상비용을 인식하지 않는다.

어떤 회사가 손금산입 요건을 갖춘 주식매수선택권을 부여한 후 주식매수선택권을 행사한 경우 세무조정을 어떻게 해야 하는지를 국세청에 질의하였다. 이에 대하여 국세청은 “내국법인이 신주발행형 주식매수선택권을 부여하여 손금산입을 하는 경우 기업회계기준에 따라 용역제공기간 동안 안분하여 계상한 주식보상비용은 손금불산입(기타) 처분하는 것이며, 해당 주식보상비용의 누적액을 잉여금의 처분으로 보아 주식을 발행하는 사업연도에 손금에 산입하는 것”이라고 회신하였다(서면－2018－법인－0854, 2018.6.21.). 앞의 사례에서 국세청의 예규에 따른 세무조정은 다음과 같다. 이와 같이 세무조정하면 손금산입액은 60,000원이다. 그런데, 「법인세법 시행령」제19조 제19호의 2에서는 약정된 주식의 매수시기에 주식매수선택권을 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액(20원)과 시가(50원)와의 차액이 손금이라고 규정하고 있으므로 손금은 다음과 같이 계산하여야 한다. K－IFRS에서는 주식결제형 주식매수선택권인 경우 행사 당시의 주식의 시가로 보상비용을 재측정하지 않으므로 누적주식보상비용은 60,000원이나, 매수 당시의 주가가 당초 추정액보다 상승하였으므로 세무상 손금산입액은 120,000원으로 누적주식보상비용과는 60,000원의 차이가 있다. 따라서 회계상 인식한 누적보상비용을 손금에 산입한다는 국세청의 예규는 주식의 실제 매수가액과 시가와의 차액이 손금이라는 「법인세법 시행령」에 위배되어 국세청 예규가 타당한지 논란이 있었다.

벤처기업이며 코스닥 상장법인인 A법인이 신주발행형 주식매수선택권을 부여하였으며, 연도별 회계처리 및 세무조정 내역은 다음과 같다. A법인은 기업회계기준에 따라 주식보상비용을 계상한 후 법인세 신고 시 해당 주식보상비용을 손금불산입(기타)하였으나 2017 ∼ 2018 사업연도의 법인세 신고 시 임직원의 주식매수선택권 행사와 관련한 별도의 세무조정을 하지 않았다. 그 후 A법인은 주식매수선택권 행사 시점의 시가와 행사가액의 차액 전액이 손금산입 대상이라는 취지의 경정청구를 하였다. 국세청은 앞에 발표한 예규가 「법인세법 시행령」과 달라서 문제가 있다는 것을 인지하였다. 국세청은 기획재정부에 “임직원에게 신주발행형 주식매수선택권을 부여한 경우로서 약정된 주식매수 시기에 임직원이 주식매수선택권을 행사함에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 회계상 상계된 주식보상비용 누적액을 손금산입하는 것인지, 아니면 행사시점의 시가와 행사가액의 차액을 손금산입하는 것인지”를 질의하였다.
기획재정부는 국세청 질의에 대하여 행사시점의 시가와 행사가액의 차액을 손금산입하는 것이 타당하다고 회신하였다(법인세제과－1204, 2020.9.4.). 기획재정부의 예규는 「법인세법 시행령」제19조 제19호의 2에 따른 타당한 해석이다. 2020.10.8. 국세청은 기획재정부의 새로운 예규와 상충되는 종전 예규(기준－2019－법령해석법인－0598, 2020.1.28.)를 국세법령정보시스템에서 삭제하였다.

주식매수선택권을 부여받은 임직원이 약정된 주식의 매수시기에 주식매수선택권을 행사하면 법인은 약정된 금액으로 신주를 발행하거나 자기주식을 양도한다.
법인이 신주를 발행하는 경우의 세무조정방법에 대해서는 종전에 회계상 계상된 주식보상비용 누적액을 손금에 산입해야 하는지, 아니면 행사시점의 시가와 행사가액의 차액을 손금에 산입해야 하는지 논란이 있었으나 기획재정부가 행사시점의 시가와 행사가격의 차액을 손금에 산입한다고 해석(법인세제과－1204, 2020.9.4.)함에 따라 논란이 해소되었다. 그러나 주식매수선택권을 행사함에 따라 법인이 보유하던 자기주식을 약정된 금액에 양도하는 경우의 세무조정에 대하여 종전에는 예규나 판례가 없어서 자기주식교부형 주식매수선택권에 대한 세무조정에 논란이 있었다.

A법인은 「상법」제340조의 2에 따라 임직원에게 근로용역 제공에 대한 대가로 자기주식교부형 주식매수선택권을 부여하였으며, 임직원의 주식매수선택권 행사시점의 회계처리 및 세무조정 내역은 다음과 같음(행사일의 주식 시가 700, 행사가액 300). A법인은 주식매수선택권 행사 시 「법인세법」상 손금산입 대상 금액이 시가와 행사가액의 차액인 400이므로 당초 손금산입액 100과의 차액인 300이 추가 손금산입 대상이라는 취지의 경정청구를 하였음. 내국법인이 임직원의 자기주식교부형 주식매수선택권 행사에 따라 자기주식을 임직원에게 양도하는 경우 자기주식의 양도가액이 “시가”와 “행사가액” 중 어떤 것인지?

귀 질의의 경우 제2안이 타당함.

감사원은 주식매수선택권의 행사로 임직원이 자기주식의 시가와 매수가액의 차액에 상당하는 소득이 발생하고, 법인은 차액만큼 상여금 등을 지급할 의무를 면하는 등 경제적 효과가 있다며 “법인이 주식 교부 대가로 매수가액만 받았어도 매수가액이 아닌 시가를 이익금 산정기준으로 보는 것이 타당한데 기획재정부가 매수가액을 이익금 산정기준으로 볼 근거가 「법인세법 시행령」에 없는데도 시가가 아닌 매수가액이라고 회신했다”고 지적하였다.
감사원은 주식매수선택권의 행사로 임직원이 자기주식의 시가와 매수가액의 차액에 상당하는 소득이 발생하고, 법인은 차액만큼 상여금 등을 지급할 의무를 면하는 등 경제적 효과가 있다며 “법인이 주식 교부 대가로 매수가액만 받았어도 매수가액이 아닌 시가를 이익금 산정기준으로 보는 것이 타당한데 기획재정부가 매수가액을 이익금 산정기준으로 볼 근거가 「법인세법 시행령」에 없는데도 시가가 아닌 매수가액이라고 회신했다”고 지적하였다.

현금결제형 주식매수선택권이 경우에는 회사는 주가와 행사가격의 차액을 현금이나 주식 등으로 지급한다. 기업회계에서는 현금결제형 주식매수선택권에 대해서는 미래에 결제할 금액의 공정가치로 부채를 측정하므로 부채가 결제될 때까지 보고기간말과 결제일에 부채의 공정가치를 재측정하고 공정가치의 변동은 당기손익으로 인식한다(K-IFRS 제1102호 문단 30). 이와 같이 현금결제형 주식매수선택권은 결제시점까지 부채의 공정가치를 재측정한다는 점에서 부여시점에서 주식매수선택권의 공정가치를 측정하고 그 후에 주가가 변동되어도 재측정하지 않는 주식결제형 주식매수선택권과 차이가 있다.

현금결제형 주식매수선택권은 행사시점까지 부채의 공정가치를 재측정한다.

위 자료로 세무조정을 하면 다음과 같다.