앞의 납품가 10억원(시중가 15억원 상당액)을 보유한 K 씨가 사업양수도의 방법으로 「조세특례제한법」제32조에 따른 법인전환을 하는 경우를 예로 들어 알아보자.
사례처럼 사업양수도를 하면 개인과 법인은 포괄양수도계약을 체결하게 되며, 이때 자산의 평가방법을 정하게 되는데, 전환법인의 입장에서는 장부가로 하는 것이 시장원리에 맞다. 다른 곳에서 10억원에 구입할 수 있는 것을 시중가 15억원에 구입할 이유가 전혀 없기 때문이다. 만일 시중가 15억원으로 양수한다면 이는 주주에 대한 이익을 해치게 되며 배임 등의 소지가 있다. 이러한 이유로 현행 상법은 중요한 사업양수의 경우 주총 특별결의와 이사회 결의를 거치도록 하고 있다. 이러함에도 불구하고 지금까지 과세관청은 장부가로 신고하는 경우 「소득세법」제41조의 부당행위계산규정을 적용하며, 순자산가액에 미달하게 자본을 출자하면 「조세특례제한법」제32조에 따른 양도세 이월과세를 받을 수 없다는 식으로 해석해오고 있다. 이런 해석에 따라 15억원인 시가에 맞춰 과세하게 되면 다음과 같은 문제점들이 파생한다.
이처럼 많은 문제점이 발생하는 이유는 시장 상황을 고려하지 않고 시가 과세를 요구하는 행정해석 때문이다. 앞에서 보았지만, 법인의 관점에서는 절대로 시가로 양수도계약을 할 수가 없다. 따라서 이 방식에 따른 재고자산에 대한 평가액은 자연스럽게 장부가가 될 수밖에 없다. 이러한 맥락에서 법인전환 시 재고자산을 장부가로 평가하더라도 「소득세법」상 제41조에 따른 부당행위계산규정을 적용할 여지가 없어지고, 「조세특례제한법」제32조 등에서 정한 순자산가액의 요건도 충족하는 것으로 판단된다.

취득세 감면에서 제동이 걸릴 수 있기 때문이다. 즉 「지방세법」에서도 특수관계인으로부터 시가표준액(기준시가)으로 취득세를 신고하면 신고ㆍ납부기한일부터 6개월 이내 관할 지자체에서 받은 감정평가로 경정할 수 있는 체계(지방칙 §4의 3 등)가 마련되어 있어 이를 근거로 감면을 불허할 가능성이 크기 때문이다. 따라서 이러한 위험성을 줄이기 위해서는 부동산만큼은 감정평가를 받는 것이 좋을 것으로 보인다.

이익이 많은 개인사업체를 사업양수도할 때에는 감정평가나 「상속세 및 증여세법」제64조에 따라 계산한 영업권이 있는지의 여부를 확인해야 한다. 사업양수도 시 이를 누락하면 저가 양도로 보아 소득세 추징으로 이어질 수 있기 때문이다.
참고로 부동산이나 영업권을 저가로 법인이 양수할 때 사업양도자와 주주가 특수관계에 해당하면 주주에 대해 증여세가 나올 수 있다(상증법 §45의 5). 하지만 세 감면 사업양수도의 경우에는 사업양도자가 법인의 주식을 대부분 인수하므로 이러한 문제가 거의 없다. 본인이 본인에게 증여하는 것에 해당하기 때문이다.