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조세특례제한법(이하 ‘조특법’) 제31조 【중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】 는 일정한 요건을 갖추어 사업용자산을 현물출자하는 경우, 이월과세를 적용 받을 수 있다고 규정하고 있다.

이월과세가 적용될 경우, 사업용 고정자산의 양도에 따른 양도소득세 납세의무자가 양도자인 개인에서 양수자인 법인으로 전환된다(조특법 제2조 제1항 제6호). 그에 따라, 자산 양도에 따른 세목은 소득세에서 법인세로 변경되며, 사업용 고정자산의 현물출자 시점에 발생하는 양도소득세 상당액은 추후 현물출자를 받은 법인이 당해 자산을 처분하는 시점에 납부하게 된다. 결국 양도소득세 납부 대상의 변경과 양도소득세 상당액의 납부 시기가 이연되는 효과가 발생한다.

이월과세의 구체적 요건은 조특법 제31조 제1항 내지 제3항에 규정되어 있으며, 다음과 같이 정리할 수 있다.

상기의 요건을 조금 더 구체적으로 분석한다면 다음과 같다.

1번 요건(조특법 제31조 제1항 및 동 시행령 제28조 제1항)

“소비성 서비스업을 제외한 중소기업 간의 통합일 것”

소비성 서비스업이란 호텔업 및 여관업, 주점업 또는 오락 유흥 등을 목적으로 하는 사업을 말하는 것으로서 소비성 서비스업을 하는 경우 이월과세의 특례를 적용 받을 수 없다.

2번 요건(조특법 제31조 제1항 및 동 시행령 제28조 제1항)

“사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성 유지”

동일성이란 "통합 기업간" 업종의 동일성을 요하는 것은 아니고, 흡수되는 기업의 업종이 흡수 후 법인에서 그대로 "동일성을 유지"하여야 한다는 의미이다. 임대업의 경우 통합으로 소멸되는 기업이 부동산 임대업을 전부 또는 일부 영위 하고 있는 상태에서​ 이를 법인에 양도하여 중소기업 간 통합하는 경우 통합한 법인은 이를 여전히 임대업으로 활용하여야 하고 이를 자가(일부 자가, 일부 임대 포함)로 사용하면 동일성 요건이 결여된다고 본(심사양도2014-0136 , 2014.10.17., 부동산 거래-859, 2010. 06. 29., 166, 2010. 06. 03 ,부가, 법규 부가 2014-561, 2015.01.07. 참조) 사례가 있으니 주의하도록 하자.

3번 요건(조특법 제31조 제1항 및 동 시행령 제28조 제1항 제1호)

“통합으로 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합 후 존속하는 법인의 주주일 것”

중소기업 간의 통합 시 사업에 관한 주된 자산을 통합 후 유지되는 법인에 승계시키는 대가로 법인으로부터 주식을 교부 받아야 한다.

4번 요건(조특법 제31조 제1항 및 동 시행령 제28조 제1항 제2호)

“통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액 이상일 것(소멸하는 사업장의 순자산 ≤ 통합으로 취득하는 주식 가액)”

현물출자는 변태설립사항(회사설립과 관련된 사항들 가운데 회사의 자본적 기초를 약화시킬 우려가 있는 것으로, 정관에 기재함으로써 효력이 있음(상법 제290조))이므로 이를 정관에 기재하고 법원의 인가를 받아야 한다.

원칙적으로는 현물출자와 같은 변태설립사항은 회사의 설립 전에 법원이 선임한 검사인의 조사를 받아야 하지만(상법 제299조, 제310조), 현물출자 및 그 이행에 대하여는 공인된 감정인의 감정을 법원에 보고하는 것으로 대체할 수 있다(상법 제299조의2). 실무적으로는 법원이 선임한 검사인의 조사를 받는 대신 감정인의 감정을 법원에 보고하고, 법원으로부터 감정보고에 대한 인가결정을 받는 것으로 진행한다.

이때 사업과 관련 없는 개인의 채무는 순자산가액 계산 시 제외하는 것(조심2019부1188, 2020. 3. 10.)이니 이점 유의하길 바란다.

5번 요건(조특법 제31조 제1항 및 동 시행령 제28조 제3항)

“통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고 포함) 시 통합법인과 함께 이월과세적용신청서를 제출할 것”

통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고 시 통합법인과 함께 이월과세적용신청서를 제출해야 하는데 유권해석 상 통합일에 대한 명확한 정의가 없는 것으로 보인다.

다만 양도소득세 예정신고는 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 하는 것이고 양도일이란 잔금 청산일과 등기일 중 빠른 날을 의미하는 것이다. 그러므로 통합일이란 잔금청산일인 주식 교부일과 현물출자를 통한 등기이전일 중 빠른 날이 될 것으로 판단된다. 그러므로 현물출자에 따른 양도소득세 이월과세 혜택을 받기 위해서는 주식 교부일과 토지 등기이전일 중 빠른 날이 속하는 날을 통합일로 보아 양도소득세 신고기한까지 법인과 함께 이월과세신청서를 제출하여야 할 것으로 사료된다.

상기의 요건 중 실무상 가장 많은 문제가 발생하는 것은 4번 요건이다. 개인기업의 법인전환 유도를 위해 법인전환이 용이할 수 있도록 지원하기 위한 것으로, 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾼 것으로 평가되기 위해서는 사업양수도 대상의 순자산가액이 신설 법인에 그대로 승계되어야 한다(대법원 2012. 12. 13. 선고, 2012두17865 판결 참조).

그러므로 부채 중 일부가 해당 사업장의 사업과 무관하다는 점이 확인되어 해당 부채를 순자산가액 계산 시 제외(부동산납세과-478, 2014. 7. 8. , 조심2019부1188, 2020. 3. 10. , 수원지방법원2016구단8092, 2017. 3. 8. , 서울고등법원2018누36433, 2018. 10. 19. 등 다수)할 경우 현물출자하는 개인사업의 순자산가액이 증가하는 결과가 도출된다.

결국 소멸하는 개인사업자의 사업장 순자산가액이 중소기업자가 취득하는 주식가액보다 커져 이월과세 요건을 충족하지 못하게 되고 그에 따라 양도소득세의 추징이 발생하게 되는 것이다.

그러므로 중소기업간 통합 이전에 자산 및 부채의 사업관련성을 정확히 파악하여 해당 사업장의 사업과 무관한 자산∙부채 등은 중소기업간 통합 시 배제해야 할 것으로 사료된다.