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종종 국세청에서 중소기업이 경영활동에 전념하여 경제활력을 회복시킬 수 있도록 세무조사 부담을 완화하겠다는 이야기를 기사로 접한다.

국세청이 납세자들을 위해 많은 일을 할 수 있지만 그 중에서도 세무조사를 완화하겠다고 언론에 발표하는 것은 그 만큼 납세자 입장에서 느끼는 세무조사에 대한 리스크가 크다는 것이다.

실제로 필자는 납세자가 세무조사 대응을 제대로 하지 못해 사업의 존속에 큰 타격을 입은 사례를 종종 보았다.

납세자 입장에서는 절대 받고 싶지 않은 세무조사. 그렇다면 세무조사의 대상은 어떻게 선정하는 것일까?

세무조사의 선정 방법은 정기선정과 수시선정 크게 두 가지이다.

1. 조사대상 선정

가. 정기선정

세무공무원은 불성실 혐의가 있는 등 및 최근 4과세기간 동안 세무조사를 받지 않은 경우 그리고 무작위추출방식으로 표본조사 대상에 포함될 경우 등 정기적으로 신고의 적정성을 검증하기 위하여 조사 대상을 선정하여 세무조사를 할 수 있다. 이를 정기선정이라고 하며 그 구체적인 내용은 아래와 같다.

(1) 국세청장이 납세자의 신고 내용에 대하여 과세자료, 세무정보 및 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」에 따른 감사의견, 외부감사 실시내용 등 회계성실도 자료 등을 고려하여 정기적으로 성실도를 분석한 결과 불성실혐의가 있다고 인정하는 경우
■ 법인 법인의 신고성실도는 ‘법인 신고성실도 전산분석’에 의해 사업연도별로 평가한다. 국세청장은 ‘법인 신고성실도 전산분석’에 따라 평가한 신고성실도 전산평가 자료를 정기 조사대상 선정전에 지방국세청장(성실납세지원국장)에게 통보한다.

법인 정기조사대상은 전산에 의한 신고성실도 평가결과와 미조사연도수 등 국세청장이 별도로 정하는 선정기준에 따라 선정한다.

이때 장기간 세무조사를 받지 아니하여 성실신고 여부의 검증이 필요한 일정 규모 이상의 법인은 신고성실도 평가결과와 관계없이 국세기본법시행령 제63조의4(장기 미조사자에 대한 세무조사기준)에 따라 정기조사 대상으로 선정할 수 있다.

■ 개인 국세청장(소득세과장)은 개인납세자의 신고내용에 대한 성실도를 종합소득세·부가가치세 등 신고자료와 과세자료 등을 활용하여 전산시스템에 따라 평가함을 원칙으로 하고, 세무조사 또는 세원관리 결과 등에 따라 이를 보완할 수 있다.

국세청장(소득세과장)은 정기 조사대상자 선정 등에 활용하도록 신고성실도 전산분석 자료를 지방청장(소득재산세과장) 및 세무서장(소득세담당과장)에게 통보할 수 있다.

정기조사대상은 전산에 의한 성실도 평가결과와 미조사연도수 등 국세청장이 별도로 정하는 선정기준에 따라 최대한 공정하고 객관적으로 선정한다.

(2) 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 세무조사를 받지 아니한 납세자에 대하여 업종, 규모, 경제력 집중 등을 고려하여 신고 내용이 적정한지를 검증할 필요가 있는 경우
■ 법인 법인 정기조사 대상 선정 시 연간 수입금액 1500억원 이상인 법인은 국세기본법 제81조의제6제2항제2호에 따라 5년 주기 순환조사를 원칙으로 선정한다. 다만, 자산 2천억원 이상인 법인이나 전문인적용역 제공 법인에 해당하는 경우 등에는 수입금액 500억 원 이상인 법인을 5년 주기로 순환조사로 선정한다.

■ 개인 개인사업자 정기조사 대상 선정 시 연간 사업소득(부동산임대소득 포함) 수입금액 500억원(전문인적용역사업자 200억원) 이상인 개인사업자는 5년 주기 순환조사를 원칙으로 선정하고 기타 순환조사 선정기준은 국세청장이 별도로 정하는 기준에 의한다.

위 외의 개인납세자는 신고성실도 평가에 의한 선정을 원칙으로 하되, 장기간 세무조사를 받지 아니하여 성실신고 여부 검증이 필요한 개인납세자는 「국세기본법시행령」제63조의4(장기 미조사자에 대한 세무조사기준)에 따라 정기조사 대상으로 선정할 수 있다.

(3) 무작위추출방식으로 표본조사를 하려는 경우

무작위추출방식(Random Sampling)은 비용·시간적 제약을 고려해 전체집단을 조사하는 대신 ‘난수표·난수주사위’ 등을 사용해 표본을 무작위로 추출·조사후 전체집단의 특성을 파악하는 방식이다.조사대상 선정에 필요한 난수를 무작위로 추출하고 이 난수(특정한 배열이나 규칙을 가지지 않는 연속적인 임의의 수)를 바탕으로 전산시스템에 의해 조사대상자를 선정한다.이때 조사대상자 선정 추출대상을 세무서 조사대상 법인 중 3년간 누적 신고성실도 중·하위 법인 등으로 특정하여 신고성실도 상위법인을 추출대상에서 제외해 성실하게 신고한 법인이 조사대상으로 선정되는 사례를 방지하는 등의 추가적인 노력을 기울인다.

나. 수시선정

세무공무원은 정기선정에 의한 조사 외에 다음 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다. 이를 수시선정이라고 한다.

(1) 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우 (2) 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우 (3) 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우 (4) 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 (5) 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우
이때 실무상 세무조사가 “신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등” 적법한 절차에 따라 수시선정 되지 않은 세무조사의 효력에 대해 논란이 있었다.

이에 대해 대법원은 아래와 같이 판시하였다. □ (대법원2012두911, 2014.06.26.) 판결
또한 구 국세기본법 제81조의5가 정한 세무조사대상 선정사유가 없음에도 세무조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 그에 기하여 과세처분을 하는 것은 적법절차의 원칙을 어기고 구 국세기본법 제81조의5와 제81조의3 제1항을 위반한 것으로서 특별한 사정이 없는 한 그 과세처분은 위법하다고 할 것이다.

원고의 신고내용 자체에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료를 갖고 있지 아니하였으며, 피고들은 원고의 신고내용에 대한 성실도 분석을 한 결과자료를 제출하지 아니하여 원고의 신고내용에 대한 성실도 분석결과 불성실혐의가 있다고 볼 수도 없고, (중략) 이 사건 각 처분은 구 국세기본법에 정한 세무조사대상 선정사유가 없음에도 위법하게 개시된 세무조사를 기초로 한 것이어서 위법 대법원은 법에 정해지지 않은 방법에 의해 실시하는 세무조사는 위법하고 그에 따라 이루어진 과세처분 역시 위법하다고 판시하였다. 결국 대법원은 조사대상 선정 규정을 훈시규정이 아닌 강행규정으로 보았고 세무조사 실무에 있어 적법절차 준수의 중요성에 대해 강조하였다.

이에 따라 법에 정한 사유 없이 진행하는 단순 기획조사나 자체분석을 통하여 조사를 실시하는 경우에는 대법원의 판결 취지에 따라 위법한 세무조사가 될 수 있으며 납세자는 이에 대해 권리보호요청을 신청할 수 있을 것으로 판단된다.

다만 조사대상 선정의 적정성은 조사대상선정검토표 등을 종합하여 판단하는 것이고 조사대상선정검토표는 공문서로서 그 진정성립이 추정됨과 아울러 그 기재 내용의 증명력 역시 진실에 반한다는 등의 특별한 사정이 없는 한 쉽게 배척할 수 없다[(대법원2019두30188, 2019.04.11.), (대법원2016두49242, 2016.12.15.) 등]. 그러므로 처분청에서 적법하게 조사대상선정검토표를 작성하였고 해당 내용에 법 위반 등의 사유가 없다면 처분청의 조사대상 선정은 적법한 것으로 의제될 가능성이 높으니 명심하도록 하자.