이 사건 규정은 영농조합법인에 대한 법인세 면제를 받기 위해서는 농어업경영체법에 따른 농업경영체 등록확인서를 제출하도록 명확히 규정하고 있고, 이는 구 조특법 제66조 제8항의 위임에 따른 것이므로, 농업경영체 등록확인서의 제출을 요구하는 것이 위임의 한계를 벗어난다는 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.
원고가 2017.11.경에야 농업경영체로 등록하였음은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 원고는 2015년 및 2016년 각 사업연도 법인세에 관하여 구 조특법상 영농조합법인에 관한 감면요건을 갖추지 못한 것이다. 따라서 이 사건 각 처분이 조세법률주의에 위반된다는 원고의 위 주장은 이유 없다.

• 1) 구 농어업경영체법에 따른 영농조합법인의 식량작물재배업소득 등에 대해서는 법인세 면제에 관한 구 조특법 제66조 제1항이 적용되고, 면제신청절차에 관한 규정인 구 조특법 제66조 제8항 및 이 사건 규정은 납세의무자로 하여금 면제신청에 필요한 서류를 관할세무서장에게 제출하도록 협력의무를 부과한 것이므로, 영농조합법인이 법인세 면제신청을 하면서 이 사건 규정이 정한 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다고 하여 과세 관청이 해당 법인세 면제를 거부할 수는 없다.
  가) 구 조특법 제66조 제1항은 법인세 면제 대상을 ‘농어업경영체법에 따른 영농조합법인’으로 규정할 뿐이고, 영농조합법인이 구 농어업경영체법 제4조에 따라 농업경영정보를 등록할 것을 법인세 면제 요건으로 규정하지 않았다. 나) 원고는 농어업경영체법에 따른 영농조합법인으로, 이 사건 규정이 개정되기 전까지 구 조특법 제66조 제1항에 따라 법인세를 면제받아 왔다. 다) 이 사건 규정이 영농조합법인에게 법인세 면제신청 시 농어업경영체법에 따른 농업경영체 등록확인서를 추가로 제출하도록 정한 취지는 제출된 농업경영체 등록확인서를 통해 해당 법인이 농어업경영체법에서 정한 영농조합법인의 요건을 갖추었는지를 확인하려는 데에 있는 것으로 보인다. 이와 달리 그 취지가 구 조특법 제66조 제1항이 정한 법인세 면제 대상을 ‘농어업경영체법 제4조에 따라 농업경영정보를 등록한 영농조합법인’으로 제한하려는 데에 있는 것으로 보이지 않는다. 라) 이 사건 규정이 농업경영체 등록확인서의 제출을 해당 법인세의 면제 요건으로 정한 것이라고 본다면, 법인세 면제신청의 절차만을 위임한 모법의 위임범위를 벗어나게 된다.
• 2) 그런데도 원심은 농어업경영체법에 따른 영농조합법인이 식량작물재배업소득 등에 대하여 법인세를 면제받기 위해서는 농업경영체 등록확인서를 반드시 제출하여야 한다는 잘못된 전제에서 이 사건 각 처분이 적법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 구 조특법 제66조 제1항이 정한 법인세 면제 대상 영농조합법인의 범위 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 상고이유 주장은 이유 있다.

조세특례제한법을 비롯한 조세법령의 감면 규정 중에는 납세의무자에게 감면신청서 등 서류의 제출의무를 지우는 경우가 꽤 있다. 이러한 경우 납세의무자가 감면신청서 등 서류의 제출의무를 해태하면 조세감면을 받을 수 없는 것일까? 이 문제는 실무상 오래전부터 다투어져 왔다.
조세특례제한법은 구 조세감면규제법이 1998.12.28. 법률 제5584호로 전부 개정되면서 법명이 변경된 것인데, 구 조세감면규제법의 감면 규정의 경우에도 동일한 문제가 있었다. 구 조세감면규제법은 감면신청에 관하여 다음과 같은 2가지 방식을 사용하였다. 하나는 “감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다.”는 방식이고(① 방식), 다른 하나는 “감면을 받고자 하는 자는 감면신청을 하여야 한다.”는 방식이었다(② 방식). 대법원은 ① 방식의 경우, 즉 법문이 “감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다.”는 방식으로 규정하고 있는 경우는 이를 효력규정으로 보아 감면신청을 필요적 감면요건으로 보았다(대법원 99두6699, 1999.10.12., 선고, 대법원 94누15806, 1995.4.11., 판결, 대법원 93누9705, 1994.7.29., 판결 등). 이와 달리 ② 방식의 경우, 즉 법문이 “감면을 받고자 하는 자는 감면신청을 하여야 한다.”는 방식으로 규정하고 있는 경우에는 이를 임의적 규정 또는 단순히 감면절차에 관한 규정으로 보아 감면신청이 없더라도 감면요건만 충족하면 당연히 감면대상이 된다고 해석하였다(대법원 97누10628, 1997.10.24., 판결). 후자의 경우 법령에서 정한 감면신청은 납세의무자에게 감면에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하여 그 감면요건이 충족되면 당연히 감면되는 것이지 신청이 있어야만 감면되는 것은 아니라고 본 것이다(대법원 97누10628, 1997.10.24., 판결, 대법원 2001두3006, 2003.5.16., 판결, 대법원 2003두773, 2004.11.12., 판결 등).

대법원은 지방세 감면을 정한 조례에서 감면신청의무를 규정한 경우에도 이는 면제처리의 편의를 위한 사무처리절차를 규정한 것에 불과할 뿐 그 신청이 면제의 요건이라고 볼 수 없다고 하였다(대법원 2001두10639, 2003.6.27., 판결, 대법원 2013두18582, 2014.2.13., 판결).
다만 조세특례제한법상의 감면신청과 관련하여 법문이 ‘①’의 방식을 취하고 있었음에도 이를 효력규정으로 보아 감면신청을 감면요건으로 본 경우도 있다. 먼저, ⓐ 대법원 2004.10.27. 선고 2003두12035 판결은 외국인투자기업이 외국인의 투자비율에 따른 법인세 등의 감면을 받기 위해서는 반드시 정해진 기간 내에 재정경제부장관에게 감면신청을 하여 감면결정을 받아야만 하고 그렇지 아니하면 조세감면을 받을 수 없다고 하였다. 다음으로 ⓑ (대법원 2007두1170, 2009.7.23., 선고) 판결은 외국인투자기업이 구 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제121조의 3 규정에 의하여 관세 등을 면제받기 위해서는 수입신고수리 전에 세관장에게 면제신청을 하여야 한다고 하였다.
그러나 위 2개의 판례가 종전의 대법원 입장을 변경한 것으로 보기는 어렵다. 감면신청에 관한 규정을 포함한 관련 규정의 체계와 문언상, 감면신청을 별도의 감면요건으로 규정한 것으로 볼 근거가 있었던 경우이기 때문이다. 먼저, ⓐ (대법원 2003두12035, 2004.10.27., 선고) 판결의 경우, 구 조세특례제한법(2000.12.29. 법률 제6297호로 개정된 것) 제121조의 2 제6항, 제8항은 감면신청의 상대방을 과세관청이 아닌 재경경제부장관으로 규정하면서, 재정경제부장관에게 감면요건의 구비 여부에 대한 심사권 및 감면결정 통지의무를 규정하고 있었고, 같은 법 제121조의 2 제10항은 감면신청기한이 경과한 후 감면신청을 하여 재정경제부장관의 감면결정을 받은 경우에는 그 감면신청일이 속하는 과세연도와 그 후의 잔존 감면기간에 한하여 감면규정을 적용하도록 규정하였다. 따라서 납세의무자의 감면신청을 단순한 협력의무로 보기는 어려웠다. 다음으로, ⓑ (대법원 2007두1170, 2009.7.23., 선고) 판결도 원칙적으로 수입신고수리 전에 세액 심사가 이루어져야 하는 관세의 특성과 외국인투자기업이 관세 등을 면제받은 때에는 수입신고수리 후부터 사후관리를 받아야 하고 만일 수입물품을 면제받은 용도로 사용하지 않으면 관세 등을 추징당하는 점¹⁾등을 종합적으로 고려하여 수입신고수리 전의 감면신청을 필요적 감면요건으로 본 것이다. 1) 구 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제121조의 5 제2항, 구 조세특례제한법 시행령(2007.12.31. 대통령령 제20516호로 개정되기 전의 것) 제116조의 8 제1항 제2호.

구 조특법 제66조는 제1항에서 법인세 면제 대상을 ‘농어업경영체법에 따른 영농조합법인’으로만 규정하였다. 다만 그 제8항에서 “제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.”고 규정하였고, 그 위임을 받은 이 사건 규정은 “법 제66조 제1항에 따라 법인세를 면제받으려는 영농조합법인은 농어업경영체법 제4조에 따른 농업경영체 등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.”고 규정하였다.
구 조특법 제66조의 규정만 놓고 보면, 농업경영체 등록확인서의 제출을 감면요건으로 보기는 어렵다.
과세실무도 이 사건 규정 신설 전에는 농업경영체 등록확인서의 제출을 별도의 감면요건으로 보지 않았다.
그렇다면 이 사건 규정이 농업경영체 등록확인서의 제출을 별도의 감면요건으로 규정한 것일까?
제1심과 제2심은 이를 긍정하였다. 그러나 이렇게 보면, 법률이 아닌 시행령에서 감면요건을 별도로 추가한 것이어서 조세법률주의에 위반되는 결과가 된다. 물론 구 조특법 제66조 제8항의 위임에 근거한 것이므로, 조세법률주의를 위반한 것이 아니라고 주장할 수도 있다. 그러나 구 조특법 제66조 제8항과 같은 내용의 법문은 감면의 실체적 요건을 규정한 것이 아니라, 단지 감면절차를 규정한 것으로 보는 것이 일반적이었고, 판례의 입장도 같았다. 따라서 구 조특법 제66조 제8항이 실체적 감면요건을 새로 규정하도록 위임한 것으로 보기는 어렵다.
위와 같은 사정을 고려하면, 이 사건 규정은 단순한 협력의무를 규정한 것으로 볼 수밖에 없다. 같은 취지의 대상판결은 기존 대법원 판결을 재확인한 것으로 조세법률주의에도 부합하는 타당한 판결이라고 생각한다.