토지ㆍ건물 등의 자산을 양도하여 양도차익이 발생하는 경우 원칙적으로 양도소득세가 과세된다.

그러나 농지의 경우 자경농민에 대한 보호 등 사회정책적인 이유로 농지의 교환 또는 분할에 대하여는 「소득세법」 제89조 제1항 제2호에 해당하는 경우 비과세를, 농지의 대토ㆍ8년 이상 자경농지ㆍ8년 이상 축사농지 등의 양도에 대하여는 「조세특례제한법」 제70조ㆍ제69조 및 제69조의 2의 규정에 따라 양도소득세 감면을 적용하는데, ‘8년 이상 자경농지’는 당해 과세연도는 1억 원을, 5년간 합계액에 대하여는 2억 원의 감면한도¹⁾를 적용한다.

「국세기본법」 제14조 제3항은 “제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.”고 규정하고 있는데, 이는 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서, 실질과세의 원칙의 적용 태양 중 하나를 규정하여 조세공평을 도모하고 있다.²⁾

최근 조세심판원은 어떤 농민이 2019년 11월 쟁점①농지를, 2020년 2월 쟁점②농지를 양도하고 각각 1억 원의 양도소득세 감면을 적용하여 신고한 데 대하여 이를 하나의 거래로 보아 1회의 감면만 적용하여 과세한 사건에서 외부적인 요인이 개입되어 있을 수 있으므로 여러 단계의 거래를 거친 후 결과만을 가지고 그 실질이 하나라고 쉽게 단정할 수 없다 하여 취소 결정[(조심2022인1866, 2022.6.29.) 이하 “대상심판결정”이라 한다]을 하였는바, 관련 법령과 법원 판례 등에 따른 대상심판결정이 과연 타당한 것인지 등에 대하여 살펴보고자 한다.

국세법 중 실질과세원칙에 대한 적용은 「소득세법」 제100조(기준시가에 의한 양도차익계산규정), 「조세특례제한법」 제99조의 5(영세개인사업자의 체납액 납세의무 소멸특례규정), 같은 법 제15조(벤처기업 출자자의 제2차 납세의무규정) 등은 특례규정에 해당한다 할 것이므로 이들 규정을 제외한 규정은 「국세기본법」 제3조에 따라 실질과세원칙의 규정이 우선 적용되어야 할 것이다.

그러나 「소득세법」 제5조(과세기간) 제1항에서 소득세의 과세기간은 1월 1일부터 12월 31일까지 1년으로 한다고 규정되어 있고, 동 규정을 「조세특례제한법」 제2조(정의) 제2호에서 따르고 있으며, 관련 취득 및 양도시기인 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제7호에서 “「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다.”라고 명확히 규정하고 있으며, 여러 개의 계약이 체결된 경우에 그 계약 전부가 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있는 것인지 여부는 계약체결의 경위와 목적 및 당사자의 의사 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 점에서 대상심판결정은 이러한 점 등을 잘 살펴 결정한 것으로 타당한 결정이라고 할 수 있다.