2025년부터 달라지는 세금제도(기업경영 세금편)

BY 택스넷 2024-12-23

2024년도 국회에서 의결된 세법 개정사항을 중심으로 2025년부터 달라지는 세금제도 중 기업경영 세금제도의 내용을 간추렸습니다. 관련된 시행령∙시행규칙은 개정과정에서 변동될 수 있으므로, 실무에서 적용할 때는 개정세법의 조문을 확인해야 합니다.

기업경영 세금제도

☑️ 의료기술협력단에 대한 세제지원 법인법, 조특법

ㅇ (특례, 일반) 기부금 단체에 해당하는 병원이 설립하는 의료기술협력단을 손금산입 대상에 포함하고, 수익사업 소득 전액을 고유목적사업준비금으로 손금산입 가능한 특례 규정을 적용가능 하도록 하였다.
<적용시기> (특례기부금) ’25.1.1. 이후 신고하는 분부터 적용
(일반기부금) 영 시행일 이후 신고하는 분부터 적용
(손금산입 특례) ’25.1.1. 이후 신고하는 분부터 적용

☑️ 자기주식 관련 적격인적분할 요건 합리화 법인법

ㅇ 인적분할 시 분할법인의 자기주식에 대해 분할신설법인의 주식을 배정하지 않더라도 적격분할로 보도록 요건을 합리화하였다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 분할하는 분부터 적용

☑️ 배당금액 소득공제 적용 시 이월공제금액 명확화 법인법, 조특법

ㅇ 이월공제대상액을 각 사업연도 소득금액을 초과하는 이월결손금, 배당금액(당기분+전기 미공제 이월분)합계액으로 명확화하였다.

☑️ 성실신고확인대상 소규모 법인에 대한 법인세 과표구간･세율 조정 법인법

ㅇ 부동산임대업을 주된 사업으로 하는 법인 등에 대한 법인세 과세표준 구간 중 ‘2억원 이하’ 및 ‘2억원 초과 200억원 이하’ 구간을 ‘200억원 이하’ 구간으로 통합하고, 해당 구간은 19%의 세율을 적용한다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용

☑️ 공시대상기업집단에 대한 법인세 중간예납 계산방법 합리화 법인법

ㅇ 기업실적에 따른 중간예납을 위해 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 공시대상기업집단에 속하는 내국법인은 해당 사업연도 중간예납기간의 법인세액을 기준으로 중간예납세액 또는 연결중간예납세액을 계산한다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용

☑️ 연결법인에 대한 중소･중견기업 규정 적용 방법 합리화 법인법

ㅇ 연결사업연도의 소득에 대한 법인세액을 계산할 때 ▲ 연결집단이 중소기업에 해당하는 경우에는 중소기업에 해당하는 연결법인에 중소기업에 관한 규정을, 중견기업에 해당하는 연결법인에 중견기업에 관한 규정을 적용하고, ▲ 연결집단이 중견기업에 해당하는 경우에는 중소기업에 해당하는 연결법인과 중견기업에 해당하는 연결법인에 각각 중견기업에 관한 규정을 적용한다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 개시하는 연결사업연도 소득에 대한 법인세액을 계산하는 분부터 적용

☑️ 연결납세방식 적용 후 중소기업 규정 적용기간 확대 법인법

ㅇ 연결사업연도 직전 사업연도 당시 중소기업에 해당하는 법인이 연결납세방식의 적용으로 중소기업에 관한 규정을 적용받지 못하게 되는 경우 연결납세방식의 최초 적용 후에도 중소기업으로 인정해주는 유예기간을 3년에서 5년으로 연장하였다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 최초로 연결납세방식을 적용하는 분부터 적용

☑️ 국외투자기구의 국채등 비과세 신청 및 원천징수 절차 간소화 소득법, 법인법

ㅇ 국외투자기구가 국채 등에 투자하는 경우 그 국외투자기구를 이자･양도소득의 실질귀속자로 보아 비과세 적용을 직접 신청할 수 있도록 하며, 내국법인이 국외투자기구를 통하여 지급받는 국채 등에 대한 이자･양도소득의 경우 원천징수를 하지 아니하도록 규정하였다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 지급하는 분부터 적용

☑️ 경정청구 절차 신설 소득법, 법인법

ㅇ 외국인 투자자 납세 편의 제고를 위해 비거주자･외국법인이 직접 경정청구할 수 있도록 근거를 마련하였다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 경정청구하는 분부터 적용

☑️ 외국인 직업운동가에 대한 원천징수 범위 확대 소득법

ㅇ 외국인 직업운동가인 거주자가 프로스포츠구단과의 계약에 따라 용역을 제공하고 소득을 받는 경우에는 계약기간과 관계없이 그 소득에 대하여 20% 원천징수세율을 적용한다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 지급하는 분부터 적용

☑️ 납세조합 세액공제 적용기한 연장 및 공제율 조정 소득법

ㅇ 성실신고 유도를 위해 ▲ 근로자에 대한 납세조합 세액공제 적용기한을 ’27.12.31.까지 3년 연장하되, 세액공제율을 5%에서 3%로 축소하였고, ▲ 사업자에 대한 납세조합 세액공제 적용기한을 종료하고 교부금을 폐지하였다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 개시하는 과세기간분부터 적용

☑️ 국내원천 인적용역소득에 대한 비과세･면제신청서 및 지급명세서 제출의무화 소득법, 법인법

ㅇ 국내원천 인적용역소득에 대하여 비과세･면제 신청 및 지급명세서 제출을 의무화하였다.
<적용시기> ’26.1.1. 이후 지급하는 분부터 적용

☑️ 전자기부금영수증 발급 활성화 소득법, 법인법

ㅇ 직전 과세연도에 받은 기부금에 대하여 발급한 기부금영수증의 총 발급금액이 3억원 이상인 자는 해당 과세연도에 받는 기부금에 대하여 그 기부금을 받은 날이 속하는 연도의 다음 연도 1월 10일까지 전자기부금영수증을 발급하여야 한다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 기부받은 분부터 적용

☑️ 전자계산서 및 전자세금계산서 발급 세액공제 적용기한 연장 소득법, 부가법

ㅇ (적용기한) ’24.12.31.→’27.12.31.

☑️ 질병치료 목적의 동물 혈액 부가가치세 면제 부가법

ㅇ 부가가치세 면제 대상에 치료･예방･진단 목적으로 조제한 동물의 혈액 공급을 추가하였다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 공급하는 분부터 적용

☑️ 조세포탈사업자 대상 부가가치세 수시부과 근거 신설 부가법

ㅇ 납세지 관할 세무서장 등은 사업자가 과세기간 중에 재화 또는 용역을 공급하지 않고 세금계산서 또는 신용카드매출전표를 발급하는 등의 경우에는 해당 과세기간의 개시일부터 수시부과 사유가 발생한 날까지를 수시부과기간으로 하여 그 사업자에 대한 부가가치세를 부과할 수 있는 근거를 마련하였다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 공급하는 분부터 적용

☑️ 명의위장사업자 가산세 강화 부가법

ㅇ 명의위장사업자인 일반과세자에 대한 가산세율을 그 타인 명의의 사업 개시일부터 실제 사업을 하는 것으로 확인되는 날의 직전일까지의 공급가액 합계액의 1%에서 2%로, 명의위장 사업자인 간이과세자에 대한 가산세율을 0.5%에서 1%로 상향하였다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 공급하는 분부터 적용

☑️ 업종명칭 현행화 조특법

ㅇ 한국표준산업분류 개정을 반영하여 블록체인 기반 암호화 자산 매매 및 중개업 등을 제외한 정보통신업을 가상자산 매매 및 중개업 등을 제외한 정보통신업으로 용달 및 개별 화물자동차 운송업, 기타 도로화물운송업을 도로화물운송업(구체적인 범위는 시행규칙에 위임)으로 변경하였다.

☑️ 벤처기업 복수의결권주식^* 취득 관련 과세특례 신설 조특법

* 벤처기업 창업주의 의결권 보호를 위해 창업주에게만 발행되는 최대 10개의 의결권이 있는 주식 ㅇ 벤처기업 창업주가 신주(복수의결권) 납입대금으로 구주(1의결권, 보통주) 현물출자 시, 양도소득세를 신주의 보통주 전환시까지 과세이연한다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 현물출자하는 분부터 적용

☑️ 건설기계 처분이익 사업소득 분할 과세특례 신설 조특법

ㅇ 사업소득이 있는 거주자로서 건설기계사업자가 건설기계를 양도하고 그 양도일이 속하는 과세기간에 다른 건설기계를 취득하는 경우에는 그 보유하던 건설기계(1대로 한정)를 양도함으로써 발생하는 양도차익상당액을 해당 과세기간의 사업소득금액을 계산할 때 ▲ 총수입금액에 산입하지 아니하고, 이 경우 총수입금액에 산입하지 아니한 양도차익상당액은 ▲ 해당 건설기계의 양도일이 속하는 과세기간의 다음 과세기간부터 3개 과세기간 동안 균등하게 나누어 총수입금액에 산입한다. 다만, 5년 이내 중복 적용은 불가하다. ㅇ (사후관리) 총수입금액 전액 산입 전 폐업 등의 경우 미산입금액 전액 총수입금액 산입 후 해당 세액 및 이자 상당 가산액을 추가 납부하여야 한다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용

☑️ 간이과세자인 택시운송사업자의 택시 운송사업용 자동차에 대한 부가가치세 환급 특례 신설 조특법

※ 2023 개정사항 ㅇ 운송사업용으로 자동차를 공급하는 경우에 대한 ▲ 부가가치세 면제 특례를 2024년 12월 31일까지만 시행하고, ▲ 2025년 1월 1일부터는 부가가치세를 부과하되, ▲ 2027년 12월 31일까지 구입하는 간이과세 택시운송사업용 자동차에 대한 부가가치세액은 환급해준다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 공급하는 분부터 적용

☑️ 일반택시 부가가치세 납부세액 경감 관련 가산세 보완 조특법

ㅇ 운수종사자의 사망 등으로 경감세액 미지급 시 가산세 추징을 배제한다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 추징하는 분부터 적용

☑️ 이월세액공제에 대한 부과제척기간 특례 신설 국기법

ㅇ 부과제척기간이 만료된 이후의 과세기간에 세액공제액을 이월하여 공제하는 경우 그 이월된 세액공제액이 발생한 과세기간의 소득세 또는 법인세의 부과제척기간은 해당 세액공제액을 공제한 과세기간의 법정신고기한으로부터 1년으로 규정하였다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 개시하는 과세기간에 발생하는 세액공제액부터 적용

☑️ 제2차 납세의무를 부담하는 출자자 범위 확대 국기법

ㅇ 법인이 보유한 재산으로 그 법인이 납부할 국세 등을 충당할 수 없는 경우 제2차 납세의무를 부담하는 출자자의 범위에 영농조합법인 또는 영어조합법인의 조합원을 추가하였다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 법인의 납세의무가 성립하는 분부터 적용

☑️ 세액공제액에 대한 경정청구 허용 국기법

ㅇ 납세자의 불확실성 해소를 위해 납부세액의 변경이 없는 경우에도 세액공제금액에 대한 경정청구를 허용한다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 경정청구하는 분부터 적용 ※ (경정청구에 관한 경과규정) ’25.1.1. 이후 개시하는 과세기간에 대한 납부세액을 계산할 때 이월공제 가능한 세액공제액의 경우 ’25.12.31.까지 경정청구 허용

☑️ 세무조사 사전통지 기간 합리화 국기법

ㅇ 세무공무원이 세무조사를 하는 경우 지금까지는 조사를 시작하기 15일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유 등을 사전에 통지하였으나 앞으로는 20일 전에 사전통지 하도록 하되, 심사청구 또는 이의신청에 따라 재조사하려는 경우에는 7일 전에 사전통지를 하도록 조정하였다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 통지하는 분부터 적용

☑️ 과세예고통지 대상 합리화 국기법

ㅇ 납부고지 세액이 100만원 이상이지만 과세관청이 납세자의 기한 후 신고와 동일하게 결정한 경우 과세예고통지 배제 사유로 추가하였다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 통지하는 분부터 적용

☑️ 해외금융계좌 신고의무 대상 정비 국조법

ㅇ 해외금융계좌 신고의무가 면제되는 재외국민 기준을 「소득세법」에 따른 거주자 거소 기준에 맞추어 ‘183일 이하’에서 ‘182일 이하’로 조정하고, 해외금융계좌 신고의무 면제대상에 ‘해외신탁명세를 제출할 때 해외금융계좌정보를 함께 제출한 자’ 등을 추가하였다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 신고의무가 발생하는 분부터 적용

☑️ 해외현지법인 등에 대한 자료 제출･보완 요구 기한 삭제 국조법

ㅇ 과세당국이 해외직접투자 등을 한 거주자 또는 내국법인에 대하여 해외직접투자 명세 등의 자료 제출이나 보완을 요구할 수 있는 기한 제한을 삭제하였다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 제출･보완 요구하는 분부터 적용 ※ (경과규정) ’24.12.31. 이전에 제출･보완 요구기간이 경과한 경우에는 종전의 규정 적용

☑️ 현금영수증 의무발행 업종 확대 소득령

※ 2023 개정사항 ㅇ 소득파악 기반 확충을 위해 13개 업종을 현금영수증 의무발행업종에 추가(125→138개 업종)하고, 1개 업종(독서실운영업에 스터디카페 포함)을 정정하였다. ◦ 추가 13개 업종
①여행사업, ②기타 여행보조 및 예약 서비스업, ③수영장운영업, ④스쿼시장 등 기타 스포츠시설 운영업, ⑤실외경기장 운영업, ⑥실내경기장 운영업, ⑦종합스포츠시설 운영업, ⑧볼링장운영업, ⑨스키장운영업, ⑩의복 액세서리 및 모조 장신구 소매업, ⑪컴퓨터 및 주변기기 수리업, ⑫앰뷸런스 서비스업, ⑬애완동물 장묘 및 보호서비스업 <적용시기> ’25.1.1. 이후 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 적용

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