TAXNET POSTBeta Service

2024년도 국회에서 의결된 세법 개정사항을 중심으로 2025년부터 달라지는 세금제도 중 기업세금 감면제도의 내용을 간추렸습니다. 관련된 시행령∙시행규칙은 개정과정에서 변동될 수 있으므로, 실무에서 적용할 때는 개정세법의 조문을 확인해야 합니다.

기업세금 감면제도

☑️ 창업중소기업 세액감면 제도 합리화  조특법)

ㅇ 창업기업을 지원하기 위해 적용기한을 ’27.12.31.까지 3년 연장하고, 고용증가 시 적용하는 감면율을 50%에서 100%로 인상하였다. 다만, 특정 기업에 감면이 과도하게 집중되지 않도록 연간 감면 한도를 5억원으로 설정하였다. ㅇ 지방에 비해 창업 여건이 양호한 과밀억제권역 외의 수도권 지역에 대한 감면율을 50% 인하(일반 50%, 청년･생계형 100%→일반 25%, 청년･생계형 75%)하고, 업종 간 형평성 제고를 위해 신성장서비스업 우대 감면율(초기 3년+25%p)의 적용기한을 종료하였다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 창업하는 분부터 적용 ※ 수도권 감면율 조정은 ’26.1.1. 이후 창업하는 분부터 적용

☑️ 연구･인력개발비에 대한 세액공제 확대  조특법

ㅇ 중소기업이 매출액 증가 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 해당하지 아니하게 된 과세연도 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 연구･인력개발비에 대한 세액공제를 신성장･원천기술연구개발비는 25%로, 국가전략기술연구개발비는 35%로 일반 중견기업 대비 5% 상향하고, 일반연구･인력개발비는 15%에서 20%로 상향하였다.
<적용시기> (점감구조 도입) ’25.1.1. 이후 개시하는 과세연도에 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우부터 적용

☑️ R&D 출연금에 대한 과세특례 인정범위 확대  조특법

ㅇ 국가, 지방자치단체, 공공기관, 지방공기업으로부터 받은 연구개발 출연금으로 확대하였다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 개시하는 과세연도에 출연받는 분부터 적용

☑️ 기술혁신형 중소기업 주식취득에 대한 세액공제 합리화  조특법

ㅇ 세액공제를 피인수법인 기술가치금액의 10%에서 5%에 상당하는 금액으로 낮추고, 취득기간을 최초 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 종료일까지(최대 2년간 분할취득 가능)에서 최초 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년 이내에 끝나는 사업연도 종료일까지(최대 3년간 분할취득 가능)로 확대하였다.
<적용시기> (취득기간) ’25.1.1. 이후 신고하는 분부터 적용
                   (공제율) ’25.1.1. 이후 최초로 주식을 취득하는 분부터 적용

☑️ 성과공유 중소기업 경영성과급에 대한 세액공제 등의 적용기한 연장 및 재설계  조특법

ㅇ 법인세 공제･소득세 감면의 적용기한을 ’27.12.31.까지 3년 연장하되, 기업･근로자 모두 지원하는 점을 고려하여 법인세 공제율을 15%에서 10%로 인하하였다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 개시하는 과세연도에 지급하는 분부터 적용

☑️ 통합투자세액공제 제도 합리화  조특법

ㅇ 중소기업이 매출액 등 증가로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 해당하지 아니하게 된 과세연도 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 ▲ 자산 투자에 대한 세액공제를 다른 중견기업 대비 신성장･원천기술 사업화시설 투자는 6%에서 9%로, 국가전략기술 사업화시설 투자는 15%에서 20%로, 일반 투자는 5%에서 7.5%로 상향하고, ▲ 추가공제율은 일괄적으로 10%로 상향하였다. ㅇ 국가전략기술(7개 분야) 사업화시설에 투자하여 기업 규모별 차등 공제율을 적용하는 기한을 3년 연장한 ’27.12.31.까지 적용한다. ㅇ 임대사업자가 자산을 직접 사용하지 않고 임대하는 경우 통합투자세액공제 적용을 배제한다.
<적용시기> (점감구조 도입) ’25.1.1. 이후 개시하는 과세연도에 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우부터 적용
                   (추가공제율) ’25.1.1. 이후 개시하는 과세연도에 투자하는 분부터 적용
                   (임대자산 배제) ’25.1.1. 이후 처분･임대하는 분부터 적용

☑️ 지방이전지원세제 제도 정비  조특법

ㅇ 기존에는 중소기업이 수도권 과밀억제권역 밖으로 공장을 이전하는 경우 소득세 또는 법인세를 감면하였으나, 앞으로는 수도권 밖의 지역 또는 수도권의 인구감소지역으로 이전하는 경우에만 감면한다. ㅇ 공장･본사를 지방으로 이전하는 기업에 대한 소득･법인세 ▲ 감면 대상에서 공장시설 및 본사를 이전하기 위하여 조업 중단 및 이전등기일이 속하는 과세연도 개시일부터 소급하여 10년 이내에 감면을 적용받은 기업은 제외하고, ▲ 업종의 경우 공장･본사 이전 전 2년(공장을 이전한 중소기업은 1년) 이상 영위한 업종과 동일한 업종을 영위하여야 한다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 이전하는 분부터 적용
※ (경과규정) ’24.12.31.까지 기존 공장･본사를 철거･폐쇄하는 등 이전에 착수한 경우에는 종전 규정 적용

☑️ 소기업･소상공인 공제부금에 대한 소득공제 한도 확대  조특법

ㅇ 소기업･소상공인 공제부금에 대한 ▲ 소득공제 한도를 사업소득금액 4천만원 이하는 500만원에서 600만원으로, 사업소득금액 4천만원 초과 1억원 이하는 300만원에서 400만원으로 상향하고, ▲ 법인 대표자에 대한 소득공제 적용대상 기준을 총급여액 7천만원에서 8천만원으로 상향하였다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 납입하는 분부터 적용

☑️ 성실사업자 등에 대한 의료비 등 세액공제 사후관리 합리화  조특법

ㅇ 성실사업자･성실신고확인대상자에 대한 의료비･교육비･월세 세액공제의 추징요건인 과소신고 기준을 ▲ 수입･경비에서 소득금액으로 변경하고, ▲ 범위를 사업소득금액 성실사업자 20%, 성실신고확인대상자 10%이상 과소신고 금액으로 조정하였다.
<적용시기> ’25.1.1. 이후 개시하는 과세기간에 대한 추징사유가 발생하는 분부터 적용

[참고] 2023년 개정사항 중 2025년도부터 시행

ㅇ (소득법 §95) 건축물을 주택으로 용도 변경하여 1세대 1주택이 된 경우 각 용도기간별 보유･거주기간 공제율을 합산*하여 장기보유 특별공제액을 계산 *보유기간 공제율(건물+1세대 1주택)+거주기간 공제율(1세대 1주택)
<적용시기> ’25.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용
ㅇ (조특법 §91의19) 장병내일준비적금 비과세 특례 납입 한도 월 40만원에서 월 55만원으로 상향
<적용시기> ’25.1.1. 이후 납입분부터 적용
ㅇ (조특법 §105의3) 개인택시 간이과세자가 구입하는 자동차에 대한 부가가치세 면세제도를 환급 제도*로 전환 * 운송사업용으로 자동차를 공급하는 경우에 대한 부가가치세 면제 특례를 2024년 12월 31일까지만 시행 * 2025년 1월 1일부터는 부가가치세를 부과하되, 2027년 12월 31일까지 구입하는 간이과세 택시운송사업용 자동차에 대한 부가가치세액은 환급 <적용시기> ’25.1.1. 이후 공급하는 분부터 적용
ㅇ (소득령 별표) 소득파악 기반 확충을 위해 13개 업종*을 현금영수증 의무발행업종에 추가(125→138개 업종)하고, 1개 업종**을 정정 * ①여행사업, ②기타 여행보조 및 예약 서비스업, ③수영장운영업, ④스쿼시장 등 기타 스포츠시설 운영업, ⑤실외경기장 운영업, ⑥실내경기장 운영업, ⑦종합스포츠시설 운영업, ⑧볼링장운영업, ⑨스키장운영업, ⑩의복 액세서리 및 모조 장신구 소매업, ⑪컴퓨터 및 주변기기 수리업, ⑫앰뷸런스 서비스업, ⑬애완동물 장묘 및 보호서비스업 ** 독서실운영업에 스터디카페 포함 <적용시기> ’25.1.1. 이후 재화 또는 용역을 공급하는 분부터 적용
ㅇ (국조법 §58, §59, §91) 역외 세원관리 강화를 위해 위탁자에 신탁정보 및 신탁재산가액 등 자료 제출의무 부여* * 해외 신탁 설정 또는 해외 신탁에 재산 이전 시(1회), 신탁재산을 실질적으로 지배･통제 시(매년) <적용시기> ’25.1.1. 이후 개시하는 과세연도에 자료 제출의무가 발생하는 분부터 적용(’26.1.1. 이후 자료 제출)
ㅇ (국조법 §72, §73) 다국적기업그룹 구성기업에 대한 추가세액의 과세
• 실효세율이 최저한세율보다 낮은 국가에 소재하는 다국적기업그룹의 구성기업인 저율과세구성기업의 추가세액에 대해서는 추가세액배분액을 계산하여 모기업에 과세하는 소득산입규칙 우선 적용 • 소득산입규칙에 따른 추가세액배분액은 저율과세구성기업의 추가세액에 저율과세구성기업의 글로벌최저한세소득 중 해당 모기업에 귀속되는 비율로서 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 계산하도록 하는 등 저율과세구성기업의 이익에 대한 모기업의 지분에 비례하여 모기업이 추가세액을 부담 • 최종모기업이 해당 사업연도 중 저율과세구성기업의 소유지분을 직접 또는 간접으로 보유하는 경우에는 추가세액배분액이 해당 최종모기업에 우선 과세되고, 최종모기업이 적격소득산입규칙을 적용받지 아니하는 등 최종모기업에 추가세액배분액을 과세할 수 없는 경우에는 중간모기업이 부담하되, 부분소유중간모기업의 경우 그가 소유지분을 직접 또는 간접으로 보유하는 저율과세구성기업에 대하여 그 추가세액을 우선적으로 부담 • 저율과세구성기업의 추가세액 중 적격소득산입규칙이 적용되지 아니하는 금액에 대해서는 별도로 계산한 추가세액배분액을 해당 다국적기업그룹의 구성기업들에 과세하는 소득산입보완규칙을 적용
ㅇ (국조법 §82) 해외진출 초기 다국적기업그룹에 대한 특례의 기산점* 보완 * 소득산입보완규칙이 최초로 적용되는 시기(’25.1.1.)로부터 특례적용 기간 5년 기산 <적용시기> ’25.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용