쟁점별 법인지방소득세 분석

BY 송영관 2025-04-07

봄기운이 느껴지는 4월이 다가왔습니다. 올해 1기 부가가치세 확정신고가 얼마 전인 것 같은데 3월 법인세 신고기간도 지나갔군요. 그러나 법인세는 부가가치세와 다르게 지방소득세분을 추가로 신고해야 하기에 손이 많이 가고 신경 써야 할 것이 많습니다. 바로 처분청이 해당 지자체로 달라지고 더 많아질 수 있기 때문입니다.

그렇기에 의외로 법인지방분 신고에 있어 실수할 수 있는 사항이 있기에, 충분한 검토도 필요한 것이 사실입니다.
이번 포스트에서는 법인지방소득세의 최근 쟁점별 사례를 소개하고 폭넓게 분석해 보는 시간을 갖도록 하겠습니다.

법인지방소득세 관련 최근 소식

본격 쟁점을 살펴보기에 앞서 글로벌 고금리, 고물가 지속, 관세전쟁 등으로 경영에 어려움을 겪고 있는 수출 중소기업의 자금 부담을 덜어주기 위해 국세청에서 12월 결산법인의 법인세 납부기한을 직권 연장하여 아래와 같이 수출 중소기업의 범위에 들어가면 납부기한을 연장토록 한 만큼 이에 따라 법인지방소득세 납부기한도 연장되었으므로 활용하시면 좋겠습니다. ■ 수출 중소기업의 범위 ※아래 ①･② 요건을 모두 충족하는 수출 중소기업
① 다음의 어느 하나에 해당하는 수출 중소기업으로서 전년 대비 매출이 감소할 것
• ’24년 수출액이 매출액의 50% 이상인 중소기업
• 관세청이 선정하여 국세청에 통보한 ‘수출 우수 중소기업’
• 한국무역협회가 선정한 ‘한국을 빛낸 이달의 무역인’･‘수출의 탑 수상기업’
• 대한무역투자진흥공사(KOTRA)가 선정한 ‘세계일류상품 생산기업’ ② 중소기업 유예기간에 해당하지 아니할 것
■ 법인지방소득세 연장 내용 국세청에서 법인세(국세) 납부기한을 직권 연장 받은 수출 중소기업에 대해서는 법인지방소득세(지방세) 납부기한도 3개월 직권 연장하여 7월 말까지로 연장되었네요. 다만, 이 경우에도 신고는 4월 30일(화)까지 완료해야 하므로 주의를 요합니다. 신고는 종전대로 4월 말까지인 점 꼭 잊지 마세요.

법인지방소득세 이슈와 쟁점 해설

○ 임대업 공실 면적의 사업장 안분면적 포함 vs 안분면적 불포함
[사실관계]
- 상호 : ㅇㅇ 주식회사(ㅇㅇ도 ㅇㅇ시)
- 등기부등본상 목적 : 토공사업, 부동산매매, 임대 및 부동산 컨설팅업 등
- 현재 ㅇㅇ시에 법인 명의로 재산세 납부 중
- 비거주용 부동산임대업을 위탁계약
- 계속 공실

[질의]
- 현재 ㅇㅇ시 사업장은 위탁계약 후 부동산임대업으로 운영 중이나 계속 공실.
- 위탁계약 후 임대 목적으로 운용하고 있는 비거주용 부동산임대업의 사업장이 계속 공실일 때, 그 사업장의 면적을 건축물 연면적에 넣어 안분 신고해야 하나요?
[해설]
○ 지방세법 제85조 제1항 제10호에서 “사업장”이란 인적 설비 또는 물적 설비를 갖추고 사업 또는 사무가 이루어지는 장소를 말하고,
- 지방세법 시행규칙 제38조의5에서 동법 시행령 제88조 제2항에 따른 종업원 수와 건축물 연면적 기준은 별표4의 법인지방소득세 안분계산 시 세부 적용 기준을 적용하여 계산한다고 규정하고, - 별표4, 2. 건축물 연면적 등 ‘가’에서 사업연도 종료일 현재 미사용 중인 공실의 연면적에 대하여 사용을 개시하지 않은 경우는 법인지방소득세 안분대상 건축물 연면적에 포함하지 않는다고 규정하고 있으며, 사용하던 중 사업연도 종료일 현재 일시적 미사용 상태인 경우 건축물 연면적에 포함하도록 규정하고 있습니다. ○ 따라서 비거주용 부동산임대업 사업장의 경우 물적 설비로서 사업장에 해당한다고 할 것이지만, 2024년 사업연도 종료일 현재 ㅇㅇ시 사업장이 위탁계약 후 부동산임대업으로 계속해서 공실인 경우라면 미사용 중인 공실의 연면적에 대하여 사용을 개시하지 않은 경우로 보아 법인지방소득세 안분대상 건축물 연면적에 포함하지 않는 것이 타당해 보입니다.
[유사 심판례]
(조심2023지1675, 2024.05.22.)
쟁점창고는 법인지방소득세 안분대상 사업장에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

주요 내용
… 처분청은 쟁점창고를 소유한 것 자체로 청구법인의 목적사업인 보관·창고업에 사용된 것이므로 동 건축물을 법인지방소득세 안분 사업장으로 보아야 한다는 의견이나, 「지방세법 시행규칙」제38조의5에서 사업연도 종료일 현재 미사용 중인 공실의 연면적에 대하여 사용을 개시하지 않은 경우는 법인지방소득세 안분대상 건축물 연면적에 포함하지 않는다고 규정하고 있는바, 청구법인은 2020.7.1. 합병 전 회사를 합병하여 공실 상태인 쟁점창고를 포괄승계 받은 후, 계속하여 물류창고 등의 사업장으로 사용하지 아니하다가 2021년 9월경 이를 철거·멸실한 것으로 나타나는 점, 청구법인의 2020사업년도 손익계산서상 사용료 수입이 나타나지 아니하고, 대차대조표에서도 사업용 자산인 유형자산이 아닌 투자자산으로 분류한 것으로 확인되는 점, 서울특별시장이 쟁점창고를 인적·물적 설비가 없는 사업장으로 보아 청구법인에게 부과한 이 건 법인지방소득세 부과처분의 심판청구에 대하여, 우리 원은 동 부과처분에 잘못이 없다고 판단한 점(조심2023지2005, 2024.3.28., 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 쟁점창고를 법인지방소득세 안분대상 사업장에 해당한다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

최근 예규 및 판례

여러 구성을 통해 법인지방소득세의 이모저모를 살펴보았습니다. 이번에는 예규와 판례에서 관련 사례들과 그에 관한 내용을 확인해 보고자 합니다. 법인지방소득세 특별징수세액 납세지 및 환급지 질의 (지방소득소비세제과-263, 2023.01.31.)

<질의 요지>
○ 국내에 사업장이 1개 존재하는 외국법인의 특별징수 대상인 국내 원천 소득에 대하여 특별징수의무자의 신고지와 외국법인의 확정신고 시 사업장소재지가 다른 경우, 이에 대한 환급지 질의
<회신 내용>
○ 법인지방소득세의 납세지 및 환급지에 관한 원칙
① 일반적인 경우의 납세지
- ｢지방세법｣ 제89조 제1항 제2호에서는 법인지방소득세의 납세지는 ‘사업연도 종료일 현재의 ｢법인세법｣ 제9조에 따른 납세지’이며 다만, 법인 또는 연결법인이 둘 이상의 지방자치단체에 사업장이 있는 경우에는 각각의 사업장소재지’를 납세지로 규정하고 있습니다. - ｢법인세법｣ 제9조 제2항에서는 외국법인의 법인세 납세지는 ‘국내사업장의 소재지’로 규정하고 있으므로, 법인지방소득세의 납세지는 원칙적으로 국내사업장의 소재지입니다. ② 특별징수하는 경우의 납세지
- 한편, ｢법인세법｣ 제9조 제4항은 원천징수하는 법인세의 납세지는 ‘대통령령으로 정하는 해당 원천징수의무자의 소재지’로 규정하고 있으며, 동법 시행령 제7조 제6항 가목에 따른 원천징수의무자의 소재지는 원천징수의무자가 법인인 경우 본점․주사무소의 소재지라고 규정하고 있습니다. - 다만, 특별징수하는 지방소득세에 대해서는 ｢지방세법｣ 제89조 제3항이 우선하여 적용되는데 같은 항 제4호에 따르면 ‘제1호부터 제3호(근로, 퇴직소득 등)에서 규정한 소득 외의 소득에 대한 소득세 및 법인세의 원천징수사무를 본점 또는 주사무소에서 일괄처리하는 경우’ 그 소득에 대한 지방소득세의 납세지는 ‘그 소득의 지급지’라 규정하고 있으므로, - 법인지방소득세의 납세지는 국내사업장의 소재지이며, 특별징수의 경우 그 소득의 지급지(또는 특별징수의무자(법인)의 본점 또는 주사무소 소재지)라 할 수 있습니다. ③ 지방소득세의 환급지
- ｢지방세법 시행령｣ 제100조의34에서는 지방소득세의 환급금은 법 제89조에 따른 납세지를 관할하는 지방자치단체에서 환급하거나 충당해야 한다고 규정하고 있습니다. ○ 법인지방소득세의 특별징수세액 정산의 특례
- 다만, 법인지방소득세는 법인세와 달리 그 세액이 각 지방자치단체에 귀속되는 점을 고려하여 ｢지방세법｣은 세액의 귀속주체를 확정하기 위해 연간 특별징수세액을 정산하는 절차(제103조의62, ’15년~)를 두고 있고, 전국 지방자치단체는 세액 정산·배분, 정산사무의 내용과 범위·절차 등에 관하여 업무협약*을 체결하여 운영 중입니다. * 법인지방소득세 특별징수세액 정산 업무협약(시·군·구의 위임을 받은 17개 시·도 간 체결) - 즉, ｢지방세법｣ 제103조의62 제1항에 따르면 법인지방소득세의 납세지에 관하여 특별징수세액의 납세지와 확정신고 시의 납세지가 상이한 경우 특별징수세액 정산을 거쳐 최종적인 납세지는 확정신고 시의 납세지 관할 지방자치단체가 된다고 볼 수 있습니다. ○ 법인지방소득세의 특별징수세액 정산을 위한 특례의 외국법인 적용 여부
- 외국법인의 특별징수세액 정산에 대해서는 내국법인과는 달리 ｢지방세법｣에 별도로 규정을 두고 있지 않으나 같은 법 제103조의51에 따라 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 대해 제9절(외국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 지방소득세)에서 규정하는 것을 제외하고는 제6절(내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 지방소득세) 및 「법인세법」제97조를 준용하고 있으므로 외국법인도 ｢지방세법｣ 제6절에 따른 내국법인의 각 사업연도 소득 규정 및 이에 대한 보칙인 특별징수세액 정산에 대한 특례를 적용하여야 할 것입니다. ○ 결론
- 이를 종합하여 살펴보면, 외국법인도 내국법인과 같이 특별징수세액 납세지와 확정신고 납세지가 다를 경우 특별징수세액정산의 특례를 적용하여 확정신고 당시의 납세지 관할 자치단체의 장에게 정산하여야 하고, - 해당 외국법인의 법인지방소득세 확정신고에 따른 특별징수세액에 대한 환급 또한 확정신고 할 때의 납세지 관할 지방자치단체의 장이 하여야 할 것으로 판단됩니다.
해설
법인지방소득세 신고 시 법인지방소득세의 납세지 및 환급지에 관해 명확하게 나온 유권해석입니다. 원칙적으로 국내사업장 소재지이나 특별징수세액 납세지와 확정신고 납세지가 다르다면 확정신고 당시 납세지를 따르도록 해석하고 있으나 중간에 납세지 변경이 있다면 확정신고의 납세지를 중심으로 신고를 하도록 하여야 할 것입니다. 따라서 사업연도 중간에 사업자 소재지 변경에도 불구 기존의 납세지에 대해 신고하였다면 서둘러 수정신고를 해야 할 것으로 납세지에 대한 사전 검토가 중요하다는 것을 강조하고 싶습니다.
법인지방소득세 기한 후 신고 시 가산세 적용 여부 (지방소득소비세제과-1538, 2024.06.24.)

<질의 요지>
○ 단일사업장의 법인지방소득세 확정신고 후 납세지 오류에 의한 기한 후 신고 시 가산세 적용 여부
<회신 내용>
○ 「지방세법」(법률 제19860호, 2023.12.29. 일부 개정된 것, 이하 “「지방세법」”이라 한다) 제103조의23 제1항에서는 “「법인세법」제60조에 따른 신고의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 신고하여야 한다.”라고 규정하고 있습니다. ○ 같은 법 제103조의24 제2항에서는 “제103조의23에 따라 신고를 한 내국법인이 신고납부한 법인지방소득세의 납세지 또는 지방자치단체별 안분세액에 오류가 있음을 발견하였을 때는 제103조의25에 따라 지방자치단체의 장이 보통징수의 방법으로 부과고지를 하기 전까지 관할 지방자치단체의 장에게 「지방세기본법」제49조부터 제51조까지에 따른 수정신고, 경정 등의 청구 또는 기한후신고를 할 수 있다.”라고 규정하고 있고,
- 제3항에서는 “제1항 및 제2항에 따른 수정신고 또는 기한 후 신고를 통하여 추가납부세액이 발생하는 경우에는 이를 납부하여야 한다. 이 경우 제2항에 따라 발생하는 추가납부세액에 대하여는 「지방세기본법」제53조부터 제55조까지에 따른 가산세를 부과하지 아니한다.”라고 규정하고 있습니다. ○ 우선, 「지방세법」제103조의24 제2항에서 “제103조의23에 따라 신고를 한” 경우를 전제하고 있으며, 이는 납세지 또는 안분세액의 오류 여부와 관계없이 그 신고 기한까지 어느 하나의 지방자치단체의 장에게 법인지방소득세 확정신고를 한 것을 의미하는 것으로 지방자치단체의 입장이 아닌 납세의무자의 입장에서 판단하여야 할 것이며(법제처 14-2017, 2014. 7. 7. 법령해석례 참조), ○ 또한, 같은 조항에서 “법인지방소득세의 지방자치단체별 안분세액에 오류가 있음을 발견하였을 때”와 별도로 “법인지방소득세의 납세지에 오류가 있음을 발견하였을 때”라고 규정하여,
“지방자치단체별 안분세액의 오류”와 구분되는 “납세지의 오류”를 오류의 한 유형으로 규정하고 있는 점, 납세지 오류를 발견하였을 때는 기한 후 신고를 할 수 있다고 규정하고 있는 점 등을 종합적으로 비추어 보면 신고하여야 할 지방자치단체에 신고하지 않고 다른 지방자치단체에 납부한 경우를 “납세지 오류”에 해당하는 대표적인 경우로 보아야 할 것입니다. ○ 따라서, 해당 조항은 단일사업장 여부와 관련 없이 법인이 법인지방소득세 확정신고를 잘못한 경우 지방자치단체의 장이 보통징수의 방법으로 부과고지를 하기 전까지 법인이 “납세지 또는 안분세액의 오류가 있음”을 발견한 경우 스스로 이를 시정할 기회를 부여하기 위해 가산세를 면제하는 취지의 규정으로 봄이 타당한 점 등 고려 시, - 단일사업장 법인이 「지방세법」제103조의23 제1항 및 같은 법 시행령 제100조의13 제1항에 따라 법인지방소득세를 사업장 소재지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고ㆍ납부하지 않고, 다른 지방자치단체의 장에게 신고ㆍ납부한 경우는「지방세법」제103조의24 제2항의 “납세지에 오류가 있는 경우”에 해당한다고 보아야 할 것이며, 「지방세법」제103조의24 제3항에 따라 「지방세기본법」제53조부터 제55조까지에 따른 가산세를 부과하지 않는 것이 타당합니다. ○ 다만, 이는 질의 당시 사실관계를 바탕으로 판단한 해석으로서 추가 사실확인 등 변동사항 여부를 확인하여 당해 과세권자가 면밀한 조사를 통해 최종 결정할 사안임을 알려드립니다.
해설
법인지방소득세의 가장 큰 이슈는 아무래도 지자체별 납세지를 정확하게 파악하는 것이고 이에 대한 안분율에 오류가 없어야 할 것입니다. 따라서 법령상 의무해태가 있지 않은 이상 지방세법에서도 납세자의 신고납부에 대한 어려움을 고려하여 지자체가 직접 고지하기 전까지는 가산세를 부과하지 않는 점을 명심해야겠습니다. 즉, 먼저 가산세를 붙여 신고할 필요는 없는 것이지요. 또한 일부러 안분율을 틀릴 필요는 없으나 신고납부 후 빠른 시일 내 검증 등을 하여 가산세를 면하는 것도 실무상 유효한 방법 중 하나일 것입니다.
쟁점창고는 법인지방소득세 안분대상 사업장에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부 (조심2023지1675, 2024.05.22.)

처분청은 쟁점창고를 소유한 것 자체로 청구법인의 목적사업인 보관·창고업에 사용된 것이므로 동 건축물을 법인지방소득세 안분 사업장으로 보아야 한다는 의견이나, 「지방세법 시행규칙」제38조의5에서 사업연도 종료일 현재 미사용 중인 공실의 연면적에 대하여 사용을 개시하지 않은 경우는 법인지방소득세 안분대상 건축물 연면적에 포함하지 않는다고 규정하고 있는바, 청구법인은 2020.7.1. 합병 전 회사를 합병하여 공실 상태인 쟁점창고를 포괄승계 받은 후, 계속하여 물류창고 등의 사업장으로 사용하지 아니하다가 2021년 9월경 이를 철거·멸실한 것으로 나타나는 점, 청구법인의 2020사업년도 손익계산서상 사용료 수입이 나타나지 아니하고, 대차대조표에서도 사업용 자산인 유형자산이 아닌 투자자산으로 분류한 것으로 확인되는 점, 서울특별시장이 쟁점창고를 인적·물적 설비가 없는 사업장으로 보아 청구법인에게 부과한 이 건 법인지방소득세 부과처분의 심판청구에 대하여, 우리 원은 동 부과처분에 잘못이 없다고 판단한 점(조심2023지2005, 2024.3.28., 같은 뜻임) 등에 비추어 처분청이 쟁점창고를 법인지방소득세 안분대상 사업장에 해당한다는 이유로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

해설
처분청에서는 법인이 창고를 사업용 부동산인 “유형자산”으로 회계 분류하지 않고, 사업용 부동산에 해당하지 않는 “투자자산”으로 회계 분류하였음이 법인의 대차대조표에서 확인되므로 창고를 직접 사용하지 않았음을 방증하는 것으로 보지 않을 수도 있습니다.
그러나 법인의 회계처리를 신뢰하지 못한다고 하더라도 시행규칙상 명확하게 안분할 수 없는 사유가 열거되어 있으므로 그러한 사유를 확인하여 요건에 맞는다면 안분대상 사업장에서 제외할 수 있다 봅니다.

마치면서

이번 포스트에서는 독자분들께 법인세 및 법인지방소득세 시즌을 맞이하여, 리마인드 및 중요 쟁점을 짚어볼 겸 법인지방소득세에 대한 주제로 소개해 드렸습니다.

상반기 세무 시즌이 정신없이 지나가고 있네요. 건강관리도 유의하시고 이어지는 저의 포스트도 계속해서 찾아주시길 바라며 다음에는 더욱 알찬 내용으로 찾아뵐 것을 약속드립니다. 감사합니다.

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