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오늘은 앞선 재개발·재건축사업 추진단계별 양도소득세 쟁점정리(1편) 포스팅에 이어서 관리처분계획인가부터 청산 단계에서는 어떤 내용이 있는지 알아보겠습니다.

1. 관리처분계획인가

사업시행자는 조합원 분양신청기간이 종료되면 ①분양설계, ②분양대상자의 주소 및 성명, ③분양대상자별 분양예정지인 대지 또는 건축물의 추산액, ④일반 분양분, 임대주택 등에 해당하는 보류지 등의 명세와 추산액 및 처분방법, ⑤분양대상자별 종전의 토지 또는 건축물 명세 및 사업시행계획인가 고시가 있은 날을 기준으로 한 가격, ⑥정비사업비의 추산액 및 그에 따른 ​조합원 분담규모 및 분담시기 등의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장·군수등의 인가를 받아야 합니다.

ㆍ조합원입주권 전환시기

재건축사업의 경우 종전에는 사업계획승인일 또는 사업시행인가일을 기준으로 종전부동산이 조합원입주권으로 변환되었으나, 2005년 5월 31일 이후에는 재개발사업과 재건축사업 모두 관리처분계획인가일을 기준으로 권리 변환 시기를 판정합니다.


즉, 재개발·재건축사업 조합원의 종전 부동산은 관리처분계획인가일을 기준으로 부동산을 취득할 수 있는 권리로 전환되며, 여기서 관리처분계획인가일은 지방자치단체의 공보에 고시한 날을 의미합니다(양도소득세 집행기준 89-156의2-1).

ㆍ조합원입주권 양도 시 비과세 보유 및 거주기간 요건 판단 기준일

조합원입주권의 양도 시 「소득세법」 제89조 제1항 제4호 각목에 따른 요건을 충족하면 비과세를 적용받을 수 있으며, 이때 입주권으로 전환된 종전주택은 관리처분계획인가일을 기준으로 비과세 보유 및 거주기간 요건을 충족하여야 합니다.

특히, 관리처분계획의 인가일 현재 2주택 이상을 보유한 경우에도 종전주택이 관리처분계획인가일(인가일 이전 철거시 철거일) 현재 보유 및 거주기간 요건을 충족하였다면, 같은 법 제89조 1항 4호의 조합원입주권 비과세를 적용받을 수 있다는 점 유의하시기 바랍니다[(기획재정부 조세법령운용과-590, 2021.07.06.), (서면부동산-1678, 2017.09.25.)

ㆍ조합원 청산금 수령분 양도소득세 비과세 보유 및 거주기간 요건 판단 기준일

「도시및주거환경정비법」 제89조에 따라 종전부동산의 권리가액이 관리처분계획으로 분양받는 신축부동산의 분양가액을 초과하는 경우 조합원은 조합으로부터 청산금을 지급받으며, 조합원 청산금 수령분 역시 법정 요건을 충족한 경우에는 비과세를 적용받을 수 있습니다.

국세청 예규에 따르면, 조합원이 청산금을 수령한 경우 1세대 1주택 비과세 적용을 위한 보유주택 수는 청산금의 양도시기를 기준으로 판단하며, 비과세 대상 주택의 보유 및 거주기간 요건 충족 여부는 종전주택을 조합에 제공한 시점을 기준으로 판정하고 있습니다(부동산거래관리과-380, 2012.07.20.).

여기서 종전주택을 조합에 제공한 시점에 대해서 명확한 언급은 없으나 관리처분계획인가일을 기준으로 하는 것으로 판단됩니다(기획재정부 재산-62, 2014.01.21.)

ㆍ조합원 청산금 수령분 양도소득세 환산취득가액 계산 시 기준시점

일반적으로 환산취득가액은 양도가액에 취득 당시 기준시가를 곱하고 양도 당시 기준시가로 나누어 계산하지만, 청산금에 대한 환산취득가액은 양도일이 아닌 관리처분계획인가일을 기준으로 계산합니다(사전법령재산-416, 2018.06.26.).

ㆍ재개발·재건축 물건 양도 시 장기보유특별공제 구분 시점

조합원입주권을 양도하는 경우 관리처분계획인가전 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 인정합니다. 또한, 신축부동산을 양도하는 경우로서 청산금(추가분담금)을 납부하는 경우에는 청산금 납부분과 기존 건물분 양도차익을 구분하여, 청산금 납부분 양도차익에 대하여는 관리처분계획인가일부터 신축부동산 양도일까지의 보유기간에 대한 공제율을 적용하여 장기보유특별공제액을 계산합니다.

ㆍ국유지를 장기할부조건으로 불하받은 경우 사용수익일 판정

일명 뚜껑이라 불리우는 무허가건물의 소유자가 재개발사업의 입주권을 받기 위해 무단으로 점유하고 있던 국·공유지를 불하받는 경우가 발생합니다. 국·공유지 불하계약은 통상적으로 대금을 수회 분할하여 장기간에 걸쳐 납부하게 되어 소득세법상 장기할부조건에 해당하는 경우가 많으며, 장기할부조건으로 취득한 자산의 취득시기는 소유권이전등기접수일, 인도일, 사용수익일 중 빠른 날로 정하는 바, 이 때 사용수익일을 재개발사업의 관리처분계획인가일로 볼 수 있는지에 대한 검토가 필요합니다(서면4팀-715, 2006.03.27.).

2. 이주 및 철거, 조합원 동·호수 추첨

관리처분계획이 인가 및 고시된 후에는 철거를 위한 이주가 시작되며, 이주 및 철거가 완료되면 조합은 조합원분양신청 기간에 분양 신청한 내용에 따라 ​조합원 동·호수 추첨 및 계약을 합니다.

ㆍ조합원입주권 비과세 판정 시 미철거 건물의 보유 및 거주기간 연장

조합원입주권의 비과세 특례 적용 시 관리처분계획의 인가일 이후에도 기존주택이 철거되지 않고 사실상 주거용으로 사용되고 있는 경우에는 해당기간을 1세대1주택 비과세 특례 적용을 위한 보유기간 및 거주기간에 합산합니다(사전법령재산-739, 2021.07.23.).

ㆍ청산금 수령분 비과세 판정 시 미철거 건물의 보유 및 거주기간 연장

조합원의 청산금 수령분에 대한 1세대 1주택 비과세의 보유 및 거주기간 요건 판단은 종전주택을 조합에 제공한 시점(관리처분계획인가일)을 기준으로 하며, 입주권이 확정되는 날(관리처분계획인가일) 이후에도 종전주택이 철거되지 않고 사실상 주거용으로 사용하는 경우 이를 주택으로 보아 보유기간에 합산합니다(부동산거래관리과-392, 2012.07.24.).

ㆍ조합원 간 동·호수 교환 시 양도소득세 해당 여부

동·호수 추첨이 끝난 뒤 당초 관리처분계획의 변경 없이 분양받을 주택을 다른 조합원과 변경하는 경우에는 교환으로 보아 양도소득세가 과세됩니다(부동산거래관리과-13, 2012.01.06.).

3. 착공신고, 일반분양

이주 및 철거가 완료되면 ​착공신고를 하고, 입주자모집 승인신청 등을 거쳐 일반분양에 들어갑니다. 참고로, 사업시행자는 조합원 분양신청을 받은 후 잔여분이 있는 경우에는 정관등 또는 사업시행계획으로 정하는 목적을 위하여 그 잔여분을 보류지로 정하거나 조합원 또는 토지등소유자 이외의 자에게 분양할 수 있습니다.

ㆍ분양권 해당 여부

재개발·재건축 사업의 일반분양에 의해 취득한 권리도 소득세법에서 정의한 분양권에 해당하며, 2021년 1월 1일 이후 공급계약, 매매 또는 증여 등의 방법으로 취득한 분양권은 1세대 1주택 비과세 판단 및 다주택자 중과세 판단 시 주택 수에 포함됩니다.

4. 준공인가

시장·군수등이 아닌 사업시행자는 공사가 완료되면 준공인가신청서를 시장·군수등에게 제출해야 하며 준공인가신청을 받은 시장·군수등은 지체 없이 준공검사를 실시해야 합니다. 시장·군수등은 준공검사를 실시한 결과 정비사업이 인가받은 사업시행계획대로 완료되었다고 인정되는 때에는 준공인가를 하고 준공인가증을 사업시행자에게 교부해야 하며, 공사의 완료를 해당 ​지방자치단체의 공보에 고시해야 합니다.

즉, 준공인가는 정비사업이 사업시행계획대로 완료되었는지를 확인하는 것으로 준공인가 고시가 있어야 이전고시 절차를 개시할 수 있으며, 「도시 및 주거환경정비법」의 준공인가와 유사한 개념으로 「주택법」에서는 사용검사, 「건축법」에서는 사용승인이라는 명칭을 사용하고 있다는 점 참고하시기 바랍니다.

ㆍ신축부동산의 전환시기

재개발·재건축 조합원입주권은 준공일에 신축주택으로 전환되며 일반적으로 준공일은 사용승인일을 의미합니다(양도소득세 집행기준 89-156의2-5).

조합원의 신축주택은 소득세법상 자기가 건설한 건축물에 해당하여 그 취득시기를 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제4호에 따라 "사용승인서 교부일, 사실상의 사용일, 임시사용승인을 받은 날 중 빠른 날"로 판단하는데, 「도시 및 주거환경정비법」상 재개발·재건축은 사용승인서 대신 준공인가증을 교부받으며 준공인가증 교부일이 건축물대장상 사용승인일에 기재됩니다. 이에 따라 실무상 재개발·재건축 조합원의 신축주택 취득시기는 건축물대장상 사용승인일로 판단​​하는 경우가 많습니다.

또한, 일반분양분 신축주택은 소득세법상 완성되지 아니한 자산에 해당하여 그 취득시기를 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 8호에 따라 "분양대금을 청산한 날, 건물이 완성된 날 중 늦은 날"로 판단하며, 이 경우 완성된 날에 대하여는 조합원의 신축주택 취득시기 규정을 준용한다는 점 주의하시기 바랍니다.

ㆍ승계조합원의 신축부동산 취득시기

승계조합원은 신축부동산 양도 시 1세대 1주택 비과세 보유 및 거주기간, 장기보유특별공제, 세율 판단 모두 신축부동산의 취득일부터 기산합니다.

ㆍ원조합원의 신축부동산 취득시기

원조합원의 신축부동산 양도 시 1세대 1주택 비과세 보유 및 거주기간, 장기보유특별공제, 세율을 판단함에 있어 기존부동산이 주택인 경우에는 원칙적으로 기존부동산의 보유기간을 통산하지만, 청산금을 납부한 경우로서 부수토지가 증가된 경우 증가된 부수토지에 대하여는 신축부동산의 취득일부터 기산하여 비과세와 세율을 판단합니다.

ㆍ재개발·재건축 입주권 취득 비과세 및 대체주택 비과세의 “완성된 날”

1주택을 소유한 1세대가 조합원입주권을 추가로 취득한 후 ​3년이 지나 주택을 양도하는 경우의 비과세 규정( 「소득세법시행령」 제156조의2 제4항)과 1주택을 소유한 1세대가 그 주택이 재개발·재건축되어 대체주택을 취득한 후 대체주택을 양도하는 경우의 비과세 규정( 「소득세법시행령」 제156조의2 제5항)을 적용할 때 "완성된 날"은 조합원의 신축부동산 취득일 즉, 준공일을 의미합니다.

​5. 이전고시

준공인가의 고시가 있으면 사업시행자는 지체 없이 대지확정측량을 하고 토지의 분할절차를 거쳐 관리처분계획에서 정한 사항을 분양받을 자에게 통지하고 대지 또는 건축물의 소유권을 이전하여야 하며, 그 내용을 해당 ​지방자치단체의 공보에 고시한 후 시장·군수등에게 보고해야 합니다.

이전고시의 효과로는 ①대지 또는 건축물을 분양받을 자는 ​고시가 있은 날의 다음 날에 그 대지 또는 건축물의 소유권을 취득하게 되며, ②대지 또는 건축물을 분양받은 자가 종전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 대지 또는 건축물의 가격 사이에 차이가 있는 경우 사업시행자는 이전고시가 있은 후에 그 차액에 상당하는 금액을 분양받은 자로부터 징수하거나 분양받은 자에게 지급해야 합니다. ③또한, 준공인가의 고시가 있은 날(관리처분계획을 수립하는 경우에는 이전고시가 있은 때를 말함)​의 다음 날에 정비구역의 지정은 해제된 것으로 봅니다.

ㆍ조합원 청산금 수령분 양도소득세 양도시기

종전부동산의 권리가액이 관리처분계획으로 분양받는 신축부동산의 분양가액을 초과하여 조합원이 조합으로부터 청산금을 지급받는 경우에는 종전부동산의 분할양도로 보며 소유권이전고시일의 다음날을 그 양도시기로 보아 양도소득세를 신고 및 납부하여야 합니다(기획재정부 재산세제과-35, 2020.01.14.).

참고로, 청산금의 양도시기는 여러 차례 해석변경이 있었다는 점 주의하시기 바랍니다.

ㆍ미등기양도자산 해당 여부

미등기양도자산이란 자산 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말하며 77%(지방소득세 포함)의 중과세율을 적용받습니다. 재개발·재건축에 따른 신축부동산의 경우 준공인가가 있더라도 이전고시가 없는 경우에는 소유권보존등기를 할 수 없으므로 이전고시 전에는 등기 없이 양도하는 경우에도 미등기양도자산에 해당되지 않으나 이전고시 후 소유권보존등기 없이 양도하는 경우에는 미등기양도자산에 해당될 수 있다는 점 주의하시기 바랍니다.

6. 청산

정비사업이 종결된 때에는 조합은 총회(대의원회) 의결을 거쳐 해산하며, 청산절차를 밟게 됩니다.


앞선 포스팅에서 재개발·재건축사업의 기본계획수립부터 조합원 분양신청까지의 단계별 「도시 및 주거환경정비법」상 내용과 양도소득세 쟁점사항에 대하여 살펴 본 데 이어서, 오늘은 관리처분계획인가부터 마지막 청산 단계까지 알아보았습니다.

최근 부동산 관련 규제 완화와 더불어 재개발·재건축 등 정비사업이 조금씩 활성화될 것으로 보입니다. 재개발·재건축사업은 어떤 단계를 거쳐 추진이 되는지, 이와 관련하여 세무분야에서 주의해야 할 것은 무엇이 있는지 체크하시어 시점별로 적절한 절세방안을 모색하시기 바랍니다.

감사합니다.