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지방세 중 가장 등한시(?)하게 되는 세목이 있으니 바로 등록면허세입니다. 2011년에 기존의 취득분 등록세가 취득세와 통합되고 취득을 수반하지 않는 나머지 등록세와 면허세가 등록면허세로 통합되었습니다. 등록면허세는 등록 또는 면허 행위에 대해 과세가 되며, 정기분의 경우 보통징수로 징수되기 때문에 특별히 신경 쓰지 않아도 부과된 고지서에 따라 납부하게 됩니다. 따라서 크게 신경쓸 필요가 없는 세목으로 여겨지곤 했습니다.
그러나 이러한 등록면허세에도 최근 들어 큰 이슈가 발생한 바, 이번 기회에 알고 있으면 유익하지만, 그때그때 찾아보지는 않게 되던 내용을 정리해보고자 합니다. 이번 포스트에서는 등록면허세를 차근히 살펴보고 쟁점이 되는 사안의 사례를 여러모로 파악해보고자 하니 끝까지 읽어주시면 감사하겠습니다.

등록과 면허란?

들어가기에 앞서 먼저 지방세법에서 말하는 등록과 면허의 정의부터 알아보고 가겠습니다. 이러한 등록과 면허의 정의를 보면 취득과는 무관한 것을 볼 수 있는데요, 왜 취득세로부터 분리되었는지 알 수 있는 대목이기도 합니다.

■ 지방세법 제23조(정의)

등록면허세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “등록”이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말한다. 다만, 제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록은 제외하되, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기나 등록은 포함한다.
가. 광업권·어업권 및 양식업권의 취득에 따른 등록
나. 제15조제2항제4호에 따른 외국인 소유의 취득세 과세대상 물건(차량, 기계장비, 항공기 및 선박만 해당한다)의 연부 취득에 따른 등기 또는 등록
다. 「지방세기본법」 제38조에 따른 취득세 부과제척기간이 경과한 물건의 등기 또는 등록
라. 제17조에 해당하는 물건의 등기 또는 등록
2. “면허”란 각종 법령에 규정된 면허·허가·인가·등록·지정·검사·검열·심사 등 특정한 영업설비 또는 행위에 대한 권리의 설정, 금지의 해제 또는 신고의 수리(受理) 등 행정청의 행위(법률의 규정에 따라 의제되는 행위를 포함한다)를 말한다. 이 경우 면허의 종별은 사업의 종류 및 규모 등을 고려하여 제1종부터 제5종까지 구분하여 대통령령으로 정한다.

등록면허세 개요

등록면허세의 기본 골격은 간단합니다. 하지만 역시 쟁점사항이 발생한다면 기본적인 사항이 가장 중요해지는 만큼 이를 먼저 체크하고 넘어가겠습니다. 1. 납세의무자 ㅇ (등록분) 등록을 하는 자
- 등기·등록시에 등록분 면허세를 지방자치단체에 신고납부하고 영수증을 첨부하여 등기·등록 ㅇ (면허분) 면허를 받는 자
- 정기분 : 매년 1월 1일 면허가 갱신되는 것으로 보아 납기(매년 1.16.~1.31.)에 부과·징수
- 신고분 : 면허증 교부시 신고·납부
- 수시분 : 무신고시 보통징수(부과·징수)
2. 과세표준 및 세율 ㅇ (과세표준) 등록분만 해당
- 부동산·선박·항공기 등의 과세표준은 등록당시의 신고된 가액
- 저당권, 경매신청, 가압류, 가처분, 가등기는 채권금액
※ 단, 신고가 없거나 신고가격이 등록 당시의 시가표준액에 미달하는 경우는 시가표준액으로 하고, 일정한 채권금액이 있을 때는 채권금액 ㅇ (세율) 등록분만 해당
- (등록분) 부동산(보전 0.8%, 이전 1.5~2.0% 등), 선박(보전 0.02%, 기타 건당 15,000원), 차량(비영업용 5%, 경차 2%) 등
- (면허분) 면허의 종별(1~5종), 지역별로 4,500원~67,500원 차등 부과
※ 자세한 세율은 일람표 참조
3. 비과세
ㅇ 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합, 외국정부 및 주한국제기구가 자기를 위하여 받는 등록 또는 면허
ㅇ 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록(다만, 법인의 자본금 또는 출자금의 납입, 증자 및 출자전환에 따른 등기 또는 등록은 제외) ㅇ 행정구역의 변경, 주민등록번호의 변경, 지적(地籍) 소관청의 지번 변경, 계량단위의 변경, 등기 또는 등록 담당 공무원의 착오 및 이와 유사한 사유로 인한 등기 또는 등록으로서 주소, 성명, 주민등록번호, 지번, 계량단위 등의 단순한 표시변경·회복 또는 경정 등기 또는 등록 ㅇ 그 밖에 지목이 묘지인 토지 등 대통령령으로 정하는 등록
ㅇ 면허의 단순한 표시변경 등 등록면허세의 과세가 적합하지 아니한 것으로서 대통령령으로 정하는 면허

4. 신고 및 납부
ㅇ 신고·납부 시기
- 등록을 하려는 자는 등록면허세 산출세액을 등록 하기 전(등기·등록관서에 접수하는 날)까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고·납부
- 특허권·실용신안권·디자인권·상표권 등록의 경우 특허료·등록료·수수료의 납부기한까지 ㅇ 등록 후 중과세 대상이 된 경우
- 사유 발생일로부터 60일 이내 중과세액과 기납부세액의 차액에 대해 신고·납부 ㅇ 비과세·과세면제·경감받은 후 등록면허세 부과·추징대상이 된 경우
- 사유 발생일로부터 60일 이내 산출세액과 추징세액 대해 신고·납부
5. 납세지
ㅇ 부동산 등기 : 부동산 소재지
ㅇ 선박 등기 또는 등기 : 선적항 소재지
ㅇ 자동차 등록 : 「자동차관리법」에 따른 등록지
ㅇ 건설기계 등록 : 「건설기계관리법」에 따른 등록지
ㅇ 항공기 등록 : 정치장 소재지
ㅇ 법인 등기 : 등기에 관련되는 본점·지점 또는 주사무소·분사무소 등의 소재지 ㅇ 해당 면허에 대한 영업장 또는 사무소가 있는 면허
- 영업장 또는 사무소 소재지 ㅇ 해당 면허에 대한 영업장 또는 사무소가 없는 면허
- 면허를 받은 자의 주소지 ㅇ 위에 따른 납세지가 불분명하거나 납세지가 국내에 없는 경우
- 면허부여기관 소재지

등록면허세 관련 묻고 답하기

아래에서는 등록면허세에 대해 주로 묻는 사항을 모아 보았습니다. 두 개의 면허에 대하여 등록번호가 하나만 부여되는 경우, 면허별로 개별과세하는지, 한 개의 면허로 과세하는지요?
두 개의 면허에 대하여 하나의 등록번호가 부여되었어도 면허의 종류별로 각각 면허분 등록면허세를 과세하게 됩니다(지방세정책과-3966, 2021.09.14.). 본점의 법인등기사항증명서(본점등기부) 상 본점 소재지가 서울특별시 A구로 등기된 상태에서 B구에 지점을 설치하고 B구를 소재지로 하여 해당 본점등기부의 ‘지점에 관한 사항’란에 등기할 경우, 등록면허세 등록분의 납세지는 어디인가요?
법인의 본점과 동일한 관할구역 내 등기소에 지점을 설치하여 그 등기를 신청할 경우에 별도의 지점등기부가 작성되지 않고 본점등기부의 ‘지점에 관한 사항’란에 등기사항을 기재한다 하더라도 지방세법 제25조 제1항 제6호에서 등기에 관련되는 지점 등의 소재지로 규정하고 있으므로 해당 본점등기부의 ‘지점에 관한 사항’란에 등기하는 경우에도 해당 등기에 따른 등록면허세 등록분의 납세지는 B구에 해당합니다(서울세제과-15529, 2018.11.16). 주택이 있는 주택의 부속토지에 대해 지상권 설정하고자 하는 경우 과세표준은 무엇인가요?
등록면허세 신고는 등기하는 자의 신고에 의하고, 신고가 없거나 신고가액이 시가표준액에 미달할 때는 시가표준액이 과세표준액이 되며, 이때 토지의 시가표준액은 개별주택가격을 토지의 가액비율로 안분한 금액으로 합니다. 등록면허세가 중과세 되는 경우가 있나요? 있다면 언제인가요?
대도시내로의 인구유입에 따른 인구팽창을 막고 대도시의 인구소산을 기하기 위하여, 대통령령으로 정하는 대도시에서 법인을 설립(설립 후 또는 휴면법인을 인수한 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함)하거나 지점이나 분사무소를 설치함에 따른 등기의 경우에는 납부하여야 할 등록면허세액의 3배를 중과세합니다(지방세법 28②제1호).

또 대도시 밖에 있는 법인의 본점이나 주사무소를 대도시로 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액이 증가하는 경우를 포함)함에 따른 등기의 경우에는 전입을 법인의 설립으로 보아 설립등기의 등록면허세액의 3배를 중과세합니다(지방세법 28조 ② 2호).만약 중과세 대상이 되게 된다면 사유 발생일로부터 60일 이내 중과세액과 기납부세액의 차액에 대해 신고·납부해야 합니다.

최근 이슈가 된 등록면허세 쟁점해설

채무자회생법 vs 지방세법 등록면허세 조항 충돌 [사실관계]
- A법인은 채무자회생 및 파산에 관한 법률에 따른 회생절차 과정에 있었음.
- 2018년 4월과 2022년 9월 유상증자
- 유상증자 후 다음날 감자절차 진행
- B구청은 유상증자에 따른 자본금 증가분에 대해 각각 등록면허세를 가산세 포함하여 추징

[질의]
- 등록면허세 부과가 타당한지 여부

[해설]
- 지방세법 제24조에 따라 등록을 하는자나 면허를 받는자는 등록면허세 납세의무를 지는 것이고,동법 제26조 제2항 제1호에 따라 회사의 정리 또는 특별청산에 관하여 법원의 촉탁으로 인한 등기 또는 등록에 대해서는 등록면허세를 부과하지 아니하되 다만, 법인의 자본금 또는 출자금의 납입, 증자 및 출자전환에 따른 등기 또는 등록은 제외한다고 규정되어 있습니다. - 또한 관련법령인 채무자 회생 및 파산에 관한 법률 제23조 제1항 제4호에서는 제266조의 규정에 의한 신주발행, 제268조의 규정에 의한 사채발행, 제269조의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환, 제270조의 규정에 의한 주식의 포괄적 이전, 제271조의 규정에 의한 합병, 제272조의 규정에 의한 분할 또는 분할합병이나 제273조 및 제274조의 규정에 의한 신회사의 설립이 있는 경우에는법인인 채무자에 대하여 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 사유가 있는 경우에는 법원사무관등은 직권으로 지체 없이 촉탁서에 결정서의 등본 또는 초본 등 관련 서류를 첨부하여 채무자의 각 사무소 및 영업소의 소재지의 등기소에 그 등기를 촉탁하여야 한다고 규정하면서,동법 제26조 제1항의 등기의 원인인 행위가 부인된 때에는 관리인, 파산관재인 또는 개인회생절차에서의 부인권자는 부인의 등기를 신청하여야 하는데 제2항에서 제1항의 규정에 의한 등기에 관하여는 등록세를 부과하지 아니한다고 명시하고 있습니다. - 주어진 사실관계 및 관계규정에 따라 등록면허세 과세여부가 적법한지를 살펴보면지방세특례제한법 제3조 제1항에서는 이 법, 「지방세기본법」, 「지방세징수법」, 「지방세법」, 「조세특례제한법」 및 조약에 따르지 아니하고는 「지방세법」에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없다고 규정하고 있고등록면허세 비과세 여부는 지방세법에 규율된 것으로 채무자 회생 및 파산에 관한 법률은 지방세법의 비과세 조항을 주의적으로 규정한 것일 뿐 특별법적 지위에 있지도 아니한 이상 등록면허세 비과세 대상은 아니라고 판단됩니다(같은 뜻, 춘천지법2016구합51526, 2017.3.31.).
※ 다만, 이러한 과세처분 및 지방법원의 판례는 큰 후폭풍을 불러올 것으로 보입니다.먼저 이러한 채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따라 회생절차를 받는 법인은 법원의 회생절차를 감내하며 회생기회를 부여 받는 것이고 이러한 취지로 회생법원 또한 등기촉탁서를 (비과세)로 보내고 있음에도 지방세법에 과세로 개정되어 있음을 들어 과세하는 것은 회생법원 취지에 정면으로 반하며,
법원과 등기소로부터 촉탁사실을 통지받은 적이 전혀 없다가 제척기간 이내(무신고 7년)에 급작스럽게 과세예고하는 것은 기업들 입장에서는 받아들이기 어려워 신의성실에 대한 문제도 야기될 것으로 보입니다. 따라서 이러한 처분에 대해 전문가들과 상의하여 대응하시는 것이 좋을 것으로 판단됩니다.

최근 유권해석 및 판례

이렇게 최근 이슈가 된 사례까지 살펴 보았는데요. 이제는 유권해석이나 판례에서 등록면허세에 대해 어떻게 해석하고 판결했는지를 보고자 합니다. 등록면허세 묶음 고지에 대한 전자송달 및 자동이체 관련 (지방세특례제도과-2661, 2022.11.22)
등록면허세 부과 시 다수의 과세대상을 일괄 묶음하여 1장의 고지서로 송달하는 경우 전자송달 및 자동이체 신청에 따른 세액공제 기준을 묶음 고지서 1건 또는 과세 대장별 건수로 적용할지 여부

ㆍ일괄 묶음납부서는 10건 이상 부과한 지방세에 대하여 효율적인 납부처리가 가능하도록 개별 납세고지서를 한 장으로 묶어서 발부한 납부서에 불과한 점 등을 고려할 때, 일괄 묶음납부서에 의해 고지된 고지건수 전체를 대상으로 하여 세액을 공제함이 타당한 것으로 판단됨

해설 일괄 묶음납부서는 일괄납부 처리하거나 납부 대기시간을 단축하는 등 납세자의 편의를 증진을 위한 목적으로 시행되었으나 세액공제는 고지건수 전체를 대상으로 하므로 이에 대한 확인을 꼭 하셔야 할 것입니다. 임대사업자 자동말소 후 등록시 등록면허세 (부동산세제과-1439, 2022.05.17.)
임대사업자 자동말소 후 등록시 등록면허세 과세여부

ㆍ자동말소 유형에 해당하는 임대사업자가 말소 당일, 동일한 물건으로 임대사업자를 등록한 경우에 대하여 살펴보면,
임대사업자 면허를 근거 법령에 따라 등록함으로써 「지방세법」 제23조 제2호에서 정한 행정청의 행위가 발생한 점,
면허의 유효기간은 근거법령에서 정해야 하고, 「민간임대주택에 관한 특별법」개정으로 해당 임대사업자의 유효기간이 축소되었으나 동일물건으로 재등록한 경우에 대한 경과조치 등을 규정하지 않은 점,
「지방세법 시행령」 제40조에 따라 면허를 변경받는 자가 일정요건^*에 해당하지 않는 경우 비과세 대상이나, 상기의 상황은 면허의 변경으로 볼 수 없는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 면허분 등록면허세를 신고납부해야 함이 타당하다고 판단됩니다. * 1) 면허 받는자 변경, 2) 면허의 종이 상향, 3) 법 제35조제2항에 따른 갱신
해설 면허분 등록면허세는 유권해석처럼 면허 받는자 변경, 면허의 종이 상향, 법 제35조제2항에 따른 갱신이라면 비과세 대상이라 할 것이나 자동말소 유형에 해당하는 임대사업자가 말소 당일, 동일한 물건으로 임대사업자를 등록한 경우에는 이에 해당하지 않으므로 신고납부 대상으로 파악하셔야 할 것입니다. 선뜻 이해가 가지 않을 수 있으나 열거되지 아니한 사항에 대해서는 확장해석 할 수 없는 점을 고려하여야 할 것입니다. 등록면허세 납세지 해석 (조심2020지1383, 2020.11.02) 등록면허세
①기술거래사 면허업무와 무관한 기관에서 무관한 업무를 수행 할 경우에도 등록면허세 부과대상에 해당되는지 여부 ②사실상 기술거래사 면허업무와 무관한 기관에서 무관한 업무를 수행 할 경우에도 등록면허세 납세지가 그 근무기관의 사무소 소재지 지방자치단체인지 여부

ㆍ2020년 등록면허세 과세기준일(1.1.) 현재 쟁점면허는 유효한 면허였고, 쟁점면허에 대하여 「부가가치세법」에 따른 폐업신고 또는 1년 이상 휴업신고를 하지 않은 점 등에 비추어 볼 때 처분청이 청구인의 쟁점면허와 관련하여 등록면허세 납세의무가 성립되었다고 본 것에는 달리 잘못이 없다고 판단됨
ㆍ청구인이 해당 면허와 무관한 업무를 수행하고 있는 경우에는 해당 면허에 대한 영업장 또는 사무소가 있다고 볼 수 없을 것으로 2020년 등록면허세 과세기준일(1.1.) 현재 면허를 받은 자의 주소지 지방자치단체를 등록면허세 납세지로 보는 것이 타당함

해설 소속기관이 있는 납세자의 경우 그 소속기관의 사무소 소재지가 위치한 지방자치단체가 등록면허세의 납세지가 됩니다. 그러나 위 사례에서 청구인은 2020년도 등록면허세 과세기준일(1.1.) 현재 기술거래사와 무관한 직장에서 무관한 업무를 수행하고 있으므로 이를 「지방세법」제25조 제2항 제2호에 따라 해당 면허에 대한 별도의 영업장 또는 사무소가 없는 면허로 보아, 청구인이 2020년도 등록면허세 과세기준일(1.1.) 현재의 주민등록상 주소지인 세종특별자치시에서 등록면허세를 부과하는 것이 타당하다는 기본적인 해석을 중요시하는 판결을 보여주었습니다. 미준공 건축물의 임의경매 시 소유권이전등기에 대한 등록면허세 (대법원2022두36087, 2022.06.16) 등록면허세
미준공 건축물을 임의경매로 소유권이전등기하는 경우 등록면허세 납부 여부

사용승인서를 받지 못하였고 사실상 사용이 가능하지도 않아 취득세 납세의무가 성립하지 않은 부동산에 관한 등기는 「지방세법」 제23조 제1호 단서의 “취득을 원인으로 이루어지는 등기”에 해당하지 않고, 「지방세법」 제27조 제1항 및 제28조 제1항제1호에 따른 등록면허세 과세대상이 되므로 등록면허세 부과처분은 적법함

해설 등록면허세 개정 시 취득을 수반하는 등록세와 면허세는 취득세에 통합되었고 나머지 순수한 의미의 등록과 면허분이 등록면허세에 통합되었습니다. 이때 취득을 원인으로 이루어지는 등기에 해당하지 않는 부동산에 관한 등기는 명확하게 등록면허세의 과세대상이 되는 것으로, 미준공 건축물을 임의경매로 소유권이전등기하는 경우라 하더라도 유상성이 전제된 거래로서 등록면허세 비과세에 해당하지 않는 이상 유상으로 인한 소유권 이전 등기 세율이 타당하다 한 판결로서 충분히 수긍이 가는 판시라 할 것입니다.

마치면서

이번 포스트에서는 최근 문제시 된 사안을 중심으로 정말 보기 드문 등록면허세의 정체를 파악해 보는 시간을 가졌습니다. 짧은 시간이나마 등록면허세를 살펴보고 쟁점이 된 이슈도 보았는데요. 지방세법에 명시되어 있으나 관련법에서 충돌하는 사안은 어떻게 처리해야 하는지 고민이 될 수 있습니다. 그러나 관련법 이전에 과세하는 직접세목에 대한 해석과 적용이 우선되어야 하기 때문에 이를 먼저 납부 후 불복을 통해야 가산세 등으로부터 안전할 수 있을 것입니다.

점점 따스해지는 3월입니다. 독자분들도 환절기 건강관리 잘 하시길 바라며 이번 포스팅을 마칩니다. 앞으로 실무상 보다 알차고 유익한 내용으로 찾아 뵙겠습니다. 감사합니다.