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내국법인의 발행주식총수 5%, 계열주식 총재산가액의 30%(50%) 초과 보유 공익법인은 매년 성실공익법인¹⁾ 요건 충족여부를 해당 사업연도 종료일부터 4개월 이내 관할 지방국세청에 신고해야 합니다.

1. 주식의 보유

1) 주식의 출연 및 취득

공익법인 등이 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 주식 등이라 한다)을 출연받거나 출연받은 재산으로 내국법인의 의결권 있는 주식 등을 취득하는 데 사용하는 경우, 출연받거나 취득한 주식 등과 이미 보유하고 있는 동일 내국법인의 주식 등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외, 이하 발행주식총수 등이라 한다)의 상속세및증여세법 제16조 제2항 제2호에 따른 비율(5%, 10%, 20%)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 증여세 과세가액에 산입합니다.

공익법인은 내국법인의 의결권 있는 주식 등을 발행주식총수의 5%를 초과하여 보유하지 못하나 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니하고 상속세및증여세법 제48조 제11항의 요건 충족시(이하 성실공익법인 요건이라 한다)에는 발행주식총수의 10%까지 보유할 수 있습니다.

하지만 공익법인이 동일한 내국법인의 주식을 초과하여 보유하는 경우에는 초과부분을 증여세 과세가액에 산입하여 증여세가 과세됩니다.


여기서 내국법인의 주식 20% 보유가 가능한 자선·장학·사회복지를 목적으로 하는 법인이란 직전 3개 사업연도 평균 직접 공익목적사업 지출액의 80% 이상을 자선·장학 또는 사회복지활동에 지출한 법인이나, 사회복지사업법상 사회복지법인을 말합니다.

2) 계열기업의 주식보유

공익법인의 지주회사화 방지를 위한 규정 외에 공익법인 등의 총재산가액 중 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등의 가액이 30%를 초과하는 경우에는 그 초과하는 주식에 대하여 매 사업연도 말 현재 시가의 5%에 상당하는 금액을 가산세로 부과합니다.

하지만 상속세및증여세법 제50조에 제3항에 따른 회계감사, 제50조의 2에 따른 전용계좌 개설·사용 및 제50조의 3에 따른 결산서류 등의 공시를 이행하는 공익법인의 경우에는 한도를 30%가 아닌 50%로 적용할 수 있으며, 성실공익법인 요건을 충족하는 공익법인과 국가·지방자치단체가 설립한 공익법인 등 및 이에 준하는 공익법인의 경우에는 계열기업 주식보유 한도를 위반하는 경우에도 가산세 규정을 적용하지 않습니다.


■ 관련법령
상속세및증여세법 제48조【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】 ① 공익법인 등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인 등이 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 “주식 등”이라 한다)을 출연받은 경우로서 출연받은 주식 등과 다음 각 호의 주식 등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외한다. 이하 이 조에서 “발행주식총수등”이라 한다)의 제16조 제2항 제2호에 따른 비율을 초과하는 경우(제16조 제3항 각 호에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그 초과하는 가액을 증여세 과세가액에 산입한다. 1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등 2. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인 등 외의 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식 등 3. 출연자 및 그의 특수관계인으로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등 ② 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.
- 중 략 -
2. 출연받은 재산(그 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다. 이 호 및 제3항에서 같다) 및 출연받은 재산의 매각대금(매각대금에 의하여 증가한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등에 지출한 금액은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 내국법인의 주식 등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식 등과 다음 각 목의 주식 등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 등의 제16조 제2항 제2호에 따른 비율을 초과하는 경우. 다만, 제16조 제3항 제1호 또는 제3호에 해당하는 경우(이 경우 “출연”은 “취득”으로 본다)와 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 주식 등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 경우는 제외한다. 가. 취득 당시 해당 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등 나. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 해당 공익법인 등 외의 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식 등 다. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등
- 중 략 -
⑨ 공익법인 등(국가나 지방자치단체가 설립한 공익법인 등 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 공익법인 등과 제11항 각 호의 요건을 충족하는 공익법인 등은 제외한다)이 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등을 보유하는 경우로서 그 내국법인의 주식 등의 가액이 해당 공익법인 등의 총 재산가액의 100분의 30(제50조 제3항에 따른 회계감사, 제50조의 2에 따른 전용계좌 개설·사용 및 제50조의 3에 따른 결산서류 등의 공시를 이행하는 공익법인 등에 해당하는 경우에는 100분의 50)을 초과하는 경우에는 제78조 제7항에 따른 가산세를 부과한다. 이 경우 그 초과하는 내국법인의 주식 등의 가액 산정에 관하여는 대통령령으로 정한다.

2. 성실공익법인

1) 2020.12.31. 이전 개시한 사업연도

2020.12.31. 이전 개시한 사업연도 분에 대해서는 종전 규정에 따라 성실공익법인은 다음의 요건을 모두 갖추어 주무관청을 통해 관할 지방국세청장의 확인을 받아야 하고, 이후 5년마다 재확인 받아야 합니다. ① 운용소득의 80% 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것 ② 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인 등의 총출연재산가액의 1%에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그의 특수관계인이 공익법인 등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니할 것. 다만, 제38조 제12항에 따른 사유로 출연자 또는 그의 특수관계인이 이사 현원의 5분의 1을 초과하여 이사가 된 경우로서 해당 사유가 발생한 날부터 2개월 이내에 이사를 보충하거나 개임하여 출연자 또는 그의 특수관계인인 이사가 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 아니하게 된 경우에는 계속하여 본문의 요건을 충족한 것으로 본다. ③ 상속세및증여세법 제50조 제3항에 따른 외부감사 ④ 상속세및증여세법 제50조의 2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용 ⑤ 상속세및증여세법 제50조의 3에 따른 결산서류 등의 공시 ⑥ 상속세및증여세법 제51조에 따른 장부의 작성·비치 ⑦ 상속세및증여세법 제48조 제3항에 따른 자기내부거래를 하지 아니할 것 ⑧ 상속세및증여세법 제48조 제10항 전단에 따른 광고·홍보를 하지 아니할 것

2) 2021.1.1. 이후 개시한 사업연도

내국법인의 발행주식총수 5%, 계열주식 총재산가액의 30%(50%) 초과 보유 공익법인은 다음 어느 하나에 해당하는 요건(성실공익법인 요건)을 충족하지 아니하게 된 경우에는 주식초과 보유분에 대하여 상속세 및 증여세 또는 가산세가 부과됩니다.
① 운용소득의 80% 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것 ② 출연재산가액의 1% 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것(2022.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용) ③ 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인 등의 총출연재산가액의 1%에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액을 출연한 자는 제외한다) 또는 그의 특수관계인이 공익법인 등의 이사 현원(이사 현원이 5명에 미달하는 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 아니할 것. 다만, 제38조 제12항에 따른 사유로 출연자 또는 그의 특수관계인이 이사 현원의 5분의 1을 초과하여 이사가 된 경우로서 해당 사유가 발생한 날부터 2개월 이내에 이사를 보충하거나 개임하여 출연자 또는 그의 특수관계인인 이사가 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 아니하게 된 경우에는 계속하여 본문의 요건을 충족한 것으로 본다. ④ 상속세및증여세법 제48조 제3항에 따른 자기내부거래를 하지 아니할 것 ⑤ 상속세및증여세법 제48조 제10항 전단에 따른 광고·홍보를 하지 아니할 것
법률 개정으로 성실공익법인 요건에 외부감사, 전용계좌의 개설 및 사용, 결산서류 등의 공시, 장부의 작성·비치가 제외 되었지만 공익법인 등이 해당 의무를 불이행하는 경우 가산세가 부과되므로 반드시 이행하여야 합니다. 또한 성실공익법인 요건 중 출연재산가액의 1% 이상을 직접 공익목적사업에 사용하여야 하는 부분은 2022.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용하지만, 이와 별도로 내국법인의 의결권 있는 주식 등을 그 내국법인 발행주식총수 등의 5% 초과 10% 이하 보유하고 있는 공익법인은 매년 출연재산가액의 1%, 주식 10% 초과하여 보유하고 있는 공익법인은 매년 출연재산가액의 3%를 직접 공익목적에 사용하여야 하며, 미달하게 사용한 경우 미사용액의 10%를 가산세로 부과하므로 주의가 필요합니다.

성실공익법인은 매년 해당 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 신고서 및 관련 서류를 관할 지방국세청에 신고해야 합니다. 신고대상 공익법인이 이를 신고하지 아니한 경우에는 신고해야 할 과세기간 또는 사업연도 종료일 현재 그 공익법인 등의 자산총액의 0.5%에 상당하는 금액을 가산세로 부과합니다. 다만, 1억원(중소기업인 경우 5천만원)한도로 적용하며, 고의적으로 위반한 경우에는 한도가 없습니다.

3) 신고서 및 관련 서류

① 별지 제22호 서식에 따른 공익법인 등 의무이행 신고서 ② 해당 공익법인등의 설립허가서 및 정관 ③ 별지 제25호의 4 서식에 따른 운용소득 사용명세서 ④ 별지 제26호의 2 서식에 따른 이사등 선임명세서 ⑤ 별지 제26호의 3 서식에 따른 특정기업광고 등 명세서 ⑥ 별지 제31호 서식 부표 4에 따른 출연받은 재산의 공익목적사용 현황 ⑦ 별지 제32호 서식 부표 2에 따른 출연자 등 특수관계인 사용수익명세서
■ 관련법령
1) 상속세및증여세법 제48조【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】
- 중 략 -
⑪ 공익법인 등이 내국법인의 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하여 주식 등을 출연(출연받은 재산 및 출연받은 재산의 매각대금으로 주식등을 취득하는 경우를 포함한다)받은 후 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하지 아니하게 된 경우에는 제16조 제2항 또는 제48조 제1항에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입하거나 같은 조 제2항에 따라 즉시 증여세를 부과한다. 1. 제2항 제3호에 따른 운용소득에 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 계산한 금액 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것 2. 제2항 제7호에 따른 출연재산가액에 대통령령으로 정하는 비율을 곱하여 계산한 금액 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것 3. 그밖에 공익법인 등의 이사의 구성 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족할 것 ⑫ 제16조 제3항 각 호의 어느 하나 또는 제48조 제2항 제2호 단서에 해당하는 공익법인 등이 제49조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 공익법인 등에 해당하지 아니하게 되거나 해당 출연자와 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등을 해당 법인의 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하여 보유하게 된 경우에는 제16조 제2항 또는 제48조 제1항에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입하거나 같은 조 제2항에 따라 즉시 증여세를 부과한다. ⑬ 제16조 제2항에 따라 내국법인의 발행주식총수 등의 100분의 5를 초과하여 주식 등을 출연받은 자 등 대통령령으로 정하는 공익법인 등은 과세기간 또는 사업연도의 의무이행 여부 등에 관한 사항을 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 지방국세청장에게 신고하여야 한다.

2) 상속세및증여세법시행령 제41조의 2【공익법인등의 주식보유 요건 및 의무이행 신고】
① 법 제48조 제11항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비율”이란 100분의 80을 말한다. ② 법 제48조 제11항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 비율”이란 100분의 1을 말한다. ③ 법 제48조 제11항 제3호에서 “공익법인 등의 이사의 구성 등 대통령령으로 정하는 요건”이란 다음 각 호의 요건을 말한다. 1. 출연자(재산출연일 현재 해당 공익법인 등의 총 출연재산가액의 100분의 1에 상당하는 금액과 2천만원 중 적은 금액 이하를 출연한 자는 제외한다) 또는 그의 특수관계인이 공익법인 등의 이사 현원(이사 현원이 5명 미만인 경우에는 5명으로 본다)의 5분의 1을 초과하지 않을 것. 다만, 제38조 제12항 각 호에 따른 사유로 출연자 또는 그의 특수관계인이 이사 현원의 5분의 1을 초과하여 이사가 된 경우로서 해당 사유가 발생한 날부터 2개월 이내에 이사를 보충하거나 교체 임명하여 출연자 또는 그의 특수관계인인 이사가 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 않게 된 경우에는 계속하여 본문의 요건을 충족한 것으로 본다. 2. 법 제48조 제3항에 해당하지 않을 것 3. 법 제48조 제10항 전단에 따른 광고·홍보를 하지 않을 것
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⑦ 법 제48조 제13항에 따라 의무이행 여부 등에 관한 사항을 신고하려는 공익법인 등은 해당 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 신고서 및 관련 서류를 납세지 관할 지방국세청장에게 제출해야 한다. ⑧ 납세지 관할 지방국세청장은 제7항에 따른 신고내용을 확인하여 법 제48조 제11항 각 호의 요건 충족 여부를 국세청장에게 보고해야 하고, 국세청장은 그 결과를 해당 공익법인 등과 주무관청에 통보해야 한다.