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2020년 6.17부동산 대책 이후로 법인 소유 주택에 대한 중요한 변화가 있었다. 개인의 다주택자 중과세와 보조를 맞춰 임대주택에 대한 혜택을 축소하는 방향으로 개정이 되었다. 법인이 주택의 종합부동산세와 주택을 양도할 때 추가로 납부하는 토지등 양도소득에 대한 법인세의 전체적인 흐름과 개정사항, 임대등록일에 따라 혜택이 달라지는 사항을 알아보기로 한다.

■ 법인 보유 주택의 종합부동산세

1. 법인에 대한 종부세 과세강화¹⁾

2020년 6.17부동산대책에 따라 법인이 보유한 주택에 대한 과세를 강화하는 개정이 이루어졌다.
법인이 보유한 주택에 대한 종합부동산세율은 2주택이하인 경우 3%이며 조정대상지역의 2주택인 경우는 6%이다. 3주택이상이면 조정대상지역여부와 관계없이 6%의 종부세율이 적용된다.
※ 법인 주택의 종합부동산세율

① 2주택 이하 : 3.0%(조정대상지역 2주택 제외)
② 3주택 이상 및 조정대상지역 2주택 : 6.0% 다음 법인의 경우에는 위의 세율보다 낮은 종전 일반 누진세율을 적용한다.
1) 공공주택특별법에서 정하는 공공주택사업자
2) 주택법, 도시정비법 등에서 정하는 재건축ž재개발사업시행자 및 주택조합
3) 상속증여세법에서 정하는 공익법인
4) 민간임대주택법상 건설임대주택사업자 그리고 단일 최고세율이 적용되는 법인은 세 부담 상한을 적용하지 아니하고, 과세표준 산정시 기본공제 6억 원도 폐지 되었다.

2. 법인의 장기매입임대주택의 종부세 합산배제

2020년 6월 17일 이전에 임대등록한 장기매입임대주택의 경우 종합부동산세 합산배제 대상에 해당된다. 2020년 6월 18일 이후에 임대등록신청한 장기일반민간임대주택은 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020년 6월 17일을 말한다)이 지난 후에 사업자등록등을 신청(임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함한다.)한 조정대상지역에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택은 종합부동산세 합산배제 대상에서 제외된다. 아파트의 경우 2020년 7월 11일 이후부터는 원천적으로 임대등록이 불가하다.

이에 대한 내용을 표로 요약하면 다음과 같다.

[표] 법인의 장기매입임대주택의 종부세 합산배제 요약( 종합부동산세법시행령 제3조 ① 8호 나목)

■ 토지등 양도소득에 대한 법인세

법인의 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세대상은 주택, 별장, 조합원입주권⁴⁾·분양권⁵⁾, 비사업용토지이다. 토지등 양도소득에 대한 법인세 세율은 비사업용토지는 10%이고, 주택, 별장, 조합원입주권 및 분양권은 20%이다. 미등기 토지등의 양도는 40%의 추가세율이 적용된다.( 법인세법 제55조의2 제1항)
[표] 토지등 양도소득에 대한 법인세 추가세율

1. 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세제외( 법인세법시행령 제92조의2 제2항)

법인이 소유한 주택을 민간임대주택에관한 특별법에 따라 임대등록을 하고 세법상 임대사업자등록을 한후 기타 요건을 갖춘다면 토지등 양도소득에 대한 법인세에 대해 과세제외하는 혜택이 있다. 하지만 2020년 6월 18일 이후 임대등록 신청한 주택은 소재지 불문하고 토지등 양도소득에 대한 법인세 과세제외 적용이 불가하다.
단, 건설임대주택은 장기임대주택으로 등록하는 경우 지금도 여전히 추가과세에서 제외된다.
다음은 토지등 양도소득에 대한 법인세제외 대상이 될 수 있는 임대주택에 해당되는지 여부에 대해 세법개정 연혁별로 분석해 보았다. 물론 추가과세에서 제외 대상이 되더라도 기타요건(5년이상 의무임대 등)을 모두 충족해야 된다. 여기서는 과세제외 대상이 될 수 있는지 여부만 설명하기로 한다.

1) 2018년 3월 31일 이전에 임대등록한 주택
2018년 3월 31일 이전에 임대등록한 주택은 단기, 장기, 매입, 건설 주택 모두 추가과세 제외 대상이 된다. 다른 요건을 충족한후 양도한다면 토지등 양도소득에 대한 법인세 추가과세에서 제외되는 혜택이 있다.
2) 2018.4.1. 이후~2020.6.17. 이전까지 임대등록 신청한 주택
2018.4.1. 이후 부터 2020.6.17. 이전까지 임대등록 신청한 단기임대주택은 매입단기임대주택과 건설단기임대주택 모두 추가과세에서 제외되는 혜택이 없다. 반면에 장기임대주택은 매입임대와 건설임대 모두 다른 요건이 충족된다면 해당 주택 양도 시 추가과세에서 제외되는 혜택이 있다.
3) 2020.6.18. 이후 임대등록 신청한 주택
이 시기에 임대등록신청한 주택은 단기(매입,건설)임대주택은 물론 장기매입임대주택도 법인세 추가과세에서 제외되는 혜택이 없다. 반면 장기일반민간건설임대주택은 추후 양도 시 추가과세에서 제외되는 혜택이 있다.
위의 내용을 표로 정리하면 다음과 같다.

[표] 토지등 양도소득에 대한 법인세 추가과세 제외 여부(민간임대주택에 한정하여)
(추가과세 제외 대상에 해당됨 : Ο, 추가과제 제외 안됨 : Χ)

2. 장기임대주택에 대한 의무임대기간 연장

2020년 8월 18일 이후 임대등록 분부터 의무임대기간이 8년에서 10년으로 연장되었다.

3. 임대등록 말소시 예외

임대등록 자동말소 : 임대의무기간이 종료한 날 세법에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다. 여기서 주의할 점은 임대기간요건외의 다른 요건은 갖추어야 추가과세 배제가 가능하다는 것이다.

임대등록 자진말소 : 민특법상 의무임대기간 1/2이상을 임대한후 자진말소한 경우로서 자진말소후 1년 내 양도하는 경우 법인세 추가세율 적용을 배제 할 수 있다.