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일반적으로 의료관련비용이란 건강상의 치료, 수술 등 병을 고치는 관련 비용을 의미하고, 의료ㆍ보건업을 영위하지 않는 기업에서 의료관련비용은 대부분 임직원등을 위한 것으로 복리후생비에 속하는 경우가 많습니다.

세무 상 의료관련비용은 사업과 직접 관련 없는 비용으로 손금불산입 대상이나, 임직원 등 복리후생목적의 의료관련비용은 사회통념상 인정되는 경우에 손금으로 인정하고 있습니다. 대표적으로 임직원의 건강검진비용을 들 수 있습니다. 기업의 재경실무자는 의료관련비용에 관한 회계와 세무업무를 수행 할 때에 다음 사항들을 염두에 두어야 합니다. 첫째, 회계처리를 할 때 급여, 복리후생비의 구분문제
둘째, 세무 상 손금인정 여부
셋째, 원천징수 여부와 방법에 대해 숙지하고 있어야 합니다.
<그림 1> 의료관련비용을 둘러싼 세무회계 이슈 위 <그림1>에서 보는 것처럼 의료관련비용은 회계 상 급여, 복리후생비 계정과 관련이 있고, 세무 상으로는 사업관련 비용, 손금(필요경비)산입 여부, 및 원천징수 등 여러 이슈가 있습니다. 그럼 이제부터 하나씩 살펴보도록 하겠습니다.

의료관련비용 회계판단 기준은 근로계약서

기업이 임직원을 위해 의료관련비용을 지출하는 경우 일반적으로 급여등 또는 복리후생비로 회계처리를 합니다.
그 구분은 근로계약서 등 근로대가의 일부로 의료관련비용이 포함되어 있는 경우에는 급여등 으로 회계처리하고, 근로계약과 관계없이 기업이 복지차원에서 임직원을 위해 의료기관에 직접 의료관련비용을 지출하는 경우에는 복리후생비로 회계처리를 하는 것이 일반적입니다.

<임직원을 위한 의료관련비용 지출 시 회계처리>

의료비는 사회통념상 인정되는 범위에서 손금으로 처리

회계 상 의료관련비용으로 회계처리를 한 경우에도 세무 상으로는 임직원을 위해 사회통념상 타당하다고 인정되는 범위 내에서만 손금으로 인정이 됩니다. 따라서 의료관련비용이 지출되는 경우 손금 여부를 확인해야 합니다.

일반적으로 의료비 관련 손금여부와 세무조정은 아래와 같이 구분 됩니다.


위 손금산입 여부와는 별도로 임직원을 위해 지출한 의료관련비용은 임직원의 급여등에 포함하여 근로소득 원천징수를 해야 하는지 문제가 따라옵니다.

이에 대해 아래예규에 따라 건강검진관련 법률 등에 따라 모든 임직원에 대하여 건강검진을 실시하는데 따른 비용은 법인의 손금으로 임직원의 근로소득에 해당하지 않아 근로소득 원천징수 문제가 발생하지 않으나, 만약 임직원 직위에 따라 기업에서 추가 검진비용을 지출하는 경우에는 근로소득으로 보아 원천징수하는 것이 바람직해 보입니다. (서면인터넷방문상담2팀-921, 2005.06.27.) (질의 3)
법인이 건강검진법에 의해 매년마다 임직원을 대상으로 건강검진을 실시하고 있는 바, 검진의 내용이 사원과 임원이 다르며 가격도 다름. 즉 직원은 기본검진만하고, 임원은 종합검진을 할 경우 비용차액을 임원의 소득으로 보아야 하는지.
(회신)
(질의 3)과 관련하여, 건강검진관련 법률 등에 따라 모든 임직원에 대하여 건강검진을 실시하는데 따른 비용은 법인의 손금으로 임직원의 근로소득에 해당하지 않는 것이나,
직원은 기본검진을, 임원은 종합검진을 하는 등 임직원에 대하여 검진내용에 차별을 두고 실시함에 따라 발생하는 비용 차액이 임원의 근로소득에 해당하는지 여부는 관련 법률규정 등의 검진범위, 검진내용 및 비용의 차액 등 건전한 사회통념 등을 감안하여 사실 판단하여야 하는 것임. 기업이 임직원을 위해 지출한 의료관련비용 지출증빙은 직접 의료기관에 대금을 지급하는 경우에는 계산서, 신용카드영수증 및 거래명세서 그리고 임직원에게 수당으로 지급하고 임직원이 의료기관에 대금을 지급하는 경우에는 근로소득원천징수영수증 및 임직원명의 신용카드영수증 및 영수증 등의 증빙을 갖추어야 합니다. 참고로 사내근로복지기금법에 의한 사내근로복지기금이 사내 근로자인 종업원에게 노동부장관으로부터 인가된 동 기금의 용도사업 수행으로 인해 지급하는 건강검진비 등은 당해 종업원의 근로소득으로 보지 않고 있습니다.

근로소득에 포함된 의료관련비용은 세액공제 가능

현재 기업이 임직원을 위해 부담한 의료관련비용에 대해 임직원 연말정산 시 의료비(세액)공제 대상에 해당하는지에 대한 해석이 없어 불분명한 상태입니다.
다만, 아래 보험료에 관한 해석으로 미루어 볼 때, 임직원 근로소득에 포함된 의료관련비용은 의료비(세액)공제 가능 할 수 있을 것으로 판단됩니다.

소득세법 집행기준 59의 4-118의 4-1 보장성보험료 등의 세액공제여부 ① 공제대상 보장성보험료를 사용자가 지급해 주는 경우 동 보험료 상당액은 그 근로자의 급여액에 가산한 보험료를 세액공제 한다.