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비영리법인은 목적사업을 운영하기 위한 재원을 마련하기 위하여 비영리법인의 본질에 반하지 아니하는 범위 내에서 수익사업을 영위할 수 있으며, 비영리법인도 이러한 수익사업에서 발생한 소득금액에 대해 법인세를 납부해야 합니다.

이렇게 비영리법인이 수익사업을 운영하여 소득이 발생하는 경우 고유목적사업준비금을 통해 법인세 부담을 절감할 수 있습니다. 이번 포스트에서는 고유목적사업준비금에 대해 알아보도록 하겠습니다.

1. 고유목적사업준비금이란?

비영리법인이 수익사업에서 발생한 소득금액에 대해 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 일정금액을 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에 한도 내에서 법인의 경비로 인정해 주고 있습니다.

비영리법인의 경우 목적사업에 사용하기 위하여 수익사업을 영위하는 것이기 때문에 수익사업에서 발생한 소득금액 전체에 대해 법인세를 부과하는 것이 아니라 발생한 소득금액의 일정 부분을 고유목적사업준비금으로 적립하는 것을 인정해 주고 있어 법인세가 줄어드는 효과가 있습니다.

2. 고유목적사업분비금 설정대상 법인

이러한 고유목적사업준비금은 법인세법에 의한 것으로 법인세법상 비영리내국법인에게만 적용됩니다. 따라서 등기된 비영리법인과 의제법인인 비영리법인 중 대통령령으로 정하는 단체의 경우에만 적용 가능하며, 개인이 비영리사업을 하거나 비영리외국법인의 경우에는 고유목적사업준비금의 적립은 인정되지 않습니다.

1) 등기된 비영리법인

비영리법인 중 법인격 있는 비영리법인은 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입할 수 있습니다. 하지만 비영리내국법인이 이자소득에 대해 원천징수방법을 택한 경우에는 당해 이자소득에 대해서 이를 지급받을 때에 원천징수하는 것으로 납세의무가 종결되므로 당해 이자소득에 대해서는 고유목적사업준비금을 설정할 수 없습니다.

2) 국세기본법 제13조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체 중 다음의 법인

법인으로 보는 단체 중 법인세법시행령 제39조 제1항 제1호에 해당하는 지정기부금 단체 및 법령에 의하여 설치된 기금, 공동주택관리법 제2조 제1항 제1호 가목에 따른 공동주택의 입주자대표회의·임차인대표회의 또는 이와 유사한 관리기구에 한합니다.

3. 고유목적사업준비금 설정대상 제외법인

1) 수익사업소득에 대하여 감면 등을 받은 경우

비영리내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법인세법 또는 조세특례제한법에 따라 다음과 같이 감면 등을 적용받는 경우에는 고유목적사업준비금을 설정할 수 없습니다. 다만, 감면 등의 적용을 하지 않고 고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정 신고한 경우를 제외합니다.

① 비과세·면제를 받는 경우
② 준비금의 손금산입규정을 적용받는 경우
③ 소득공제규정을 적용받는 경우
④ 세액감면(세액공제를 제외)규정을 적용받는 경우

2) 이자소득에 대하여 원천징수방법을 택한 경우

비영리내국법인은 당해 사업연도에서 발생한 이자소득(비영업대금의 이익을 제외하고 투자신탁의 이익을 포함) 전액 또는 일부에 대하여 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있습니다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 않습니다.

이처럼 이자소득만 있는 비영리내국법인은 법인세 신고·납부방법과 원천징수된 것으로서 납세의무가 종결된 것으로 하는 원천징수방법 중 법인의 선택에 의하여 적용할 수 있도록 하고 있습니다. 따라서 법인이 이자소득에 대하여 원천징수방법을 선택한 경우의 당해 이자소득은 별도로 법인세의 신고·납부의무가 없으므로 고유목적사업준비금의 설정대상에서 제외해야 합니다.

법인세법에서는 이자소득에 대해 고유목적사업준비금 전액을 손금에 산입할 수 있도록 규정하고 있지만 원천징수방법을 선택할 경우 고유목적사업준비금의 설정대상에서 제외되어 이자소득을 지급받을 때 원천징수된 법인세를 공제받을 수 없습니다. 또한 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고, 기한 후 신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함 시킬 수 없으므로 이자소득에 대해 원천징수된 법인세가 있는 경우에는 고유목적사업준비금을 적립하는 법인세 신고·납부 방법의 선택을 고려해야 합니다.

예를 들어 연간 이자소득이 천만원이 발생하는 경우 해당 이자소득에는 14%인 140만원의 법인세와 그의 10%인 14만원의 주민세를 원천징수하고 금융기관에서는 실제 846만원을 지급하게 됩니다. 이 경우 고유목적사업준비금을 설정한다면 이자소득의 100%인 천만원을 고유목적사업준비금으로 설정하여 실질 소득이 0원이 되어 납부할 세액이 없습니다. 그러므로 법인세 신고를 통해 원천징수된 154만원을 환급받을 수 있습니다. 그러나 원천징수방법을 선택하여 법인세 신고를 하지 않는 경우에는 원천징수된 세금을 환급받을 수 없으므로 주의가 필요합니다. 만약 법인세 신고를 안한 경우에는 추후에 기한후 신고 또는 경정신고를 통해서도 환급을 받을 수 없습니다.

3) 조합법인 등이 당기순이익과세방법을 택한 경우 및 청산중에 있는 비영리내국법인

조세특례제한법 제72조 제1항의 규정에 의한 조합법인 등은 각 사업연도의 소득에 대하여 당해 법인의 결산재무제표상의 당기순이익에 9%(또는 12%)의 세율을 적용하여 과세하는 당기순이익과세방법을 선택할 수 있습니다. 이처럼 조합법인 등이 수익사업부문의 소득에 대하여 당기순이익과세방법을 선택한 경우와 청산중에 있는 비영리내국법인은 고유목적사업준비금을 설정할 수 없습니다.

4) 도시 및 주거환경정비법 제18조에 따라 설립된 조합

도시 및 주거환경정비법 제35조에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함)에 대해서는 법인세법 제2조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 법인세법을 적용하지만 고유목적사업준비금을 설정할 수는 없습니다.

4. 고유목적사업준비금 한도계산

비영리내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음에 따른 금액의 합계액의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입합니다.

① 소득세법 제16조 제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액 ② 소득세법 제17조 제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 상속세 및 증여세법 제16조 또는 같은 법 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외한다. ③ 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 ④ ①부터 ③에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 50%(공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 50% 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 80%)를 곱하여 산출한 금액
비영리법인이 손금에 산입할 수 있는 고유목적사업준비금은 법인의 종류에 따라 그 한도액을 달리하고 있습니다.

5. 고유목적사업준비금의 세무·회계처리

1) 고유목적사업준비금의 전입

고유목적사업준비금은 원칙적으로 결산서에 비용으로 계상한 경우에 한하여 손금에 산입되는 것입니다. 하지만 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제3조의 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액 상당액이 해당 사업연도의 이익처분에 있어서 그 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우에는 그 금액을 손금에 산입할 수 있습니다. 그러므로 회계감사를 받는 경우 신고조정을 허용하고 있습니다.


이러한 고유목적사업준비금은 결산상 손금에 계상한 경우에 손금 산입하는 것으로 결산 시 동 준비금을 한도액에 미달하게 계상한 경우에는 그 후 경정청구에 의해서 과소계상한 준비금상당액을 손금에 산입할 수 없습니다.

2) 고유목적사업준비금의 사용

비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 그 후의 사업연도에 당해 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용하여야 하며, 이렇게 사용한 금액은 먼저 계상한 고유목적사업준비금을 먼저 사용한 것으로 보고, 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 해당 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 해당 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 봅니다. 따라서 이 금액은 해당 사업연도의 고유목적사업준비금 한도 내에서 손금으로 인정됩니다.

가) 고유목적사업

고유목적사업이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 법인세법 시행령 제3조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말하며, 고유목적사업준비금의 사용에 해당하는 경우는 다음과 같습니다.

① 비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(자본적 지출 포함) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액 ② 특별법에 의하여 설립된 법인(해당 법인에 설치되어 운영되는 기금 중 국세기본법 제13조에 따라 법인으로 보는 단체를 포함)으로서 건강보험·연금관리·공제사업 및 제3조 제1항 제8호에 따른 사업을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액 ③ 의료법인이 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액과 의료 해외진출을 위하여 기획재정부령으로 정하는 용도로 지출하는 금액 및 기획재정부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액 ④ 농업협동조합법에 의한 농업협동조합중앙회가 법 제29조 제2항에 따라 계상한 고유목적사업준비금을 회원에게 무상으로 대여하는 금액 ⑤ 농업협동조합중앙회 등이 상호금융예금자보호기금 등에 출연하는 금액 ⑥ 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제166조에 따라 설립된 제주국제자유도시개발센터가 같은 법 제170조 제1항 제1호, 같은 항 제2호 라목·마목(관련 토지의 취득·비축을 포함) 및 같은 항 제3호의 업무에 지출하는 금액

나) 지정기부금의 지출

지정기부금이라 함은 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선·학술 등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금을 말합니다.

다) 고유목적사업 지출로 보지 아니하는 과다인건비

다음의 법인이 임원·종업원에게 지급하는 총급여액 중 8천만원을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 고유목적사업 지출로 보지 않습니다.

① 법인세법 제29조 제1항 제2호에 따라 수익사업 소득의 50%를 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인 ② 조세특례제한법 제74조 제1항 제2호 및 제8호에 따라 수익사업 소득의 50%를 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입하는 비영리내국법인
다만, 해당 법인이 해당 사업연도의 법인세 과세표준을 신고하기 전에 해당 임원 및 종업원의 인건비 지급규정에 대하여 주무관청으로부터 승인받은 경우에는 과다인건비 규정을 적용하지 않습니다.

3) 고유목적사업준비금의 환입

가) 익금산입

손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입합니다.

① 해산한 경우(고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다) ② 고유목적사업을 전부 폐지한 경우 ③ 법인으로 보는 단체가 국세기본법 제13조 제3항에 따라 승인 취소되거나 거주자로 변경된 경우 ④ 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다) ⑤ 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 고유목적사업준비금의 잔액 중 일부를 환입하여 익금으로 계상한 경우(익금으로 계상한 잔액으로 한정하며, 여러 사업연도에 손금으로 계상한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 경우에는 먼저 계상한 사업연도의 잔액부터 차례로 환입하여 익금으로 계상한 것으로 본다)

나) 이자상당액

고유목적사업준비금을 5년이 되는 날까지 사용하고 남은 잔액과 5년이 경과되기 전에 익금에 산입하는 경우(위 ④, ⑤)에는 당해 고유목적사업준비금 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생하는 법인세 차액에 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대해여 1일 10만분의 25에 해당하는 율을 적용한 이자상당액을 당해 사업연도의 법인세에 가산하여 납부해야 합니다.