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고용지원 조세특례의 최저한세 적용

조세특례제한법에서는 다양한 유형의 조세특례를 지원하고 있습니다. 중소기업에 대한 조세지원, 연구인력개발활동․투자활동에 대한 조세지원, 고용 창출, 지방 이전 등에 대한 조세지원 등을 규정하고 있습니다.
일견 다양한 조세지원이 있는 것처럼 보이지만 막상 적용하려다 보면 수도권과밀억제권역의 투자에 대해서는 투자세액공제를 배제하고, 일정한 세액공제와 세액감면에 대해서는 중복지원을 배제하는 등의 제한이 많습니다. 이러한 배제 등을 합하여 조세특례제한이라고 부릅니다.
특히 중소기업특별세액감면을 적용 받는 경우에는 세액공제 중 상당수와 중복지원을 할 수 없도록 규정하고 있어서 중소기업에게는 많은 제약이 되고 있습니다. 다만 고용지원 조세특례는 세액공제와 세액감면의 중복지원 배제 대상 특례에서 제외하므로, 다수의 고용지원 조세특례를 동시에 적용할 수 있는 기회를 가질 수 있습니다. 고용지원 조세특례 등 중복지원의 배제에 해당하지 않는 조세특례 다수를 동시에 감면 받더라도 최후의 제한이 기다리고 있습니다. 바로 최저한세입니다.
최저한세(minimum tax)란 납세자가 감면 등을 적용 받은 후의 세액이 일정 수준에 미치지 못하는 경우 그 미달하는 세액에 대해서 감면 등을 적용하지 않는 제한 규정입니다. 예를 들면 중소기업은 각종 감면 전 과세표준에 7%의 세율을 곱한 금액을 최저한세액으로 하여 동 금액 이상을 납부하여야 합니다.
그러나 최저한세에 해당하는 경우에도 중소기업의 연구인력개발비 세액공제는 최저한세의 대상이 아니므로 최저한세액에서 R&D 세액공제액을 차감할 수 있습니다. 따라서 실제 공제감면 후의 부담세액인 결정세액이 0원이 되는 경우도 흔히 볼 수 있습니다.
실제 부담세액이 0원이 되더라도 여러 세액공제와 감면을 동시에 적용하려면 일정한 순서가 있습니다. 세법에서 정해 놓은 적용 방법도 있고, 최적의 절세 효과를 누리기 위하여 따라야 하는 순서도 있습니다.
이번 칼럼에서는 세법상 규정된 공제감면의 적용 순서와 절세를 위한 최적의 적용 순서를 살펴보겠습니다. 그리고 그 순서에 관련된 원칙을 다수의 고용지원 조세특례 사례에 적용해 보도록 하겠습니다.

최저한세 대상 감면 우선 적용의 원칙

세법상 규정된 공제감면의 적용 순서에서 가장 먼저 고려해야 할 사항은 최저한세 대상 감면 우선 적용의 원칙입니다. 최저한세 대상으로 열거된 감면 등과 그밖에 최저한세 대상으로 열거되지 아니한 감면 등이 동시에 적용되는 경우, 그 적용 순위는 최저한세 대상으로 열거된 감면 등을 먼저 적용하여 감면합니다(조특법 §132 ③).
예를 들어 중소기업의 일반 연구인력개발비 세액공제는 최저한세 적용 대상이 아니고, 고용증대기업 세액공제는 최저한세 적용 대상이므로 고용증대기업 세액공제를 먼저 적용하여야 합니다.
만약 중소기업의 일반 연구인력개발비 세액공제가 전년도에 발생하고 고용증대기업 세액공제가 당해 연도에 발생하더라도 고용증대기업 세액공제를 우선 적용합니다.
이러한 적용 방법은 다음 단락에서 보게 될 세액공제의 이월공제에 대한 일반 원칙과는 다른 결론임에 주의하여야 합니다. 당해 연도 세액공제 금액과 이월된 미공제 금액이 중복되는 경우에 이월된 미공제 금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제 금액 간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 차례대로 공제하는 것이 일반 원칙입니다(조특법 §144 ②).
그러나 동 적용 순서에 관한 규정은 동일 종류의 세액공제가 중복되는 경우에 적용하는 것이고 서로 다른 종류의 세액공제가 중복되는 경우에 적용되는 것이 아님에 유의하여야 합니다. 따라서 위에서 제시한 예에서는 세액공제의 이월공제에 대한 일반 원칙이 적용되지 아니하고 최저한세 대상 감면 우선 적용의 원칙에 따라 고용증대기업 세액공제를 우선 적용하여야 합니다.

법인세법상 공제 감면 적용 순서

조세특례제한법에 따라 최저한세 대상 감면을 우선적으로 추려 내었다면 그 공제 감면을 대상으로 법인세법상 공제 감면 적용 순서를 적용하여야 합니다.
법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우에 그 적용 순위는 별도의 규정이 있는 경우 외에는 다음을 순서로 합니다(법인세법 §59 ①).
① 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면(면제 포함)
② 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제 ③ 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 해당 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제함 ④ 사실과 다른 회계처리로 인한 경정에 따른 세액공제(법법 §58의 3). 이 경우 해당 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있을 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제합니다. 세액감면이나 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제를 당해 사업연도에 적용하지 않는다면 이월되지 않고 소멸되므로, 납세자게 유리하도록 소멸되는 공제․감면을 먼저 적용하기 위함입니다.

이외 기업 선택의 자유

최저한세 적용으로 감면 등이 배제되는 경우에는 위의 2가지 세법상 규정된 원칙을 제외하고는 기업이 임의로 감면 배제 항목을 선택할 수 있습니다.
기업의 선택 시에는 차년도 이후의 소득금액을 예상하여 직접감면과 간접감면, 세액공제의 이월여부 등을 판단기준으로 함이 바람직합니다. 특히 발생 연도가 동일한 공제․감면의 경우에는 농어촌특별세가 비과세되는 것을 당해 연도에 감면하는 것이 그 비과세되는 금액만큼 절세효과가 발생합니다.
농어촌특별세의 절세 효과 다음으로 고려해야 할 사항은 사후관리규정입니다. 상당수의 조세특례에서는 1년 또는 2년 이상의 기간 동안 당초 감면 요건을 준수하였는지를 관리하는 사후관리 규정이 있습니다.
사후관리 규정을 위반하면 당초 감면되었던 세액뿐만 아니라 연 9.125%의 이자상당가산액을 추가로 납부하는 페널티가 부과되는 경우가 다수 있으므로 사후관리 규정이 없는 감면을 우선 적용하는 것이 바람직합니다.

여러 개의 공제감면이 있는 경우 적용순서

다수의 공제감면을 동시에 적용해야 할 경우 고려해야 할 순서를 종합해 보면 다음과 같습니다.
① 중복지원의 배제
② 최저한세 대상 여부
③ 법인세법상 공제․감면 순서
④ 농어촌특별세 과세 대상 여부
⑤ 사후관리 규정 적용 여부

고용지원 조세특례의 최저한세 사례 연구

▣ 자 료

㈜선관은 제조업을 영위하는 중소기업으로 세무조정을 위한 기초 자료는 다음과 같습니다. 기부금한도초과액, 이월결손금, 비과세소득 및 소득공제액은 없습니다.


㈜선관은 조특법 제28조의 3 설비투자자산의 감가상각비 손금산입 특례를 적용하여 세무조정으로 250,000,000원을 신고조정에 의하여 손금산입하였습니다. 이외에 고용증대기업 세액공제 등 4개의 고용지원조세특례와 연구인력개발비세액공제 및 중소기업특별세액감면을 적용하였습니다. 4개의 고용지원조세특례는 다음과 같습니다.


이외의 공제․감면 금액은 다음과 같습니다.

▣ 해 설

1. 중복지원의 배제 검토

회사의 공제․감면 대상 특례는 세액공제 5개와 감면 1개, 손금산입 1개입니다.
최저한세 계산에 앞서 중복지원의 배제에 해당하는 공제․감면 금액이 있는지를 선 검토하여야 합니다.
1－1. 투자세액공제 간 중복지원 배제
법 제29조의 3 등 4개의 고용지원조세특례와 연구인력개발비 세액공제는 투자세액공제 간 중복지원 배제에 해당하지 않습니다.
1－2. 감면규정과 세액공제 규정의 중복지원 배제
법 제7조 중소기업특별세액감면과 법 제30조의 4 중소기업 사회보험료 세액공제는 종전에 중복지원의 배제에 해당하였으나, 2018년 개정세법에서 양자의 관계에 한해서 중복지원 배제 대상에서 제외하도록 하였습니다.
따라서 고려 대상인 공제․감면 중 중복지원 배제에 해당하는 사항은 없습니다.

2. 최저한세 계산

Max (최저한세액, 각종 감면 후 법인세액)
2－1. 각종 감면 후 법인세액
산출세액 ＝ 과세표준 × 세율 ＝ 20,000,000 ＋ (4,500,000,000 － 200,000,000) × 20% ＝ 890,000,000
차감세액 ＝ 산출세액 － 감면세액 － 세액공제 ＝ 890,000,000 － 80,000,000 － 855,000,000 ＝ △ 45,000,000
※ 법 제10조 중소기업의 일반연구인력개발비 세액공제는 최저한세의 적용대상이 아니므로 차감세액 계산 시 제외합니다. 이외의 세액공제 및 감면은 최저한세 대상입니다. 세액공제 금액은 855,000,000원으로 계산됩니다.(= 5,000,000 ＋ 320,000,000 ＋ 200,000,000 ＋ 330,000,000)
2－2. 최저한세액
최저한세액 ＝ 각종 감면 전 과세표준 × 최저한세율 ＝ 4,750,000,000 × 7% ＝ 332,500,000
따라서 고려 대상인 공제․감면 중 중복지원 배제에 해당하는 사항은 없습니다.
2－3. 최저한세 적용에 따른 감면 배제 금액
감면 배제 금액 ＝ 최저한세액 － 각종 감면 후 법인세액 ＝ 332,500,000 － ( △ 45,000,000) ＝ 377,500,000

3. 감면 배제 선택

(단위: 백만원)
3－1. 당기 소멸되는 공제․감면의 우선 적용
세액감면은 감면 배제 시 소멸하므로 세액공제를 배제하고 중소기업특별세액감면을 우선 적용합니다.
※ 중소기업특별세액감면 80,000,000원을 당해 연도에 적용 배제하는 경우에는 차기 이후로 이월되지 아니하고 소멸되므로 우선 적용합니다. 또한, 설비투자자산의 감가상각비 손금산입 특례 250,000,000원을 최저한세 적용으로 배제하는 경우에는 자본금과 적립금 조정명세서(을)표에 이기되어 사후 관리되지만 본 사례에서는 세액공제보다 우선 적용되는 것으로 하였습니다.
3－2. 최저한세 대상 감면 우선 적용의 원칙
최저한세의 여유가 있는 경우에도 중소기업의 일반 연구인력개발비 세액공제보다 (농특세 과세 대상인) 육아휴직 후 고용유지기업 세액공제나 고용증대기업 세액공제를 우선하여 적용하여야 합니다. 최저한세 대상 감면을 우선적으로 적용하여야 하기 때문입니다.(조특법 §132 ③)
3－3. 농특세 과세 대상 및 사후관리 규정 검토
대상 세액공제 모두가 이월공제를 허용하지만 고용증대기업 세액공제와 육아휴직 세액공제는 농어촌 특별세가 과세되므로 농특세 비과세 대상인 정규직 근로자 전환 세액공제와 중소기업 사회보험료 세액공제를 우선 적용한다.
정규직 근로자 전환 세액공제는 2년의 사후관리기간을 적용 받지만 중소기업 사회보험료 세액공제는 사후관리 규정을 적용 받지 않으므로 중소기업 사회보험료 세액공제를 우선하여 공제 받습니다.

4. 최저한세 적용 제외 공제감면 계산

최저한세 적용 대상 공제 감면을 적용하여 최저한세를 계산한 후 그 차감세액에서 최저한세 적용 제외 공제감면 세액을 차감하여 결정세액을 계산합니다.
결정세액 ＝ 차감세액 － 최저한세 적용 제외 공제감면 세액 = 332,500,000 － 332,5000,000 ＝ 0
중소기업의 연구인력개발비 세액공제 700,000,000원을 차감세액에서 차감하는 경우 전액을 공제할 수 없으므로 차감하지 못하는 금액 367,500,000원을 다음 연도로 이월공제합니다.