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공익법인회계기준은 ｢상속세 및 증여세법｣ 제50조 제3항에 따라 회계감사를 받거나 결산서류 등을 공시하는 공익법인에 적용되는 회계기준이다. 여기서 공익법인이란 『상속세 및 증여세법』 제16조 제1항 및 동법 시행령 제12조와 시행규칙 제3조에서 규정한 공익법인 등을 말하는 것으로, 『공익법인설립 및 운영에 관한 법률』에 따른 공익법인과 다른 개념임을 유의해야 한다. 일반적으로 『상속세 및 증여세법』 에 따른 공익법인이 『공익법인설립 및 운영에 관한 법률』에 따른 공익법인보다 더 포괄적이고 범위가 넓다고 보아야 한다. 한편, 영리법인과 대비되는 『법인세법』 제1조 제2호에서 규정하고 있는 비영리법인은 어떤 형식으로든 당해 법인의 이익을 구성원에게 분배하지 않은 조직을 말하는 것으로 『상속세 및 증여세법』 에 따른 공익법인은 기본적으로 비영리법인임을 전제로 하기 때문에 비영리법인의 범위가 더 크다고 할 수 있다.
공익법인회계기준은 ｢상속세 및 증여세법｣ 제50조의 4 및 동법 시행령 제43조의 4에 따라 제정된 것인 바, 일반기업회계기준과 대비하여 다음과 같은 특징이 있다.

1. 기본 재무제표

공익법인회계기준에서 기본재무제표는 ①재무상태표, ②운영성과표, ③주석 등 3종이며, 재무제표 구성요소로는 자산, 부채, 순자산, 수익, 비용으로 구성되어 있다. 따라서 자본변동표는 기본재무제표가 아니나, 순자산의 변동에 관한 사항은 주석사항으로 기재하도록 하고 있다. 또한, 현금흐름표의 경우에도 기본재무제표에서 빠져있으나, 대부분의 비영리조직은 자체적으로 현금흐름표와 비슷한 현금주의에 의한 세입세출결산서 또는 자금계산서 등을 작성하고 있어 현금흐름에 대한 내용을 간접적으로 알 수 있다. 따라서 공익법인 회계감사 시 착안할 점은 이들 현금주의에 따라 작성하는 부속명세서들과 공익법인회계기준에 따라 발생주의에 따라 작성하는 기본 재무제표의 차이를 조정하여 재무제표 상호간의 연관 관계에 파악하는 것이 중요하다는 것이다. 즉, 자금계산서나 세입세출결산서 상의 현금의 잔액이 재무상태표의 현금잔액과 일치하지 않을 경우 전반적으로 제시된 재무제표에 대한 신뢰성이 떨어질 것이므로 감사의 범위를 확대할 것을 고민해야 한다.

2. 재무제표의 작성 목적과 작성단위

영리법인과 다르게 공익법인회계기준의 재무상태표의 작성 목적은 첫 번째가 정관상 목적사업을 지속적으로 수행할 수 있는 지의 여부에 대한 정보를 전달하는 것이고, 운영성과표는 사업수행 성과를 평가하는 것이다. 두 번째가 재무건전성과 관리자의 책임 수행 정도를 파악하는 것이다. 이러한 재무제표의 작성목적 때문에 구분회계가 적절히 이루어 졌는지가 중요하다. 즉, 재무제표는 목적사업부문과 기타사업부문으로 ① 구분하여 작성하고, 구분하여 표시하되 ② 공인법인 전체를 하나의 보고실체로 보아 통합하여 작성하도록 하고 있다.

(1) 회계단위별 구분회계

일반적으로 구분회계는 하나의 회계실체에 회계단위가 구분되어 있어 각 회계단위별로 자금과 장부 등이 구분되어 운용 또는 작성되고 있는 것을 말한다. 많은 비영리조직의 경우 회계단위별로 구분하여 재무제표를 작성하고 보고하였다. 예를 들면 “법인회계－(갑)시설회계－(을)시설회계－(…)시설회계－수익사업회계” 등으로 회계단위를 구분하여 재무제표를 작성하고 보고하였으며, 각 회계단위별로 회계처리 방법(단식부기, 복식부기)과 인식기준(현금주의, 발생주의)이 다를 수 있으므로 이를 통일하여 하나의 회계원칙에 따라 재무제표가 작성되고 있는지 검토하는 것이 중요하다. 또한 많은 비영리조직이 본점이 외에 다수의 분사무소나 지부 또는 지점 등을 운영하고 있는 경우가 많은데, 이를테면 ○○협회 중앙회가 있고 각 지방마다 △△시 ○○협회가 자금과 회계가 독립적으로 구분되어 운영되고 있는 경우가 많다. 따라서 공익법인 회계감사 시에 각 회계단위별로 구분회계가 적절한지 파악하는 것이 중요하다. 즉, 어느 특정 거래가 A회계단위의 장부에 기표되는 것이 타당한지, 아니면 B회계단위에 기표되는 것이 적정한지 판단해야 하는데, 예를 들어 후원자가 A회계단위에 후원하였다면 A의 장부에 기표하고 자금도 A회계단위에서 운용되는 것이 타당하나 만약 후원자를 기망하여 B회계단위에서 기표하고 자금을 운용한다면 후원목적 이외의 용도로 사용하여 자칫 업무상 횡령이 될 수 있기 때문이다.

○ [ 관련 判例 : 대법원 2003. 5. 30. 선고 2002도235 판결 ]
타인으로부터 용도가 엄격히 제한된 자금을 위탁 받아 집행하면서 그 제한된 용도 이외의 목적으로 자금을 사용하는 것은 그 사용이 개인적인 목적에서 비롯된 경우는 물론 결과적으로 자금을 위탁한 본인을 위하는 면이 있더라도 그 사용행위 자체로서 불법영득의 의사를 실현한 것이 되어 횡령죄가 성립하는바, 사립학교법 제29조 및 같은 법 시행령에 의해 학교법인의 회계는 학교회계와 법인회계로 구분되고 학교회계 중 특히 교비회계에 속하는 수입은 다른 회계에 전출하거나 대여할 수 없는 등 용도가 엄격히 제한되어 있기 때문에 교비회계자금을 다른 용도에 사용하였다면 그 자체로서 횡령죄가 성립한다.
후원금수입이나 회비수입과 같은 사업수입뿐만 아니라 사업비용도 특정 회계단위에서 발생하였으나 자금부족 등 여력이 없는 경우 다른 회계단위로 전가시키는 경우가 있는데 이 또한 구분회계원칙 위배되는 것이므로 회계감사 시 각 구분회계 단위 별로 비용 배분이 적절하지 검토해야 한다.

(2) 사업비용의 구분회계

동일한 회계단위에서도 활동의 성격에 따라 사업수행비용, 일반관리비용, 모금비용으로 구분하여 표시하도록 공익법인회계기준은 규정하고 있다. 즉, 사업비용을 공익목적사업비용과 기타사업비용으로 구분하여 표시하는데, 공익목적사업비용은 활동의 성격에 따라 ① 사업수행비용 ② 일반관리비용 ③ 모금비용으로 다시 구분하여 표시하는데 기능별분류라고 한다. 기능별 분류 방식은 지출된 비용을 사업수행활동, 지원활동(일반관리활동, 모금활동)으로 구분하여 재무제표 이용자에게 공익법인이 조달된 재원을 가지고 구체적으로 어느 활동에 집중하고 있는지 그 효율성과 효과성을 판단하는데 유용한 정보를 제공하기 때문에 감사인은 그 구분회계가 적절한지 또는 복수의 활동에 관련되는 사업비용이 그 성격에 따라 투입한 업무시간, 관련 시설면적, 사용빈도 등 합리적인 배분기준에 따라 활동 간에 배분하며, 그 배분기준은 일관되게 적용하고 있는지 검토해야 한다.

① 사업수행비용은 공익법인이 추구하는 본연의 임무나 목적을 달성하기 위해 수혜자, 고객, 회원 등에게 재화나 용역을 제공하는 활동에서 발생하는 비용을 말하고, ② 일반관리비용은 사업수행활동이나 모금활동과 관련되지 않는 비용을 기획, 인사, 재무, 감독 등 제반 관리활동에서 발생하는 비용을 포함하며, ③ 모금비용은 후원금의 모금 홍보, 행사, 기부자 리스트 관리, 모금 고지서 발송 등의 모금활동에서 발생하거나 일반관리비용 중 모금과 관련이 있는 활동에서 발생한 비용을 포함하도록 하고 있다.
한편, 공익법인회계기준에서는 사업비용을 기능별로 분류한 사업수행비용, 일반관리비용, 모금비용에 대해서는 이를 분배비용, 인력비용, 시설비용, 기타비용으로 재분류하여 분석한 정보를 운영성과표 본문에 표시하거나 주석으로 기재하도록 하고 있다. 분배비용은 공익법인이 수혜자 또는 수혜단체에 직접 지급하는 비용으로 장학금, 지원금 등을 말하고, 인력비용은 공익법인에 고용된 인력과 관련된 비용으로서 급여, 상여금, 퇴직급여, 복리후생비, 교육훈련비 등을 포함하고, 시설비용은 공익법인의 운영에 사용되는 토지, 건물, 구축물, 차량운반구 등 시설과 관련된 비용으로서 감가상각비, 지급임차료, 시설보험료, 시설유지관리비 등을 포함한다. 기타비용은 분배비용, 인력비용, 시설비용 외의 비용으로서 여비교통비, 소모품비, 지급수수료, 용역비, 업무추진비, 회의비, 대손상각비 등을 포함한다. 여기서 중요한 점은 분배비용의 경우 수혜자나 수혜단체는 공익목적사업을 위해 직접 현금이나 현물을 지급하는 재정상 원조 금액을 말하는 것으로 기타사업부문에서는 발생할 수 없고 또한 일반관리비용이나 모금비용에서도 발생할 수 없다는 것이다.

공익법인의 감사인은 사업비용의 분류에 있어 같은 지출이라 하더라도 그 지출의 성격과 기능에 따라 각기 달리 분류될 수 있다는 점을 유의하여 분류방식에 대한 경영자의 판단이나 원칙 그리고 그 원칙이 계속적으로 일관되게 적용되고 있는지 판단하는 것이 중요하며, 이를 위하여 해당 공익법인의 회계규정을 입수하거나 경영진 또는 회계 담당자와의 커뮤니케이션을 통하여 관련 증거를 입수해야 한다.

3. 순자산의 분류

공익법인의 순자산은 ① 기본순자산, ② 보통순자산, ③순자산조정으로 구분한다.
① 기본순자산은 사용이나 처분에 ‘영구적 제약’이 있는 순자산을 말하는데, 보통 설립자 출연금이나 부동산 그리고 공익법인의 이사회에서 기본재산으로 편입한 재산 등이 이에 속한다.
② 보통순자산은 기본순자산이나 순자산조정이 아닌 순자산을 말한다. 잉여금과 적립금으로 구분하고, 적립금은 미래 특정 용도로 사용하기 위하여 적립해두는 준비금이나 임의적립금 등이 해당한다.
③ 순자산조정은 순자산 가감성격의 항목으로서 매도가능증권평가손익, 유형자산재평가이익 등이 포함된다.

순자산의 분류에서 감사인이 유의해야 할 것은 보통순자산의 경우 공익법인의 의사결정기구에서 그 처분에 대하여 자율적으로 결정할 수 있는데 반해, 기본순자산은 영구적 제약이 있다는 점이다. 여기서 ‘영구적 제약’이란 법령, 정관 등에 의해 사용이나 처분 시 주무관청 등의 허가가 필요한 경우를 말한다. 따라서 동일하게 무상으로 출연받는 자산이라도 이를 사업수익에 기부금수익으로 기표할 지 아니면 기본순자산의 증가로 기표할 지 여부가 중요한데, 이를 위하여 감사인은 당해 공익법인의 설립근거 법률과 정관 그리고 이사회 의사록, 지정기탁서의 내용 등을 면밀히 검토하여 공익법인의 회계처리가 적정한지 판단해야 한다.

또한 기존에 기본순자산으로 기표된 자산에 대하여 그 명세서를 입수하고 적절히 유지 관리되고 있는지, 그 감소금액은 적법하게 주무관청이나 정관에 따라 승인이 되고 허가를 득하였는지, 그 평가를 적정한 지 여부를 판단해야 한다. 만약 관계법령이나 정관에 위배하여 기본순자산을 처분하였다면 곧 바로 그 사실을 주무관청이나 의사결정기구에 보고해야 한다.

4. 고유목적사업분비금 회계

공익법인회계에서는 고유목적사업준비금에 대하여 회계이론의 개념체계상 부채의 정의를 충족하지 못하하지만, ｢법인세법｣ 제29조에 따라 고유목적사업이나 지정기부금에 사용하기 위해 미리 비용으로 계상하면서 동일한 금액을 부채로 계상 가능하도록 하고 있다. 따라서 결산조정하고자 하는 공익법인은 수익사업부문에서 발생한 소득 중 일부를 고유목적사업부문이나 지정기부금에 사용하기 위해 미리 비용으로 계상하면서 동일한 금액만큼 인식한 부채계정을 말하는데, 유동부채와 비유동부채로 구분하지 않고 별도로 표시하고, 관련 비용은 고유목적사업준입금 전입액의 과목으로하고, 관련 미사용 임의 환입액과 사용액은 고유목적사업준입금환입액으로 과목으로하여 사업외수익과 사업외비용과 별도 계정과목으로 운영성과표에 표시한다.

5. 사업수익 회계

공익법인의 사업수익은 공익법인의 특성을 반영하여 기부금수익, 회비수익, 보조금수익 등으로 구분하여 표시한다. 투자자산수익 중 공익목적사업활동의 주된 원천에서 발생하는 이자수익 이나 배당수익 또는 처분손익도 기타사업부문의 사업수익에 포함하고 주된 원천이 아닌 경우에는 사업외수익으로 기표한다.

(1) 기부금수익

기부금수익은 기부행위 자체가 기부를 하겠다는 약정과 이를 승낙하는 계약 그리고 계약의 이행(송금, 결재, 등기부등본 접수 등)의 일련의 과정으로 이루어지고 있으므로 기부 약정이나 승낙 계약의 과정에서 번복될 가능성이 있다. 따라서 실제 현금이 유입된 시점에 수익으로 인식한다. 현물 기부를 받는 경우에는 공정가치로 측정한 가액으로 기부금 수익을 인식한하는 반면, 용역(또는 서비스 기부, 재능기부, 무료봉사활동 서비스를 제공 받는 경우 등)을 기부 받는 경우가 있는데 공익법인이 효익을 제공받는 것은 명확하지만 이를 신뢰성 있게 측정할 수 없으므로 기부금수익으로 인식하지 않는다.

<납부방법에 따른 입금시점 예시>

(2) 회비수익

공익법인의 인적 구성원들에게 정관이나 회칙에 따라 단체의 운영경비 등에 충당할 목적으로 받는 금원을 회비수익이라고 하는데 자발적 재산출연이 아닌 의무적 부담이라는 점에서 기부금수익과 차이가 있다. 반면, 회비납부에 따른 납부혜택이 없는 자발적 회비 납부액은 기부금과 유사한 측면이 있다. 납부가 강제되는 회비 등에 대해서는 발생주의에 따라 회수가 확실해지는 시점에 수익을 인식할 수 있으나, 기타 납부가 강제되지 않은 회비나 등은 실제 현금으로 납부한 시점에 기부금수익으로 인식하는 것이 타당하다.

(3) 보조금 회계

일반기업회계기준에서는 국가나 지방자치단체로부터 보조금을 수령하는 경우 특정 비용을 보전할 목적으로 수령하는 경우에는 그 특정 비용에서 차감하는 회계처리를 하고, 자산 취득 관련 보조금은 당해 자산에서 차감하여 표시하도록 하고 있으나 공익법인회계기준에서는 보조금 총액을 보조금수익이나 기본순자산의 증가로 인식하도록 규정하고 있다. 따라서 공익법인이 보조사업자로서 보조금을 수령하는 경우 당해 보조금수익은 기부금수익과 마찬가지로 실제 받는 시점에 인식하고, 당해 보조금이 기본순자산에 해당하는 경우에는 보조금수익이 아닌 기본순자산의 증가로 인식한다.

공익법인이 보조금을 수령하는 경우 보조사업을 완료하였을 때, 또는 회계연도가 끝났을 때에는 보조사업실적보고서를 작성하여 중앙관서 또는 지방자치단체에 2개월 이내에 제출하여야 한다. 보조사업실적보고서에는 그 보조사업에 든 경비에 대한 정산보고서 등의 서류를 첨부하여야 하는데 이 경우 보조금이 3억원 이상인 경우에는 ｢주식회사 등의 외부감사에 관한 법률｣ 제2조 제7호 및 제9조에 따른 감사인으로부터 정산보고서의 적정성에 대하여 검증을 받은 ‘보조사업 정산보고서에 대한 검증보고서’를 함께(2개월 연장 가능) 제출하여야 한다.

또한, 회계연도 중 1천만원 이상의 보조사업을 수행한 보조사업자는 회계연도 종료일부터 4개월 이내에 국고보조금 통합관리시스템에 아래의 서류 및 그 밖에 기획재정부 장관이 정하는 사항 등을 공시하여야 한다. ① 보조금 교부신청서(첨부서류 포함) 및 사업계획서
② 보조사업에 대한 수입․지출 내역
③ 정산보고서 및 정산보고서에 대한 검증보고서
④ 보조사업 관련 감사 지적사항
⑤ 감사보고서 또는 감사 관련 보고서
⑥ 재무제표 또는 결산서 다만, 회계감사를 받는 특정사업자는 상기 ⑤의 감사보고서 또는 감사관련 보고서를 중앙관서의 장에게 제출한 날부터 1개월 이내에 공시하여야 한다.