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"고용증대세액공제"는 일자리창출을 활성화하고 기업의 인건비부담을 세제지원이라는 방법으로 경감해주기 위해서 종전의 고용창출투자세액공제와 청년고용증대세액공제를 통합하여 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 고용인원이 증가한 기업에 대하여 증가한 인원에 대하여 일정액을 세액공제하는 제도입니다.
고용증대세액공제는 조세특례제한법 제29조의7에 근거합니다. 조세특례제한법 제29조의7에 규정 내용을 빨간줄로 쳐 보았으니 일단 하나하나 읽어볼 필요가 있습니다.

[ 관련법령 ]

조세특례제한법 제29조의 7【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】 ① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 더한 금액을 해당 과세연도와 해당 과세연도의 종료일부터 1년[중소기업 및 대통령령으로 정하는 중견기업(이하 이 조에서 "중견기업"이라 한다)의 경우에는 2년]이 되는 날이 속하는 과세연도까지의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.
조세특례제한법 제29조의 7 제1항에 규정된 내용을 정리해보면, 고용증대세액공제는 업종과 기업규모와 관계없이 모든 기업들이 혜택을 받을 수 있다는 장점이 있으나 소비성서비스업은 제외하는 것으로서 소비성서비스업종은 호텔업ㆍ여관업(관광진흥법에 따른 관광숙박업 제외)ㆍ일반유흥주점ㆍ무도유흥주점ㆍ 단란주점을 말합니다.

"상시근로자" 조세특례제한법 시행령 제23조【고용창출투자세액공제】

⑩ 제7항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 상시근로자는「근로기준법」에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람은 제외한다. 의 수가 직전 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에 세액공제를 적용할 수 있으며, 고용증대세액공제와 관련한 상시근로자는 근로기준법에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자를 대상으로 하며, 여기서 내국인이라 함은 조세특례제한법 제2조 제1항 제1호에 따라 소득세법에 따른 거주자 및 법인세법에 따른 내국법인을 말하는 것으로, 대한민국의 국적을 보유하지 아니한 외국인근로자가 국내에 주소를 두거나 183일 이상의 거소를 두었다면 소득세법상 거주자로서 고용증대세액공제 적용시 상시근로자의 범위에 포함되어 세액공제를 적용받을 수 있습니다.

고용증대세액 공제금액은 "청년등 상시근로자"에 대하여 증가한 상시근로자 인원 수에 1명당 대기업은 400만원을 2년까지 공제하며, 중견기업은 800만원, 중소기업은 1,100만원을 3년간 연속해서 공제가 가능합니다. 특히 중소기업의 경우에는 위치한 지역에 따라 차이가 있는데 수도권에 위치한 중소기업은 1,100만원이나 수도권 밖의 지역에서 위치한 중소기업은 1,200만원의 공제혜택이 있으므로 청년등 상시근로자가 한명씩 늘어날때마다 세액을 공제해주므로 그 만큼 법인세가 줄어들게 됩니다.

고용증대세액공제는 공제기간이 중소기업의 경우는 상시근로자 수 또는 청년 등 상시근로자가 증가한 경우 그 해(1차연도)만 세액공제가 되는 것이 아니라 그 다음연도(2차연도)와 그 다음연도의 다음연도(3차연도)까지 세액공제를 허용해주고 있습니다.

그러나 이처럼 어마무지한 혜택을 받는 고용증대세액공제는 조세특례제한법 제29조의 7 제2항에 의하면 공제받은 과세연도의 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지 전체 상시근로자 또는 청년등 상시근로자수가 공제받은 연도대비 감소하는 경우에는 이미 공제받은 세액을 추징하는 사후관리 규정이 있습니다.

사후관리 규정을 쉽게 정의하면 고용증대세액공제는 말 그대로 고용증대가 기본이므로 1차연도 세액공제 요건은 전년도 대비 상시근로자수가 무조건 증가해야 합니다. 상시근로자수가 감소한다면 2차연도와 3차연도의 세액공제를 허용해주지 않을 뿐만아니라 추징세액을 납부해야 합니다. 하지만 상시근로자수가 감소하지 않고 고용이 유지만 된다고 하더라도 2차연도와 3차연도는 세액공제를 허용해 주는 것입니다.

고용증대세액공제는 전체 상시근로자수가 증가했는지, 청년등 상시근로자수는 얼마나 증가했는지, 청년외 상시근로자수는 얼마나 증가했는지를 정확하게 파악하여 공제를 적용해야 합니다. 그 이유는 공제한도가 증가한 상시근로자 인원수를 한도로 공제를 적용해야 하기 때문입니다. 만약 청년등 상시근로자 인원수가 10명이 증가하였으나 청년외 상시근로자수가 5명이 감소하였다면 10명에 1,100만원이 아닌 결국 전체 상시근로자수는 5명만 증가하였으므로 5명에 1,100만원을 곱하는 것입니다.

이처럼 고용증대세액공제는 상시근로자수 계산이 중요한데 "상시근로자수"는 연말시점의 상시근로자수로 계산하는 것이 아니라 해당 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자수를 계산한 다음에 이를 월별로 합하여 과세연도의 개월수로 나누는 것입니다.

고용증대세액공제를 적용함에 있어 실무에서 많이 발생하는 사례를 알아보겠습니다.

▢ 고용증대세액공제 적용시 월 중에 중도퇴사자는 상시근로자수에 포함되는지?

당초 근로계약의 연속된 갱신으로 인하여 그 근로계약의 총 기간이 1년 이상이거나, 근로계약의 정함이 없는 정규직계약으로 인하여 상시근로자에 해당하였으나 월 중에 중도퇴사한 경우 퇴사한 월의 직전 월까지 상시근로자수에 포함되는 것입니다.

[ 관련예규 ]

고용증대특별세액공제 적용 여부 등 고용증대특별세액공제 적용을 위한 상시근로자판정 기준 중의 하나인 근로계약기간 1년 미만의 해당여부는 「근로기준법」 제23조의 규정에 의한 근로계약서 상의 계약기간을 기준으로 판정하는 것이며, 당초 근로계약기간이 1년 이상으로 상시근로자에 해당하였으나 근로자의 사정으로 중도 퇴사한 경우에는 퇴사한 월의 직전 월까지 상시근로자수에 포함하는 것임.
-법인, (서면2팀-524, 2005.04.11.) -

말일 전 퇴사자의 경우에는 퇴사 월의 상시근로자수에서 제외하는 것이나 말일 퇴사자는 해당 월의 상시근로자수에 포함하는 것입니다.

[ 관련예규 ]

월말 퇴사자가 상시 사용하는 종업원수에 해당하는지 여부 「조세특례제한법 시행규칙」 제2조 제2항에서 “상시 사용하는 종업원수”를 계산함에 있어 월말 퇴사자는 “매월 말일 현재의 인원”에 포함하는 것임.
-조특, (법인세과-812 , 2009.07.15.)-

▢ 상시근로자수가 12.3456명으로 계산되었다면 상시근로자수는 소수점 이하는 버리는지?

상시근로자수 계산은 조세특례제한법 시행령 제23조 제11항 제1호의 식에 따르는 것으로, 동법 제10항에 의하면 상시근로자 수 중 "100분의 1 미만 부분은 없는 것으로 한다."고 규정되어 있어 계산식에 따라 계산한 값이 소수점으로 나왔을 때, 소수점 셋째 자리 이하(0.01 미만)는 절사하는 것으로서 상시근로자수가 12.3456으로 계산되었다면 소수점 둘째자리까지 계산하므로 12.34를 상시근로자수로 하는 것입니다.

▢ 대표자가 동일한 신설법인으로 직원 전출시 상시근로자수가 감소한 경우로 봐서 추징사유에 해당되는지?

고용증대세액공제를 적용함에 있어 "상시근로자"는 고용창출투자세액공제 조세특례제한법 시행령 제26조의 7【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】

② 법 제29조의 7 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 상시근로자”란 제23조 제10항에 따른 상시근로자(이하 이 조에서 “상시근로자”라 한다)를 말한다.

⑨ 제7항을 적용할 때 해당 과세연도에 창업 등을 한 내국인의 경우에는 제23조 제13항을 준용한다. 에서 규정하고 있는 상시근로자를 말하며, 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수 등에 의하여 종전의 사업부문에서 종사하던 상시근로자를 승계하거나 특수관계자로부터 상시근로자를 승계하는 경우에도 고용창출투자세액공제 조세특례제한법 시행령 제23조【고용창출투자세액공제】

⑬ 제7항 및 제8항을 적용할 때 해당 과세연도에 창업 등을 한 내국인의 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 수를 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수로 본다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우의 직전 또는 해당 과세연도의 상시근로자 수: 직전 과세연도의 상시근로자 수는 승계시킨 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계시킨 상시근로자 수를 뺀 수로 하고, 승계한 기업의 경우에는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하며, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계시키거나 승계한 것으로 보아 계산한 상시근로자 수로 한다.

가. 해당 과세연도에 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수 등에 의하여 종전의 사업부문에서 종사하던 상시근로자를 승계하는 경우

나. 제11조 제1항에 따른 특수관계인으로부터 상시근로자를 승계하는 경우 의 규정을 준용하고 있습니다.

신설법인이 특수관계인으로부터 상시근로자를 승계하는 경우 직전연도의 상시근로자 수는 승계시킨 기업(전출법인)은 직전 연도 상시근로자 수에 승계시킨 상시근로자 수를 뺀 수로 합니다. 이 규정의 취지는 관계사로 승계시킨 인원은 상시근로자 수 계산에서 애초부터 승계한 기업의 상시근로자로 간주하고 계산하는 방식입니다.

승계한 기업(전입법인)의 경우에는 직전 연도 상시근로자 수에서 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하여 서로의 상시근로자의 수에서 차가감조정하는 방식으로 승계효과를 반영함으로써 승계로 인해 상시근로자가 감소하지 않도록 하고 있습니다.

여기서 승계 당사자인 전출법인과 전입법인의 해당 과세연도 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자 수를 승계시킨 것으로 보아 계산합니다. 이런 이유로 전출ㆍ전입된 인원이 연도 중에 신규입사한 경우에도 해당 과세연도 개시일에 해당 인원들을 승계시키거나 승계한 것으로 보아 상시근로자 수를 계산하는 것입니다.

결국 특수관계자에게 상시근로자를 승계시킨 경우는 추징사유에 해당하지 않습니다.

한편 임원 승진으로 인한 상시근로자 수 계산에서 임원을 제외하는 경우에는 직전연도와 당해연도 사업연도에서 모두 제외해야 할 것입니다. 그 이유는 임원 승진으로 인하여 상시근로자 수 계산이 회사에 불리하게 적용되어서는 안되기 때문입니다.

▢ 병역특례자인 산업기능요원의 경우에도 현역병 등과 마찬가지로 연령 계산에서 차감되는 군복무기간으로 인정이 되는지?

고용증대세액공제를 계산함에 있어 청년등 상시근로자수 조세특례제한법 시행령 제26조의 7【고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】

③ 법 제29조의 7 제1항 제1호에서 “청년 정규직 근로자와 장애인 근로자 등 대통령령으로 정하는 상시근로자”란 상시근로자 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람(이하 이 조에서 “청년등 상시근로자”라 한다)을 말한다.

1. 15세 이상 29세 이하인 사람 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사람을 제외한 사람. 다만, 해당 근로자가 제27조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 경우에는 그 기간(6년을 한도로 한다)을 현재 연령에서 빼고 계산한 연령이 29세 이하인 사람을 포함한다. 산정시 청년근로자는 만15세 이상 29세 이하인 사람이며, 남자는 병역을 이행할 경우 최대 6년의 기간을 차감하고 계산한 나이가 29세 이하인 사람을 포함하여 산정하도록 규정되어 있습니다.

병역을 이행한 자에 대하여 연령을 차감하는 대상은 현역병ㆍ상근예비역ㆍ경비교도ㆍ전투경찰순경ㆍ의무소방원ㆍ공익근무요원ㆍ장교ㆍ준사관 및 부사관은 대상에 포함되는 것입니다만, 산업기능요원의 경우는 연구기관・기간산업체 및 방위산업체 중 지정업체에서 근무하는 것으로 연령을 차감하는 대상에 해당되지 않는 것입니다.

청년등 상시근로자수 산정시 병역특례자인 산업기능요원의 경우에는 취업시 연령이 29세이하인 경우에만 청년근로자에 포함하여 고용증대세액공제를 계산해야 합니다.

▢ 청년 정규직 근로자가 연도중에 29세를 초과하는 경우 고용증대세액공제 추징사유가 되는지?

사후관리 규정인 조세특례제한법 시행령 제26조의 5 제6항을 적용하는 경우 공제받은 과세연도의 종료일 현재 29세 이하인 자는 이후 과세연도에도 29세 이하인 것으로 본다고 규정되어 있으나, 청년 정규직 근로자 수 계산시는 별도의 규정이 없기에 공제받은 직전 과세연도에 29세 이하인 청년 정규직 근로자가 해당 과세연도에 30세 이상이 되는 경우 청년 정규직 근로자 수 계산시 적용되지 않는 것입니다.

[ 관련예규 ]

청년고용증대 세액공제 적용 시 청년 정규직 근로자수 계산방법 직전과세연도에 29세(직전과세연도 중에 30세 이상이 되는 경우를 포함)인 청년 정규직 근로자가 해당 과세연도에 30세 이상이 되는 경우 「조세특례제한법 시행령」제26조의5제7항의 규정은 「조세특례제한법」제29조의5제1항의 청년 정규직 근로자 수 계산시 적용되지 아니하는 것임.
-조특, (서면법인-3678, 2019.12.27.)[법인세과-3546]-

즉, 매월말 기준으로 청년 상시근로자 수를 계산할 때 만 30세를 초과시 익월부터는 청년 상시근로자 수에서 차감하므로 청년감소가 발생한 것으로 보아야 했습니다.

하지만 2020. 2. 11. 조세특례제한법 시행령 제26조의 5 제7항이 개정이 되었습니다. 따라서 이 영 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터는 공제받은 과세연도 종료일 현재 청년 정규직 근로자에 해당하는 자는 이후 과세연도에도 청년 정규직 근로자로 보는 것으로 공제받은 과세연도 종료일 현재 만 29세에 해당하는 청년인 근로자가 연도중에 29세를 초과하는 경우에도 "감소인원"이 발생한 것으로 보지 않습니다.

[ 관련법령 ]

조세특례제한법 시행령 제26조의 5【청년고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】
⑦ 제6항을 적용할 때 공제받은 과세연도에 제3항에 따른 청년 정규직 근로자에 해당한 자는 이후 과세연도에도 청년 정규직 근로자로 보아 청년 정규직 근로자 수를 계산한다. (2020.2.11. 개정)

▢ 2017년도에 고용인원은 없었으나 2018년 6월에 청년 정규직 근로자 1명을 고용한 경우 고용증대세액공제의 계속적용 방법은?

2017년에 고용인원은 없었으나 2018년 6월에 청년 1명을 고용한 경우 상시근로자 수를 먼저 계산하면 상시근로자 수는 1월부터 5월까지는 매월 상시근로자수가 0명이고 6월부터 12월까지는 매월말 상시근로자수가 1명입니다. 이 경우 상시근로자 수는 매월 말 현재 상시근로자수를 계산한 다음에 이를 월별로 합하여 12개월로 나누는 것으로 2018년에는 상시근로자 수가 전년대비하여 0.5명이 늘어난 것입니다.

2018년은 (0.5명-0명)☓1,100만원=550만원 고용증대세액공제를 적용받을 수 있습니다.

이후 2019년에는 청년, 청년외 인원의 고용은 전혀없이 2018년 6월에 고용한 청년 1명에 대해서만 고용을 유지한다면 이 경우 신규고용이 없이 고용유지만 했으므로 실질적인 고용이 증대되지 않았다고 판단할 수 있으나 고용은 증대된 것입니다. 그 이유는 2020년 1월부터 12월까지의 매월 상시근로자 수는 1명으로서 이를 월별로 합하여 12개월로 나누면 2019년 상시근로자 수는 1명으로 직전연도대비 0.5이 늘어난 것이므로 (0.5명-0명)☓1,100만원=550만원의 세액공제를 적용받을 수 있습니다.

고용증대세액공제는 공제기간이 중소기업의 경우는 상시근로자 수 또는 청년 등 상시근로자가 증가한 경우 그 해(1차연도)만 세액공제가 되는 것이 아니라 그 다음연도(2차연도)와 그 다음연도의 다음연도(3차연도)까지 세액공제를 허용해주고 있습니다.

2차연도와 3차연도는 전년도대비 상시근로자 수가 감소하지 않았다면 세액공제를 적용할 수 있으므로 해당 청년을 고용을 유지하다면 2018년도 세액공제 550만원 + 2019년에는 2018년도(2차연도) 세액공제 550만원 + 2020년에 2018년도(3차연도) 세액공제는 550만원이며, 또한 2019년도 세액공제 550만원 + 2020년에는 2019년도(2차연도) 세액공제 550만원 + 2021년에 2019년도(3차연도) 세액공제는 550만원을 적용하면 결국 청년 1명을 채용하면 3,300만원의 세액공제를 적용할 수 있는 것입니다.

2018년도에 청년 10명, 청년외 근로자 20명을 고용하여 상시근로자수 증가에 따른 고용증대세액공제를 적용받았으나 2019년도에 청년이 -5명, 청년외 -4명이 감소하였다면 전년도대비 상시근로자가 감소하여 2019년도에 대한 1차연도는 전년도대비 상시근로자가 증가하지 않아 세액공제는 적용할 수 없으며, 2018년도에 대한 2차연도는 전년도대비 상시근로자 수가 감소하였으므로 세액공제를 적용할 수 없습니다.

이 경우 추가납부세액은 조세특례제한법 시행령 제5항 제1호에서 규정된 계산식에 따라 계산한 금액을 납부해야 합니다. 추가납부세액 계산방식이 "전체 상시근로수가 감소한 경우"와 "상시근로자 수는 감소하지 않으면서 청년등 상시근로자 수가 감소한 경우"로 나누어지며, "전체 상시근로수가 감소한 경우"는 "청년등 상시근로자의 감소한 인원 수가 상시근로자의 감소한 인원 수 이상인 경우"에 해당하는 계산식과 "그밖의 경우"에 해당하는 계산방식으로 나누어지기 때문에 실무적용시에는 다양한 사례별로 까다롭게 규정되어 있다는 점을 유념하여 추가납부세액을 계산해야 합니다.

▢ 1차연도에 최저한제 적용으로 이월공제세액이 있는 경우 2차연도에 상시근로수 감소로 추가납부세액이 발생한 경우 이월공제세액을 차감하고 납부해야 하는지?

상시근로자의 감소로 추가납부가 발생하는 경우 해당 과세연도의 직전 2년 이내의 과세연도에 공제받은 세액의 합계액을 한도로 납부하는 것으로 추가납부세액 조세특례제한법 시행령 제26조의 5【청년고용을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】

⑥ 법 제29조의 5 제2항에 따라 납부하여야 할 소득세액 또는 법인세액은 제1호의 금액(해당 과세연도의 직전 2년 이내의 과세연도에 법 제29조의 5제1항에 따라 공제받은 세액의 합계액을 한도로 한다)에서 제2호의 금액을 뺀 금액(해당 금액이 음수인 경우에는 영으로 본다)으로 하며, 이를 해당 과세연도의 과세표준을 신고할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. 은 공제받은 세액의 범위내에서 추가 납부하고, 이월공제세액은 소멸시키면 될 것입니다.

하지만 전체 상시근로자수가 증가하여 감소사유가 발생하지 않았으나 청년등 상시근로자수가 일부 감소하는 등의 사유로 추가납부가 발생하는 경우라면 아래의 국세청 예규에 의하여 "최저한세 적용으로 공제받지 못하고 이월된 세액이 있는 경우에는 이월세액을 차감한 후의 금액"을 법인세를 납부해야 한다는 의견도 있습니다.

[ 관련예규 ]

고용증대세액공제 사후관리에 따른 추가납부세액 계산 방법 등 고용증대세액공제를 받은 중소기업은 공제받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도의 종료일까지 기간 중 상시근로자 수가 공제받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 그 감소된 과세연도의 과세표준 신고시 같은 법 제30조의4제3항 각 호에 따라 계산한 금액(최저한세 적용으로 공제받지 못하고 이월된 세액이 있는 경우에는 이월된 세액을 차감한 후의 금액)을 법인세로 납부하여야 하는 것임. 고용증대세액공제를 받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지 기간 중 상시근로자 수가 감소되지 않은 2010년 세액공제분에 대하여는 조세특례제한법 제30조의4제3항을 적용하지 아니하는 것임.
-조특, (서면법규과-438, 2014.04.29.)-

고용증대세액공제는 전체 상시근로자수, 청년등 상시근로자 수는 얼마나 증가했는지, 청년외 상시근로자수는 얼마나 증가했는지를 정확하게 파악해야 하며, 중소기업은 해당연도 포함하여 3년간 연속으로 공제하지만 전체 상시근로자 수나 청년등 상시근로자수가 줄어든다면 가산이자는 없지만 공제세액을 추징한다는 것입니다.

사후관리에 의한 감소인원을 계산시 공제받은 과세연도에 청년(29세이하)였으면 이후 과세연도에도 청년 정규직 근로자로 보아 청년 정규직 근로자 수를 계산합니다.

고용증대세액공제는 다른 세액공제나 감면과 중복공제(고용증대세액공제 + 창업중소기업감면, 고용증대세액공제 + 사회보험료세액공제 + 중소기업특별세액감면, 고용증대세액공제 + 사회보험료세액공제 + 각종투자세액공제)를 허용하기 때문에 이를 잘 파악하여야 하며 최저한세와 농어촌특별세도 적용되며 이월공제도 허용됩니다.

이처럼 고용증대세액공제는 엄청난 금액의 혜택을 주지만 세액공제를 적용하기에는 까다로운 공제요건들을 이해하여야 하므로 이점 유념하여 혜택을 누리시길 바랍니다.