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(2) 법인 설립등기하기

비영리법인 설립허가 후에는 해당 법인은 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 해야 합니다. 법인 설립허가를 받은 자는 법인 설립허가가 있는 때로부터 3주간 내에 주된 사무소소재지 관할 법원(등기소)에 설립등기 및 대표자인감등록을 하여야 합니다. 법인설립등기를 완료한 날로부터 10일 이내(공익법인은 7일 이내)에 그 사실을 주무관청에 보고하여야 합니다.

1) 등기사항

목적, 명칭, 사무소, 설립허가 년월일, 존립 시기나 해산사유를 정한 때에는 그 시기 또는 사유, 자산의 총액(기본재산만 해당), 출자방법, 이사의 성명·주소, 이사의 대표권을 제한한 때에는 그 제한 사항

2) 등기비용

등록면허세, 교육세, 기타부대비용(공증료, 등기신청수수료, 법무사수수료, 기타 실비상당액)

3) 법인등기의 세율

법인이 법인등기부에 등기를 할 때에는 법인에 따른 등록면허세를 납부하여야 합니다.
① 설립과 납입 : 납입한 출자총액 또는 재산가액의 1,000분의 2
② 출자총액 또는 재산총액의 증가 : 납입한 출자 또는 재산가액의 1,000분의 2

하지만 다음 어느 하나에 해당하는 등기를 할 때에는 그 세율을 위 세율에 100분의 300으로 합니다. 다만, 대도시에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령으로 정하는 업종에 대해서는 그러하지 아니합니다.

㉠ 대도시에서 법인을 설립(설립 후 또는 휴면법인을 인수한 후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)하거나 지점이나 분사무소를 설치함에 따른 등기나 분사무소를 설치함에 따른 등기 ㉡ 대도시 밖에 있는 법인의 본점이나 주사무소를 대도시로 전입(전입 후 5년 이내에 자본 또는 출자액이 증가하는 경우를 포함한다)함에 따른 등기. 이 경우 전입은 법인의 설립으로 보아 세율을 적용합니다.
등록면허세 3배 중과세 적용이 제외되는 대통령령이 정하는 업종은 지방세법 시행령 제26조 제1항 각호의 어느 하나에 해당하는 업종을 말하며, 지방세특례제한법 제21조 제1항에 따른 청소년단체, 지방세특례제한법 제45조 제1항에 따른 학술연구단체·장학단체·과학기술진흥단체 및 지방세특례제한법 제52조 제1항에 따른 문화예술단체·체육진흥단체가 그 설립 목적을 위하여 수행하는 사업의 경우 중과세 제외업종에 해당합니다.

4) 출자금액

등록면허세의 납부기준이 되는 출자금액의 범위는 법인장부상의 금액으로 판단하는 것이 아니라 법인등기부상의 자본금란에 기재되어 있는 자본금 또는 그 증가액을 의미하는 것입니다. 비영리법인의 출연재산은 기본재산과 보통재산으로 구분되며, 기본재산의 경우 법인의 존립기초가 되므로 법인이 기본재산의 변경 및 처분의 경우 주무관청의 허가와 변경등기가 있어야 하므로 법인 설립시 출자금액은 기본재산으로 표시하는 것이 바람직합니다. 보통재산의 경우 수시로 변동되며, 보통재산까지 출자금액에 포함하여 법인등기를 할 경우 등록면허세가 증가하기 때문입니다.

(3) 법인 설립신고 및 사업자등록하기

법인 설립등기를 한 후에는 설립등기를 한 날로부터 2개월 이내에 사업장 소재지 관할 세무서에 법인 설립신고를 하여야 합니다. 그리고 비영리법인이 법인세법에 따른 수익사업을 시작한 경우에는 그 개시일부터 2개월 이내에 수익사업 개시신고를 하여야 하며, 부가가치세 과세사업을 운영할 경우에는 그 개시일로부터 20일 이내에 사업장 관할세무서에 등록하여야 합니다. 만약 수익사업을 영위하지 않는다면 우선 법인 설립신고를 통해 고유번호증을 교부받으면 됩니다. 이렇게 고유번호증을 가지고 있다가 추후에 수익사업을 시작하게 되면 수익사업 개시신고를 통해 기존 고유번호증을 반납하고 사업자등록증을 교부받으면 됩니다.

하지만 법인세법에서는 수익사업을 시작할 경우 그 개시일부터 2개월 이내 수익사업 개시신고를 하도록 하고 있으나, 만약 해당 수익사업이 부가가치세 과세사업에 해당한다면 부가가치세법에서는 과세사업을 운영할 경우에는 그 개시일부로부터 20일 이내에 등록하도록 하고 있습니다. 그리고 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 그 과세기간 내 매입세액은 공제받을 수 있습니다. 일반적으로 수익사업을 개시하기 전에 해당 사업을 위해 관련 비품 등을 구입하게 되며, 이 경우 해당사업이 과세사업일 경우 수익사업과 관련하여 구입한 물품에 포함된 매입세액을 공제받을 수 있으나 과세기간이 끝난 후 20일이 지나 등록을 신청할 경우에는 매입세액을 공제 받을 수 없으니 주의가 필요합니다.

① 일반적인 경우
② 사업연도 중 과세수익사업 개시신고를 하는 경우
㉠ 수익사업 개시일로부터 20일 이내에 사업자등록 신청을 한 경우 ※ 제1기 과세기간 종료일로부터 20일 이내인 2019.07.20.까지 사업자등록신청을 하는 경우 2019.01.01. 매입분부터 매입세액을 공제 받을 수 있다.

㉡ 수익사업 개시일로부터 2개월 이내에 사업자등록 신청을 한 경우 ※ 법인세법에 따라 수익사업 개시일로부터 2개월이 되는 시점인 2019.08.19.에 수익사업 개시신고를 통해 사업자등록증을 교부 받는 경우 제1기 과세기간에 부가가치세가 과세되는 수익사업과 관련된 매입세액이 있더라도 매입세액을 공제 받을 수 없으므로 주의가 필요하다.
[Tip] 인허가사업 법인설립등기 후 사업자등록을 신청하는 경우 해당 사업이 법령에 의하여 허가를 받거나 등록 또는 신고를 해야 하는지 확인이 필요합니다. 해당사업이 인허가 대상인 경우에는 사업자등록 신청시 인허가 관련서류가 첨부되지 않을 경우 사업자등록을 할 수 없기 때문입니다. 그러므로 인허가 대상인 경우 인허가 절차를 사업자등록 신청 전에 해야 합니다. 일반적으로 사업의 인허가 신청은 관할 시·군·구청의 민원실, 해당부서에서 신청서 양식과 첨부서류를 작성한 후 제출하면 관할 관청은 현지답사나 서류심사를 통해 결정하고 승인·허가를 통지해 주며, 일부 업종의 경우 시설기준 및 자격요건 등을 규정하고 있으므로 수익사업을 영위하고자 하는 경우에는 법인설립 전 해당 사업이 관련법에 의해 허가, 등록 또는 신고가 필요한 업종인지를 파악하여 법인설립을 해야 합니다.
< 등기소 등기 및 세무서 신고 구비서류 >

(4) 재산 이전 등 이행결과보고하기

공익법인은 법인의 설립허가를 받은 후 지체 없이 출연재산(기본재산 및 보통재산)을 법인에 이전하고 3월내에 재산이전보고서를, 설립등기를 완료한날로부터 7일 이내에 등기부등본을 주무관청에 제출해야 합니다. 그리고 비영리법인의 경우에는 법인의 설립허가를 받은 후 지체 없이 출연재산을 법인에 이전하고 1월내에 재산이전보고서를, 설립등기를 완료한 날로부터 10일 이내에 등기부등본을 주무관청에 제출해야 합니다. 이러한 제출서류는 법인등기부등본, 법인인감증명서, 고유번호증(또는 사업자등록증), 재산이전 보고서입니다.


이러한 이행결과 보고 시 출연재산에 따라 부동산의 소유권 이전등기, 예금 등의 법인 명의로 금융기관예치, 주식의 명의개서, 각종 재산권의 권리이전 등 적절한 방법에 의하여 법인소유로 이전하고, 법인명의로 이전된 예금잔고증명, 부동산등기부등본, 주식소유증명서, 기타 권리증명 증빙서류를 첨부하여야 하며, 출연하기로 한 보통재산을 설립등기 비용 등으로 사용하여 차액이 발생한 경우 증빙자료를 제출하여야 합니다.

(5) 비영리법인 관리 및 운영

1) 재산관리

법인의 재산은 기본재산과 보통재산으로 구분하여 관리하도록 하고, 기본재산의 목록은 정관에 포함시켜야 합니다. 또한 법인은 목적사업의 달성을 위하여 그 재산을 선량한 관리자의 주의를 다하여 관리하여야 하며, 기본재산을 취득한 때에는 지체 없이 이사회의 의결을 거쳐 기본재산에 편입조치하고, 정관변경 절차를 거쳐야 합니다. 또한, 기부에 의하거나 기타 무상으로 취득한 재산의 경우 원칙적으로 기본재산으로 편입하여야 하나, 기부목적에 비추어 기본재산에 편입하기 곤란한 경우 기본 재산편입 예외승인을 주무관청으로부터 받아 보통재산으로 편입하여 사용할 수 있습니다.

<기본 재산편입 예외승인 신청시 필요서류>
① 기본재산편입예외 기부금사용승인 신청 공문
② 사유서
③ 기부증서 사본
④ 기부금 사용계획서
⑤ 재산권리 증명서
⑥ 이사회 회의록 및 총회 회의록
기본재산을 처분(매매, 교환, 증여 등을 포함한다)하고자 할 때에는 사전에 반드시 주무관청의 허가를 받아야 하며, 기본재산 처분 후 기본재산 목록 또는 총액이 변경된 경우에는 정관변경의 절차를 거치도록 되어 있습니다.

<기본재산 처분 신청시 필요서류>
① 기본재산 처분 허가신청 공문
② 처분사유서
③ 기본재산 처분허가 신청내역서
④ 이사회 회의록 및 총회 회의록
⑤ 취득예정재산의 소유권 증명서류
⑥ 기타 기본재산의 처분에 필요한 부속서류 : 감정평가서, 지가 확인서, 상품 설명서, 신용평가자료 등
기본재산을 담보로 제공하거나 차입하려는 금액을 포함한 장기차입금의 총액이 기본재산 총액에서 차입 당시의 부채 총액을 공제한 금액의 5%에 상당하는 금액 이상을 장기차입을 하고자 할 때에는 사전에 반드시 주무관청의 허가를 받아야 합니다.

<기본재산 담보 또는 장기 차입시 필요서류>
① 기본재산 담보(장기차입) 허가신청 공문
② 담보(장기차입) 사유서
③ 담보(장기차입) 내역서 : 담보(장기차입)에 제공할 재산목록, 피담보채권액(장기차입금), 담보권자(장기차입처)
④ 상환방법 및 상환계획서
⑤ 이사회 회의록 및 총회 회의록
⑥ 기타 담보(장기차입)에 필요한 부속서류
기본재산의 사용용도를 변경하고자 할 때에는 사전에 반드시 주무관청의 허가를 받아야 합니다.

<기본재산 용도 변경시 필요서류>
① 기본재산 용도변경 등 허가신청 공문
② 용도변경 등 사유서
③ 용도변경 등 내역서
④ 이사회 회의록 및 총회 회의록
⑤ 기타 용도변경 등에 필요한 부속서류
[Tip] 상속세 및 증여세법 제16조 제2항에 따른 성실공익법인 성실공익법인이 기본재산의 20% 범위에서 기본재산의 증식을 목적으로 하는 매도·교환 또는 용도변경하거나 담보로 제공하는 경우 및 기본재산의 10% 범위에서 기본재산의 운용수익이 감소하거나 기부금 또는 그 밖의 수입금이 감소하는 등의 사유로 정관에서 정한 목적사업의 수행이 현저히 곤란하여 기본재산을 보통재산으로 편입하려는 경우(다만, 직전 편입이 있는 말부터 최소 3년이 경과하여야 함)에는 주무 관청에 대한 신고로 갈음할 수 있습니다.

2) 정관관리

정관이란 설립자가 법인의 근본규칙을 정하여 작성하고 기명날인한 문서로서 관계 법률이 정하는 범위 내에서 작성하여야 합니다. 이러한 정관을 변경 시에는 재단법인은 설립자가 결정한 근본규칙에 따라서 운영되는 타율적 법인으로 법인의 활동을 자주적으로 결정하는 기관(예를 들어 사단법인의 총회)을 가지고 있지 않으므로 정관을 변경하지 못하는 것이 원칙이지만 정관변경을 전혀 인정하지 않을 경우 사회적 실정에 맞는 활동을 기대할 수 없으므로 일정한 제약 하에 정관변경을 허용하고 있습니다. 민법 제42조 제2항, 제45조 제3항 또는 제46조의 규정에 의한 정관변경의 허가를 받고자하는 법인은 정관변경허가신청서에 구비서류를 첨부하여 신청하여야 합니다.

<정관변경의 대상>
① 정관의 전문
② 주소의 변경, 기본재산의 목록의 변경도 해당
※ 기본재산을 처분하는 경우에도 사전 정관변경허가를 얻어야 함(매도, 교환, 증여 등 포함)
<필요서류>
① 법인정관변경허가 신청서 1부
② 변경사유서 1부
③ 개정될 정관(신·구조문대비표를 첨부한다) 1부
④ 정관의 변경에 관계되는 총회 회의록 또는 이사회의 회의록 사본 1부
⑤ 기본재산의 처분에 따른 정관변경의 경우에는 처분의 사유, 처분재산의 목록, 처분의 방법 등을 기재한 서류
⑥ 소재지 변경에 따른 정관변경의 경우에는 임대계약서 사본, 건물주의 사용승락서, 소유권 입증서류

3) 임원관리

법인의 임원에는 이사와 감사가 있으며, 법인의 임원은 출연된 재산을 선의로 관리하고 법인의 설립취지에 따라 목적사업을 성실히 수행해야 합니다.


법인에서 임원을 선임한 때에는 등기를 완료하고 주무관청에 보고하여야 한다.

<임원 선임보고 시 필요서류>
① 임원취임승인신청 공문
② 임원 신ㆍ구 대비표
③ 이력서 [등록기준지(본적) 기재, 필요시 겸직동의서 첨부]
④ 임원취임예정자 취임승낙서
⑤ 임원취임예정자의 특수관계 부존재 확인서 또는 특수관계 내용설명서
⑥ 해임과 관련된 증빙서류
⑦ 기타 주무관청이 허가 시 필요하다고 인정하는 서류
⑧ 이사회 회의록 또는 총회 회의록

4) 업무보고 등

법인은 주무관청에 매 회계연도가 시작되기 전 1개월 전까지 다음 해에 실시할 사업계획 및 수진예산서 등을 제출하고, 매 회계연도가 끝난 후 2개월 이내(공익법인의 경우 3개월 이내)에 당해 회계연도의 사업실적 및 수지결산서 등을 제출하여야 합니다. 이러한 업무보고는 주무관청에 따라 매 회계연도 실시여부가 달라질 수 있습니다. 또한 주무관청은 민법 제37조의 규정에 의한 법인사무의 검사 및 감독을 위하여 법인에게 관계서류·장부 기타 참고자료의 제출을 명하거나, 소속공무원으로 하여금 법인의 사무 및 재산상황을 검사하게 할 수 있습니다.