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2018년 귀속 근로자의 연말정산시 각종 소득ㆍ세액공제ㆍ세액감면을 적용함에 있어 가장 많이 이슈화된 것이 "중소기업에 취업하는 청년에 대한 소득세 감면"일 것입니다.

그 이유는 청년 일자리 대책의 일환으로 대기업에 몰려있는 청년취업자들을 중소기업으로 돌리며 동시에 이들의 취업을 활성화하고 혜택을 주고자 2012년도에 도입되었던 중소기업에 취업하는 청년에 대한 소득세 감면규정이 그 동안의 몇 번의 개정을 통해 감면율 정도만 변경이 되었으나 종전규정을 대폭 개정하였기 때문입니다. 그 내용은 청년대상자의 연령범위ㆍ소득세 감면대상기간ㆍ감면율이 확대된 것이 골자이며 종전 청년대상자의 연령범위가 29세 이하에서 "34세" 이하로, 소득세 감면대상기간이 3년에서 "5년"으로, 감면율이 70%에서 "90%"로 확대되도록 개정된 것입니다.

중소기업 취업자 소득세 감면 혜택은 조세특례제한법 제30조에 근거합니다. 조특법 제30조에 규정 내용을 빨간줄로 쳐 보았으니 일단 하나하나 읽어볼 필요가 있습니다.

[ 관련법령 ]

조세특례제한법 제30조【중소기업 취업자에 대한 소득세 감면】 ① 대통령령 조세특례제한법 시행령 제27조【중소기업 취업자에 대한 소득세 감면】

① 법 제30조 제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 청년, 60세 이상인 사람, 장애인 및 경력단절 여성"이란 다음 각 호의 구분에 따른 사람을 말한다.

1. 청년: 근로계약 체결일 현재 연령이 15세 이상 34세 이하인 사람. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 병역을 이행한 경우에는 그 기간(6년을 한도로 한다)을 근로계약 체결일 현재 연령에서 빼고 계산한 연령이 34세 이하인 사람을 포함한다.

가.「병역법」제16조 또는 제20조에 따른 현역병(같은 법 제21조, 제25조에 따라 복무한 상근예비역 및 의무경찰ㆍ의무소방원을 포함한다)

나.「병역법」제26조 제1항에 따른 사회복무요원

다.「군인사법」제2조 제1호에 따른 현역에 복무하는 장교, 준사관 및 부사관 으로 정하는 청년(이하 이 항에서 “청년”이라 한다), 60세 이상인 사람 및 장애인 및 경력단절 여성이 「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업(비영리기업을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 기업(이하 이 조에서 "중소기업체"라 한다)에 2012년 1월 1일(60세 이상인 사람 또는 장애인의 경우 2014년 1월 1일)부터 2021년 12월 31일까지 취업(경력단절 여성의 경우에는 동일한 중소기업체에 재취업)하는 경우 그 중소기업체로부터 받는 근로소득으로서 취업일(경력단절 여성의 경우에는 재취업일을 말한다. 이하 이 항에서 같다)부터 3년(청년의 경우에는 5년)이 되는 날(청년으로서 대통령령으로 정하는 병역을 이행한 후 1년 이내에 병역 이행 전에 근로를 제공한 중소기업체에 복직하는 경우에는 복직한 날부터 2년이 되는 날을 말하며, 그 복직한 날이 최초 취업일부터 5년이 지나지 아니한 경우에는 최초 취업일부터 7년이 되는 날을 말한다)이 속하는 달까지 발생한 소득에 대해서는 소득세의 100분의 70(청년의 경우에는 100분의 90)에 상당하는 세액을 감면한다. 이 경우 소득세 감면기간은 소득세를 감면(과세기간별로 150만원을 한도로 한다)받은 사람이 다른 중소기업체에 취업하거나 해당 중소기업체에 재취업하는 경우 또는 합병ㆍ분할ㆍ사업 양도 등으로 다른 중소기업체로 고용이 승계되는 경우에 관계없이 소득세를 감면받은 최초 취업일부터 계산한다.
조특법 제30조에 규정된 내용을 정리해보면, 근로계약 체결일 현재 연령이 34세 이하인 청년이 중소기업에 2012년 1월 1일부터 2021년 12월 31일까지 취업하는 경우 연간 150만원을 한도내에서 취업일부터 5년간 소득세 90%를 감면해준다는 것입니다.

이번 포스트에서는 세법개정으로 복잡해진 중소기업 취업자 소득세 감면규정을 실무에서는 어떻게 적용해야 하는지 가장 많이 애매해하는 사례를 정리해 보았습니다.

▢ 입사 당시 연령요건 미충족으로 감면받지 못한 근로자의 경우 세법개정으로 올해 34세 이하라면 소득세 감면을 받을수 있을까요?

조세특례제한법 제30조의 감면대상 청년 연령 범위가 확대되어 2013년부터 2017년 중소기업 취업 당시에 30~34세로 연령요건이 미충족하여 소득세 감면을 적용받지 못한 청년도 2018년도 이후 발생하는 근로소득에 대하여는 소득세 감면이 가능합니다.

세법이 개정되면 "부칙"에 의하여 개정한 내용의 적용시기를 언급하므로 조특법 제30조 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 "과세연도분 부터 적용한다"고 되어 있습니다.

예를 들면 2016. 1. 1. 입사 당시 32세인 경우라면 최초 취업일부터 5년이 되는 날이 속하는 달인 2021. 1. 31. 까지 발생한 소득에 대하여 감면이 가능한 것이나 , 2018. 1. 1. 이후부터 개정내용이 적용되므로 최종적으로 2018. 1. 1. ~ 2021. 1. 31. 까지 발생한 근로소득에 대하여만 90%의 감면율을 적용하여 감면이 가능한 것입니다.

▢ 기존 15년도에 신청하여 18년도 5월에 감면 종료가 된 자도 취업일로부터 5년으로 연장이 되어 소득세 감면을 받을수 있을까요?

2013년 5월 취업자의 경우 5년이 되는 날은 2018년 이므로 종전 규정인 감면기간 3년에 따라 2013년 5월부터 2016년 5월까지는 100% 감면을 적용받고, 2018년 1월부터 5월까지 발생한 소득에 대하여는 추가적으로 개정된 규정에 따라 90% 감면을 받는 것입니다. 다만 2016년 6월부터 2017년 12월까지의 소득은 감면대상이 아닙니다.

2014년 5월 취업자의 경우 5년이 되는 날은 2019년이므로 종전 규정인 감면기간 3년에 따라 2014년 5월부터 2017년 5월까지 50% 감면을 적용받고, 2018년 1월부터 2019년 5월까지 발생하는 소득에 대하여 추가적으로 개정된 규정에 따라 90% 감면을 적용받습니다. 단 2017년 6월부터 2017년 12월까지의 소득은 감면대상이 아닙니다.

2015년도 5월 취업자의 경우 5년이 되는 날은 2020년이므로 2015년 5월부터 2017년 12월까지 50% 감면을 적용받고, 2018년 1월부터 2020년 5월까지 90% 감면을 적용받습니다. 2016, 2017년도 입사자는 2017. 12. 31. 까지는 종전대로 3년, 70% 감면을 적용하고, 2018년부터 2021년까지 발생하는 소득에 대하여 90% 감면을 적용받습니다.

▢ 일용근로자가 3월이 경과하여 정규직 전환시 취업청년 소득세 감면 시작일은 입사일부터인지 아니면 정규직 전환시점인가요?

일용근로자가 3월(건설업은 1년)이 경과하여 정규직 전환된 경우에는 정규직으로 전환된 날을 취업일로 보아 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면을 적용하는 것입니다.

[ 관련예규 ]

일용근로자에서 상용근로자로 전환된 경우 중소기업취업자 감면 적용여부 건설업체에 일용근로자로 고용된 후 「소득세법 시행령」제20조 제1항 제1호에 따라 근무기간이 1년을 경과하여 일용근로자에서 제외(상용근로자로 전환)되는 경우에는 그 일용근로자에서 제외되는 때를 취업일로 하여 중소기업 취업자 해당 여부를 판단하거나 감면기간을 계산하는 것임.
- (원천, 서면-2015-법령해석소득-22603 [법령해석과-1823], 2015.07.17.) -

▢ 인턴이나 계약직 중소기업 취업자 소득세 감면시 감면 시작일은 입사일부터인지 아니면 정규직 전환시점인가요?

과세관청에서는 취업의 의미를 정규직으로 취업한 경우로 한정하여 해석하고 있으므로 인턴이나 계약직은 정규직 취업일부터 5년간 소득세 감면을 적용받는 것입니다.

[ 관련예규 ]

중소기업에 취업하는 청년에 대한 소득세 감면대상자 해당여부 청년이 대(중소)기업 등에 정규직이나 비정규직으로 근무한 사실 여부와 관계없이 2012. 1. 1~2013. 12. 31까지 「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업으로서 「조세특례제한법 시행령」제27조제3항에 해당하는 중소기업체에 정규직으로 취업하여 근무하는 경우 취업일로부터 3년간 중소기업에 취업하는 청년에 대한 소득세 감면을 적용받는 것임.
- (소득, 법규소득2012-213, 2012.05.31.) -

▢ 중소기업 취업자 소득세 감면을 받고 있다가 군복무 후 복직자의 경우 소득세 감면기간은 언제까지 인가요?

청년이 군복무 후 1년 이내에 군복무 전에 근로를 제공한 중소기업체에 복직하는 경우에는 복직한 날부터 2년이 되는 날을 말하며, 그 복직한 날이 최초 취업일부터 5년이 지나지 아니한 경우에는 최초 취업일부터 7년이 되는 날까지가 감면기간입니다.

예를 들어 2013년 2월 15일에 입사한 청년이 군복무를 2017년 3월 11일까지 마치고 2017년 4월 12일에 다니던 회사에 복직하였다면 첫째 조건인 "병역을 이행한 후 1년 이내"에 복직하고 "그 복직한 날이 최초 취업일 부터 5년이 지나지 아니한 경우"에 해당하므로 해당 근로자는 최초 취업일인 2013년 2월 15일 부터 7년이 되는 날이 속하는 달까지 발생한 근로소득에 대해서는 즉 2020년 2월까지가 감면기간입니다.

▢ 중도입사자가 종전근무지에서 감면신청을 하지 않고 퇴직한 경우 현근무지에서 연말정산시 종전근무지 소득에 대하여도 감면신청이 가능한가요?

감면기간은 소득세를 감면받은 사람이 다른 중소기업체에 취업하거나 해당 중소기업에 재취업하는 경우 또는 합병ㆍ분할ㆍ사업 양도 등으로 다른 중소기업체로 고용승계되는 경우에 관계없이 "소득세를 감면받은 최초 취업일"부터 계산하는 것입니다.

중도입사자가 종전근무지에서 감면신청서를 제출하지 않고 퇴사하였고 재취업시 연령이 34세 이하이고 현근무지가 감면 적용이 가능한 업종을 영위하는 중소기업이라면 현근무지 취업일로부터 5년이 되는 날이 속하는 달까지 감면을 적용하는 것입니다.

▢ 중소기업 취업자 소득세 감면을 적용받았던 근로자가 대기업에 이직 후 연말 정산시에도 중소기업에 근무한 동안의 소득세 감면 혜택을 받을 수 있나요?

중소기업 취업자 소득세 감면은 연령요건 등을 갖춘 근로자가 중소기업체에 취업하여 그 중소기업체로부터 받는 근로소득에 대한 소득세를 감면하는 것이므로 대기업으로 이직하여 대기업으로부터 지급받는 소득에 대하여는 감면을 받을 수 없습니다.

다만 전 직장에서 이미 감면신청서를 제출하여 소득세 감면을 적용받은 경우에는 전 직장에서 감면처리한 근로소득원천징수영수증을 현재 회사에 제출하여 전 직장에서 발생한 근로소득과 현 직장에서 발생한 근로소득을 합한 후 전 직장에서 발생한 근로소득에 감면율 만큼 감면한 산출세액을 재계산하여 연말정산을 하는 것입니다.

▢ 퇴직자의 경우 종전근무지에서 감면신청을 하지 않다면 종합소득세 신고에 반영한다거나 혹은 이전년도분에 대한 경정청구를 통하여 감면처리가 가능한가요?

중소기업 취업청년에 대한 소득세 감면을 적용받으려는 근로자는 원천징수의무자인 회사에 병역을 이행한 자는 병역관련서류를 첨부하여 "중소기업 취업자 소득세 감면 신청서"를 제출하여야 하는 것이며, 해당 근로자로부터 중소기업 취업자 소득세 감면 신청서를 제출 받는 회사는 "중소기업 취업자 소득세 감면 대상 명세서"를 작성하여 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 소득세 감면을 적용할 수 있습니다.

즉 근로자가 직접 관할세무서에 관련서류를 제출하여 감면 받는 것이 아니라 회사의 급여담당자에게 중소기업 취업자 소득세 감면 신청서 등 관련 서류를 제출하여 감면신청 절차가 모두 진행된 이후에 감면 적용을 할 수 있으므로 종전근무지에 기한후 제출하는 경우에는 소득세 감면을 적용받을 수 있는 것이나 종전근무지에 감면신청서를 제출하지 않고 퇴사한 경우는 소득세 감면 적용을 받을 수 없는 것입니다.

하지만 종전근무지에서 퇴직자에 대한 감면신청서 제출을 허용하는 경우라면 종전근무지가 감면신청서를 제출받은 후 원천징수 관할 세무서장에게 감면대상명세서를 제출한다면 퇴직자에 대한 당초 근로소득 연말정산분에 대하여 소득세 감면 사항을 반영하여 근로소득 연말정산 재정산이 가능할 것이나 종전근무지에서 감면신청서 제출을 허용하지 않는다면 종합소득세 신고에 반영한다거나 혹은 이전년도분에 대한 경정청구 또한 불가능하기 때문에 소득세 감면을 받을 수 없는 문제가 있습니다.

이처럼 퇴직자가 종전근무지에 중소기업 취업자 소득세 감면신청을 하지 않고 퇴직한 경우 종전근무지에서 감면신청을 허용해 주지 않아 소득세 감면을 받지 못하는 문제가 있으므로 2019. 1. 1. 이후 부터는 소득세 감면 대상인 근로자가 퇴직한 경우 해당 근로자의 주소지 관할 세무서장에게 직접 감면 신청을 할 수 있도록 조세특례제한법을 개정하여 근로자가 과거년도 것도 경정청구를 통해 감면이 가능합니다.

[ 관련법령 ]

조세특례제한법 제30조【중소기업 취업자에 대한 소득세 감면】 ② 제1항을 적용받으려는 근로자는 원천징수의무자에게 감면 신청을 하여야 한다. 다만, 퇴직한 근로자의 경우 해당 근로자의 주소지 관할 세무서장에게 감면 신청을 할 수 있다.

▢ 중견기업에서 중소기업으로 변경된 경우 중소기업 취업자 소득세 감면을 적용받을 수 있을까요?

중소기업 취업자에 대한 소득세 감면은 "취업 당시" 중소기업에 취업하여야 감면이 가능한 것입니다. 여기서 "중소기업에 취업하는 경우"라 함은 중소기업과 취업하는 근로자간에 근로계약관계를 처음으로 맺은 것을 의미하는 것입니다.

근로자가 해당 기업에서 계속 근무하는 경우라면 중견기업이 중소기업으로 전환된 시점에 새롭게 고용관계를 맺은 것이 아니므로 중소기업체에 취업한 것이 아닙니다.

중견기업에 취업한 후에 회사가 중소기업으로 변경된 경우는 감면 적용되지 않습니다.

▢ 2019. 4. 1 ~ 2020. 3. 31 의 기간이 명시된 중소기업확인서를 중소기업청에서 받은 경우 소득세 감면을 적용할 수 있는 중소기업 판정기간은 언제인가요?

중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 적용시 중소기업 여부는 감면 규정인 조세특례제한법에 따라 중소기업기본법에 따른 중소기업(매출액ㆍ업종별 등) 중 열거된 업종을 영위하는 기업에 해당해야 하며 회사가 직접 판단하여 적용해야 하는 것입니다.

중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 대상인 중소기업은 중소기업으로 인정되는 기간에만 한정하며 중소기업법 시행령 제3조의3 중소기업법 시행령 제3조의3【중소기업 여부의 적용기간 등】

① 제3조에 따른 중소기업 여부의 적용기간은 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간으로 한다. 다만, 제3조 제1항 제2호다목에 해당하여 중소기업에서 제외된 기업이 직전 사업연도 말일이 지난 후 주식등의 소유현황이 변경되어 중소기업에 해당하게 된 경우 중소기업 여부의 적용기간은 그 변경일부터 해당 사업연도 말일에서 3개월이 지난 날까지로 한다. 에 의하면 중소기업기본법에 의한 중소기업의 적용기간은 직전 사업연도 말일에서 3개월이 경과한 날부터 1년간 입니다.

직전 3개년 평균 매출액 등을 기준으로 2019년 초에 산정된 중소기업 적용기간인 2019. 4. 1.~ 2020. 3. 31.까지 감면기간으로 합니다. 해당 기간에 대해서는 2019년 을 기준으로 다시 중소기업으로 판정받을 필요는 없으며, 2019년 결산자료를 바탕으로 2020년 초에 다시 중소기업 적용기간을 산정하게 되면 2020. 4. 1.~ 2021. 3. 31.까지로 해당 기간 동안 중소기업에 해당하면 계속하여 감면을 적용하는 것입니다.

중소기업의 해당 여부는 중소기업기본법을 관장하는 중소기업청에 확인하실 수 있으며 조세특례제한법에 규정된 감면 업종에 해당하는지 여부는 통계청홈페이지 좌측 중간 통계분류의 한국표준산업분류<검색<분류내용보기(해설서)를 참고하면 됩니다.

[ 관련예규 ]

중소기업 유예기간도 중소기업에 해당하는 것인지 여부 취업일이 속하는 과세연도에는 「조세특례제한법」제30조제1항에서 규정하는 중소기업체에 해당하였으나 해당 중소기업체가 그 규모의 확대 등으로 그 다음연도부터 중소기업체에 해당하지 아니하게 된 경우라도 「중소기업기본법」제2조 제3항과 「조세특례제한법 시행령」제2조 2항에서 규정하고 있는 기간까지는 중소기업으로 보고 있으므로 중소기업으로 보는 유예기간까지는 중소기업체로 보아 「조세특례제한법」제30조에 따른 감면규정을 적용받을 수 있는 것임.
- (조특, 원천세과-307, 2012.06.01.) -

▢ 세무회계사무실 직원의 경우 중소기업 취업자 소득세 감면을 적용받을 수 있나요?

조세특례제한법 시행령 제27조 제3항 조세특례제한법 시행령 제27조【중소기업 취업자에 대한 소득세 감면】

③ 법 제30조 제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 기업"이란 농업, 임업 및 어업, 광업, 제조업, 전기ㆍ가스ㆍ증기 및 수도사업, 하수ㆍ폐기물처리ㆍ원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업, 숙박 및 음식점업(주점 및 비알콜 음료점업은 제외한다), 출판ㆍ영상ㆍ방송통신 및 정보서비스업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 부동산업 및 임대업, 연구개발업, 광고업, 시장조사 및 여론조사업, 건축기술ㆍ엔지니어링 및 기타 과학기술서비스업, 기타 전문ㆍ과학 및 기술 서비스업, 사업시설관리 및 사업지원 서비스업, 기술 및 직업훈련 학원, 사회복지 서비스업, 수리업을 주된 사업으로 영위하는 기업을 말한다. 다만, 국가, 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다),「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및「지방공기업법」에 따른 지방공기업은 제외한다. 에 따른 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면을 적용할 수 있는 업종의 분류는 통계청의 한국표준산업분류표에 따르는 것입니다.

한국표준산업분류표상 감면대상 업종인 "기타 전문ㆍ과학 및 기술 서비스업"이란 디자인, 사업 및 재산권 중개, 수의서비스, 사진촬영 및 처리 등을 포함하여 기타 분류되지 않은 전문ㆍ과학 및 기술서비스를 제공하는 산업활동 등을 말하는 것입니다.

공인회계사업, 세무사업은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류상 대분류 71. 전문서비스업, 중분류 712. 회계 및 세무관련 서비스업에 속하는 것이나, 해당 업종은 조세특례제한법 시행령 제27조 제3항에 미열거되어 있는 업종으로 세무회계 사무실에 취업하는 경우 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면을 적용받지 못하는 것입니다.

중소기업 취업자에 대한 소득세 감면은 근로자수와 매출액 규모 등이 중소기업의 범위내에 해당되고 취업하는 근로자가 나이요건 등의 조건에 맞는다고 하더라도 기업이 영위하는 업종에 따라서 소득세 감면 대상이 되기도 하고 되지 않기도 합니다.

감면제외 업종은 전문, 과학 및 기술서비스업 중 전문서비스업(법무관련, 회계, 세무관련 서비스업 등)ㆍ보건업(병원, 의원 등)ㆍ금융업ㆍ예술, 스포츠 및 여가관련 서비스업ㆍ교육서비스업(기술 및 직업훈련 학원 제외)ㆍ기타 개인 서비스업이 있습니다.

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조세특례제한법 제 60조의 중소기업 취업자 소득세 감면규정은 월급여를 지급할 때 감면율을 적용하여 원천징수하는 방법과 연말정산시 1년간의 총 급여액에 대하여 한꺼번에 감면율을 적용하는 방법 중 회사에서 편한 방법으로 업무처리하면 됩니다.

지금까지 중소기업 취업청년 소득세 감면규정에 대하여 알아봤습니다. 여하튼 청년들을 채용하는 중소기업도 늘고 더불어 청년들의 취업도 늘었으면 하는 바람입니다.