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기업에서 가장 많이 접하는 세금신고 중 하나가 부가가치세 신고일 것입니다.
특히 부가가치세 신고 시 사업자가 자기의 사업을 위해 비용을 지출하고 그에 대한 세금계산서를 수취한 경우 매입세액공제 대상에 해당하는 것이나, 부가가치세법 제39조 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

3. 삭 제(2014.1.1.) 부칙

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

5.「개별소비세법」제1조 제2항 제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액

6. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조 제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다. 에서 규정하고 있는 매입세액은 사업에 사용되었음에도 불구하고 불공제 대상입니다.

하지만 실무에서는 매입세액불공제 대상을 제대로 파악하지 못해 매입세액을 공제받기에 추후 세액과 가산세 등을 추징당하기도 하며, 경우에 따라서는 공제받을 수 있는 매입세액을 불공제하여 환급을 덜 받거나 납부를 더하는 경우도 있습니다.

매입세액불공제 대상으로 세금계산서 미수취ㆍ미제출ㆍ부실기재, 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액, 비영업용소형승용자동차의 구입과 유지에 관한 매입세액, 접대비 및 이와 유사한 비용에 대한 매입세액, 면세사업과 관련된 매입세액, 토지관련 매입세액, 사업자등록 전의 매입세액이 있으나 이들 중에서 이번에는 실무에서 가장 많이 혼동하는 토지에 관련한 매입세액에 대하여 알아보도록 하겠습니다.

토지에 관련한 매입세액은 불공제하는데 그 이유는 토지의 공급만으로는 부가가치세를 창출했다고 보기 어렵기 때문에 부가가치세를 면세하는 것입니다. 다만 토지의 임대는 면세항목에 열거되어 있지 않기 때문에 부가가치세가 과세대상인 것입니다.

매입세액 불공제 대상인 토지에 관련된 매입세액이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액과 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용 등과 토지의 매입 또는 공급과 관련된 매입세액을 말하는 것입니다.

▢ 토목설계 비용은 매입세액공제가 될까요?

어느 한 기업이 토지와 건물을 매입하여 건물을 철거 한 뒤 새롭게 공장을 설립하고자 하는데 있어서 이때 토지의 취득원가에 등록세, 취득세 등을 포함하였고 토지 정리를 위한 토목공사비도 토지의 취득원가에 포함하는 것은 잘 알고 있을 것입니다.

여기서 공장을 설립하기 위해서는 토목설계비용(공장설립허가ㆍ개발행위허가ㆍ산지전용허가ㆍ농지전용허가ㆍ도시계획심의현황 및 레벨측량ㆍ산림복구설계ㆍ임목조사대행ㆍ소규모환경성검토ㆍ사전환경성영향검토ㆍ구조물안전검사 등)을 지출 될 것인데 이 경우 토목설계비용은 건물 취득원가로 보아 그 매입세액은 공제할 수 있을까요?

사업자가 자기 토지의 조성 등을 위해 지출한 매입세액은 공제받을 수 없는 것으로 토목설계용역을 제공받고 부담한 부가가치세는 아래의 국세청 해석에 의하면 토지관련 매입세액에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없는 것입니다.

[ 관련예규 ]

골프장 건설을 위한 용역대가 및 건축설계용역 대가의 매입세액공제 여부 사업자가 골프장을 건설하기 위하여 국토이용계획ㆍ사업계획과 관련된 용역, 각종 영향평가 용역 및 골프장 조성관련 토목설계 용역을 제공받고 그 대가를 지급하면서 부담한 부가가치세는 토지관련 매입세액에 해당하는 것이며, 클럽하우스 건축설계용역을 제공받고 그 대가를 지급하면서 부담한 부가가치세는 매출세액에서 공제되는 것임.
- (부가, 서면3팀-2149, 2004.10.22.) -

▢ 기계장비 장착을 위한 공장바닥공사 비용은 매입세액공제가 될까요?

사업자가 공장을 이전함에 따라 무려 1000톤에 달하는 무게의 기계장비를 구입ㆍ설치하는데 있어 공장바닥이 취약하여 지반침하 방지 지하 바닥 터파기 및 콘크리트 포장공사를 한 경우 이 때 지급한 공사비는 토지의 자본적 지출로 봐야 하는지 아니면 기계장비를 설치하기 위하여 공사한 것으로 보아 매입세액공제가 될까요?

기계장치 설치를 위한 공장바닥의 지반침하 방지 지하 바닥 터파기 및 콘크리트 포장공사 관련 매입세액은 토지관련 매입세액에 해당하지 않아 공제할 수 있는 것입니다.

[ 관련예규 ]

콘도미니엄 신축과 관련된 매입세액의 공제 여부 콘도미니엄을 신축하기 위하여 지하층 건설에 필요한 터파기 및 잔토붕괴를 막기 위한 흙막이 공사에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이나 각층의 건축물 건설을 위한 대지조성과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것입니다.
- (부가, 부가46015-65, 1998.01.10.) - 기계장치를 설치함에 있어서 해당 기계장치의 무게에 의한 지반침하와 진동을 방지하기 위하여 해당 기계장치 설치장소에만 특별히 실시한 기초공사로서 기계장치에 직접적으로 연결된 기초공사에 소요된 금액은 이를 해당 기계장치의 자본적지출로 처리하는 것으로 토지가 아닌 기계장치의 취득원가로 계상 후 감가상각하는 것입니다.

▢ 토지재평가 수수료 비용은 매입세액공제가 될까요?

국제회계기준 도입으로 회사가 보유한 토지에 대하여 감정 재평가를 실시하고 감정평가수수료를 지급하였다면 감정평가 취지가 토지의 취득이나 형질변경과 관계가 전혀 없어도 이에 대한 매입세액은 토지관련 매입세액으로 보아 불공제해야 할까요?

토지에 대한 자산재평가를 하는 경우 감정평가수수료는 토지의 매입 등과는 직접적인 관계가 없이 단지 자산재평가에 의해서 기업회계기준에 의한 토지에 반영되는 수수료의 개념이 크므로 자본적 지출과는 무관하여 매입세액 공제대상에 해당합니다.

[ 관련예규 ]

토지 취득을 위한 감정평가용역 등의 매입세액 공제여부 사업자가 토지를 취득하기 위하여 토지가액에 대한 감정평가 등의 용역수행계약을 체결하고 그 대가를 지급하면서 부담한 부가가치세는 토지 관련 매입세액에 해당하는 것입니다.
- (부가, 서면인터넷방문상담3팀-2229, 2005.12.08.) -

▢ 토지매매계약 해제 소송관련 변호사 비용은 매입세액공제가 될까요?

상가를 지어 분양할 목적으로 수필지의 토지를 매입하고자 계약금과 중도금을 지급한 상태이나 일부 토지가 계약위반으로 인하여 계약을 해지하고 지급한 계약금과 중도금을 회수하고자 변호사를 선임하여 소송을 하는 경우 변호사에게 지급한 소송비용은 토지를 매입한 것이 아니므로 부가가치세 매입세액을 공제받을 수 있는지요?

매입세액 불공제대상 토지관련 매입세액은 토지의 취득여부에 관계없이 적용함이 타당하다고 할 것이므로 토지의 계약위반과 관련된 비용을 변호사에게 지급하는 경우 해당 비용은 토지관련 매입세액에 해당하여 매입세액은 공제할 수 없는 것입니다.

[ 관련예규 ]

토지매매계약 해제 소송관련 변호사 선임료의 토지관련 매입세액 해당여부 사업자가 공동주택 신축ㆍ판매를 위한 토지를 취득하는 과정에서 토지매매계약 체결 후 매도자의 일방적인 부동산매매계약 해제에 따른 손해배상청구 소송을 위한 변호사 선임료와 관련된 매입세액은 토지관련 매입세액에 해당하는 것입니다.
- (부가, 부가가치세과-1620, 2010.12.08.) -

▢ 공장 앞마당 주차장 보수공사 비용은 매입세액공제가 될까요?

기존의 공장건물을 매매로 취득한 후 이에 부속된 주차장 겸 앞마당의 상태가 나빠 콘크리트 바닥공사를 하여 직원전용 주차장을 새롭게 만들었다면 이에 들어간 주차장 공사비용을 토지관련 비용으로 보아 공사비에 대하여 매입세액 불공제처리를 해야 하는지, 아니면 토지와는 구분되는 구축물로 보아 매입세액공제를 할 수 있을까요?

자본적 지출이라 함은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출하는 비용으로 규정하고 있습니다.

일반적으로 주차장 등 바닥의 콘크리트 공사는 토지의 접근도 및 이용가치를 증가시킨 비용으로 볼 수도 있으나 주차장은 토지와는 구분되는 구축물로 볼 수 있으므로 토지와 구분되는 건물, 구축물의 건설공사와 관련된 매입세액은 공제할 수 있습니다.

[ 관련예규 ]

담장 및 구축물 등이 부가가치세가 면제되는 토지의 범위에 포함되는지 여부 그 구조와 형태가 물리적으로 토지와 구분되어 독립적인 경제적 가치를 가진 것으로서 건축물의 부속설비 및 구축물에 해당하는 담장(철망펜스, 벽돌타일), 도로, 주차장, 전기지중화시설, 인공연못 및 조경시설 등은 부가가치세가 면제되는 토지의 범위에 해당하지 아니하는 것입니다.
- (부가, 사전-2015-법령해석부가-22454, 2015.04.21.) - 부가가치세법 제39조 제1항 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 은 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 제7호에서 면세 등에 관련된 매입세액과 대통령령으로 정하는 토지관련 매입세액을 들고 있고 부가가치세법 시행령 제80조 부가가치세법 시행령 제80조【토지에 관련된 매입세액】

법 제39조 제1항 제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. (2013.6.28. 개정)

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 는 위 규정에서 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액이라함은 토지의 조성 등을 위하 자본적 지출에 관한 매입세액을 말한다고 규정하고 있는바 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출이란 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는데 소요되는 비용을 말한다 할 것이므로 토지관련 매입세액이라고 해서 다 불공제하는 것이 아니고 경우에 따라서는 매입세액을 공제할 수도 있기 때문에 국세청 예규 등을 잘 파악하여 공제여부를 검토할 필요가 있습니다.